定都天京后，洪秀全沉迷于意识形态的把握与主持，除重大事务的最终决策权外，一般不过问军事、政事，统筹全局的实际大权由杨秀清一人执掌。
洪秀全与杨秀清之间，纠缠着一些无法厘清的关系与难以解决的矛盾：洪秀全为宗教之主，杨秀清却时不时地代天父下凡干涉干扰；洪秀全是主掌政权的天王，而所有世俗大权却归于杨秀清一人；洪秀全是公认的太平军最高首领，可他却将军权完全下放，规定所有军队全归东王节制，弄得自己没有一支亲自掌控的武装力量可供驱驰，最后平叛之时，也不得不假韦昌辉之手。
杨秀清从小生长于闭塞的深山之中，五岁失去父母，由伯父抚养成人，真可谓“零丁孤苦，困厄难堪”。在受尽至贫至苦之磨难的同时，也培养了杨秀清坚韧独立的不屈精神。他虽“失学不识字”，但才智过人，天赋极高，据他自己所言，诗书典籍“但缓读给我听，我自懂得”。在与清军的多次殊死搏斗之中，杨秀清的实践经验、指挥才能得到了较好的发挥，说他是一位军事天才、政治天才一点也不为过，有时仅凭一股本能与直觉，就能在具体的取舍中选优弃劣。由广西转战天京，杨秀清指挥作战，无往而不胜。除洪秀全之外的所有太平军将士，他都有权指挥调遣，并握有生杀予夺之权。于是，昔日压抑自卑的心理不仅得到了有力的补偿，而身为孤儿所独有的无羁无绊、我行我素、缺少温情、孤傲残忍等更是暴露无遗，哪怕一人之上的洪秀全，也成为约束他的一块心病，一道阴影。
攻取武昌之后，在进军奠都的重大决策上，作为读书之人的洪秀全，眼光毕竟比他高过一筹，力主进军中原。而杨秀清目光短浅，仅仅盯着富庶的南京，认为那里就是人间天国的温柔之乡，凭借实权与谋略，最终迫使洪秀全就范。他还经常以天父下凡的名义，将洪秀全玩弄于股掌之间，动不动就是天父附体，要洪秀全下跪听旨。在定都天京后的三年时间里，杨秀清以天父名义频频“下凡”多达三十余次，借以神化自己，教导、压制、训诫、斥责洪秀全。一次，杨秀清以天父名义指斥洪秀全犯有踢打娘娘、教子无方等过错，欲杖责四十大板，众臣苦苦相劝才告罢休，弄得洪秀全颜面扫地、威风全失。此外，杨秀清还大肆制造舆论，把太平天国的一切功劳归于自己，差不多成为一名前无古人、后无来者的伟人，他授意编写的《行军总要》对他个人评价是：“功烈迈乎前人，恩威超乎后世。”
所有这些，洪秀全都忍了。究其原因，一则从全局出发，免得兄弟间伤了和气；二呢，洪秀全陷于自己制造的迷幻之中，久而久之，也真的相信天父附体这么一回事儿了；三者，他的确无意于世俗之权，放手让东王去办，只要不过离谱、不太僭越就行。
而杨秀清却半点也不懂得适可而止，个人欲望简直膨胀到了极点，竟然上演了一出逼封万岁的把戏。
在杨秀清眼里，洪秀全已成为他随意把玩的一个木偶。如果说占据武昌时两人还在定都及进军问题上有过分歧，那么奠都南京之后，一切大事小事，差不都是杨秀清一人说了算，哪怕是最重要的大事，高兴了向洪秀全说一声，木偶似的天王从来不敢吐出半个“不”字。要是事情稍不顺心，他就借天父下凡找出一个冠冕堂皇的理由压制整治洪秀全。杨秀清对洪秀全如此，而对其他人等，就更不在话下了。同为上帝之子的北王韦昌辉、翼王石达开虽为朝中第三、四号人物，见了杨秀清也要行下跪礼。他曾借机杖责韦昌辉四十大板；惩处顶天侯秦日纲、佐天侯陈承瑢、卫国侯黄玉昆，分别杖责一百、二百、三百大板；天官正丞相曾水源、东王府吏部尚书李寿春被人告密，说他们俩在东王重病期间无动于衷，杨秀清大怒，以“欺天欺东王”罪名向其“推出斩首示众”。
