太平天国奠都南京，铁板一块的古老帝国如火山爆发般突然涌出一大批力量强大、主动信奉《圣经》的“太平基督徒”，这一消息传到欧洲之时，西方人士喜不自禁，特别是欧洲教会，以为基督圣光普照中华大地的机会终于到来，立即着手教化的具体行动。1853年，英国基督徒便发起了一场旨在为中国印刷一百万册汉译《新约》全书的募捐活动。在华西方传教士更是跃跃欲试，他们不惜冒犯《南京条约》中只许在五个通商口岸传教的规定，偷偷潜入内地。然而，要突破清军防范严密的水陆禁区进入天京并非易事。尽管如此，仍有不少传教士通过乔装打扮，或是以翻译身份随同西方使团来到南京。在最初的好感之后，随着了解与认识不断深入，他们不禁失望了。
进入天京后的传教士认为，太平天国是一个半政治半宗教的混合体，政体中没有皇帝只有王，对外国几乎一无所知，自称是全世界的统治者；在宗教方面，没有教会（起义后宗教的成分逐渐淡化了），没有举行礼拜的专用场所，没有类似于牧师的神职人员，有洗礼而无圣餐……美国公理会的裨治文牧师说：“尽管他们的宗教信条或许多少承认《圣经》的全部教义或大部教义，但由于无知或曲解（或两者皆有）而带有谬误，变得一团糟。”最令西方人士难以接受的是，太平天国继承了传统的天朝意识，只承认西方是天国的一部分。
“几乎全然不知世界上到底有哪些王国和国家，但他们统治全世界的要求却十分明确。”太平天国视洋人为“蛮夷”，但从上帝教教义出发，双方又是兄弟关系，便十分滑稽地称西人为“夷弟”。还从“天下一家”的角度强调洪秀全是上帝次子，乃万国之真主，因此“全世界人民必须服从并追随他”。在外交文书中，太平天国不是称“尔英人久已拜天，今来谒主”，就是“尔海外英民不远千里而来，归顺吾朝”，内容虽大同小异，但口吻始终一致。美国驻华公使麦莲率团访问镇江、南京、芜湖之后，在一份报告中写道：“不管对他们的政治权力制度做出怎样正确的判断，现在再也不能怀疑，我们不可能与他们在平等的条件下建立或维持交往。”
在所有来访教士中，罗孝全是最受礼遇的一位。鉴于他与天王此前的特殊关系，并且洪秀全一直惦记着他，再三念叨他是一个“好人”，不时打听他的行踪，因此，他是唯一受邀访问南京的西方传教士。即使这位曾是洪秀全老师的罗孝全，在天王府拜见时，也得按照天国礼制下跪。作为一名西方人士，罗孝全没有下跪的习惯，他拒绝向任何人下跪。可当他随文武百官进入大殿后，就在群臣向洪秀全行下跪礼的刹那间，一个声音突然大声喊道：“罗孝全敬拜上帝！”他稍一犹豫，双膝竟被行了魔法般不知不觉地弯曲在地，但他有意不看洪秀全，而是车转面孔瞥向他方。这场发生在太平天国，类似于马嘎尔尼朝觐乾隆的礼仪之争，虽然没有引起什么风波，但罗孝全此后一直耿耿于怀。
宗教是太平天国的立国之本与精神支柱，洪秀全自然不许他人染指，更不可能改弦更张信奉正统基督教。洪仁玕作为一名纯正的基督徒，曾直言不讳地说道：“传教士不应当到这里来，因为彼此教义不同，而天王除了自己的教义外，不允许有别的教义存在。”因此，早期的“蜜月”一过，上帝教与基督教的冲突在所难免。罗孝全很快就发现了上帝教与基督教之间的区别，决心劝说天王，以纠正这些“错误”与“偏差”。没想到洪秀全反过来劝说罗孝全改信上帝教，并希望他成为一名新的信徒与传教士，将上帝直接呈示给天王的福音传入番邦。
