清代满族贵族兴起于关外，入关之前信奉藏传佛教，入关后重视利用儒学治国，对道教虽仍予以保护，但远不及明代那样尊崇。
清初顺治、康熙、雍正3朝为笼络道教，开始对道教重视和利用，依明代旧例，封赠正一真人，令其掌管天下道教。
1651年，第五十二代天师张应京入朝觐见，清顺治帝敕授正一嗣教大真人，掌天下道教事，给一品印。随后，第五十三代天师张洪任入觐，袭封大真人，并敕免本户及龙虎山上清宫各色徭役。
清代康熙皇帝曾命第五十四代天师张继宗进香五岳，祁雨治河，袭封大真人，授给光禄大夫品级。清雍正皇帝笃信禅宗，对道教方术亦感兴趣，认为“道教炼气凝神，与儒家存心养气之旨不悖”。
清代雍正皇帝提倡三教各有所长，缺一不可，故对道教的功用也给予肯定，对天师后嗣张锡麟及龙虎山道士娄近垣优礼有加。
1727年，第五十五代天师张锡麟入觐，清雍正帝依前朝旧例，袭封大真人，授光禄大夫。雍正皇帝晚年多病，曾召龙虎山正一道士娄近垣入宫，设坛礼斗，以符水治病有验。娄近垣因此被封为妙应真人，赐四品龙虎山提点，又拨官银修葺龙虎山宫观，置买香火田数千亩。
娄近垣在清代正一道士中最有学问，撰有《龙虎山志》18卷，文字通达。又撰《阐真篇》，对禅宗及全真道内修法颇有见识，被选入清雍正年间所编的《御选语录》。
清代初年，全真道龙门派宗师王常月应运而出，以振兴道教，恢复祖风自任，传戒弘教，使明代沉寂已久的全真龙门派出现了中兴景象。
王常月，号昆阳子，山西潞安人。少年出家云游四方，参访明师50余人，得龙门派第六代律师赵真嵩之传，成为第七代龙门律师。王常月受师父之嘱托，看准时势，改革旧制，以公开传戒度人出家，整顿教规作为振兴宗门的主要手段。
清军入关时，王常月即从隐居的嵩山北上京师，挂单于北京白云观，被道众推举为方丈。王常月奉旨主讲白云观，登坛说戒，度弟子千余人，一时南北道流纷纷来京受戒。在八方归附的形势下，他的传戒活动也得到了清政府的许可。
1669年，王常月率弟子詹守椿、邵守善等南下，在南京、杭州、湖州、武当山等地立坛说戒，皈依受戒者甚多，龙门教团于是大盛。
王常月著有《碧苑坛经》2卷，又名《龙门心法》，是弟子们整理他在南京碧苑登坛说戒的语录而成。龙门派所传戒法分为初真戒、中极戒、天仙大戒三级，王常月将此三级戒作为实践真功的基础。
王常月羽化后，其弟子继续在东南江折诸省开坛传戒，形成不少龙门支派。清康熙帝敕赠“抱一高士”，命于其墓上建堂塑像，每年都派官致祭。
例如：黄虚堂开创苏州浒墅关太微律院支派，其弟子有孙碧阳；金筑老人盛青涯开创余杭金筑坪天柱观支派，门下有潘牧心、王洞阳、潘天涯等递相嗣传；吕云隐开戒于苏州冠山，门庭颇盛，其弟子吕全阳、鲍三阳、樊初阳、丘寅阳、徐艮阳、钱函阳、孙则阳、归南阳、邵悟真等人，活动于苏州、无锡、湖州一带；陶靖庵开创湖州金盖山纯阳宫云巢支派，门下有陶石庵、徐紫垣、徐隆严等相继嗣传。
清代龙门律宗除王常月门下诸派外，还有与王常月同辈的沈常敬所传派系。沈常敬隐居江苏茅山，门下有孙守一、高守圆等大弟子。
孙守一弟子周太朗，开创栖霞金鼓洞支派，四方从学者达千余人。孙氏另一弟子范太清，住持天台山崇道观，为东南龙门派一大道场。
周太朗再传弟子沈一炳、闵一得，均为清代道教内丹术著名学者。闵一得住持金盖山纯阳宫，撰《金盖心灯》8卷，详记明清龙门派传承历史。又编辑《古书隐楼丛书》，收明清道书28种，多为内丹学著作。
除东南地区外，清初至清乾嘉年间，全国各地，甚至全真道历来影响甚微的东北、西北、西南地区，也都出现龙门派活动的踪迹。
在东北，有辽阳道士郭守真于明末赴马鞍山师事龙门第7代道士李常明，后返归辽东，隐居本溪铁刹山八宝云光洞修道30余年。康熙初年应盛京将军乌库礼之请，住持盛京即沈阳太清宫传戒，受戒者先后达数百人。
在西北，有龙门派第十一代道士刘一明，隐居甘肃金县栖云山修炼多年，往来于兰州，陇上士庶多与之交往。刘精通内丹易学，著有《道书十二种》，流传颇广。在江西有龙门第八代道士徐守诚，隐居西山修炼，门下有谭太智、张太玄、熊太岸等弟子。
在广东有龙门派第十一代道士曾一贯，于康熙年间入罗浮山任冲虚观住持，其徒柯阳桂门下弟子百余人。
在四川有龙门第十代道士陈清觉，于清康熙初年从湖北武当山来到青城山，后住持成都二仙庵，开创龙门碧台丹洞宗。二仙庵与武昌长春观、西安八仙庵并称为天下龙门派大丛林。