尽管飞扬跋扈到了极点，但杨秀清不得不借助洪秀全的天王权威与笼罩在头顶的神圣光环。他想篡夺天王之位，又恐众人不服，便逼洪秀全亲口封他万岁：“东王打江山，亦当是万岁。”“东王即万岁，世子亦便是万岁，且世代皆万岁。”在确定了赐封万岁的日期之后，杨秀清便得意忘形地忙着准备登极加冕礼去了。
杨秀清实在是低估了洪秀全的能量与能力，他根本就没有考虑自己为所欲为，对方会作何反应，也就没有采取任何防范措施，真可谓利令智昏，一叶障目。
洪秀全从小个性刚烈，且自视其高，当他成为上帝教领袖之后，锋芒变得内敛了。对杨秀清一再隐忍，哪怕以天父名义欲杖责四十大板，他也忍了。当杨秀清将他的忍耐视作无能，直逼权力峰巅之时，洪秀全再也忍不下去了。非不能也，乃不为也。洪秀全并非一般读物描写的那样昏庸无能，他的活动能力、政治魄力、组织才华、军事才干，特别是宣传鼓动方面，都远非一般人才所能比拟。只是他一心一意扮演宗教领袖这一角色，忽略了其他方面的发展，将权力完全下放给杨秀清不管不问。一旦决定采取行动之后，洪秀全便以快刀斩乱麻的决断，全身焕发出特有的活力与能量，借助韦昌辉之手，向毫无防备的杨秀清祭起了锋利的屠刀。
战刀闪过，一片血光。只是这鲜血，不是来自敌对阵营，而是同一战壕的太平军将士。
洪秀全下令将杨秀清的首级悬挂示众，称其“窃据神器，妄称万岁，已遭天殛”。也不知杨秀清被韦昌辉手持天王洪秀全诏书被诛杀的最后时刻，是否有过忏悔与醒悟。首恶一旦惩处，洪秀全便想到此为止。没想到韦昌辉为泄私愤，同时担心报复，竟将杨秀清亲属及旧部两万多人全部诛杀。这两万多人都是从金田起义之时，便一直追随天王转战南北，身经百战的两广老兄弟、高层官员，是太平天国最为忠诚的将士、人才。有人做过统计，约有十分之八九的太平天国精英死于这次内讧。他们没有倒在疆场，却无辜地惨死于自己人之手，那一颗颗滴血头颅，在血泊中滚动着发出凄厉而无声的呼号。
天京事变因韦昌辉的私心膨胀与惩处过度，使得洪秀全一时间难以控制事态发展，局面差点到了不可收拾的地步：东王已死，另外两王也反目为仇，韦昌辉下令将石达开满门老幼全部抄斩之后，又以武力围攻天王府，逼迫洪秀全诛杀石达开，其丧心病狂比杨秀清有过之而无不及。内讧步步升级，洪秀全再次忍无可忍，只得下令讨韦。韦昌辉伏诛，事变并未结束。后石达开回朝主政，为防类似杨秀清独揽朝纲、尾大不掉的局面出现，洪秀全封长兄洪仁发为安王、次兄洪仁达为福王予以牵制。石达开时时受掣，无法施展手脚，不禁十分生气。他与洪秀全虽没有闹到翻脸的程度，但不信任的种子已然埋下，为求自保，只得悄然离京出走，并带走了几十万精锐将士，使得太平天国军力骤减，国力衰疲。为此，洪秀全不得不革去两位王兄爵位，以召回石达开及其部众。开弓没有回头箭，不论洪秀全如何许诺一再抛出橄榄枝，石达开直至兵败大渡河被俘处死，也未能回心转意。
尽管敌对势力不断围剿，但最致命的打击并非来自外部，而是不断升级的内讧，太平天国由此元气大伤。
以天京事变为转折，太平天国由盛转衰，进入后期，直至覆亡。