正因为出于信任，洪秀全还以君临世界的口吻下诏，封他为通事官领袖（外务丞相），负责与外国谈判及审理外国人在中国的所有犯罪事件。罗孝全对此十分气恼，自然坚辞不就。随后悄悄离开南京，与太平天国反目为仇，他在《北华捷报》发表的一篇文章中写道：“在他们中间生活十五个月以后，我的态度完全转变了。我现在反对他们的程度并不亚于当初我支持他们的程度……他的宗教自由和众多的教堂成了闹剧——不但对基督教毫无益处，而且比无用更坏。他仅仅为了传播自己的政治宗教。”罗孝全还指斥洪秀全“是个狂人，根本不适宜做一个统治者”。其他来访的传教士也持同样观点，如英国循道会郭修理牧师曾一针见血地指出：“我发现他们唯一的能耐就是作战和破坏，对民法和境内的民生漠不关心，他们又怎么能够成功地建立起一个王朝呢？我简直无法想象。”
罗孝全的离去与反目，成为太平天国与西方传教士、基督教彻底破裂的标志与象征。于是，过去曾持同情、观望态度的西方列强，将枪口对准了太平军将士。英、法两国除在上海外围与宁波地区直接出兵进攻太平军外，还准许戈登、日意格等现役或退役军官受雇于清廷，组织常胜军、定胜军、常捷军残酷围剿，给太平天国造成了极大的挫折与损失。
西方世界失去，国内百姓失望，令人扼腕的是，另一特殊而重要的阶层——传统文人、地方绅士，在太平天国与满清朝廷的殊死决斗中，不仅未能得到他们的同情、支持与拥护，反而成为不共戴天的死敌。
因科举失意导致对孔夫子的逆反，独尊上帝对其他教义的排斥，使得洪秀全极力排孔反孔。而传统士大夫阶层不仅从小浸淫在儒家典籍之中，对儒学有着一种透入骨髓的亲切与认同，而且因为科举考试以儒学为主要内容，士大夫们由此而获得功名利禄，从维护自己的利益出发，他们是孔学、孔教本能而天然的积极支持者与有力拥护者。洪秀全打着灭满兴汉的旗帜，使得四民纷纷归附，同时却又以前所未有的激进打倒孔家店，抽空自己的文化根基。太平天国因基督教而生，对西方文化茫然无知，而对汉文化象征的儒家孔学又激烈排斥，结果中西不靠，虚无悬空，也就难怪有人将其视为一个历史的“怪胎”了。
洪秀全敌视上帝教以外的一切人类文化，除极少数需加利用外，其余全在清除扫荡之列，可谓无像不灭，无书不焚，无庙不毁。如寺庙、书院、古迹、文物、书籍等，不是烧掉捣毁，就是改作兵营、仓库与屠场。营造天王府时，为了利用古建筑的部分建材，洪秀全几乎将南京城内六朝以来的古建筑全部拆光毁掉，举世闻名的大报恩寺塔、明代故宫，便毁于此时。
太平天国虚无过激的文化政策将天下读书人推向了自己的反面，至少是使他们心存畏忌，望而却步。曾国藩正是以捍卫儒家道统之名，号召士大夫与太平天国为敌，他在《讨粤匪檄》中以充满激情与鼓动的文字写道：“士不以诵孔子之经，而有所谓耶稣之说、《新约》之书，举中国数千年礼义人伦诗书典则，一旦扫地荡尽。此岂独我大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子孟子之所痛哭于九泉！凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也！”太平天国与满清朝廷之争，就此演变为一场汉人与汉人之间你死我活的血腥大屠杀，仿佛当年清军入关夺取天下时的一幕重现。
当然，太平天国也对知识分子采取了一定的招诱举措，如开科取士、征求人才等。但开科取士首先看重的是考生的政治态度，文化程度则在其次，标准也十分宽松。太平军打下南京城不久，百姓大量逃跑，读书人所剩不多，即使那些留在城中者，大多也不愿获取太平天国的功名，参考者更是寥寥无几，因此，“大约应考之人无不中试者”。太平天国官员升迁主要凭军功大小，且十分看重地缘、血缘关系，即使高中状元，也难受重用，仅被授予指挥一职，不能参与机要或跻身领导决策层。作为一个连秀才都没有考上的落第书生，洪秀全表面敬重读书人，但骨子里透出的，却是对天下士人的轻蔑与反感，使用但不重用知识分子，仅让他们做一些辅助性的文字工作而已。
