木华黎接受任务之后，便开始了安抚工作。在混乱之际，留守的金朝将领或地方民众纷纷组织武装自保，地方豪强成为各占一方的武装割据势力。木华黎原来在长城以北就从事收降安抚工作，收附了一批契丹、女真、汉人的地方武装首领。现在他再次挥师南下，就更加注意各地的地主武装势力。由于战场广阔，战线过长，而手中军队义有限，木华黎深知他手中的10万军队只能驻在战略要地和用于大的战役行动，不能分散到几千里的广袤战线上去。为了建立长久的统治，收揽大量的治理人才，木华黎采取了成吉思汗“招集豪杰，勘定未下城邑”的建议，凡是归降的汉族地主武装首领，一概让他们依旧管辖原有的地盘；金朝官将则维持原职，或者授以更高职位；对于平民百姓，则按照势力大小授以新职。在蒙强金弱的形势下，越来越多的汉人地主武装首领归向木华黎。
蒙古军队向来嗜杀成性，木华黎挥师南下了，虽然难免还有杀掠，但渐渐也有了许多变化。投降蒙古的汉族大将史天倪进言：“中原一带地方大致攻下，但我军仍奉行抄掠劫杀政策，这不符合王者吊民伐罪的古训。国王要平定中原，恐这种政策难为天下人接受，不利于我军从事。”木华黎认为史天倪说得有道理，于是听从了他的意见，下令禁止掳掠，“敢有剽虏者，以军法从事”，并将掳获的老人幼童等都遣返乡里，以示蒙古军队爱民。1218年，蒙古军队攻下太原，术华黎派遣大将镇守，并令这些将领修葺城市，“不嗜戕杀，恣民耕稼”让市肆照常进行。从此，他的麾下建立了禁止剽掠的新纪律，“军中肃然，吏民大悦”，蒙古迅速在中原地区站稳了脚跟。
变掳掠战争为人主战争，表现出了木华黎杰出的政治才能，也展示出了成吉思汗在用人上的慧眼独具。术华黎的智慧在于他从实际出发，根据战事发展的具体需要，因地制宜、有针对性地制定政治方略，而不是一味地遵守传统的策略。这一政治意图的变化，成吉思汗本人也未能料到。他最初率军侵入中原，只是为了进行经济掠夺，不准备进行长期统治。但木华黎将统治中原作为奋斗目标，说明他具有高出常人的政治胆识和首创精神，也显示了他罕见的气魄与胸怀。收买人心胜于战胜百万雄师，金朝为此深感恐慌。
木华黎的稳扎稳打，步步紧逼，使金国无力以对，只得节节退让，龟缩退守到黄河南岸。金国皇帝依靠山河之险，北沿黄河两千余里，集中兵力于潼关附近，将主力分为四部分。四路守军遥相呼应，凭借地理位置的优势，能进能守，于是形成了蒙金隔黄河对峙的局面。
木华黎一面同金军对峙，一面寻求新的出路。1220年秋，木华黎一面留下大军严防潼关金军，一面亲率少量精锐军队进入山东。蒙军奉行招降政策，刚一进入，金国的山东守将严实就背叛金朝投降于蒙古军，把他所统领的彰德、恩博等州全部献给了木华黎。严实的投降，使蒙古不战而取得大片领土，攻略金国的力量由此大大加强，此外，严实的投降还瓦解了金国的军心，木华黎为了进一步瓦解敌军，拜严实为光禄大夫，行尚书事，吸引金国将领投降蒙古。此后不久，木华黎在黄陵岗歼灭金军10万余人，声威大震，不少金将和地主武装见蒙古强大，又善待投降之人，纷纷投靠蒙古。
