第一、十四岁少年的政治手腕
明后迭次建国于南方，适与世祖一朝，相为起讫。明虽数尽，清所假以驱除者，不能专恃八旗，旗军人数固不足，且尽用旗人敌汉，亦于招徕之道隔膜。故除用故明文臣任招抚外，亦用明旧帅旧军与旅距未服者，以声气相呼召，此吴三桂等诸藩之所以拥众难散也。清所倚以平定南方常为先驱者，盖有四藩。吴三桂独专亡明之功，由其手逼取永历帝于缅甸以归，有代沐氏世镇云南之意，封之为平西王，为最强之藩。耿仲明之孙精忠，袭封靖南王，及平南王尚可喜之子之信，更有定南王孔有德，虽已于顺治间为明所攻，城陷而死，然部曲犹与三藩相呼应，此为开国以来不易消之巨患。世祖未壮而崩，亲政以后，不过十年，既于明代厉民之政痛与革除，复能以笼络士大夫洗刷关外伧荒，适成一除旧布新气象。既遭短折，圣祖以八岁嗣位，又落于辅政诸臣之手。以开创大业成于两代冲龄之主，当时柄国之亲贵，唯以定国为务，不知觊觎天位，是亦孟子所谓“社稷之臣，以安社稷为悦”。明初两世有亲藩之祸，清初两世得亲贵之力，新开化之种族，淳朴有甚于汉人，此亦其不可轻量者。
世祖以顺治十八年正月初七日丁巳夜子刻崩，《史稿》误会夜子时，系于丙辰（此亦《史稿》应改正之一点）。初八戊午颁遗诏，初九己未即位，改元康熙。此遗诏颇由世祖太后主持，以辅政大臣同意发布，于世祖之过举胪列无遗，引为己罪者十四事。其中以子道未终，永违太后膝下为两款，此名分之引罪。而首列渐习汉俗，于祖宗淳朴旧制日有更张为一款。又宗室诸王友爱未周为一款。满洲世臣不能专任，部院印信亦令汉宫掌管为一款。求不得罪于实力所在之满臣，用意甚切。而辅政亦满臣。其以入关以来，接近汉臣为憾，盖非一日，此可见在廷之有意见。而其实世祖为己过之事而引罪，圣祖亦并未因遗诏之故而疏远汉臣。是敷衍满臣自有不得已，而宥密之地自有权衡，亦不至真为满臣所把持。
此亦英明之见端，与清末之反为亲贵所挟而致亡，正有天渊之别。至见贤未能尽举，见不善未能尽退两款，虽系门面语，中有事实，亦见诚恳。厚己薄人，糜费不节两款；御朝绝少，上下否塞一款；自恃聪明，不能纳谏一款；知过未改一款，亦非政治有甘苦者不能言。而于端敬皇后即董鄂妃之丧逾滥不经一款，为世祖生时所不肯言。设立内十三衙门，与明同弊，亦不似生时爱幸吴良辅情状。《东华录》言遗诏由王熙、麻勒吉二学士所草，世祖谕令奏知皇太后宣示。而王熙自著《年谱》，叙此时又深明其有秘密不敢直言。则遗诏直由太后所改定，未必世祖临崩前所见之原草也。说详余《世祖出家考实》，不重录。两事中端敬丧之逾制，不过认已往之过，而废止十三衙门，为清一代突过往古历朝之善制。生时立此衙门，未为独有之失德，遗诏废此衙门，则真能以明为鉴，在历史为非常之举也。
废内十三衙门，处斩内监吴良辅，《清史稿》《世祖》《圣祖》两纪互相矛盾。《世祖纪》：顺治十五年三月甲辰，书：“良辅受贿伏诛。”《圣祖纪》：顺治十八年二月乙未，书：“诛有罪内监吴良辅。”其实两俱有误。《东华录》于前一月日，书良辅贿案发觉，结之云：“良辅寻伏诛。”《史稿》忽其“寻”字，于后一月日，书谕旨废十三衙门。中有“良辅已经处斩”一语，亦未必斩于是日。唯世祖崩前五日，已书不豫，而尚亲幸法源寺为良辅祝发。知斩良辅决非世祖崩前之事，已见前。史文之待订者往往类是，幸而史料具在，可以考确，否则又成疑窦，此不独《清史稿》为然也。
圣祖初年之辅政，为索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人，皆非宗室。受命后以非从来成例，跪请诸王、贝勒共任，诸王、贝勒以遗命不敢违，乃奏知皇太后，誓告于皇天上帝及大行灵前，中有“不私往来诸王贝勒等府，受其馈遗”之语。是亦以太后为中心，遗诏为根据，惩于前次摄政之太专，以异姓旧臣当大任，而亲王贝勒监之，其用意可见也。然事权所在，必有积重。辅政四人中，忠梗者居其二，有一专横之鳌拜，即有一缄口不语之遏必隆。康熙初仍有辅政跋扈之事。至八年五月，圣祖亲政。辅政时于国家本计，民生要务，亦无大影响。其资望最高之索尼，于康熙六年六月先卒。卒之前，因鳌拜专擅，于三月内请圣祖早亲政，而未即行。至七月己酉。始行亲政礼，然鳌拜横暴犹昔。自索尼卒，鳌拜不循遗诏中原次，自居辅臣之首。