天京事变之后，太平天国内部出现了一股前所未有的精神与信仰危机。天兄天弟相互残杀，这对上帝教过去的宣传而言，实在是一个莫大的讽刺。于是，一首“天父杀天兄，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰”的打油诗在太平天国内部广为流传，使得军心、民心大为动摇。
太平天国之所以势如破竹，就在于上帝教信仰，在于军心、民心的稳定，大家铆足了劲，拼死效力，要在地上建立一个理想的人间天堂。信仰一失，军心开始涣散，太平军再也没有过去铁的纪律，也少有打硬仗恶仗的精气神韵，从高级将领到普通士兵，投降敌军成了“家常便饭”。
太平天国最初所封六王，冯云山、萧朝贵战死，杨秀清、韦昌辉死于内争，石达开被俘处死，唯余洪秀全一人“硕果仅存”。这时的洪秀全，真的产生了一种孤家寡人的感觉，情绪败坏到了极点，精神郁闷不堪，一时难有振作之象。
正在这时，上帝教的早期创始人之一，洪秀全堂弟洪仁玕从香港来到南京。
洪仁玕于1848年因故与洪秀全分别，没能在广西发动会众，也没有亲自参加太平天国起义，但他一直关注着太平天国的发展。1854年取道上海欲往天京未果，直到五年之后的1859年4月22日，历经十个月辗转跋涉，终于如愿以偿。
洪秀全见到阔别十年的族弟，在经过一番倾心交谈与暗中考查之后，发现他见多识广、知识渊博、非同一般。加上难得的亲情、友情，于是，精神不由得为之一振，心境也变得亮堂起来，决心委以重任，依托他的才华大干一番，力挽狂澜，拯救太平天国之危局。
半个月后，洪秀全便拜洪仁玕为军师及总理朝政的首辅，并一改削去安王、福王王爵后“永不封王”的决定，封洪仁玕为“开朝精忠军师顶天扶朝纲干王”。
洪仁玕在英国殖民地香港生活近十年，对西方资本主义社会制度，对真正意义上的民主自由有着深刻了解，比长期呆在“屋内”的那些所谓天才不知要高明多少倍，被外籍人士称为“是一个有识见的人”，“最开通的中国人”。洪仁玕走马上任，果然不负天王厚望，显示出卓越的政治才能。通过一系列改革措施，在短时期内就将涣散的人心重新凝聚在一起，加之涌现出了陈玉成、李秀成这样的优秀军事将领，很快就扭转了天京事变后的被动局面，出现了乱后重建的中兴气象。
洪仁玕长期为后世所称道的，是他留下的一部近万言的《资政新篇》。如果说《天朝田亩制度》带有浓厚的封建、空想色彩，那么《资政新篇》则体现出前所未有的资产阶级新风俗、新道德、新习惯，代表了近代中国改革的理论高峰与突出成就。洪仁玕强调改革变通，提倡引进西方资本主义的物质文明，向国人介绍世界各国情况，主张与其他国家自由贸易、平等交往，提出兴办交通、开办银行、发展工业、奖励开矿等一系列涉及经济、政治、外交、思想、文化等方面的新政策。《资政新篇》虽然因太平天国后期长期处于动荡不安的战争状态而无法贯彻执行，但它在中国农民起义史上显得相当另类而极其闪光，正因为诞生了这部有着不可忽视的进步意义，对后世的启示永远也不会过时的纲领性文件，太平天国在我们眼里才不至于显得过于灰暗而绝望。
然而，洪秀全本人、太平军将士以及太平天国那与生俱来的先天性、本质性缺陷，决定了后期难有大的作为、转变与起色，所谓乱后中兴，不过回光返照的假相而已。