为了同木华黎抗衡，金国也加强了对地主武装的招纳政策，这加速北方地主阶级的分化，造成了中原地区数十年的纷争。由于蒙军大力支援各地降蒙武装，在关键时候，木华黎又亲率大军支援，使得降蒙武装能守能攻，进退无忧，很自然地就把蒙军作为强大靠山。而且，木华黎十分尊重地主武装，采用汉人的传统政策，任用一些汉族知识分子从事恢复经济和社会工作，从而稳定了被占地区，使这些地域内的政治、经济得到了一定程度的发展。相反，降附的金国地主武装既没有金军主力的支援，又缺乏金廷的调度和节制，基本上是孤军奋战，无法实现彼此间的通力合作，且内部矛盾重重，摩擦不断，金国逐渐在这场斗争中处于了下风。
在/华黎的进攻下，金的州县地方政权普遍瓦解。1218年，平阳失守后，金在黄河以北不再设置统一的军政机构。金廷听说木华黎以太原为中心，“为久驻之基”，便采取向地方将领和豪强地主授予高衔的措施，支持他们各保一方“统众守土”、恢复失地。为了扭转战局，金国行动迅速，在一个月之间封九个地方地主为“公”，且都兼任地方宜抚使。为了使这些豪强地主能够忠于朝廷，金国赐给他们“宣力忠臣”的称号，并明确表示除已划定所管州县外，如果能收复邻近州县，也归他们管属，鼓励他们进攻蒙军。但是，金国册封的这些“公”实力有限，彼此叉互相不统摄，在同蒙古方面周旋一阵以后，不是被蒙军执杀，就是向蒙军投降。在这些人中，金国最为器重的是实力最强的武仙，并让他镇守重镇真定。蒙军集中力量争夺真定，双方经过反复争夺，武仙依据蒙金双方的实力变化而骑墙不定，他先投降蒙古，又投降金国，最后在蒙古军队讨伐下，不得不逃奔汴京，放弃守地。
远在西征前线的成吉思汗时时关注着中原战局的发展，并派信使和术华黎随时保持着联系。成吉思汗对木华黎所取得的巨大战绩深表赞赏和认同，木华黎派遣使者向成吉思汗报捷，木华黎唯恐自己的势力增大，成吉思汗会有疑心，特别嘱咐使者询问：“木华黎请求停止进军，是不是等大汗回国再歼灭敌军？”成吉思汗斩钉截铁地降旨，让木华黎没有攻下其他城堡时就别下马。使者回去后，木华黎向使者问道：“当你到大汗处报告我的话时，他做什么？”使者说：“他命令将军继续进军，并掰了掰手指。”木华黎问道：“他还说了些什么？”使者说：“他掰手指时，在数他的大将，他把您和博尔忽、博尔术、忽必来、哈剌察儿、赤老温、哲别、者台、巴歹还有乞失里黑等10个比做他的手指，成吉思汗说他们是朕的助手，是朕的能干的、尽心竭力的奴仆，是朕的快马，朕的神箭手，朕的拴到马鞍上的猎狗。”木华黎听后知道成吉思汗对自己十分信任，深感大汗的知遇之恩，立刻大声地说：“我会誓死忠于他！”
在木华黎的接连打击下，金国难以立足，被迫求和。金国害怕木华黎，于是派使者怀揣图书到两征前线，绕过木华黎直接去向成吉思汗求和。成吉思汗问金使：“我的太师可知道了这件事？”金国使臣不敢欺骗，如实回答，成吉思汗大怒道：“我率军西征，中原事宜完全由太师处理，你们快去问太师去吧。”木华黎知道成吉思汗的愿望是灭亡金国，现在对金作战已取得巨大军事成果，于是拒绝了金朝的求和要求。过了一年，金朝皇帝义派使者远赴西域求和，成吉思汗说：“念汝远来，须割地与我太师，令汝王为河南王，归于太师节制，如何？”这一条件十分苛刻，完全是侮辱金国，抬高木华黎，金国最终拒绝。
