江隆基明白，所谓“想办法挖掘”，就是要贯彻执行“引蛇出洞”那一套。这办法已有了先例，两所兄弟院校中已有两位著名教授含冤自杀。办法也是有的，但他于理智上情感上都想不通。他反感这种“人为制造右派”的做法。他坚持实事求是。他有两句话或者两个疑问，当时就对许多同志提出过，可惜被忽略了。这便是：“是实事求是有多少算多少呢？还是人为地制造一些右派向上报功呢？任何一个对党对人民负责的同志应该采取前一种态度，而不应该采取后一种态度，这不是很明显的道理吗？”
中国人民大学的“学生领袖”林希翎几次来北大串联鸣放，煽风点火，一次得到江隆基的同意，让她与北大学生进行辩论，市委高校党委亦派要员前来跟踪。在鸣放场地问题上，江隆基与市委来人发生了分歧。江隆基怕学生上街游行，坚持放在室内，具体讲是饭厅；要员坚持放露天，具体是三角地。争执不下，江有些恼火，顶撞说：“连这点自主权都不给，那你们派人来领导好了，肃反就是你们来搞的！”
暑假在即，而市委来人召集常委部署“反右”运动。江隆基认为学校放寒暑假是法律规定的，天经地义的，上级的部署放不成暑假，他有些急躁，质问说：“运动是短期的？还是长期的？学校总得放暑假吧，暑假前要达到什么程度？”
这些言行，又构成了“对市委同志不够尊重”的错误。江隆基有了一种预感，他在北大的前景不那么美妙了。
9月27日，他在党员干部会上讲话，再次强调党员干部要有实事求是的精神，对在高级知识分子中划右派要力求慎重，要求“排队注意中右和右派中间的人物，这样宁可划成中右，也不可划到右派去……老右派在大鸣大放中没有表现者就不再划为右派”。讲话中他分别举出一些人作例证，从而使一批教师，主要是教授免遭右派之难。
10月，上级对北大党委领导班子作了调整，新派一名党委书记取代江隆基；江隆基降格副书记，仍是副校长。如此变动之后，原有副书记三人变成四人，而行政领导中只有江隆基一人是党员。在这种情况下，他主动提出多管点业务和行政，少管点党务，认为领导班子的变动必然带来分工的变动，不仅是很自然的，也是很必要的。
按当时的政治气候和话语环境，江隆基确实是“右”了，我们没有理由责备他，他尽了自己的良知和责任；但他也不可避免地犯了历史性的错误，主持划了一批“右派”，使这些同志蒙冤数十年。江隆基时期北大划了多少“右派”，一直没有确切的数字，直到纪念江隆基百年诞辰时担任过北大党委书记的王学珍撰文指出，“到1957年10月19日，北大共有511人被划为右派，其中教职员右派90人，学生右派421人”。另一个比较确切的数字是，“到1957年10月底统计，共有师生员工11268人，其中学生7821人”。以此推算，教工右派占2.6%，学生右派占5.3%。
在北大教师中，流传着对周培源的一种毫无恶意的戏言：“科学上的泰斗，政治上的红领巾。”
鸣放初期，周培源参加了，也积极鸣放。当时有一种比较流行也比较尖锐的观点，认为非党干部“有职无权”，党与群众之间有一条“鸿沟”。周培源对此不以为然，每听此论，便站起来据理力争，予以反驳。他说：“我是个民主人士，但我从做教务长到当副校长都是有职有权。江校长非常信任我，支持我，重大问题都找我商量，具体工作放手让我干，我怎么就没感到有什么‘鸿沟’存在？提意见可以，但要弄清基本事实。”他这样说，并不是曲意奉承，而是出自内心的真切感受，出自他对江隆基的透彻了解和认识。直到晚年他还坚持这一看法，回忆说：“同江共事的一段时间是我在北大任行政职务二十多年中工作最得心应手的时期。”
“反右”刚开始，周恩来总理指示让周培源只身赴加拿大出席第一届帕格沃什会议。这个会议是在爱因斯坦和罗素联合发表声明抨击美国政府氢弹实验所造成的影响，由世界和平人士倡仪促成的，其宗旨是促使东西方科学家会晤，反对生产和使用核武器；参加会议的也都是世界各国著名的科学家。由于美国巨商伊顿出资十万美元赞助此会，第一届会议的会址就定在他的出生地加拿大帕格沃什，会议也因此得名，以后每年一届。中加尚未建交，中国代表只有周培源一人，带有“单刀赴宴”的性质，临行前江隆基专门到家中去话别。
