十九世纪六、七十年代后，在世界资本主义列强开始夺取殖民地、分割世界领土的大高潮中，中国的边疆地区普遍发生了严重危机，特别在新疆地区和东南海疆，入侵活动极为频繁。在国家、民族遭受危机的情况下，清政府内部展开了一场有关海防与塞防的国防观点之争。直隶总督兼北洋通商事务大臣李鸿章因负有海防之责，并想乘机建立由他控制的北洋海军，加强其政治地位，主张国防重点在海防，不在西北边防，应放弃祖国西陲重地防御，移“西饷作海防之饷”。这些论点，在客观上符合了英、俄帝国主义蚕食鲸吞新疆的需要。以左宗棠为首的一派爱国官僚，则坚决反对李鸿章以牺牲塞防来加强海防的主张，认为“东则海防，西则塞防，二者并重”，强调先进兵新疆。他指出：“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师。西北背指相连，形势完整，自无隙可乘”。又说：如果专力海防，新疆“不西为英并，即北折而人俄耳”，塞防不力，则又“无益海防而挫国威，且长乱，此必不可”。左宗棠年轻时研究过《天下郡国利病书》、《读史方舆纪要》、《新疆识略》、《海国图志》等书，形成了强烈的爱国思想，特别关心祖国安危，他坚持的海防与塞防并重、先收复新疆的国防战略观点，能从全国一盘棋的角度来衡量新疆在战略上的重要性，符合中华民族的长远利益，客观上也反映了各族人民的共同要求。
由于左宗棠力排时议，据理辩争，以及朝廷内文祥等枢臣们的支持，清政府摒弃了李鸿章等反对的议论，采纳了左宗棠的意见，令左宗棠全权指挥“关外兵事、饷事并转运事宜”，主持收复新疆大计，遂使左宗棠的战略主张得以在内外一致的局面下付诸实施。
左宗棠在重视塞防的同时，对海防建设也有不少出色的见解。
他认为海防建设“不可一日驰也”，但必须重点设防，“如人一身，有气隧、血海，筋脉、包络、皮肉之分，即有要与非要之别。天津者，人之头顶；大江三江人海口，腰膂也；各岛之要，如台湾、定海，则左右手之可护头项腰膂，皆宜严为之防；……此外视如髋髀，谓其必全力注之，亦不必也”。1881年10月下旬，清政府任命左宗棠为两江总督兼任南洋通商大臣，时值中法战争前夕。左宗棠到任后，积极筹划海防，准备打仗。首先，他增强长江防务，以吴淞口为第一道关口，以白茅沙为第二道关口，以江阴要塞为第三道关口，节节设防，阻敌深入，其次，于1884年底，派王诗正等率恪靖援台军偷渡法军严密封锁的台湾海峡，增援驻台清军抗法，稳住了台北局势；第三，螯顿闽江防务，在闽江各要隘增添兵勇，构筑阻塞工事，树立铁桩，横以铁索，控制闽江航道。
值得注意的是，左宗棠在坚持海防、塞防并重的国防战略主张，抗击外来侵略的斗争中，看到了人民群众是可以利用的力量。
第一次鸦片战争期间，他就建议“练渔屯、设碉堡，筒水卒，设水塞”，“合兵勇一体”，“行坚壁清野之策”，使“海上屹然有金汤之固”。左宗棠在两江总督任内，还在江苏、福建沿海大办渔团，将渔户组织起来，日夜操练，视为防海的重要力量。这与左宗棠在收复新疆时，把人民群众分散的、自发的反阿古柏政权斗争汇集成有组织、有计划的反侵略战争的做法，在利用民力的指导思想上一致的。这表明他对人民群众在反侵略战争中的作用有某些感性认识，这种思想远远高居于一般封建官僚所谓“防民甚于防寇”的思想之上。