而太平天国的劲敌曾国藩则与洪秀全完全相反，他自己就是进士出身，对天下士人的文韬武略与广泛号召力极其重视，尽可能地将他们纳入自己麾下，进入幕府，参与机要决策，放手重用。曾国藩幕府中四百九十七位幕僚，其中进士七十四人，举人七十三人，贡监生员一百五十四人，士人占幕僚总数的60%。他们之中，除饱读四书五经的传统士人外，还有李善兰、徐寿、华蘅芳等通晓西洋之学的人才。据罗尔纲先生统计，湘军将领中书生出身的比例为58%，统领一路乃至多路人马的高级将领则达67%。
太平天国的主要领导人洪秀全、冯云山、杨秀清、萧朝贵等人不是落第秀才，就是大字不识的穷苦农民。读书少，见识与谋略自然短浅。自己没有文化，只要真正重视天下读书之人，为我所用，也可弥补高层领导缺少文化之缺憾。可太平天国阵营中读书人极少，《武昌纪事》对此写道：“贼中无读书练达之人，故所见诸笔墨者，非怪诞不经，即粗鄙俚俗。此贼一大缺陷，盖天之所不与也。”不仅如此，哪怕太平天国统治区域的百姓之中，也“唯读书人最难度日”。
由此可见，太平天国与清廷的较量，也可视为一群农民与一批士人之间的交锋。时间一长，战局的结果与天平的砝码逐渐失衡，渐渐偏向代表清廷利益的曾国藩一方，也就势所难免了。
外部各种反对势力层层围剿、步步紧逼，而太平天国高层内部，又出现了兄弟失和、内讧倾轧的严重失控局面——这就是人所共知的天京事变。
早在广西紫荆山传教时期，洪秀全、冯云山与杨秀清、萧朝贵之间，就存在着十分微妙而复杂的关系。其转折点在于冯云山被捕、洪秀全营救，上帝会最高权力出现真空之时，杨秀清与萧朝贵乘虚而入。后又有韦昌辉、石达开二人，以实力、忠诚、勤勉脱颖而出。起义前夕，由洪秀全、冯云山、萧朝贵、杨秀清、韦昌辉、石达开等六名客家人共同构成上帝会核心领导阶层，并按上帝教解释，由耶稣与他们六人组成兄弟关系，耶稣为上帝长子，其余则以年龄为序分别为第二子到第七子。金田起义后，洪秀全与其他五人既是君臣关系，又是兄弟关系。起义前冯云山一直位列洪秀全之后，因他不仅与洪秀全一同创建了上帝会，而且以一己之力打开了广西传教的艰难局面。而当杨秀清、萧朝贵代天父天兄传言的资格被确定之后，冯云山的地位下降了。建国之初分封五军主将时，杨秀清为中军主将，萧朝贵为前军主将，冯云山为后军主将，韦昌辉为右军主将，石达开为左军主将，冯云山已位居杨秀清与萧朝贵之后。永安封王时，洪秀全更是发布诏令，明确宣布西王萧朝贵、南王冯云山、北王韦昌辉、翼王石达开俱受东王杨秀清“节制”。
表面看来，杨秀清与萧朝贵的崛起只是导致了冯云山地位的下降，事实上则削弱了洪秀全至高无上的领袖地位。太平天国集宗教、军事、政治于一体，作为最高领导人，洪秀全自然也是集宗教教主、军事统帅、天国之王于一身。而当杨秀清、萧朝贵托天父、天兄下凡之时，一种相当奇特的现象出现了，作为上帝次子、耶稣胞弟的洪秀全不得不俯首于杨秀清、萧朝贵两人，恭听由他们口中转述的所谓上帝、天兄之言。
洪秀全的最高权力受到了严重挑战！
起义之初，因洪秀全、杨秀清、萧朝贵三人之间的相互制衡，加之忠诚厚道的冯云山居中调停，并未形成明显冲突。随着冯云山在蓑衣渡遇袭中炮身亡，萧朝贵攻打长沙遇难，权力平衡的态势就此打破。定都南京后，六王只剩四王，而韦昌辉、石达开资历较浅，于是，权力之争便聚焦在洪秀全与杨秀清两人身上。