先是，鳌拜以己隶镶黄旗，国初圈地，镶黄旗屯庄在保定、河间、涿州之地，嫌其瘠薄，令以正白旗所圈之蓟、遵化、迁安诸州县分地相易，正白旗地不足，别圈民地补之。令下，所涉州县旗民俱大扰，耕耨尽废。大学士兼管户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联俱力争之。辅臣中唯苏克萨哈隶正白旗，不赞圈换之议，余均徇鳌拜议。尚书、督抚坐迟误阻挠论死，苏克萨哈不对，鳌拜卒矫诏并予弃市，事在五年十二月。明年圣祖亲政，苏克萨哈请守先帝陵，罢辅臣任。鳌拜与其党大学士班布尔善等谓苏克萨哈不欲归政，论以大逆，与其长子俱磔死，余子孙俱斩决，籍其家，并斩及其族人白尔赫图等。奏入，圣祖不许，鳖拜攘臂上前。强争累日，卒坐苏克萨哈后，余悉如议。又前后杀大臣不附己者。与弟侄及同党相比，至请申禁言官，不得上书陈奏。八年五月，乃诏逮鳌拜廷鞫，褫职籍没，与其子那摩佛俱禁锢之，弟侄及同党多坐死。及鳌拜死于禁所，乃释那摩佛。后圣祖晚年，念鳌拜战功多，赐一等男爵，以其后袭。世宗朝并复其一等公爵，世袭罔替，加封号曰超武。乾隆间，复降为一等男世袭。
圣祖初年辅政四臣事实及鳌拜罪状，据官书，鳌拜罪亦终不掩功。而世传圣祖逮鳌拜时，恐其不胜，至谲以取之，具见满人纪载。《史稿》亦录入《本纪》云：“八年五月戊申，诏逮辅臣鳌拜交廷鞫。上久悉鳌拜专横，特虑其多力难制，乃选侍卫拜唐阿年少有力者，为扑击之戏。是日鳌拜入见，即令侍卫等掊而絷之。于是有善扑营之制，以近臣领之。”云云。观上虽亲政，鳌拜攘臂上前，必行其意，竟无如之何，则帝之威令有不行，至以术取乃定。是亦见圣祖童年，早能不动声息，以销肘腋之患。而辅政之始末，亦清初一重事，不可不稍详也。
四辅臣时，有复行明季加派之失，数月即罢，未为永害，要亦辅政时之阙失。《史稿·四辅臣传》论云：“四辅臣当国时，改世祖之政，必举太祖、太宗以为辞。然世祖罢明季三饷，四辅臣时复征练饷，并令并入地丁考成。此非太祖、太宗旧制然也，则又将何辞？”考此事纪传志皆不见，独见此于传论，意谓事非经久，可不特书，附著一语，亦文省事增例也。然清以不加赋为特长，非明著此变，恐成疑议。考《东华录》：顺治十八年八月甲寅，户部遵旨议覆：“查明季加增练饷，并无旧案，止有遗单一纸，每亩派征一分，直隶等十三省，共计五百七十七万一千余顷，每亩一分派征，计征银五百余万两。请敕该抚于十八年为始，限三月征完解部。至云贵系新辟地方，无旧案可查，敕该抚于见征田地内，照数征派，汇册到部。”得旨如议速行。是年十二月己未，左都御史魏裔介奏请停止。辛酉谕户部：“除顺治十八年已派外，康熙元年通行停止，尔部作速刊示，遍行晓谕，使小民咸知。”
鳌拜既逮治，圈地事停，诸被诬者皆复，或予谥恤。于是举经筵，置日讲官，改内三院大学士衔为殿阁大学土，复翰林院，用儒臣编纂经义，凡辅政时所不足于世祖朝之渐染汉俗者，次第复旧。十二年五月，待臣请以夏至辍讲，圣祖特谕：“学问之道，宜无间断，其勿辍。”视朝讲学，纳谏求言，悉用前代盛明故事。接见士大夫之日多，士大夫浸浸向治，而撤藩之议起。
第二、三藩之乱
南明既亡，天下绝望，谓清业可定矣。实则必危必乱之症结，其不易拔除，较之取胜于末运之朝，伸威于稔恶之寇，其难不啻倍蓰。天下初定，骄悍之武夫，反侧之凶盗，以击斗为专业，不乐归农者，屯结不散，戴一渠魁，为延其生命之计，此渠魁即今所谓军阀。清初武力，自有根柢，但用汉人号召汉族，招降纳叛，事半功倍。大势既定，则解散编制，必有一番扰乱。其所以毅然措手，不稍迟回者，亦正恃有有根柢之武力在也。其时屯结之众，统名三藩。三藩之实力，以吴三桂为首。三桂既以兵通缅甸，缚献明永历帝以自效，朝廷先撤旗兵北归，亦所以示放牛归马，将与天下更始。虽其报功之典，不能不用前明沐氏镇滇之体制相待，然逐渐裁兵，则与爵位并非一事。三桂为延长兵事计，一攻广西之陇纳山蛮，再平贵州之水西、乌撒两土司，以武功震耀于朝廷，而实厚自封殖。朝廷议裁绿营，三桂亦听命，于康熙四年奏裁云南绿旗兵五千有奇。则以绿旗为明之经制旧军，而其先所挟藩属甚众，又广收逋寇以益之，盖裁老弱而实已增精锐也。
