1972年12月5日，人民日报社王若水写信给毛泽东，表示“很同意’周恩来关于《人民日报》等单位要批透极“左”思潮的意见，认为批极“左”不仅适合机关内部的实际情况，对报纸宣传方面的情况也同样适用。王若水在信中还反映了张春桥、姚文元反对批极“左”的情况。
12月17日，毛泽东在同张春桥、姚文元的谈话中，谈到了对王若水来信的看法。他说：极“左”思潮少批一点呢。王若水那封信我看不对。是极“左”？是极右。修正主义，分裂，阴谋诡计，叛党叛国。毛泽东的结论成为“九一三”事件后周恩来领导批判极“左”思潮、纠正“左”的错误的转折点。自此之后，批判极“左”思潮的提法很快就从各种文件、文章中消失了，批林整风运动的重点又发生了明显的变化。1973年两报一刊的元旦社论，把林彪一伙的实质概括为对内“实行地主买办资产阶级的法西斯专政”，对外“反华反共反革命”，只字不提批判极“左”思潮，提出要把批判的矛头始终对准林彪，“牢牢掌握这个斗争大方向”。1973年《红旗》杂志第三期则更进一步地说：“如果只看表面现象（即林彪的极“左”），那就不但打不中要害，分不清是非，而且会偏离斗争大方向。”这种明显的变化立即引起了人们普遍的疑虑和不安。许多地方反映“批林联系实际的问题又成了问题”，“不知应联系什么实际”，“到底是反左还是反右”？基层纷纷要求省委明确态度，省委又因不摸底而含糊其辞。一些企业不敢再提劳动竞赛，一些学校不敢再提“以学为主”，一些农村地区也不敢再公开提《六十条》、按劳分配、自留地等问题了。一些了解底细的省、市，则已经改弦易辙。1973年1月在北京市召开的批林整风座谈会上，强调的是“要警惕别有用心的人，借口批判‘极“左”’思潮，否定文化大革命涌现出来的新生事物，否定革命的群众运动，否定文化大革命的伟大胜利”。在2月初召开的辽宁省批林整风座谈会上，认为从1972年9月以后，把批极“左”思潮、无政府主义当作林彪路线的实质来批，是“没有抓住林彪反动路线的要害”。
毛泽东的最后裁决虽然改变了批林整风运动的方向，但是，批判极“左”思潮的斗争，因于它的正义性、它所取得的成就以及它所得到的越来越多的干部和群众的支持，使它仍然以巨大的惯性向前发展着。周恩来等人也在可能的条件下，顽强地继续领导着这场艰难的斗争。
1973年上半年间，周恩来在一些重要场合，仍然多次被工作严重干扰和破坏。在经济方面，他指出，国民经济“现在根本没有比例”，计划工作也“没有王法”了，“一定要批透，把破坏性后果消除掉”。在外事工作方面，他指出：“林彪、陈伯达、王、关、戚干扰破坏正确方针政策落实，引起专家对我们不满、隔阂，不能与中国人交朋友”，“一定要批判这些错误，自我批评后，我们就主动”，“不要怕这样做又要犯右的错误”，等等。1973年3月8日，周恩来在邀请外国专家及其家属参加国际劳动妇女节纪念会上，严厉批判了林彪、陈伯达、王力等对外交工作的干扰和破坏，对遭到错误批判和被迫离开我国的外国专家表示歉意。他的讲话使在场的外国专家深为感动。
在解放干部和平反冤假错案方面，周恩来仍然继续进行着不懈的努力。1972年12月18日，即毛泽东否定批判极“左”意见的第二天，周恩来提出谭震林“是好同志，应该让他回来”的意见，同日，他还向毛泽东提出让王稼祥“做外事调研工作”的意见，得到毛的同意。他还提出，对已经解放的老干部，应让他们参加领导班子，以调动他们的积极性，发挥他们应有的作用。1973年3月9日，周恩来致信毛泽东，提出恢复邓小平国务院副总理职务的问题，得到毛泽东的同意。3月10日，党中央发出文件，决定恢复邓小平党的组织生活和国务院副总理的职务。同日，周恩来致信毛泽东，建议抓紧解放干部和平反冤假错案的工作，并具体提出了一个先易后难的方案，送政治局讨论。在中组部提出了一个300多人的名单后，他又亲自主持政治局会议逐一研究、通过。以邓小平为代表的一大批老干部的复出、任职，是周恩来在困境中继续批判极“左”、落实政策的重要成果，对于党内健康力量的发展，反对江青集团、结束“文化大革命”的灾难具有重大的意义。
