玄以奔败之后，惧法令不肃，遂轻怒妄杀，人多离怨。殷仲文谏曰：“陛下少播英誉，远近所服，遂扫平荆雍，一匡京室，声被八荒矣。既据有极位，而遇此圮运，非为威不足也。百姓喁喁，想望皇泽，宜弘仁风，以收物情。”玄怒曰：“汉高、魏武几遇败，但诸将失利耳！以天文恶，故还都旧楚，而群小愚惑，妄生是非，方当纠之以猛，未宜施之以恩也。”玄左右称玄为“桓诏”，桓胤谏曰：“诏者，施于辞令，不以为称谓也。汉魏之主皆无此言，唯闻北虏以苻坚为‘苻诏’耳。愿陛下稽古帝则，令万世可法。”玄曰：“此事已行，今宣敕罢之，更为不祥。必其宜革，可待事平也。”荆州郡守以玄播越，或遣使通表，有匪宁之辞，玄悉不受，仍乃更令所在表贺迁都。
玄遣游击将军何澹之、武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭就郭铨以数千人守湓口。又遣辅国将军桓振往义阳聚众，至弋阳，为龙骧将军胡譁所破，振单骑走还。何无忌、刘道规等破郭铨、何澹之、郭昶之于桑落洲，进师寻阳。玄率舟舰二百发江陵，使苻宏、羊僧寿为前锋。以鄱阳太守徐放为散骑常侍，欲遣说解义军，谓放曰：“诸人不识天命，致此妄作，遂惧祸屯结，不能自反。卿三州所信，可明示朕心，若退军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。江水在此，朕不食言。”放对曰：“刘裕为唱端之主，刘毅兄为陛下所诛，并不可说也。辄当申圣旨于何无忌。”玄曰：“卿使若有功，当以吴兴相叙。”放遂受使，入无忌军。
魏咏之破桓歆于历阳，诸葛长民又败歆于芍陂，歆单马渡淮。毅率道规及下邳太守孟怀玉与玄战于峥嵘洲。于时义军数千，玄兵甚盛，而玄惧有败衄，常漾轻舸于舫侧，故其众莫有斗心。义军乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃，烧辎重夜遁，郭铨归降。玄故将刘统、冯稚等聚党四百人，袭破寻阳城，毅遣建威将军刘怀肃讨平之。玄留永安皇后及皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散军，因叛玄，奉二后奔于夏口。玄入江陵城，冯该劝使更下战，玄不从，欲出汉川，投梁州刺史桓希，而人情乖阻，制令不行。玄乘马出城，至门，左右于暗中斫之，不中，前后相杀交横，玄仅得至船。于是荆州别驾王康产奉帝入南郡府舍，太守王腾之率文武营卫。
时益州刺史毛璩使其从孙祐之、参军费恬送弟璠丧葬江陵，有众二百，璩弟子脩之为玄屯骑校尉，诱玄以入蜀，玄从之。达枚回洲，恬与祐之迎击玄，矢下如雨。玄嬖人丁仙期、万盖等以身敝玄，并中数十箭而死。玄被箭，其子升辄拔去之。益州督护冯迁抽刀而前，玄拔头上玉导与之，仍曰：“是何人邪？敢杀天子！”迁曰：“欲杀天子之贼耳。”遂斩之，时年三十六。又斩石康及浚等五级，庾颐之战死。升云：“我是豫章王，诸君勿见杀。”送至江陵市斩之。
