1935年2月16日，高敬亭在舒城县驼岭白果树召开干部会议。检查总结部队进入皖西以后的工作，指出了前阶段单纯依靠主力部队，忽视小部队开辟根据地作用，消耗得不到补充，伤员得不到安置，决定成立中共皖西特委，同时组建红二四六团，由徐成基任特委书记兼红二四六团政委，统一领导皖西党的组织和地方武装，谋求在舒城、潜山、英山、霍山、太湖一带创建游击根据地。统一领导皖西各便衣队。
主力部队则机动灵活地打击敌人。
白果树会议后，高敬亭根据制定的方针，在潜山县桃岭歼敌二十五路军九十五旅的一九〇团两个营。这场战斗彻底改变了红二十八军被动局面。而徐成基领导的地方武装也如火如条地发展起来了。
徐成基奉高敬亭之命组织了八十个便衣队，在二十二个县建立了广泛的游击区和秘密根据地。岳西鹞落坪则是特委所在地和红军可靠的后勤部。便衣队是鄂豫皖红军的一个重大创举，是高敬亭领导大别山游击战胜利的一个重要法宝。他们一般由十人左右组成，分布在广大农村。白天隐蔽，晚上到群众家里做工作。高敬亭亲自给便衣队规定任务：宣传群众；建立新的游击根据地；恢复和建立党组织；掩护红军伤病员；筹粮筹款；严惩坏人；扰敌、牵制敌人；搞侦察、送情报。便衣队实际上是党政军三位一体的武装工作队，是秘密苏维埃。凡是有便衣队活动的地方，那里的联保主任或民团团长都表面上为敌人效劳，实际按便衣队意图办事。便衣队建立的游击根据地，成了主力红军的巩固而坚实的后方。
在残酷的斗争中，高敬亭形成了一整套符合毛泽东军事思想的战略、战术原则和方针，使自己军事指挥艺术达到相当成熟的地步。如“四打四不打”的原则和伪装战术；以及杀“回马枪”。后发制人、用“口袋术”出奇制胜、避强击弱的作战等原则。
1936年3月，高敬亭又提出了“敌上山、我下山、化整为零。集零为整”的方针，确定我军今后主要以营为单位分散深入敌后。于是，我军兵分两路纵横四十余县，南临长江，北越淮河，影响遍及江南。三年游击战中，高敬亭指挥不足二千余人的部队，牵制了国民党正规军最多时达六十八个团，最少时也有三十个团的兵力，成建制地歼敌十八个整营零十五个整连，共约五万余人，自身发展三千一百余人。
毛泽东对此大为赞赏，但也很是担心。高敬亭在许多方面太感情用事，有时不听上级招呼。最严重的是1934年底到1937年中，高在军队和地方先后进行了三次大肃反，把思想上、工作上和生活上的缺点错误同政治混为一谈，把正常的党内批评、部队伤亡过多、甚至于丢一个枪零件、写错一句标语口号都要无限上纲，以反革命罪论处。最让毛泽东担心的是高敬亭心眼太小，手下容不得人，哪位领导的威望超过了他，便视为眼中钉、肉中刺，便被排挤甚至杀害。师政委方永乐、手枪团长余雄、皖西特委书记徐成基、鄂东北地委书记陈守信、豫东南特委书记张家胜等一批党和军队的优秀人才，都受到迫害，其中四人被害死。红二十八军被改编为新四军四支队时，毛泽东先是从延安派郑位三、肖望东两位同志去协调工作，继之又派林英坚、葛志荣、文明地等三十多名干部去帮助整训部队。
但是，悲剧还是发生了。
1938年2月，根据新四军军部命令，四支队开赴安徽抗日前线。到1938年底，四支队发展近万人。
而就在此刻，高敬亭却按兵不动了。
当他率军从大别山开赴抗日战场并连战皆捷时，却发现国民党第五路军（桂系）正源源不断地开向大别山。高敬亭立即致电军部，要求在大别山建立根据地，原因之一是自己长期战斗在大别山，对大别山相当熟悉和留恋；之二是意识到大别山作为战略要地的重要性。
应该说他这种想法是正确的。大别山关应南北，南濒长江，北临淮河，自有其兵家重要地的条件。更何况四支队士生土长于大别山，在此建立根据地是得心应手的。
白崇禧充分意识到了大别山的重要，所以令第五路军全面进军大别山。而王明领导的长江局、中共安徽省工委却派出上万名党员和革命青年帮助桂系军队改造基层组织，训练乡、保长，建立保甲制度，提出“帮助五路军在大别山建立根据地”
的口号，并斥责高敬亭“不服从统一战线，不积极抗日。”
高敬亭当然对此产生抵抗情绪。长江局撤销后刘少奇担任中原局书记，领导江北的抗日统一战线。他批评了王明右倾投降主义，指出其后果之一是没有在大别山建立根据地，并致电中央，请派一支队到大别山建立根据地。可惜已经不可能了。
因为桂系已在大别山立稳了脚跟，这是高敬亭死后的事情。
桂系彻底在大别山站稳脚跟是1939年1月，恰在此时，国民党又掀起了一次反共高潮。桂系军队一面拖欠和克扣四支队薪饷，限制四支队发展，一面大肆扩充反动武装，与四支队争夺皖东地区。这样，四支队就限于桂系及日寇夹击的被动局面。
斗争形势发生了彻底变化。正确的方针应该是立即挺进敌后，开辟敌后抗日根据地。
