党中央的指示是要贯彻执行的。江隆基所作的《为建设社会主义新北大而努力奋斗》的主题报告也迫于陈伯达的压力，在校刊上发表时改为《为建设共产主义新北大而努力奋斗》。但是江隆基无论如何也接受不了陈伯达的“新理论”“新思想”。他留学日本，留学德国，深知东西方文化有差异，各国的国情不同，但教育作为人类普世的文化传承，是有其共同规律的。即便是以苏联为首的社会主义国家，也还没听说哪个国家有共产主义大学。他搞了一辈子教育，现在是越办越糊涂，社会主义才刚刚开始建设，怎么能跨越历史，办“乌托邦”式的共产主义大学呢？“共产主义的新北大”是什么样子，他无法想象。难道就像现在这样，大字报铺天盖地批来斗去，“教授下讲台，学生上讲台”，连钱学森、华罗庚这样的科学家也去打麻雀除“四害”，学生不上课去“土高炉大炼钢铁”，就叫“共产主义大学”？在革命战争最为艰苦的岁月里，江隆基转战晋察冀、陕北高原，办陕北公学，办华北联大，办抗大，办延安大学，将数以万计的知识青年送往前线，最多的一年输送五千多人，这些热血青年为民族的解放事业作出了卓越的贡献甚至牺牲了生命，现在党政各界的许多负责同志都是那时毕业的学生，这算不算是陈伯达所说的“批判的革命的共产主义精神”呢？
实在想不通，江隆基就按共产党人办事的原则向陈伯达陈述自己的“不同意见”。他打了个电话。电话里的口气是请教式的：“现在还没有共产主义的经济基础，怎么能办成共产主义大学呢？还是提共产主义思想教育为好，不能把共产主义思想教育和共产主义教育制度混为一谈。这是两个不同的概念。共产主义教育制度是什么样子，没有借鉴，说不清。”陈伯达说：“我的讲话允许有不同意见。你不同意，就写成文章发在《红旗》杂志上批判我好了。”陈伯达先挂断了电话。然而，《红旗》杂志被陈伯达把持着，即使江隆基写出“不同意见”的文章，能发表吗？
不理解，想不通，也无法贯彻执行，他又去请示上级主管北京市委。市委说理论方针上的事由中宣部管，你去请示中宣部吧。党的八大二次会议后有个座谈会，会上江遇到康生，便请示加汇报，说他“思想上想不通，工作上无法贯彻”。康生对北大没有好印象，见江隆基就气不打一处来，拧起脖子说：“我们是共产党，又不是社会党，共产主义大学为什么不能提？你在德国几年，怕是中社会党的毒太深了。北大办得很糟，尤其是哲学系，给学生讲黑格尔，讲杜威的实用主义，讲新康德主义，完全偏离了大方向，当然办不成共产主义大学，你就不想办嘛！”
康生的话，等于是将江隆基臭骂了一通。
于是，北大的头头脑脑们只得闭门造车，编织“共产主义新北大”的“宏伟蓝图”。6月上旬，以党委名义颁布了《大干特干，苦战五年，建成先进的共产主义北京大学跃进规划纲要（草案）》（1958—1962），这个“纲要”一出台，校园里一片哗然。又不知是什么原因，不到一个月，略加修补，将原来的“五年”改为“三年”重新颁布了一次，竟要在“三年实现共产主义”，真够“跃进”速度！
副校长周培源不是党员，未能参加党委会的讨论，看到下发的“纲要”，急忙找到江隆基，开口就说：“这是违反教育规律的，不符合实际。”他举出最要害的学制问題，“本科教育是基础知识和理论的教育，国外一般都是四年，现在改为六年，将学士、硕士、博士三个阶段拉在一起，意在超英赶美，赶超资本主义，用意也许是好的，但这不科学，不符合教育规律。要完成这三个阶段的教育，西方发达国家也得八九年，咱们怎么能一下子超过呢？”
江隆基长叹一声，有气无力地说：“周副校长，你的看法我完全同意，但是我无能为力了。”
是无能为力了，这年8月，上级免掉了江隆基北大副校长的职务，意味着他在北大使命的终结。
