十一月，玄矫制加其冕十有二旒，建天子旌旗，出警入跸，乘金根车，驾六马，备五时副车，置旄头云罕，乐儛八佾，设钟虡宫县，妃为王后，世子为太子，其女及孙爵命之号皆如旧制。玄乃多斥朝臣为太宰僚佐，又矫诏使王谧兼太保，领司徒，奉皇帝玺禅位于己。又讽帝以禅位告庙，出居永安宫，移晋神主于琅邪庙。
初，玄恐帝不肯为手诏，又虑玺不可得，逼临川王宝请帝自为手诏，因夺取玺。比临轩，玺已久出，玄甚喜。百官到姑孰劝玄僣伪位，玄伪让，朝臣固请，玄乃于城南七里立郊，登坛篡位，以玄牡告天，百僚陪列，而仪注不备，忘称万岁，又不易帝讳。榜为文告天皇后帝云：“晋帝钦若景运，敬顺明命，以命于玄。
夫天工人代，帝王所以兴，匪君莫治，惟德司其元，故承天理物，必由一统。并圣不可以二君，非贤不可以无主，故世换五帝，鼎迁三代。爰暨汉魏，咸归勋烈。
晋自中叶，仍世多故，海西之乱，皇祚殆移，九代廓宁之功，升明黜陟之勋，微禹之德，左衽将及。太元之末，君子道消，积衅基乱。钟于隆安，祸延士庶，理绝人伦。玄虽身在草泽，见弃时班，义情理感，胡能无慨！投袂克清之劳，阿衡拨乱之绩，皆仰凭先德遗爱之利，玄何功焉！属当理运之会，猥集乐推之数，以寡昧之身踵下武之重，膺革泰之始，托王公之上，诚仰藉洪基，德渐有由。夕惕祗怀，罔知攸厝。君位不可以久虚，人神不可以乏飨，是用敢不奉以钦恭大礼，敬简良辰，升坛受禅，告类上帝，以永绥众望，式孚万邦，惟明灵是飨。”乃下书曰：“夫三才相资，天人所以成功，理由一统，贞夫所以司契，帝王之兴，其源深矣。自三五已降，世代参差，虽所由或殊，其归一也。朕皇考宣武王圣德高邈，诞启洪基，景命攸归，理贯自昔。中间屯险，弗克负荷，仰瞻宏业，殆若缀旒。藉否终之运，遇时来之会，用获除奸救溺，拯拔人伦。晋氏以多难荐臻，历数唯既，典章唐虞之准，述遵汉魏之则，用集天禄于朕躬。惟德不敏，辞不获命，稽若令典，遂升坛燎于南郊，受终于文祖。思覃斯庆，愿与亿兆聿兹更始。”于是大赦，改元永始，赐天下爵二级，孝悌力田人三级，鳏寡孤独不能自存者谷人五斛。其赏赐之制，徒设空文，无其实也。初出伪诏，改年为建始，右丞王悠之曰：“建始，赵王伦伪号也。”又改为永始，复是王莽始执权之岁，其兆号不祥，冥符僣逆如此。又下书曰：“夫三恪作宾，有自来矣。爰暨汉魏，咸建疆宇。晋氏钦若历数，禅位于朕躬，宜则是古训，授兹茅土。以南康之平固县奉晋帝为平固王，车旗正朔一如旧典。”迁帝居寻阳，即陈留王处邺宫故事。降永安皇后为零陵君，琅邪王为石阳县公，武陵王遵为彭泽县侯。追尊其父温宣武皇帝，庙称太庙，南康公主为宣皇后。封子升为豫章郡王，叔父云孙放之为宁都县王，豁孙稚玉为临沅县王，豁次子石康为右将军、武陵郡王，秘子蔚为醴陵县王，赠冲太传、宣城郡王，加殊礼，依晋安平王故事，以孙胤袭爵，为吏部尚书，冲次子谦为扬州刺史、新安郡王，谦弟脩为抚军大将军、安成郡王，兄歆临贺县王，祎富阳县王，赠伟侍中、大将军、义兴郡王，以子浚袭爵，为辅国将军，浚弟邈西昌县王。封王谧为武昌公，班剑二十人，卞范之为临汝公，殷仲文为东兴公，冯该为鱼复侯。又降始安郡公为县公，长沙为临湘县公，卢陵为巴丘县公，各千户。
其康乐、武昌、南昌、望蔡、建兴、永脩、观阳皆降封百户，公侯之号如故。又普进诸征镇军号各有差。以相国左长史王绥为中书令。崇桓谦母庾氏为宣城太妃，加殊礼，给以辇乘。号温墓曰永崇陵，置守卫四十人。
玄入建康宫，逆风迅激，旍旗仪饰皆倾偃。及小会于西堂，设妓乐，殿上施绛绫帐，缕黄金为颜，四角作金龙，头衔五色羽葆旒苏，群臣窃相谓曰：“此颇似輀车，亦王莽仙盖之流也。龙角，所谓亢龙有悔者也。”又造金根车，驾六马。是月，玄临听讼观阅囚徒，罪无轻重，多被原放。有干舆乞者，时或恤之。
