十二月京师闻变，召还闽、粤所遣部臣，停撤尚、耿二藩。三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，以明年甲寅为周王元年。时天下岌岌，京师亦有称朱三太子谋放火举事者，未及期，为同党所首，获数百人，首事者遁去，勘问以为奸民杨起隆所为，非真朱三太子，而朱三太子之名则自此遍中于人心。盖自南明之亡，思明者无所系属，乃始传言明崇祯帝尚有第三子在人间，欲戴以起事者虽未辨真伪，然历数十年而卒获朱三太子其人，杀之而后心安焉。其有举动则始于是。朝命削三桂爵，以顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，讨之，执三桂子额驸应熊下之狱。孔有德部众尚在广西，加其婿孙延龄抚蛮将军，其故将线国安为都统，命镇广西，以恩结之。
明年春正月，三桂陷沅州，偏沅巡抚驻长沙，闻风已弃城遁，总兵吴之茂以四川叛应三桂，巡抚、提督皆降，四川尽陷。夷陵总兵徐治都赴援，退守防地。二月，三桂连陷湖南诸郡，直至岳州，湖南又尽陷。孙延龄亦以广西叛。三月，耿精忠反，执福建总督范承谟幽之，巡抚降。襄阳总兵杨来嘉以谷城叛。先是，湖南、四川皆三桂分布党羽，设援剿诸镇地，至是响应甚速。四月，诏以分调禁旅遣将分防情形寄示平南王尚可喜，以笼络之，盖四藩中孔有德旧部亦已变，独尚藩未动，可喜年老，决无意发难，将留此为南方一屏蔽。而是月则诛三桂子应熊，并孙世霖，削孙延龄、耿精忠职爵，示无所瞻顾。三桂闻应熊诛，惊曰：“上少年乃能是！”初仓卒起事，天下以三桂剿绝明后，无可假借之名义，僭号为周，人心非所属。三桂至澧州，意颇前却，至是推食而起曰：“事决矣。”耿藩既变，浙东响应，精忠既遣其将马九玉、曾养性入浙，又遣白显忠犯江西，所至土匪蜂应，江西尤甚。八旗劲旅与相持于中原，迭有胜败，未能速进。朝廷通使于达赖喇嘛，欲借其力，号召信仰黄教之青海、蒙古，由西边攻川、滇之西，发诏川、滇、黔诸省供应军食，盖以从乱之地饵蒙古军。诏书刊十三年八月初三日，此诏不见《东华录》，亦不见《史稿》叙其事日，盖亦纷乱之拙计。其后达赖喇嘛并不出蒙军，反以割地连和为请，朝议却之。诏书见存北京大学史料室，可见当时应付之不易。是时赴浙应敌者，以康亲王杰书为奉命大将军，赴粤者以安亲王岳乐为定远平寇大将军，防守陕西者，以尚书加大学士衔莫洛为经略。至十二月，陕西提督王辅臣又叛，经略莫洛死之。十四年二月，进陷兰州。自此为三桂兵力所极。广西则叛将马雄时时窥广东，尚可喜老病不能军，子之信劫其父降三桂。于是诸藩之毒尽发。甘肃尚存张勇、王进宝诸将，能与相持，中原则旗军督率地方文武渐有收复，为三藩祸既炽而地域有所限制，可与言恢复时矣。
十五年五月，抚远大将军图海败王辅臣于平凉，辅臣降，诏复其官，授靖寇将军，立功自效，诸将弁皆原之，以此鼓叛者来归之气。时官兵各路皆捷，诸藩势日蹙。十月，杰书师次延平，耿藩将耿继美以城降，精忠遣子显祚献自铸印乞降。精忠盖亦效三桂所为，称“总统兵马大将军”，蓄发易衣冠，铸“裕民通宝”钱。至是，献其印降。杰书入福州疏闻，命复其爵，从征海寇自效。盖时郑成功子经尚据台湾，是时入闽、浙，不问清军、耿军守地，乘乱略取，陷漳州，海澄公黄芳度殉。亦逼建昌，耿藩守将耿继善遁。朝廷因敕杰书速进，乘机下福州。十二月，尚之信使人诣简亲王喇布军前乞降，且乞师，愿立功赎罪。诏赦其罪，且加恩优叙。孙延龄为三桂将吴世琮所杀，踞桂林。十六年三月，以莽依图为镇南将军，赴广州。四月至南安。叛将严自明以城降，遂克南雄，入韶州。
