清代的制度，在大体上可以说是沿袭前朝的。至于模仿东西洋，改革旧制，那已是末年的事了。
清代的宰相，亦是所谓内阁，但是只管政治，至于军事，则是交议政王大臣议奏的。世宗时，因西北用兵，设立军机处，后遂相沿未撤。从此以后，机要的事务，都归军机，唯寻常本章，乃归内阁。军机处之权，就超出内阁之上了。
六部长官，都满、汉并置。而吏、户、兵、刑四部，尚侍之上，又有管部大臣，以至互相牵制，事权不一。还有理藩院，系管理蒙古的机关，虽以院名，而其设官的制度亦和六部相同。都察院，左都御史和左副都御史亦满、汉并置，其右都御史和右副都御史，则为总督、巡抚的兼衔。
外官：督、抚在清代，亦成为常设的官。而属于布、按两司的道，亦若自成一级。于是督、抚、司、道、府、县，几乎成为五级了。压制重而展布难，所以民治易于荒废；统辖广而威权大，所以长官易于跋扈。
和外国交通以后，首先设立的，为总理各国事务衙门，后来改为外务部。末年因办新政，复增设督办政务处等，其制度都和军机处相像。到一九〇六年，筹备宪政，才把新设和旧有的机关，改并而成外务、吏、民政、度支、礼、学、陆军、农工商、邮传、理藩、法十一部。革命的一年，设立责任内阁，并裁军机处和吏、礼两部，而增设海军部和军谘府。
省的区域，本自元明两代相沿而来，殊嫌其过于庞大。末年议改官制时，很有主张废之而但存道或府的，但未能实行。当时改定外官制，仍以督抚为一省的长官，但改按察司为提法、学政为提学，而增设交涉司；裁分巡，而增设劝业、巡警两道。东三省和蒙、新、海、藏的官制，在清代是和内地不同的。奉天为陪京，设立户、礼、兵、刑、工五部，而以将军管旗人，府尹治民事，且有奉天、锦州两府。吉黑则只有将军、副都统等官，后来逐渐设厅，直至日俄战后，方才改设行省。其蒙古和新疆、青海、西藏，则都治以驻防之官。新疆改设行省，在中俄伊犁交涉了结之后，青海、西藏，则始终未曾改制。
清代取士之制，大略和明代相同，唯官缺都分满、汉，而蒙古及汉军、包衣，亦各有定缺，为其特异之点。戊戌变法时，曾废八股文，改试论策经义，政变后复旧，义和团乱后，又改。至一九〇五年，才废科举，专行学校教育。但学校毕业之士，仍有进士、举贡、生员等名目，谓之奖励，到民国时代才废。
兵制有八旗、绿营之分。八旗编丁，起于佐领，每佐领三百人，五佐领设一参领，五参领设一都统，两副都统。此为清朝初年之制。后来得蒙古人和汉人，亦都用此法编制，所以旗兵又有满洲、蒙古、汉军之分。入关以后，收编的中国兵，则谓之绿营。而八旗又分禁旅和驻防两种，驻防的都统，改称将军。乾嘉以前，大抵出征以八旗为主，镇压内乱，则用绿营。川楚教匪之乱，八旗绿营，都不足用，反靠临时招募的乡勇，以平乱事，于是勇营大盛。所谓湘、淮军，在清朝兵制上，亦是勇营的一种。中法之战，勇营已觉其不足恃，到中日之战，就更形破产了，于是纷纷改练新操，是为新军。到末年，又要改行征兵制，于各省设督练公所，挑选各州县壮丁有身家的，入伍训练，为常备兵；三年放归田里，为续备兵；又三年，退为后备兵；又三年，则脱军籍。当时的计划，拟练新军三十六镇，未及成而亡。水师之制，清初分内河、外海。太平天国起后，曾国藩首练长江水师和它角逐，而内河水师的制度一变。至于新式的海军，则创设于一八六二年。法、越战后，才立海军衙门，以旅顺和威海卫为军港，一时军容颇有可观，后来逐渐腐败。而海军衙门经费，又被那拉后修颐和园所移用，于是军费亦感缺乏，中日之战，遂至一败涂地。战后，海军衙门既裁，已经营的军港，又被列强租借，就几于不能成军了。
清朝的法律，大体是沿袭明朝的，其初以例附律，后未就将两种合纂，称为《律例》。其不平等之处，则宗室、觉罗和旗人，都有换刑；而其审判机关，亦和普通人民不同。流寓中国的外国人，犯了罪，由他自己的官长审讯，这是中国历代如此。在从前原无甚关系，但是海通以后，把此项办法，订入条约之中，就于国权大有损害了。末年，因为要取消领事裁判权，派沈家本、伍廷芳为修订法律大臣，把旧律加以修改，曾颁行《商律》和《公司律》，其民、刑律和民商、刑事诉讼律，亦都定有草案，但未及颁行。审判机关，则改大理寺为大理院，为最高审判，其下则分高等、地方、初等三级，但亦未能推行。
赋役是仍行明朝一条鞭之制的。丁税既全是征银，而其所谓丁，又不过按粮摊派，则已不啻加重田赋，而免其役，所以清朝的所谓编审，不过是将全县旧有丁税若干，设法摊派之于有粮之家而已。和实际查验丁数，了无干涉。即使按期举行，所得的丁额，亦总不过如此。清圣祖明知其故，所以于一七一二年，特下“嗣后滋生人丁，永不加赋；丁赋之额，以康熙五十年册籍为准”之诏。既然如此，自然只得将丁银摊入地粮，而编审的手续，也当然可省，后来就但凭保甲以造户口册了。
地丁而外，江苏、安徽、江西、湖北、湖南、浙江、河南、山东八省，又有漕粮。初征本色，末年亦改征折色。田赋而外，以关、盐两税为大宗。盐税仍行引制，由国家售盐于大商，而由大商各按引地，售与小民。此法本有保护商人专利之嫌，政府所以要取此制，只是取其收税的便利。但是初定引地时，总要根据于交通的情形，而某地定额若干，亦是参照该地方消费的数量而定的。历时既久，两者的情形，都不能无变更，而引地和盐额如故，于是私盐贱而官盐贵，国计民生，交受其弊，而商人也不免于坐困了。关有常关和新关两种。常关沿自明代，新关则是通商之后增设于各口岸的。税率既经协定，而总税务司和税务司，又因外交和债务上的关系，限用外国人。革命之后，遂至将关税收入，存入外国银行，非经总税务司签字，不能提用，甚至偿还外债的余款，就是所谓关余的取用，亦须由其拨付，这真可谓太阿倒持了。厘金是起于太平军兴之后的，由各省布政司委员，设局征收。其额系值百抽一，所以谓之厘金。但是到后来，税率和应税之品，都没有一定，而设局过多，节节留难，所以病商最甚。《辛丑和约》，因我国的赔款负担重了。当时议约大臣，要求增加关税，外人乃以裁厘为交换条件，许我裁厘后将关税增加至值百抽五，然迄清世，两者都未能实行。