其好行小惠如此。自以水德，壬辰，腊于祖。改尚书都官郎为贼曹，又增置五校、三将及强弩、积射武卫官。元兴三年，玄之永始二年也，尚书答“春蒐”字误为“春菟”，凡所关署皆被降黜。玄大纲不理，而纠摘纤微，皆此类也。以其妻刘氏为皇后，将修殿宇，乃移入东宫。又开东掖、平昌、广莫及宫殿诸门，皆为三道。更造大辇，容三千人坐，以二百人舁之。性好畋游，以体大不堪乘马，又作徘徊舆，施转关，令回动无滞。既不追尊祖曾，疑其礼义，问于群臣。散骑常侍徐广据晋典宜追立七庙，又敬其父则子悦，位弥高者情理得申，道愈广者纳敬必普也。玄曰：“《礼》云三昭、三穆，与太祖为七，然则太祖必居庙之主也，昭穆皆自下之称，则非逆数可知也。礼，太祖东向，左昭右穆。如晋室之庙，则宣帝在昭穆之列，不得在太祖之位。昭穆既错，太祖无寄，失之远矣。”玄曾祖以上名位不显，故不欲序列，且以王莽九庙见讥于前史，遂以一庙矫之，郊庙斋二日而已。秘书监卞承之曰：“祭不及祖，知楚德之不长也。”又毁晋小庙以广台榭。其庶母蒸尝，靡有定所，忌日见宾客游宴，唯至亡时一哭而已。期服之内，不废音乐。玄出游水门，飘风飞其仪盖。夜，涛水入石头，大桁流坏，杀人甚多。
大风吹朱雀门楼，上层坠地。
玄自篡盗之后，骄奢荒侈，游猎无度，以夜继昼。兄伟葬日，旦哭晚游，或一日之中屡出驰骋。性又急暴，呼召严速，直官咸系马省前，禁内哗杂，无复朝廷之体。于是百姓疲苦，朝野劳瘁，怨怒思乱者十室八九焉。于是刘裕、刘毅、何无忌等共谋兴复。裕等斩桓脩于京口，斩桓弘于广陵，河内太守辛扈兴、弘农太守王元德、振威将军童厚之、竟陵太守刘迈谋为内应。至期，裕遣周安穆报之，而迈惶遽，遂以告玄。玄震骇，即杀扈兴等，安穆驰去得免。封迈重安侯，一宿又杀之。
裕率义军至竹里，玄移还上宫，百僚步从，召侍官皆入止省中。赦扬、豫、徐、兖、青、冀六州，加桓谦征讨都督、假节，以殷仲文代桓脩，遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北距义军。裕等于江乘与战，临阵斩甫之，进至罗落桥，与敷战，复枭其首。玄闻之大惧，乃召诸道术人推算数为厌胜之法，乃问众曰：“朕其败乎？”曹靖之对曰：“神怒人怨，臣实惧焉。”玄曰：“人或可怨，神何为怒？”对曰：“移晋宗庙，飘泊失所，大楚之祭，不及于祖，此其所以怒也。”
玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上诸君子皆以为尧舜之世，臣何敢言！”玄愈忿惧，使桓谦、何澹之屯东陵，卞范之屯覆舟山西，众合二万，以距义军。裕至蒋山，使羸弱贯油帔登山，分张旗帜，数道并前。玄侦侯还云：“裕军四塞，不知多少。”玄益忧惶，遣武卫将军庾颐之配以精卒，副援诸军。于时东北风急，义军放火，烟尘张天，鼓噪之音震骇京邑。刘裕执钺麾而进，谦等诸军一时奔溃。
玄率亲信数千人声言赴战，遂将其子升、兄子浚出南掖门，西至石头，使殷仲文具船，相与南奔。
初，玄在姑孰，将相星屡有变；篡位之夕，月及太白，又入羽林，玄甚恶之。及败走，腹心劝其战，玄不暇答，直以策指天。而经日不得食，左右进以粗饭，咽不能下。升时年数岁，抱玄胸而抚之，玄悲不自胜。
刘裕以武陵王遵摄万机，立行台，总百官。遣刘毅、刘道规蹑玄，诛玄诸兄子及石康兄权、振兄洪等。
玄至寻阳，江州刺史郭昶之给其器用兵力。殷仲文自后至，望见玄舟，旌旗舆服备帝者之仪，叹息曰：“败中复振，故可也。”玄于是逼乘舆西上。桓歆聚党向历阳，宣城内史诸葛长民击破之。玄于道作起居注，叙其距义军之事，自谓经略指授，算无遗策，诸将违节度，以致亏丧，非战之罪。于是不遑与群下谋议，唯耽思诵述，宣示远近。玄至江陵，石康纳之，张幔屋于城南，署置百官，以卞范之为尚书仆射，其余职多用轻资。于是大修舟师，曾未三旬，众且二万，楼船器械甚盛。谓其群党曰：“卿等并清涂翼从朕躬，都下窃位者方应谢罪军门，其观卿等入石头，无异云霄中人也。”