夫人王蒂澂见是江校长，熟人熟话，抱怨说：“年年出国，一年两三趟，出去一次，帽子下的白头发就多一圈。”她玩笑着摘下周培源头上的制服帽，“江校长你看看他的头发，白得快，脱得也快，如此再过几年，怕该起个法号了，升个住持或方丈的官了”。
“那你也该去尼姑庵教外语了。”周培源说笑着支走了夫人，之后正经对江说：“又要出去，学校里的事又全撂给你了。”
江说：“周总理点的名，这是国家大事，也是世界和平的大事，周先生你就愉快地去吧。学校正在搞运动，教学工作看来得让步，等运动结束后再议。借这个机会，你出去躲一躲也好。”
周不解地望着江，见江的眼睛熬得红肿，白发也平添了一圈，胡楂子总有几星期没刮了。何以说“躲一躲”？这话从江隆基嘴里说出来，大有弦外之音，他想问一问。
江迅急改变话题说：“周先生，虽然你在美国生活过十年，有应付西方社会的经验，但现在中美严重对立，与那时迥然有别，加拿大又是紧跟美国的。你此行是单身赴宴，所以我不能不多操一份心。希望你出去遇事多思考，多留神，特别要注意人身安全。明枪易躲，暗箭难防啊，要警惕敌对势力拿你做中国的文章。”
“这个我已经想过多遍了，有充分的思想准备。请江校长放心，我会全力维护中国的尊严的。”周有心加一个“中国共产党”，但自己还不是党员，话到嘴边又咽了回去。
沉默了一会儿，周又按方才的思路问：“江校长，我的入党申请书已经递呈几年了，不知组织上……认为我哪方面还做得不够？还有什么缺点错误需要改正？”每临出国，令他最为揪心的不是路途的艰苦，不是英语对话的烦恼，不是蓝眼睛黄头发的难以对付，而是自己不是党员！不是个党员，自感一出家门就说话底气不足、走路腰板不硬似的。
这种时刻提这种话题，真有点不识时务，江隆基心里好笑，“周先生啊，你真像红领巾一般可爱”。但当面讽刺绝不是他的品格，特别对周培源这样的人谈话，更是语重心长，字斟句酌。“周先生，你要求入党的心情很迫切，历史清白，现实表现很好，这些党组织都很了解，也向上级反映过。只是，只是……你还是放心地出国吧，回来后适当的时候解决。我记着这件事。只是现在不是时候。”
“不是时候？”又为周培源蒙上了一层阴影。
周培源因1957、1958年连续出国参加帕格沃什会议而合理合法地躲过了“反右”斗争，1959年参加同一会议回来后才解决了入党问题，那时江隆基已经调离北大了。
另一位“政治上的红领巾”当数马寅初老，或者叫“不识时务的俊杰”亦无不可。
大鸣大放开始后，马老也积极投身“鸣放”，而他“鸣放”的内容不涉其他，只讲他的“新人口论”。
马老的新人口理论孕育于1953年，历时五载，至“反右”前夕全部吿成。但这一真正具有国际水平的研究成果生不逢时，终因“反右”斗争的扩大化而遭厄运。“错批一个人，多生三个亿。”当中国的人口以惊人的增长速度突破十亿大关的时候，“地大物博，人口众多”已不再是炎黄子孙的“自豪和骄傲”。国人中凡有点阅历和见识的，都在质问当年为什么不听马寅初的忠言？行文至此，我们不妨就这一问题稍作铺叙和延伸。
1953年，我国进行历史上第一次人口普查，结果表明，截至是年6月30日，全国人口已达601938035人，并且估计每年净增1200万至1300万人，增长率为20‰。当晚马寅初在家中读罢《人民日报》的报道，久久不能入眠，自言自语说了些有头无尾的话，便提笔在笔记本上写下那段意味深长的文字：
“人口问题是关系到中华民族前途命运的一件大事，必须引起重视，早为图之。但要向政府和全国人民提出这个问题，就必须进行深入的调查，广泛收集有关资料，充分进行研究，并提出在理论上正确、在实际生活和工作中可行，又十分有利于国计民生的说服力的专题报吿或建议。”
1954年出访苏联前，他在一次会议上半玩笑半认真但又很策略地提出想回经济系搞研究的想法，引起江隆基的重视，随后答应分担学校行政事务，腾出时间让他专心研究人口问题，并给他配备了专职秘书，住宅也圈了围墙。