初，玄在宫中，恒觉不安，若为鬼神所扰，语其所亲云：“恐己当死，故与时竞。”元兴中，衡阳有雌鸡化为雄，八十日而冠萎。及玄建国于楚，衡阳属焉，自篡盗至败，时凡八旬矣。其时有童谣云：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩诸桓。”其凶兆符会如此。郎君，谓元显也。
是月，王腾之奉帝入居太府。桓谦亦聚众沮中，为玄举哀，立丧庭，伪谥为武悼皇帝。毅等传送玄首，枭于大桁，百姓观者莫不欣幸。
何无忌等攻桓谦于马头，桓蔚于龙洲，皆破之。义军乘胜竞进，振、该等距战于灵溪，道规等败绩，死没者千余人。义军退次寻阳，更缮舟甲。毛璩自领梁州，遣将攻汉中，杀桓希。江夏相张畅之、高平太守刘怀肃攻何澹之于西塞矶，破之。振遣桓蔚代王旷守襄阳。道规进讨武昌，破伪太守王旻。魏咏之、刘藩破桓石绥于白茅。义军发寻阳。桓亮自号江州刺史，侵豫章，江州刺史刘敬宣讨走之。义军进次夏口。伪镇东将军冯该等守夏口，扬武将军孟山图据鲁城，辅国将军桓山客守偃月垒。刘毅攻鲁城，道规攻偃月垒，无忌与檀祗列舰中流，以防越逸。义军腾赴，叫声动山谷，自辰及午，二城俱溃，冯该散走，生擒山客。毅等平巴陵。毛璩遣涪陵太守文处茂东下，振遣桓放之为益州，屯夷陵，处茂距战，放之败走，还江陵。
义熙元年正月，南阳太守鲁宗之起义兵袭襄阳，破伪雍州刺史桓蔚。无忌诸军次江陵之马头，振拥帝出营江津。鲁宗之率众于柞溪，破伪武贲中郎温楷，进至纪南。振自击宗之，宗之失利。时蜀军据灵溪，毅率无忌、道规等破冯该军，推锋而前，即平江陵。振见火起，知城已陷，乃与谦等北走。是日，安帝反正。
大赦天下，唯逆党就戮，诏特免桓胤一人。桓亮自豫章，自号镇南将军、湘州刺史。苻宏寇安成、庐陵，刘敬宣遣将讨之，宏走入湘中。二月，桓谦、何澹之、温楷等奔于姚兴。桓振与宏出自涢城，袭破江陵，刘怀肃自云杜伐振等，破之。
广武将军唐兴斩振及伪辅国将军桓珍，毅于临鄣斩伪零陵太守刘叔祖。桓亮、苻宏复出冠湘中，害郡守长吏，檀祗讨宏于湘东，斩之，广武将军郭弥斩亮于益阳，其余拥众假号皆讨平之。诏徙桓胤及诸党与于新安诸郡。
三年，东阳太守殷仲文与永嘉太守骆球谋反，欲建桓胤为嗣，曹靖之、桓石松、卞承之、刘延祖等潜相交结，刘裕以次收斩之，并诛其家属。后桓谦走入蜀，蜀贼谯纵以谦为荆州刺史，使率兵而下，荆楚之众多应之。谦至枝江，荆州刺史刘道规斩之，梁州刺史傅歆又斩桓石绥，桓氏遂灭。
卞范之字敬祖，济阴宛句人也，识悟聪敏，见美于当世。太元中，自丹阳丞为始安太守。桓玄少与之游，及玄为江州，引为长史，委以心膂之任，潜谋密计，莫不决之。后玄将为篡乱，以范之为丹阳尹。范之与殷仲文阴撰策命，进范之为征虏将军、散骑常侍。玄僣位，以范之为侍中，班剑二十人，进号后将军，封临汝县公。其禅诏，即范之文也。
玄既奢侈无度，范之亦盛营馆第。自以佐命元勋，深怀矜伐，以富贵骄人，子弟慠慢，众咸畏嫉之。义军起，范之屯兵于覆舟山西，为刘毅所败，随玄西走，玄又以范之为尚书仆射。玄为刘毅等所败，左右分散，唯范之在侧。玄平，斩于江陵。