在云南鸡足山，还有被称作“龙门西竺心宗”的特殊道派。该派创始人鸡足道者原名野怛婆阇，本为月支国人，自称元末从印度来滇，精通“西竺斗法”，常诵咒不绝。1659年鸡足道者赴北京白云观皈依王常月门下，受龙门戒法，改名黄守中，成为龙门派8代弟子。后归鸡足山，创“龙门西竺心宗”。直至1790年，闵一得游历鸡足山，还曾见到黄守中，并从他受西竺斗法而归。
自明末清初至清代中期，全真道龙门派遍传全国各地，其势力远远超过正一道派及其他全真道派，与佛教“五家七宗”中的临济宗地位相当，故世有“龙门、临济半天下”之说。
自清乾隆时期起，清政府对道教活动的限制日趋严格。清乾隆帝将正一道的组织发展限制在龙虎山，禁止到其他地方传道授箓，又将正一真人的品秩由二品降至五品。清道光时更下令停止正一真人上京朝觐，正一道与执政者的关系被隔绝。
清乾隆以后，道教的地位不断下降，组织发展基本停滞，教理教义毫无创新。但正一道在民间，其活动还在进行，在民众中还是有影响的，并向边远地区和少数民族中传播。
据清康熙年间的1661年统计，全国道士有21286人，约为僧尼总数的五分之一。自清乾隆年间废除僧道度牒制以后，僧道数量增长很快。而且随着清代疆域的开拓，汉族向边疆地区迁移，一些原来很少有道教的地区，如东北、新疆、内蒙古、台湾等地，也陆续建起道教宫观，有道士住持，供奉香火。
据《诸真宗派总簿》所记，正一派、茅山派、清微派、灵宝派、净明派等符箓道派至清末皆传承不绝，尤以正一派、清微派两派分支最多。
此外还有西河派、天山派、奉真武大帝的武当派，以及九宫山派、张玉皇高上派等正一支派。这些道派虽传承不绝，但其学说及修持方法多已相互融合，彼此区别不大。
清代，在道教音乐管理上基本沿袭明代旧制。北京的东岳庙、蟠桃宫、吕祖祠、岳庙、关庙均属神乐观，居乐舞生，平时著道装，蓄发住庙，但可有家室，父子世袭。遇有朝廷盛典，即奉诏入宫参加祭典仪式。演奏的乐曲属宫廷祭典音乐，使用乐器比较多，雄壮宏伟而又不失欢快。
在民间，道教音乐与各地的地方曲调广泛地融合，形成各地不同的道教音乐风格。伴随着道教的世俗化过程，道教音乐走上了多样化、地区化的道路。
[旁注]
藏传佛教 或称藏语系佛教，又称为喇嘛教，是指传入西藏的佛教分支。藏传佛教，与汉传佛教、南传佛教并称佛教三大体系。藏传佛教是以大乘佛教为主，其下又可分成密教与显教传承。虽然藏传佛教中并没有小乘佛教传承，但是说一切有部及经量部对藏传佛教的形成，仍有很深远的影响。
徭役 封建社会强迫平民从事的无偿劳动。包括力役、杂役、军役等。古代，凡国家无偿征调各阶层人民所从事的劳务活动，皆称为徭役，包括力役和兵役两部分。它是国家强加于人民身上的又一沉重负担。起源很早，《礼记·王制》中有关于周代征发徭役的规定。以后历代徭役名目繁多。
羽化 道士修炼到极致，跳出生死轮回、生老病死，是谓羽化成仙。羽化源自古代阴阳学，古人认为，阳气产生于盘古开天辟地，阳清为天，阴浊为地。阴阳比较平均的就演化成了人。因此古人相信通过修炼可以羽化成仙。有道高士去世也被称为羽化。
五家七宗 我国南宗禅各派的总称，又称五派七流。即临济宗、曹洞宗、沩仰宗、云门宗、法眼宗等五家，加上由临济宗分出的黄龙派和杨岐派，合称为七宗。禅宗分为六祖惠能的南宗禅及神秀的北宗禅。此中，北宗禅主张渐悟，不久即衰落；南宗禅主张顿悟，在中唐以后渐兴，成为禅宗主流，而传衍出五家七宗诸派。
神乐观 官署名。明洪武年间的1378年置，属太常寺，掌祭祀天地、神祇及宗高、社稷时乐舞，由提点、知观等官主管。清初沿置，乾隆年间改观为所，知观为知所，后又改所为署，改提点为署正，知所为署丞，属乐部。
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北京白云观一直以《全真正韵》之发源地和正宗而著称。清代初期，受清皇室支持，全真第七代祖师王常月奉旨公开在北京白云观举行传戒的法会。一时之间，全真著名斋醮大家云集北京，登坛演法，全真科仪、经韵等得到全国性的演练与统一。
白云观的道教音乐用的是韵腔，属于全真正韵的《十方韵》。据传，清末白云观主持孟永，为留住过往云游的道家高士，共礼三清，光大白云观，他把道家通用的音乐进行了修订，加入北京地方的特色，把《十方韵》改为《北京韵》后，从此闻名仙林。