陇纳山蛮与水西土司，用兵一在二年，一在三年，非一地，非一事。《史稿》未明清修《贰臣传》文义。水西设治，以比喇为平远，盖平远治在水西之比喇坝也。史馆不考事实，遽改比喇为陇纳。此需订正。又《三桂传》所增事实，有不尽可信者，别见下。至如称三桂为江南高邮人，籍辽东。当有所据，俟再考证。
三桂藩属，于顺治十七年三月癸亥，定平西、靖南二藩兵制时，已有佐领五十三。一佐领计有甲士二百，而丁数五倍之，计五丁出一甲，是有壮丁五万余也。分左右两都统，虽用清制，然统将皆所部署，皆其死党。是年七月戊午，又有旨如三桂请，以投诚兵分忠勇、义勇各五营，营各千二百人，统以由自成军投明，由明复投三桂之剧盗马宝等十将，皆为总兵。十月复请设云南援剿四镇总兵官，以四川、湖广本任之统兵大员为之。更树死党于云、贵两省之外，贵州自由三桂兼辖，两省督抚咸受节制，用人则吏、兵二部不得掣肘，用财则户部不得稽迟，所除授号曰西选。三桂之爵，进为亲王。据五华山永历帝故宫为藩府，增华崇丽。
籍沐天波庄田七百顷为藩庄。广征关市，榷盐井、金矿、铜山诸利，一切自擅。通使达赖喇嘛，互市北胜州，辽东之参，四川之黄连、附子，遣官就运转鬻收其直，富贾领其财为权子母，谓之藩本。厚饵士大夫之无籍者，择诸将子弟四方宾客肄武事，材技幅辏，朝臣一指摘，抗辞辩诘，朝廷辄为谴言者以慰之。尚、耿二藩始并封粤，耿藩旋移闽。三藩鼎踞南服，糜饷岁需二千余万，近省挽输不给，仰诸江南，绌则连章入告，既赢不复请稽核，耗天下之半。三桂专制滇中十余年，日练士马，利器械，水陆冲要，遍置私人，各省提镇，多其心腹。子应熊，尚世祖妹和硕长公主，朝政纤悉，旦夕飞报。此未撤藩前所有不可终日之势也。
西选之说，相传吴三桂所除授之官，各省皆有，每出一缺，部选者到任，往往遇西选者先到，则折回。魏源《圣武记》亦言：“西选之宫遍天下。”此恐传之太过。在云贵两省则必有是事，遍天下之说或非也。当时敢于论三桂者，不过三人，多得罪去。御史杨素蕴所论，专指三桂用人授官一事，疏言：“三桂以分巡上湖南道胡允等十员题补云南各道，并奉差部员亦在其内，深足骇异。”又言：“三桂疏称：‘求于滇省，既苦索骏之无良；求于远方，又恐叱驭之不速。’则湖南、四川，去滇犹近，若京师、山东、江南，距滇不下万里，不知其所谓远者将更在何方？皇上特假便宜，不过许其就近调补耳，若尽天下之官，不分内外，不论远近，皆可择而取之，则何如归其权于吏部铨授，为名正而言顺？纵或云贵新经开辟，料理乏人，诸臣才品，为藩臣所素知，亦宜请旨令吏部签补，乃径行拟用，不亦轻朝廷而亵国体平？”据此则当时所论三桂任官之不法，亦不过谓所辖云贵省内缺官，任意指调他省及京朝之员充补，非他省缺官，三桂辄以遣员来补也。杨《疏》在顺治十七年，虽其后三桂跋扈尚久，然天下之官有缺，何由报知滇省，而得据为选授之柄，终觉于理不近也。
康熙十二年三月，平南王尚可喜首请归老辽东，以子之信留镇粤，自率两佐领之众，及藩属孤寡老幼自随。时尚、耿二藩各有十五佐领，及绿旗兵六七千，丁口二万。部议：尽移所部随可喜归辽东。将行，而三桂、精忠以七月间先后请撤藩，以探朝旨。朝议不敢决允，唯尚书莫洛等数人独言宜撤，命议政王贝勒大臣会核，仍不敢决。圣祖特旨允二藩请，悉移辽东。分遣部院大臣入滇、粤、闽奖谕，并经理撤藩事。侍郎折尔肯、学士傅达礼至滇，三桂遂以十一月二十一日杀云南巡抚朱国治反。折尔肯等被留，贵州巡抚、总兵以下皆降，云贵总督甘文焜驻贵阳，闻变出走，为所属叛将围之，自刎死。