海笋是一种海生双生壳类软体动物，身体呈长长的卵形。在它们的外壳中部，有一条从背面到腹面并稍微向后方倾斜的线沟，这条线沟把海笋的贝壳一分为二。前部微微凸出，表面长有明显的齿纹，后部则较为平滑，只长有环形的生长线。
在海笋的身体末端有两个水管，它们除了末端是稍稍分开的外，其余部分都是合并在一起的，因此从外观看，就好像是只有一个水管一样。平时，海笋会将水管伸长至岩洞外，从入水管吸取新鲜的海水和养料，从出水管排出排泄物。在水管的末端，还生有和岩石颜色相似的斑点，这也使得别的动物不容易发现它。
海笋是雌雄异体的动物，繁殖季节根据种类而各有不同。当幼虫孵化后，它们在海里游动一个时期后，就会钻入所遇到的岩石孔隙中去。很多种海笋的幼年个体和成年个体的形状很不一样，乍一看很容易被误认为是两种不同的动物。比如说，吉村马特海笋在幼年时，贝壳稍短，并且两壳在前端的腹面并不闭合，足也露在外面。之后，幼虫的发育进度就会加快，在短期内变为成虫的样子，贝壳会变得稍长，前端腹面关闭，足也会萎缩。同时在贝壳背面会长出一个梭形的后板，在腹面两壳之间也会长出一个棱形的腹板，将自己完全包被在贝壳里面。
海笋在生长的过程中会不断挖掘岩石，并且随着身体的生长，逐渐深入到岩石中去，而一旦它们钻进岩石中，从此就再也无法从里面出来了。假如幼虫在发育期间一直没有遇到岩石，在经过40多天的游动之后，它们就会停止发育生长，再也无法长成成虫。
那么，小小的海笋是如何钻进岩石中去的呢？钻凿岩石可谓是海笋的一项天赋，但由于这种动物本身就生长在石中，所以很难观测到它的钻凿情形。科学家认为，海笋是通过机械方法，即用足和贝壳来对岩石进行钻磨。以吉村马特海笋为例，幼年时的吉村马特海笋的贝壳前端，腹面并不是封闭的，而是有着锋利的齿状物，并且足也露在外面。而成年的吉村马特海笋的足部则已经萎缩，并被石灰质的薄片包裹起来，贝壳前端的齿状物也和新生的石灰质薄片完全愈合。如果我们把正在岩石中生长的海笋剥离出来，让其生活在一个没有岩石环境的海水中，就会发现由于得不到挖掘岩石的机会，即便是它们的个头并没有达到成年的尺寸，足也会逐渐萎缩，贝壳前端的腹面也随之封闭起来。这些变化足以说明，海笋在幼年时，用足吸附在岩石表面，一边生长，一边旋转贝壳，利用贝壳前端的齿对岩石进行挖掘，待到成年之后，便停止挖掘，足和贝壳也随之被包裹起来。
这种吉村马特海笋能把防波堤的石头凿成很多很深的洞穴，单单从石头的外表，可以看到许多蜂窝状的洞穴口。如果把这些蜂窝状的石头击开，就能看到被它们挖掘的那些密集的椭圆形洞穴的全貌了。科学家曾在一块长约30厘米、厚约22厘米、宽约29厘米的石块中，找到过43个活的海笋，以及40个空贝壳。可见，这种生物虽然个头很小，看起来毫无杀伤力，但实则破坏力是很大的。
不过，海笋并不是什么岩石都可以钻进去的。根据观察，沿海的海笋多出现在石灰岩中，而一些较为坚硬的诸如花岗岩之类的岩石则没有它们的踪迹。另外，还有一些海笋，诸如马特海笋，则会选择木材为家。
此外，海笋体内还含有一种发光蛋白，这种蛋白在遇到人体的白细胞所产生的自由基之后，会发出蓝绿色的光芒。发出的光线越亮，就表示人体的健康状况越差。因此，医学上也可以此来检测人的身体状况。