左宗棠用兵谨小慎微而又老谋深算，他年青时自比诸葛孔明，“常自署葛亮”，诸葛亮一生用兵谨慎，毫无疑问对左宗棠军事思想基础有重大影响。二十九岁那年，曾作《料敌》、《用间》、《善后》等诸篇论战制敌之书，阐述了审己量敌，不盲目用兵和注重后路的稳慎思想。在镇压太平军作战中，他多次强调“步步为营”；在收复新疆战役中，采取“缓进急战”的作战方针。在平时，左宗棠常以“慎”字教诫部下，在作战中，更是提醒前敌将领“慎之又慎”；在他的函牍批札中，也常可见到“当慎以图之可以无患”，“戒慎之心，未可一刻忘也”等字句。总之，在其30多年的军事斗争中，始终主张和实行着一个“慎”字。他说，“慎之字，战之本也”，可以说“慎战”集中代表了左宗棠的战役战术思想。
左宗棠的“慎战”思想，主要表现在以下几个方面：
（1）审己量敌，决不贸然用兵。左宗棠在筹划战役战斗时，极为重视敌情侦察和地形勘察工作，对敌人的一举一动，包括当面之敌将领的性情、素质、用兵特点等，都要反复揣测。他认为，“用兵一事，在先察险夷地势，审彼己情形，而以平时知将土长短应之，乃能稍有把握，”强调“平时用兵，亲临前敌，于地势贼睛军情审之又审，尽心力图之，可免贻误叼。因此，只有在双方情况比较明时，他才决定是否交战。
（2）稳打稳扎，慎于前攻后顾。在军事部署上，强调扫清前路，巩固后路，“慎于前攻，亦当慎于后顾”，使自己立于不败之地。对于前路，他惯于采取“稳打稳扎”，每逢行军，或追击逃敌，特别是在复杂地形作战，总是派一部兵力搜索前路，没有敌人埋伏拦截，才肯前进。另一方面，左宗棠又认为“凡战事总须严防后路，最忌一泻无余”，因此，“惟用兵之道，宜先布置后路，后路毫无罅隙可寻，则转运常通，军情自固，然后长驱大进，后顾别无牵制，可保万全”。
根据这一思想，左宗棠每收复一地，即着手巩固一地；每行军作战，总是设法防敌抄袭后路，“务使虮蟊搔除，方免牵制之患”。夏忻说，左宗棠用兵时，对“未得之地慎于前攻，不可轻犯贼锋，以堕诡计。己得之地慎于回顾，不使贼出我后，顿弃前功”。
（3）缓进急战，耽迟不耽错。左宗棠在作战指导上主张“缓进急战”。所谓“缓进”，就是战前作好充分的准备，完成周密部署，战役准备没有完毕，宁可暂缓发起攻势，决不轻举妄动，铸成过失，所以他常说“耽迟不耽错”；所谓“急战”，是因粮糈有限，战机有变，因此一旦准备完毕，确有胜利把握时，就以迅雷不及掩耳之势，速战速决，尽快结束战斗，避免被动，所以他又常说“以速补迟”。在收复新疆时，左宗棠前后用了一年零两个月的时间进行各方面的准备工作，由于准备充分，因此西征军向敌发起进攻后，只耗时半月，就收复乌鲁木齐以及天山以北的大部城堡。可见左宗棠的“缓进”与“急战”密切相关，是以“全胜”为核心的作战指导之下的两个战役步骤，没有周到的准备、即所谓“缓进”，便没有速战速决的“急战”，只有“缓进”，才有“急战”。
孙子认为，举兵十万，日费千金，不具备足够的战争费用、粮食、器械、车马、用具等基本条件，是无法进行战争的。赛奥·沃格尔森也说：“后勤就它与战略的关系而言，具有动力性质，没有这种动力，战略构想不过是纸上谈兵”。同样，左宗棠也十分重视后勤对战争的影响，无论是他出山充当幕客时，还是直接统兵打仗时，都把“用兵必先筹饷”放在十分重要的位置。尤其是他在西北“剿”捻平回、收复新疆等多次战役中，亲自负责后方补给，在解决后勤供给上做出了特殊的建树。
