入元以后，在执政者的扶持下，道教出现兴盛局面。这种兴盛与隋唐道教相比，主要不是教理教义上的，而是教团组织上的，新老道派呈现合流的趋势，形成了北方以全真道为代表，南方以正一道为中心的格局。
自从全真教丘处机为成吉思汗讲道，被成吉思汗授予主管天下道教的权力后，全真教臻于极盛。
与此同时，为应对全真道的迅速崛起，南方的原龙虎山天师道、茅山上清派、阁皂山灵宝派合并为正一道，尊张天师为正一教主。至此，正式形成了元代道教北有全真派、南有正一派两大派别的格局。
至元年间的1276年，元世祖忽必烈召见南方道教天师张可大的第三十六代天师张宗演，待以客礼，命主领江南道教，赐银印。次年，又醮于长春宫，赐号“演道灵应冲和真人”，给二品银印，命主江南道教事，准许自给牒度人为道士。
张宗演得到元世祖的两次接见，使他获得了不同寻常的头衔和职务。此后，历代正一天师皆被元皇室封为“真人”，命袭掌三山符箓、江南诸路道教事。
首先是天师头衔。元世祖在其制文中称宗演为“嗣汉三十六代天师”，等于以官方名义正式承认了“天师”头衔。
在此之前，张道陵后人虽自称天师，民间也以此相呼，但从未受到官方认可，宋代皇帝仅赐以“先生”号。正式用官方名义承认张道陵子孙为天师始于元世祖忽必烈，也只有元代政府如此做，到后来明代的明太祖即位即取消了天师称号。
其次是主领江南道教的权力。南宋末张可大受命提举三山符箓，权限不及此。元代时张宗演主领江南道教，便与全真道分治南北，成为南方道教诸派中发展最盛，势力范围较广的一个派别，其发展远远超过了茅山宗和阁皂宗。
入元以后，从第三十六代天师张宗演到第四十一代天师张正言，均受元皇室尊崇，封为真人，尊称天师，命掌江南道教，获得了前所未有的殊荣，是龙虎山张天师道获得较大发展的时期。
历代天师受命主管江南道教，不仅江南符箓派的教务受其统领，全真道之在江南者，亦受其统辖。
江南道教各派宫观的赐额，道官、道职的任命，以及道官封号的赐予等，皆须经天师的首肯和转达。这使得历代天师的首领地位日渐巩固，以至到元代中后期，以天师为首领的龙虎宗逐渐形成为南方道教的重心，其余道教符箓派一步步结合到它周围，最后组成一个大的道派正一道。
当时的西域人也积极接受中原道教文化，信仰道教的西域人士也不在少数。清末大学者陈垣有一部著作《元西域人华化考》，其中通过翔实的事例、严谨的考证，论证了元代西域人仰慕汉族文化，信仰汉族宗教的事实，可见我国汉族文化之魅力。陈垣在书中说：
特患其不通中国之文，不读中国之书耳，苟习其文，读其书，鲜有不爱慕华风者。
在接受道教文化的西域人中，马迺贤是重要的一位。据《元西域人华化考》记载，马迺贤不仅喜好道教，并且对道教养生方术推崇备至，甚或有切实的体验。他希望能够通过自己的努力，为社会创造一些福利。
马迺贤的作品中有不少游仙之作，对于神仙境界常常低徊遐想。对于元初高道丘处机更是尤其倾慕，吟咏再三，《京城杂言》云：
丘公神仙流，学道青海东。
扣马谏不杀，嘉辞动天容。
保此一善言，元祚垂无穷。
自注：“太祖纳全真丘处机之一言，国家始终不好杀生。”可谓倾倒之至，由此也足见道教之魅力。
[旁注]
正一道 道教后期两大派之一。是在天师道、龙虎宗长期发展的基础上，以江西龙虎山天师道为首，融合上清、灵宝等符箓道派而形成的一个符箓大派。于元代中后期形成后，一直流传至今。天师道历代天师嗣位，多受朝廷赐号，赏给钱物，扩建宫观。
阁皂宗 为符箓三宗之一。形成于北宋，流传至元明。阁皂宗是灵宝派发展到以阁皂山崇真万寿宫为传播中心时代的别称。它本是灵宝派，但又是灵宝派发展过程中的一个特定历史阶段。至于灵宝派发展到何时，才形成以阁皂山为传播中心的阁皂宗。
龙虎宗 即龙虎山正一宗坛。据说龙虎宗是由张道陵后裔以龙虎山为传播中心的符箓派。龙虎宗在元代获得较大的发展。特别是它的支派玄教发展更盛。至大德年间的1304年，元成宗封三十八代天师张与材为正一教主、主领三山符箓后，龙虎宗合并其他符箓派而为正一道，即进入它发展的另一阶段。
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道教是忽必烈试图从中寻求支持和帮助的一种宗教。忽必烈为道教驰名的法术所吸引，并承认他们对较低阶层群众有吸引力。因此朝廷为建设道观提供资金，并向他们提供佛教已得到的相同豁免和特权。
忽必烈对道教的这种支持是一种信号，被传递给了道教的信徒，使一些道教领袖意识到需要与佛教和蒙古人相容共处，并且首先寻求儒、佛、道三家的和解。道教为忽必烈演习和本教祭礼有关的祭祀和典礼，尤其重要的是皇家祭泰山之礼。