1222年冬季，趁着天寒地冻，黄河水面结冰，木华黎率领大军渡过黄河，进入陕西，接连攻克同州、蒲城，然后直抵京兆府城下。京兆府就是今天的西安，古称长安，宋称京兆，位于渭河平原中部，为历史悠久的古城。金朝守将完颜合答坚壁清野，在城周围50里之内不留一人一畜，并在主干道上遍设障碍物，阻扰蒙古骑兵行动。京兆府历经数百年历史，城墙高大坚固，城上防守严密，完颜合答紧闭城门，死守不出，蒙古军队几次强攻不能得手。此时正当严寒酷冻，蒙古大军驻扎在荒原野地上，马少草料，人缺食品。木华黎攻城不下，心急如焚，便领着众将，到周围山坡上侦察地形，不想赶上风暴，大雪堵塞道路，马匹冻伤，历经数天才赶回军营。
此后木华黎竟发起烧来。起初木华黎自恃身体强健，不以为意，没想到接连数周病情竟不断加重。主将生病，军心必定动摇，木华黎命令将士严格封锁消息，悄悄撤军。第二年初春，木华黎率军渡过黄河东返，至山西闻喜县，病重而亡。
木华黎打下了灭亡金国的基础，为蒙古入主巾原立下了汗马功劳。白他开始执行的拉拢汉族地主、恢复发展生产的政策，为后继者所承袭，开创了蒙古统治者进入中原后采用“汉法”的先例。成吉思汗知人善任，任用木华黎这样的杰出将领，以权皇帝之名，行皇帝之实，历史上极为罕见，彰显一代天骄的博大胸怀。
木华黎临死前，派人向成吉思汗禀报消息，请他赶快安排人选，征服中原大业不可一日无主将。他还向成吉思汗请罪说：“我追随大汗征战四十年，没有什么遗恨，只恨汴京至今还没有攻下！”小华黎死后，成吉思汗极为伤心，他命令木华黎的儿子孛鲁袭为国王，继承他的未竟事业，继续攻金。
攻打金国的同时，成吉思汗在西部遇到了一个强劲的对手——花剌子模。花剌子模是当时统治中亚地区的大帝国，疆域辽阔，包括哈萨克斯坦、斯坦乌兹别克斯坦、土库曼斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦、阿富汗和伊朗的部分地区，对蒙古西部构成了极大的威胁。亚欧大陆腹地，它是唯一一个能与蒙古帝国比斤两的国家。俗话说，“天无二日，山无二虎”，成吉思汗把刀锋指向了他的竞争者。阿拉乌定·摩诃末是西域强国花剌子模的君主，也堪称是一个不世英雄。他继承父业，四处征伐，成了中亚最强大的统治者。当他势力蒸蒸日上之时，成吉思汗也完成了蒙古的统一，正在积极向四方推进。
攻占中都后，成吉思汗曾在那里作了短暂停留，度过寒冬。其间，摩诃末为了解蒙古征服金国后的真实情况，派遣以巴哈·阿丁·吉刺为首的使节晋见成吉思汗。成吉思汗很早就注意了帝国西部的这个大国，密切关注着它的一举一动。成吉思汗想与花剌子模保持良好的关系，于是盛情款待了使团，并表示：蒙古为东方的统治者，花剌子模为西方的统治者，双方保持和平友好的关系，互不侵扰，并表示要与花刺子模通商。为了表示友好，成吉思汗派使者和商队回访了花剌子模国。摩诃末在布哈拉接见了蒙古使者，同意成吉思汗的提议，双方缔结了和平通商协定。
然而好景不长，双方不断发生误解和冲突。首先是哲别受命消灭西辽时，花剌子模抢先占领了讹答刺等大片领地，挑起了两国间的领土纠纷。不久，边界纠纷和武装冲突不断加剧，速不台消灭蔑儿乞部的残余势力，胜利回师时，遭到花刺子模军队的追击，蒙古军队不敌，一直后退。速不台知道蒙古与花剌子模订有条约，一再对花刺子模退让，他还派遣使者劝说花剌子模国王，希望双方不要交锋。但摩诃末不听劝告，仍然进军攻击蒙古军队，挑起武装冲突。速不台设下伏兵，大败花刺子模军队，摩诃末都险些被蒙古军队俘虏。回国之后，速不台将此事禀报给成吉思汗，成吉思汗大大表扬了他一番，并加强了对花剌子模的戒备。