五月己卯，之信出降，命复其爵，随大军讨贼。十七年，于时三桂已起事阅六年，自称为周五年之三月朔，以地日蹙，援日寡，思建号以系从乱者封拜之望，用群下劝进，称帝，改元昭武，以所在衡州为定天府，置百官，大封诸将，国公、郡公、侯、伯有差。颁新历，举云、贵、川、湖乡试，号所居曰殿，瓦不及易黄，以漆髹之，构芦舍万间为朝房。筑坛衡山，行郊天即位礼。是时年六十七，老病噎，八月又病痢，噤不能语，召孙世璠于滇，未至而死。世璠抵贵阳，其下即拥嗣称帝，改号洪化。当是时，巨魁既死，孤雏继业，其下骁悍敢死之夫犹能奉以周旋。清军闻三桂死，锐气自倍，然与世璠军战，犹迭有进退，其强悍固结不易解散可知。三桂所用水师将领林兴珠，先已降，朝廷封以侯爵，资其习水之用，乃收洞庭之险，急攻湖南。将军莽依图等徇广西，吴世琮走死。
西军则张勇所用赵良栋，自略阳破阳平关，克成都，王进宝自凤县破武关，取汉中，进克保宁、顺庆。鄂边将军吴丹、提督徐治都自巫山克夔州、重庆。湖南大军贝勒察尼等迭取各郡县，三桂所都衡州亦下。于十九年春，在湘之藩下诸将均归贵阳就世璠，世璠令再扰川南，降将谭弘复叛，夔州再陷。朝命罢吴丹。以赵良栋尽护四川诸军，与定远平寇大将军彰泰由湖南，平南大将军赉塔由广西，分三道入云南。十月，彰泰克镇远，薄贵阳，世璠与其将吴应麒等奔还云南。二十年正月，赉塔与彰泰两军会于云南之嵩明州。二月，进攻云南省城，并收云南各郡县，世璠拒守久不下。九月，赵良栋军亦渡金沙江来会，良栋议断昆明湖水道，速攻之。十月二十八日戊申，世璠自杀，次日，其将线率众降，戮世璠尸，传首京师，所署将吏悉降。十二月丁酉，遣官行祭告礼。己亥，宣捷受贺。先是群臣请上尊号，不许。癸卯，乃上太皇太后、皇太后两宫徽号，颁恩诏，赦天下。
三桂起事之年，圣祖年方冠。撤藩议起，事由尚可喜请归老而由其子代镇，非请撤也。部议遽以撤藩覆允，朝议两歧，英主独断，实己定于此时。尚藩不求撤而已撤，吴、耿乃不自安，求撤以相尝试，一旦尽允之。当日情事，于二十年十二月，群臣以大憝既除，请上尊号，圣祖召议政王大臣、大学士、九卿詹事科道等官，谕曰：“曩者平南王尚可喜奏请回籍，朕与阁臣面议，图海言断不可迁移。朕以三藩俱握兵柄，恐日久滋变，驯致不测，故决意撤回。吴三桂反叛，八年之间。兵民交困，倘复再延数年，百姓不几疲敝耶？忆尔时，唯有莫洛、米斯翰、明珠、苏拜、塞克德等言应迁移，其余并未言迁移必致反叛，议事之人至今尚多。试问当日曾有言吴三桂必反者否？及吴逆倡叛，四方扰乱，多有退而非毁，谓因迁移所致。若彼时诿过于言应撤者，尽行诛戮，则彼等含冤泉壤矣。朕自少以三藩势焰日炽，不可不撤，岂因吴三桂反叛遂诿过于人耶？贼虽已平，疮痍未复，君臣宜益加修省，恤兵养民，布宣德化，务以廉洁为本，共致太平。若遂以为功德，崇上尊称，滥邀恩赏，实可耻也！”王大臣等再以皇上一切调度，非臣等意虑所及，理应加上鸿称以显功德为请。