左宗棠早期的军事活动，主要在长江以南地域，这里兵源充足，财赋收入广。但自镇压太平天国运动后，左宗棠基本上是在西北指挥作战，与江南财赋之乡相比，不仅军饷难筹，而且一切军需“馈运奇艰”，出现了“筹饷难于筹兵，筹粮难于筹饷，筹转运尤难于筹粮”的窘困局面，部队有时连盐菜、马干、官兵一年关一月满饷的饷银都发不出来。很明显，“粮运两事，为西北用兵要着，事之利钝迟速，机括全系乎此”。在这种情况下，左宗棠一方面多次奏报朝廷，陈请拨饷，另一方面，以大量的精力就地解决燃眉之急，保证西北战事顺利进行。左宗棠采取的主要措施有以下两条：
（1）屯田生产，且战且耕。1867年，左宗棠以钦差大臣的身份督办陕甘军务，他根据对西北情况的考察认为，“自古边塞战事，屯田最要”，“驻军其间，自非力行屯田不可”，提出开设屯田总局，解决一部分军粮。起初，屯田只为兵屯，以营为单位，就近指地屯收，种粮种菜，生产任务主要由老弱疲乏者担任，主力部队仍随时执行作战任务。后来，又组织了民屯，生产粮食，以便就近购粮。
这样，既筹集了一部分军粮，又不至于增大当地百姓的负担，这与那些就地掠食，丝毫不顾及百姓的旧军队传统作风相比，真可谓开明进步。随着军事的进展，左宗棠率领的楚军，可以说在哪驻防，就在哪里屯田，并把屯田从陕、甘推广到新疆，在一定程度上解决了军储之急。1874年，左宗棠命令西征军的前锋部队张曜统率所部嵩武军马步十余营进驻哈密，开荒筹粮，且耕且战，经过不到一年的努力，开荒二万余亩，收获净粮约九十万斤，足供张曜所部食用二个月。
（2）精心安排运输力量。左宗棠率军出关入疆作战，所需军粮主要还是由关内供给。遥遥千里路，又多戈壁，如何才能将粮食运抵前线？选用恰当的运输工具是个很关键的问题。左宗棠曾就用马车还是用骆驼运粮算过一笔细账。他认为，从肃州运粮到哈密有二十四站、二千二百余里的路程，如以一车一夫两骡运粮，需行走三十余日，在这三十余天中，每一头骡一天需料八斤，一名车夫需粮二斤，而一辆车运粮最多不过六百斤，这些粮食只仅供一车一夫二骡吃到哈密，那还有余粮再运到巴里坤？但如果改用骆驼运粮，1人可牵管五头骆驼，骆驼耗粮甚少，“驼行三十日而所负之粮尚可稍余以济待饷之军”，所以运粮宜多用骆驼。这种见地，表现一个军事家谙熟地理天文，精于计算的素质。在左宗棠的亲自主持下，清军用驼运粮一年，节省运费、脚费甚多。除了屯田、转运之事外，左宗棠还亲自过问采运枪炮弹药，筹措款项，在陕、甘、新等地筑路筑城，制造军火，还利用西北丰富的羊毛资源，筹建了甘肃织呢总局，利用新式机器挖金采矿，还疏通河流，开渠凿井，提倡种棉植树，育蚕缫丝，整理盐务，茶务和币制。这些措施，不仅较好地解决了西北军事活动需要和军饷不足的矛盾，保证了前线部队口粮的供应，未因后勤补给而影响作战任务的完成，而且也为巩固西北国防提供了可靠的保证。
左宗棠是晚清时期的一名封建统治阶级的重要成员，一方面他始终站在地主阶级反革命立场，与农民起义军为敌，他对人民是犯有历史罪过的；另一方面，他利用权力和地位，勇于改革，吸收西方先进科学技术，对中国军事由传统型向近代型的转变中起了积极的促进作用；他晚年率军收复和保卫新疆领土，在中国近代反侵略的事业上更有成就，是中国近代军事史上不可多得的爱国将领。