但是由于毛泽东已经公开否定了批判极“左”思潮的正确方向，江青集团有恃无恐，疯狂反扑，周恩来虽仍在力所能及的范围内勉力苦撑，但已经是越来越力不从心了。
江青等人的反扑，仍然是把教育、文化、科技等领域作为突破口。5月21日，国务院科教组就科教领域里批林整风的形势向中共中央、国务院提出报告。报告中说，半年多来，在科教战线围绕着林彪路线的实质是“左”还是右，当前的形势是好还是坏，知识分子是改造过头还是要继续改造这三个基本问题上开展了一场大辩论。科教领域群众对批林整风问题，有以下看法和情绪：认为林彪路线是极“左”路线，“文化大革命”和科教战线的斗批改搞过了头，现在要反“左”纠偏；认为“放着极“左”不批，而去批右，就会愈批越‘左”’，认为现在教育质量低，“工农兵学员不像大学生”，教育革命是“乱、糟、低”；对《全国教育工作会议纪要》中的“两个估计”有抵触，认为《纪要》是压在知识分子身上的大包袱，是林彪极“左”路线的产物，等等。报告把这些正确意见统统说成是“认识模糊”、“思想混乱”，甚至污蔑为“攻击”。报告提出要“继续批判林彪修正主义路线的极右实质，进一步认清当前的大好形势，继续加强对知识分子的改造。
毛泽东听信了江青、张春桥等人关于所谓“右倾回潮”的汇报，并把它与否定“文化大革命”联系起来，因而对周恩来领导的批判极“左”思潮及其所取得的成果越来越难以容忍。7月4日，毛泽东在同王洪文、张春桥的谈话中，除了重提批判孔子的问题外，还尖锐地批评了外交部对国际形势的看法。他说近来外交部有若干问题不大令人满意，在思想方法上是看表面，不看实质。接着，他上纲道，结论是四句话。大事不讨论，小事天天送，此调不改动，势必出修正。将来搞修正主义，莫说我事先没讲。毛泽东通过对外交部的指责，曲折而又严厉地批评了主管外交工作的周恩来。
7月19日，《辽宁日报》按照中共辽宁省委书记毛远新的指令，以《一份发人深省的答卷》为题，发表了张铁生的一封信。张铁生的信适合了江青等人反击“批判极“左”思潮”的迫切需要，因而得到了他们的高度重视。8月10日，《人民日报》转载了张铁生的信和《辽宁日报》的编者按，并加了自己的编者按。随后，各地报纸纷纷加以转载，《文汇报》等以张信为由头，发表文章、评论，指责高校招生中的文化考查是“旧高考制度的复辟，是对教育革命的反动”，等等。7月28日，江青、张春桥等又在审查影片《园丁之歌》时发难，指责它是“反攻倒算”。1973年底，为了否定批判极“左”思潮给教育领域带来的积极变化，并以此为突破口，全面反击“右倾回潮”，在党的十大上势力得到加强的江青一伙，又指使迟群等在清华大学校搞了“三个月运动”，反击“教育界出现的一股翻案风”。
从1974年初起，在“反回潮”运动的基础上，经毛泽东批准，江青集团发起了全国性的批林批孔运动，对周恩来进行露骨的诬蔑、中伤，对1972年整顿中所取得的一切成果进行全面否定。周恩来领导的持续近两年之久的批判极“左”思潮的斗争被迫中断。
随着批林批孔运动的发动，批林整风运动随之不了了之。批林批孔运动已经失去了批判林彪反革命集团的实质性内容，只不过是打着批判林彪的旗号，全盘否定周恩来等批判极“左”思潮、落实党的政策的努力，从全局上维护和坚持“文化大革命”的错误。正因为如此，它很快就导致了无政府主义的抬头，生产、工作秩序的混乱和生产的再次下降。“四人帮”倒行逆施在人民群众中造成的不满和觉悟，周恩来1972年批判极“左”思潮所留下的深远影响，成为邓小平1975年全面整顿的坚实基础。