其后三年，年逾古稀的马老在秘书姜明的帮扶陪伴下，风尘仆仆地考察了华北、华东、西北的十个省市，其中三下江南，足迹几乎遍及老家浙江的所有县乡和村社。
1955年，他第三次深入浙江，直接到老家嵊县浦口镇，到一个叫马本纳的本家亲戚家去访问。这个亲戚已经有了六个孩子，生活十分困难，吃穿都成问题，但由于受“多子多福”、“四世同堂”、“五世其昌”的影响，还要再生。马老扳着指头为亲戚算了一笔人口账：“你的祖一辈二人，父一辈七人，你这第三代二十九人，你们儿子这第四代竟达七十六人。这速度和倍数多么惊人呀！再算算粮食，土改时全村千把人，人均耕地一点八亩，有粮七百五十斤。几年内人口增至一千二百多，土地只有一点二亩，粮食增了产，但人均只有六百六十斤了。这是个什么道理呢？很简单，粮食的增长赶不上人口的增长。”
回到北京后，他对前来家访的邵力子、李德全十分忧虑地说：“经我调查，浙江省的人口增长率平均是千分之二十五至千分之三十，有的地方甚至高达千分之五十。其实，岂止浙江是这样呢？全国许多省市都是如此。我发现中国人口增长率实在太高了，每年增长千分之二十二以上，甚至可能达到千分之三十，就是说每年净增人口一千三百万之多。这是一个极大的问题。如果不采取措施，任其长期发展下去，会带来极大的困难，人民的物质文化生活就不能很快提高，新中国就会背上一个沉重的包袱不能迅速向前发展。”
两位学者完全同意他的看法，希望他尽快拿出一个控制人口发展的主张。马老亦表示，他要在即将召开的人大二次会议上提出议案。
此后他即全力投入研究与写作，完成了《控制人口与科学研究》的论文。为集思广益，避免疏漏，他拿着初稿一一登门拜访了柳亚子、马叙伦、李达这些著名学者。他的主张在理论界获得了高度肯定。
人大会议期间，他将这篇论文以议案方式，正式向人代会提出，并在浙江小组会上作了发言。万没想到回报的却是一片反对之声，几乎视为“异端邪说”。颇有代表性的论调是：“社会主义国家不存在人口问题”，“完全是马尔萨斯那一套”……
马寅初不肯屈服，仍然坚持自己的观点，在小组会上再次发言，慷慨陈辞：“大家可以不同意我的意见。我也可以暂时收回发言稿件。但我认为，我的意见和主张是正确的，并不因为大家反对，我就改变自己的观点和主张。我将对这一问题继续进行调査研究，对自己的发言再行补充完善，下次人代会上还要提出。”又说，“我为什么要这样讲呢？这完全是因为人口问题对我们的国家和民族确实太重要了，我既然发现和认识到了这一问题的极端重要性，就一定要坚持到底，直到最后胜利！否则，作为一个经济学家和人民代表，我就没有尽到自己对祖国和人民应尽的责任！”
马寅初是国务委员，1957年2月出席最高国务会议。当聆听了毛泽东的《关于正确处理人民内部矛盾问题》的重要报吿后，再也抑制不住内心的激动，便当着毛泽东、刘少奇、周恩来等党和国家领导人的面作了关于“控制人口”问题的发言。
“人口多就是我们的致命伤。”他说，“我们只要研究一下中国人口的增长情况，就会感到人口问题十分严重。1953年全国人口普查，才知道我国人口已超过六亿，四年来又至少增加了五千万，我大概算了一下，如果净增加率以千分之二十计算，十五年后将达八亿，五十年后将达十六亿；如以净增加率千分之三十计算，十五年后将达九亿三千万，五十年后将达二十六亿。到那时候，中国的人口将超过今日世界人口的总和。我说的千分之三十的净增加率，估计并不算高，可能还保守了一点。这个数字，说明我国人口问题将愈来愈严重，一定要实行计划生育，对人口的发展进行控制。否则，就会出问题……”
国务委员们坐在中南海古老的紫光阁里，静心地听完了马老慷慨激昂、言之有据的长篇发言，报之以热烈的掌声，并无人站起来反对。甚而至于毛、刘、周、朱等领导人同他握手致意，毛泽东主席还乐呵呵说了这样几句意味深长的话：
“人口是不是可以搞成有计划的生产，完全可以进行研究和试验，马寅初今天讲得好！从前他的意见，百花齐放没有放出来，放就有人反对，就是不要他讲，今天算是畅所欲言了。”
马老将这种喜悦兴奋之情带回北大，将最高国务会议的情况详说给江隆基听。