8月是学校里放暑假的季节，江隆基无职无权无事可干，蛰居在家。他是那种不可一日无事可干的干部，突然地闲居在家，便有莫名的失落感不时地袭来，空前的寂寥！空前的孤独！
8月又是高等学校招新生的季节。远在大西北的兰州大学派教务处干部张开基来北京招生。京城里的中学生报考兰州大学的本来就不多，挑来挑去没录取上几名。其中三人可录取，但都有家庭问题：一人父亲在台，一人父亲被镇压，一人父亲刚划成“右派”。以兰大“反右”的做法，如果录取了，仅此一条招生人员就够打成“右派”。他怕株连自身，便打长途电话请示学校领导。答曰：“坚决不要”。要退就得经过全国招生委员会主任周培源（按：周在该委员会1950年任副主任，1951至1959年任主任）。周培源看了新生档案后说：“这么好的成绩，你兰大凭什么不要？没有报北大，报北大我们就录取。不能退，回去就说我说的，不能退。”尽管如此，该同志还是迟疑不决，担心回去交不了差。周培源又问了些别的，当得知他是老西北教育部的人时，说：“去看看你们的江部长吧，他最近心情不大好。”
经周培源的指点，张开基一路寻寻觅觅，从燕南园西北角66号门前经过，拐弯，下坡，找到了江隆基住的平房50号，见面直呼“江部长”，并作了自我介绍，所为何事而来。江隆基想起来了，当年西北教育部的一个小伙子，便开始叙旧。毕竟是老同事久别重逢，江隆基心境大好，话也说得多了些。听完关于几个新生的情况后，江奇怪地问：“兰大也是这样？”沉吟了一会儿，又说：“周培源的意见是对的，取走吧。父亲的问题是父亲的，总不能让子女再背一辈子，连个上学的机会都不给。”虽说是家丑不可外传，但在老首长面前，张开基还是忍不住诉起苦来，说了些兰大自“反右”以来许多激进过火的做法，老教师不是“右派”便是“白旗”，人人自危，没资格上讲台，出现了“学生考教授”“高年级给低年级上课”等怪现象，“大跃进”办了几十个工厂，操场上“土高炉”编了号，现在是学校不像学校，工厂不像工厂，云云。
江隆基听了，感到兰大比北大更乱更糟，便很谨慎地道出了自己的处境，有可能调离北大。张顾不上细究，忙问调往何处。关于江的去向，北大传闻颇多，但教育部提出两个去处让他考虑：一是安徽的合肥工业大学，一是甘肃的兰州大学。
张开基乐了，便掏心掏肺地向老部长进言：“老部长，你本来就是西北人，吃西北的小米长大的，就回西北吧。京城虽好，却不是久留之地，你单枪匹马工作肯定推不开，我完全能想得到。兰大虽乱，却有你的许多老同事老部下，像林迪生，现在还是校长嘛，年纪大了，有点镇不住，压力很大。陆润林还是教务长，正常的教学秩序打乱了，急得团团转。以你的资历、能力和经验，大家肯定服你，咱们齐心协力办兰大吧。”
“我也是这么想的。”江隆基说。他对兰大是有感情的，1951年去过，是为陕西、甘肃几所院校的调整合并之事，那时还在萃英门，新校址不知什么样子。1955年教育部将兰大确定为国家重点建设的大学，并确定为北大对口支援的两所大学之一。兰州大学是老校，甘肃又是重点建设的工业基地，高等教育要根据国家建设的需要合理布局。几次会议他都参加了，是积极支持者。从那以后，北大每年都要给兰大分配一批优秀的应届毕业生，还要抽调教师干部去支援。所以在兰大不仅有老西北局的熟人，还有北大的部分师生，“如果组织同意，我当然去兰大。合肥那边是工科大学，我不懂专业”。
张开基激动地握住老首长的手，说要把这个好消息打电话告诉林校长。江说：“不可以。工作调动是组织部门的事，个人意见是个人意见，组织决定是组织决定，最终要服从组织决定。”
他乡遇故知，两人又谈了许多，江隆基留张开基吃了午饭，一碗炸酱面带几个小菜，之后亲自送到公交车站。
1958年国庆节后，教育部正式通知江隆基：调离北大出任兰州大学校长，正式任命书稍后由国务院颁发。