一波未平，一波又起，紧接着发生的蒙古商队被害事件使成吉思汗再也不能忍受了。
1218年，成吉思汗派一个450人的商队到花剌子模进行贸易。商队到达花剌子模的边城讹答剌时，其守将亦纳勒出黑因为商队没有尊称他“海儿汗”而大发雷霆，他没收了商队的财物，把450人全部逮捕，并向摩诃末汇报说，他们是成吉思汗派来的间谍。摩诃末对成吉思汗本来就疑心重重，加上亦纳勒出黑添油加醋，便更加担心。他命令将商人全部处死，只留下一人作为活口，故意让他回国通风报信，向成吉思汗报告商队的被害经过，故意挑衅成吉思汗。成吉思汗发怒了，《史集》中这样描述他发怒的情景：他愤怒地独自登上山头，把腰带搭在脖子上，光着头，将脸贴在地上。他祈祷、哭泣了三天三夜，对主说道：“伟大的主啊！大食人和突厥人的创造者啊！我不是挑起这次战乱的肇祸者。请佑助我，赐我认真复仇的力量吧！”然后他感到了吉祥的征兆，便精神抖擞、愉快地从那里走了下来，坚定地决定将作战所需的一切事情布置起来！
成吉思汗非常愤怒，好心派出商队，却遭到对方的侮辱，他发誓要为死者报仇。但成吉思汗仍然保持着理性的头脑，他不希望双方闹翻，希望双方能够通过和平的方式解决争端，继续保持友好的关系。于是，成吉思汗派出巴合剌等3名使者前往花剌子模，交涉这件事情。巴合剌对摩诃末国王说“君前与我国约好，保证不虐待我国任何商人，今遽违约，枉为一国之主。如果讹答剌城虐杀商人之事，不是你的命令，请将他交给我国，由我们进行惩罚，否则就是对我国的宣战。”摩诃末狂妄自大，不但不追究守将的责任，还杀害了巴合剌，将另外两名副使的胡子剃光赶回。胡子是蒙古人尊严的象征，剃掉使臣胡子无疑是对蒙古尊严的侮辱，摩诃末采用这种方式，表达对成吉思汗的蔑视。
由于摩诃末背信弃义地违背了他亲口答应缔结的和约，蛮横地屠杀蒙古国派往该国进行和平贸易的商队，杀害、侮辱前往交涉的蒙古国使臣，严重侵犯了蒙古国的主权，侮辱了全体蒙古人的尊严，成吉思汗遂动员全体蒙古国人，组成蒙古大军，发动了两征花剌子模国的复仇战争。
成吉思汗对花刺子模的出征并非一时意气，而是有着独特的背景，也是成吉思汗对自己的大汗的威严的维护。
成吉思汗进行征服战争的根本目的，是为了掠夺财富。因此，有人说成吉思汗是一个贪得无厌、欲壑难填的人。中亚的一部史书中还绘声绘色地记载了成吉思汗的一段自白，把他所说的人生最大快乐奠过于“粉碎敌人，追击他们，没收他们的财产，看到他们的亲人在流泪，把他们的妻子和女儿搂在自己怀里”作为成吉思汗贪得无厌的证据。如果单凭此话判断，成吉思汗就是一个被无限的物欲与肉欲驱动的贪婪之人。然而，事实则并非如此。
在西征前，成吉思汗一直想同花刺子模保持和平相处的关系，同穆斯林世界进行贸易沟通。但是花剌子模的一再挑衅，终于激怒了成吉思汗。
成吉思汗非常重视政治关系的光明正大，非常看重对联盟和条约的忠实态度。对于花剌子模屠杀蒙古商人、杀害蒙古使臣，拒绝进行任何解释的行为感到异常愤怒。他心头的怒火熊熊燃烧起来，发誓要对花剌子模帝国进行残酷的报复。此时，维护信仰和恪守诺言、遵守贸易协定的是他成吉思汗，而以野蛮的态度对待他人的是那些突厥一波斯一伊斯兰文化的花剌子模，敌对的形势已无可挽回，武力解决问题的大计已定。