复谕：“吴三桂初叛时，伪札煽惑，兵民相率背叛，此皆德泽未孚，吏治不能剔厘所致。今幸地方平靖，独念数年之中，水旱频仍，灾异迭见，师旅疲于征调；被创者未起，闾阎困于转运，困苦者未苏。且因军兴不给，裁减官员俸禄，及各项钱粮并增加各项银两未复旧。每一轸念，甚歉于怀。若大小臣工，人人廉洁，俾生民得所，风俗醇厚，教化振兴，虽不上尊号，令名实多；如政治不能修举，则上尊号何益，朕断不受此虚名也。朕自幼读书，览古人君行事，始终一辙者甚少，尝以为戒，唯恐几务或旷，鲜克有终。宵衣旰食，祁寒盛暑不敢少间，偶有违和，亦勉出听断，中夜有几宜奏报，披衣而起，总为天下生灵之计。今吏鲜洁清之效，民无康阜之休，君臣之间全无功绩可纪，倘复上朕尊号，加尔等官秩，则徒有负愧，何尊荣之有？至于太皇太后、皇太后加上徽号，诏赦天下，理所宜然。其上朕尊号之事，断不可行。”云云。所叙撤藩之初廷议情状，及藩变以后归咎情状，皆见事由主断。以图海之威重，且不主张，亲贵中亦绝无成见，唯受命出师，效其奔走之力，扼要屯驻，能守而后言战。叛党有来归者，不吝爵禄，且实保全之，不轻斩刈，此不能不谓圣祖之有作为矣。
又观其经乱讨伐八年之中，朝廷举措，极示整暇。其时天下士夫皆有望治之心，并无从乱之意。逸民遗老，亦早痛恨三桂之绝明，尤无人赞助藩变者。要亦圣祖善驭天下士夫，略举其迹：十二年岁杪闻变发兵，而十三年二月，书：“上御经筵。”中间有皇子生、皇后崩等事；命将行师，又无日无之。八月再书：“上御经筵。”则典礼无废也。九月朔谕翰林院掌院学士傅达礼等：“日讲关系甚大，今停讲已久，若再迟恐致荒疏，日月易迈，虽当此多事之时，不妨乘间进讲。于事无误，工夫不间，裨益人心不浅。尔衙门议奏。”院臣以几务殷繁，间日一进讲。上曰：“军机事情，有间数日一至者，亦有数日连至者，非可限以日期，其仍每日进讲，以慰朕拳拳向学之意。”
举经筵，康熙朝自九年为始，十三年不因军务而间断，此可书也。而《史稿·本纪》，二月书：“上御经筵。”八月不书，九月朔乃书之，因谕“每日进讲”。与《东华录》不同。此《史稿》不明故事之误也。经筵与日讲，并非一事，九月无御经筵之理。因九月朔有“每日进讲”之谕，而移并一处，望文生义，不可不订正之。
十四年四月谕：“日讲原期有益身心，增长学问。今止讲官进讲，朕不覆讲，但循旧例，日久将成故事，不唯于学问之道无益，亦非所以为法于后世也。嗣后进讲时，讲官讲毕，朕仍覆讲，如此互相讨论，庶几有裨实学。”康熙间讲学之风大盛，研求性理，此时已用熊赐履开其先声，纂修经义，明习天文算学，皆于此开其端。以天子谆谆与天下通儒为道义之讲论，实为自古所少，其足以系汉人之望者如此。而考其时势，则正复黔、秦、蜀、湘尽陷，东南浙、闽、两广、江西蠢蠢思变，方于十三年岁杪议亲征而未发之时，无论其为镇定人心与否，要能无日不与士大夫讲求治道，其去宦官宫妾蔽锢深宫之主远矣。
十五年十月，命讲官进讲《通鉴》，以“前代得失有裨治道，撰拟讲章进讲。”覆奏从《纲目》中择切要事实，首列纲，次列目，每条后总括大义，撰为讲说，先儒论断亦酌量附入。十六年，三藩尽叛，各地皆发之后，叛服之数晓然，兵事大有把握。三月谕翰林院掌院学士喇沙里：令翰林官将所作诗赋词章及直行草书，不时进呈。上召至懋勤殿，亲自披阅，以御临书赐喇沙里。此又振兴文事，为鸿博开科先声，皆极得抚驭汉人之法。兵事实力在八旗世仆，人心向背在汉士大夫，处汉人于师友之间，使忘其被征服之苦，论手腕亦极高明矣！
故宫有圣祖巡幸出征时报告两宫太后及训示诸皇子之语，文理甚拙，字体亦劣，于康熙朝御书文彩或有假借。然南巡时对众挥毫，传布甚夥，断非伪为；或道途手简，转是内竖等所代作，未可以此疑之。