江隆基愉快地接受了这一调动。如果说，七年前的国庆节他是迫不及待地要走进北大的话，七年后的国庆节他是迫不及待地想离开北大。七年来的酸甜苦辣只有自己心里清楚；七年来的是非功过只有留待后人评说。已经赋闲一个多月，他想尽快投入工作。为了争取工作的权利，其他恩恩怨怨都可抛弃不计。当天晚上，他把这一重大变动告诉夫人宋超，叫她也写个请调报告，并做好移交工作的准备。
北大党委提出，要对他在北大的工作做个书面总结。他理解并愉快答应了，不就做个鉴定嘛。干部离任，由所在单位就其在任期间的政治表现、工作成绩、品德作风等作出实事求是的评价并实事求是地指出其缺点和不足，“希望今后”如何如何。这是常规工作，江隆基再熟悉不过。
开始两天气氛不错，像个鉴定会的样子，与会者一个个有头有尾地说来，像在为他评功摆好，优点一大堆。之后一天，就以校刊上的那篇文章为转折点，开始了对他的非难，要他做出解释。他就那个《教职员工请假考勤和奖惩办法》产生的背景和过程做了说明，说同时制订的还有一系列教学管理文件，有的还被教育部推荐到全国高校了，像《教研室工作条例》《考试守则》等。有人不同意他的解释，“不是问你这个，是问你在上面批示‘不可操之过急’，教师有‘自由主义的传统’和‘高度的自尊心’，是什么意思？”江隆基心里明白，这已经不是做工作鉴定了，而是在鉴定他的政治立场、政治观点、教育观念了。他只能根据自己的理解，做出理论的说明和解释，然而没人能听得进去。
接下来便是层层加码、步步提升，将他在北大七年来的讲话、做法一一梳理，逐条过滤，上纲上线到原则立场，给他戴了一顶顶“右倾”的帽子。譬如，说他在政治与业务的关系问题上有“过分强调业务，忽视政治的倾向，没有给各种资产阶级思想以有力的批判和打击，对于资产阶级的教育思想和学术思想在我校的深刻影响估计不足，因而斗争显得软弱无力；在团结改造知识分子的工作中，由于对他们缺乏一个正确的认识和估计，因而片面地强调了团结，放松了对他们的思想改造”。又如，八大提出高等学校实行“党委制”后，许多同志都认为“党委制就是党委对学校工作的全面负责制”，但江隆基同志却认为，“像北大这样大的学校，无论当时或以后都不能没有党外人士参加领导，如果强调党委负责制，就难以调动非党干部的积极性，他们就有借口对工作不负责任”。而且在有党外群众参加的会议上说，“我一直认为党不能包办一切，党与非党的行政负责人要分工负责，我很苦恼工作总是抓不过来……希望党外同志多起点作用”。再如，在教学和科研中依靠谁的问题上，江隆基缺乏明确的阶级观点，“对于资产阶级知识分子在业务上是迷信的”，“对培养新生力量缺乏一系列必要的措施”。在北京市委宣传会议上曾说过，“办学校依靠谁的问题，北大党内反复讨论过，当然谁的学问好，就依靠谁。从长远看，新生力量很重要；从当前看，主要依靠老教师”。再再如，江隆基对学校主要矛盾的估计“是否右倾”？对大鸣大放的理解“有无偏差”？执行“是否坚决”？他在北京市委宣传会议上“对学校的矛盾的分析只强调了领导与被领导的矛盾，党与非党的矛盾，根本没提到阶级矛盾”。在北大一百五十人座谈会上的讲话“实际上是一种政治上退却的表现”，在人民大学林希翎来北大时“对中央的鸣放指示理解有偏差，执行不够坚决”，“对上级的意见尊重不够”；“磕头”事件“实际上是一种丧失立场的表现”。再再再如，江隆基“在个人与组织关系上有些地方不够正常，主要表现在个人与党委的关系的摆法上是不妥当的”。“隆基同志是党员副校长，当然是党在学校的主要核心领导人物，而隆基同志却没有这样认识自己的责任，强调自己不过是一个党委委员”，1956年被选为党委书记后，“却又认为自己只不过是挂个党委书记的名义”。