中央也指示刘少奇，将皖东全部、江苏一部分变为巩固的抗日根据地。
而高敬亭此刻仍然留恋大别山，迟缓东进，这就由正确变为了错误。
与此同时，高敬亭的思想作风发生了一定变化。三年游击战争使他的威望空前提高。也很轻易地使他产生了骄傲自大的思想情绪。当他被任命为四支队司令员后，他对项英等人产生了不满情绪，认为四支队人枪最多，新四军靠四支队吃饭，而自己仅当个支队司令员。1938年，中央派出一批干部从延安到四支队工作，这批干部中郑位三、戴季英曾在鄂豫皖与他共过事，中央所以派他俩到四支队，似乎也考虑到这一点，高敬亭对这批人相当反感，尤其是对戴季英。戴早年以“肃反”成绩卓着着称，随红二十五军到达陕北后还逮捕了刘志丹；而高敬亭这期间则吃大苦头，游击于深山老林里。
郑位三为顾全大局，转到地方工作。
戴季英则和高敬亭不断地闹着别扭。
1938年11月，新四军参谋长张云逸率军部特务营抵达江北，奉命组成江北指挥部，张云逸为总指挥。这实际上是来督促四支队东进的。在张云逸的说服教育下，高敬亭于1939年3月底率部由舒城推进到合肥一带，时隔不久，高敬亭因病而返，并带回手枪团和特务连回到舒城。
由此，高敬亭与中央和军部开始了公开对抗。
“我要亲自过江！”极少发火的叶挺这次简直怒发冲冠。
1939年5月，新四军军长叶挺率邓子恢、赖传珠、罗炳辉等新四军将领由皖南到江北，在舒城西蒋冲召开连以上干部军事会议。叶挺身着新四军军服，表情严肃地坐在主席台上，主持召开这个特殊会议，在整整两天时间里，他重申了中共中央东进命令。最后他激动地站起来，用并不标准的普通话大声地说：
“现在，我们进行表决，拥护东进的举手。”
一双双手臂高高地举起来，高敬亭也迟疑地举起了右手。
叶挺走出会场时，长长地舒了口气，心情也渐渐好起来。他直接命令第七团、第九团开拨东进。
而就在此刻，一件意想不到的事情发生了。在东进途中，第七团团长杨克志、副团长曹玉福越打土围子之机，侵吞金银叛逃，公开投靠了桂系军队。
杨、曹叛逃前就有过生活腐化等严重错误。他们是高敬亭在游击战中一手提拔起来的。支队曾研究过处理杨、曹，并委托高敬亭亲自去做工作，但高敬亭迟迟未去。此刻杨、曹叛逃，显然引起部队对高的不满。
项英立即来电，要叶挺开展“反杨、曹斗争。”叶挺命令部队停止东进，进行“反杨、曹斗争”。
斗争中，在戴季英等人主持下，揭发出高敬亭的一些问题。项英当机立断，在部队中开展反高敬亭斗争。高敬亭被逮捕了，然后遭到无情的打击。
他拒绝承认强加于他头上的“反革命”、“反党”、“破坏抗日”等罪名；对于戴季英等人给他的残酷斗争和折磨，他持抗议态度。
这也许是高敬亭的悲哀之处：没有人为他说公道话，包括邓子恢、罗炳辉等人，没有人将他的思想错误与“反革命”的帽子区分开。因为人人都目睹过高敬亭骄傲自大的作风，更何况他违背了中共中央的方针呢？
6月20日，项英以反党、反中央、可能率部投敌的罪名，向中共中央和国民党军事当局发出要枪决高敬亭的电报。
在延安的毛泽东痛心地久久说不出话来，他最担心的事终于发生了。高敬亭固然有错误，但他毕竟是对中国革命做出过巨大贡献，毕竟是共产党的高级干部，而且现在正是大敌当前，用人之际，岂可草率行事。毛泽东坐在那里，足足抽了两三支烟，才在回电中写道：“争取教育改造四支队，对高敬亭采取一些过渡办法，利用目前机会由军部派遣一些得力干部去四支队工作，以帮助四支队之改造与整理。”
项英的回电令毛泽东非常失望：“白崇禧电奉委座电令，所请将高敬亭处以枪毙照准。”
毛泽东气得大声疾呼：“项英好糊涂啊，内战时期，蒋介石曾以重金悬赏高敬亭的脑袋而不可得，现新四军主动要求杀高，蒋岂有不准之理？”
1939年6月24日，年仅三十二岁的高敬亭在安徽肥东县青龙场被枪决。他死前受到残酷的斗争和严刑拷打，始终坚贞不屈。被害前写给亲属的诀别信中，为自己革命尚未胜利就屈死在自己人刀下深感痛悔。高敬亭唯一遗愿是把他未成年的女儿交给人民抚养。
1945年，在延安“七大”期间，毛主席又想起高敬亭。他婉转地对新四军某负责人说：高敬亭不杀头可不可以？
毛泽东的话久久流传。
三十六年后，高凤英写信给毛主席，要求中央澄清父亲被杀的原因。毛泽东于同年11月30日指示有关部门重新审查高敬亭问题。
1977年4月27日，中国人民解放军总政治部发出中共中央军事委员会《关于给高敬亭同志平反的通知》。
1980年4月，高凤英和妈妈史玉清在肥东青龙场找到一位由农民看守了三十六年的高敬亭遗骨；19日，在合肥隆重举行高敬亭同志骨灰安放仪式。
历史在这里拐了一个“弯”；高敬亭英灵又回大别山！