殷仲文，南蛮校尉觊之弟也。少有才藻，美容貌。从兄仲堪荐之于会稽王道子，即引为骠骑参军，甚相赏待。俄转谘议参军，后为元显征虏长史。会桓玄与朝廷有隙，玄之姊，仲文之妻，疑而间之，左迁新安太守。仲文于玄虽为姻亲，而素不交密，及闻玄平京师，便弃郡投焉。玄甚悦之，以为谘议参军。时王谧见礼而不亲，卞范之被亲而少礼，而宠遇隆重，兼于王、卞矣。玄将为乱，使总领诏命，以为侍中，领左卫将军。玄九锡，仲文之辞也。
初，玄篡位入宫，其床忽陷，群下失色，仲文曰：“将由圣德深厚，地不能载。”玄大悦。”以佐命亲贵，厚自封崇，舆马器服，穷极绮丽，后房伎妾数十，丝竹不绝音。性贪吝，多纳货贿，家累千金，常若不足。玄为刘裕所败，随玄西走，其珍宝玩好悉藏地中，皆变为土。至巴陵，因奉二后投义军，而为镇军长史，转尚书。
帝初反正，抗表自解曰：“臣闻洪波振壑，川无恬鳞；惊飚拂野，林无静柯。
何者？势弱则受制于巨力，质微则无以自保。于理虽可得而言，于臣实非所敢譬。昔桓玄之代，诚复驱逼者众。至如微臣，罪实深矣，进不能见危授命，亡身殉国；退不能辞粟首阳，拂衣高谢。遂乃宴安昏宠，叨昧伪封，锡文篡事，曾无独固。
名义以之俱沦，情节自兹兼挠，宜其极法，以判忠邪。会镇军将军刘裕匡复社稷，大弘善贷，伫一戮于微命，申三驱于大信，既惠之以首领，又申之以絷维。于时皇舆否隔，天人未泰，用忘进退，是以黾勉从事，自同令人。今宸极反正，唯新告始，宪章既明，品物思旧，臣亦胡颜之厚，可以显居荣次！乞解所职，待罪私门。违离阙庭，乃心慕恋。”诏不许。
仲文因月朔与众至大司马府，府中有老槐树，顾之良久而叹曰：“此树婆娑，无复生意！”仲文素有名望，自谓必当朝政，又谢混之徒畴昔所轻者，并皆比肩，常怏怏不得志。忽迁为东阳太守，意弥不平。刘毅爱才好士，深相礼接，临当之郡，游宴弥日。行至富阳，慨然叹曰：“看此山川形势，当复出一伯符。”何无忌甚慕之。东阳，无忌所统，仲文许当便道修谒，无忌故益饮迟之，令府中命文人殷阐、孔宁子之徒撰义构文，以俟其至。仲文失志恍惚，遂不过府。无忌疑其薄己，大怒，思中伤之。时属慕容超南侵，无忌言于刘裕曰：“桓胤、殷仲文并乃腹心之疾，北虏不足为忧。”义熙三年，又以仲文与骆球等谋反，及其弟南蛮校尉叔文伏诛。仲文时照镜不见其面，数日而遇祸。
仲文善属文，为世所重，谢灵运尝云：“若殷仲文读书半袁豹，则文才不减班固。”言其文多而见书少也。
史臣曰：桓玄纂凶，父之余基。挟奸回之本性，含怒于失职；苞藏其豕心，抗表以称冤。登高以发愤，观衅而动，窃图非望。始则假宠于仲堪，俄而戮殷以逞欲，遂得据全楚之地，驱劲勇之兵，因晋政之陵迟，乘会稽之酗，纵其狙诈之计，扇其陵暴之心，敢率犬羊，称兵内侮。天长丧乱，凶力实繁，逾年之间，奄倾晋祚，自谓法尧禅舜，改物君临，鼎业方隆，卜年惟永。俄而义旗电发，忠勇雷奔，半辰而都邑廓清，逾月而凶渠即戮，更延坠历，复振颓纲。是知神器不可以暗干，天禄不可以妄处者也。夫帝王者，功高宇内，道济含灵，龙宫凤历表其祥，彤云玄石呈其瑞，然后光临大宝，克享鸿名，允彳奚后之心，副乐推之望。
若桓玄之么麽，岂足数哉！适所以干纪乱常，倾宗绝嗣，肇金行之祸难，成宋氏之驱除者乎！
赞曰：灵宝隐贼，世载凶德。信顺未孚，奸回是则。肆逆迁鼎，凭威纵慝。
违天虐人，覆宗殄国。