孔祥熙真正发迹是在抗战时期。后来，几经周折，孔将裕华银行搬到重庆后，该行资本即增为2000万元。手中有了权，孔祥熙还在中央银行为裕华银行开了透支户，到1941年透支额就达3000万元。在1941年黄金抛售中，裕华银行是一个忠实顾客。孔祥熙指示只有黄金好买，于是大买黄金，而且利用它的西安分行从事黄金的转运，在西安售出赢利。当时在重庆黄金市场中，实力最大的是“西帮”和“昆帮”，“西帮”的背景就是孔祥熙。有一位记者写道：黄金市场，西帮是大主顾，他们要买就是整砖（400两），资本大，势力厚，买来之后转运西安，到西安以后，用牲口驼到沦陷区出售。西帮要买，金价就涨；西帮要放，金价就跌。这个西帮就是以山西裕华银行为中心。到抗战后期，裕华银行增资达1亿元，孔祥熙新任董事长，已经财大气粗，抗战胜利后，裕华银行迁至上海。此时孔的财政金融大权渐次被剥夺，此行也渐成为孔祥熙的实际金融中心。此是后话不讲。
在工业方面，孔祥熙曾办过一些公司，据说不少于28家，个人并不出资，多数是挂个名，由有关的银行参加或放款。但在抗战期间，由于他掌握了四联总处，便乘机插手工业。他插手工业是从“华西兴业”公司下手的。“华西”公司原是30年代初，由四川人胡仲实、胡叔潜兄弟创办的。经过几年的经营，拥有一支技术力量较强的班底，设有华兴机器厂、华联炼钢厂、华泰木厂、华一瓦厂、华西汽车修理厂等。因此，华西兴业公司在当时名噪西南，引起各方注意。国民政府西迁后，孔祥熙为了迅速扩大在西南的势力，开始把手伸向“华西”。“华西”并不乐意孔的插手，因为他上面有人，手中有权。1938年，“华西”计划将“华联炼钢厂”扩建成日产30吨钢的炼钢厂，因资金不足，派人找孔祥熙要求贷款。孔表示贷款有困难，但可投资合办“华西”。“华西”认为与孔合资，无疑是“引狼入室”，后患无穷。因此只同意与官僚资本建立企业外部的联系，不让其渗入企业内部。这时的四大家族中的宋子文、陈果夫、陈立夫都在抢夺民营工业。孔祥熙深恐“华西”落入他人之手，心中十分不安。在一个晚上，他把儿子叫到跟前，嘱咐儿子从其主持的中央信托局给予小部分贷款，暂把“华西”拴住，然后再想办法吞并“华西”。这是孔祥熙的一大妙计。
有其父必有其子。中央信托局经孔令侃批准贷给“华西”60万元，这与实际需要相差很大，“华西”只得先将这笔贷款拿到手，分别用于建厂的基建工程，并趁海运还畅通之际，在国外订购一部分生产设备和材料。随后，当“华西”要求续借时，孔祥熙便变了脸，以“前账未清，碍难照准”，予以驳回。这时，“华西”公司在国外订货尚差款无着，建厂工程也因资金缺乏而停工，公司陷入进退两难的境地。孔祥熙趁此机会，又提出合资办厂的问题。“华西”公司迫不得已，终于答应孔祥熙，并将“华西兴业公司”改组为“中国兴业公司”。当时商定公司资本额为法币1200万元，孔祥熙即指示他自己经营的裕华银行、祥记公司投资，其投资额占资本总额的80％。以后又逐年增多，到1943年，在公司资本总额1.2亿元中，孔祥熙投入的股份上升到95％。改头换面，“中国兴业公司”也姓孔了。
孔在“华西”公司大捞好处。改为“中兴”公司后，孔祥熙在人事上也进行了调整改组。他在公司章程中规定：“公司各股东第一股（100）有一表决权；股东而有十一股以上者，自十一股起，每五股有一表决权；一百股以上者，自一百零一股起，每十股有一表决权。”照此规定，孔祥熙官僚资本股共有9851权，而其他商股共占2311权，而董事、监察的当选，是以得票的权数多少而定，这样孔祥熙自然占了绝对优势，可以随心所欲地操纵选举了。最后孔祥熙终于担任了公司董事长，并且一任达10年之久，直到国民党逃离大陆始告终止。在这10年之内，孔祥熙在该公司囊括的财产，显然是一个巨大的天文数字。
在商业方面，孔祥熙更是公司众多，据统计有21家之多。他认为做生意是神圣的事，钱财比搞工业来得快。
孔祥熙虽有经商之道，却不像夫人那么有先见之明。抗日战争时期，孔祥熙把商业投机交给太太、少爷、小姐、门生去做，自己则在背后出谋划策。在重庆成立的商号有祥记、庆记纱号、强华公司、大元公司、恒义公司、升和公司等。祥记公司有汽车30余辆，庆记纱号专做棉纱生意，强华公司搞运输与贸易，大元公司搞五金电料，恒义、升和专营洋杂百货，广茂兴公司则经营参茸药材。这些公司在孔祥熙保护下，胡作非为，巧取豪夺，自不待说。1945年，临孔祥熙下台之际，曾有人在国民参政会公开检举过祥记公司，又是夫人出面，四处周旋，平了这场风波。孔祥熙好感谢夫人。
在文化事业方面，孔祥熙也插过手。如抗战时期，他接办过“四社”，即《时事新报》、《大晚报》、英文《大陆报》和申时通讯社。四社初期由张竹平经办，因得罪了蒋介石，为蒋所取缔，无法维持，负债累累，最后只好让给孔祥熙，由中国国货银行出面承担全部债务，另给张竹平个人5万元，将四社买进。抗战初期，《时事新报》迁往重庆，《大陆报》《大晚报》留在上海，申时通讯社停办。日本投降后，《时事新报》迁回上海，并恢复了申时通讯社，由王正廷任董事长，实际由孔令侃主持。但因报纸销路不好，这方面没有捞到多少油水。
中华书局的财力在商务印书馆面前相形见绌，1937年几乎倒闭。当时，宋霭龄求其弟宋子文帮忙投资时，宋子文看在大姐的面子上答应下来。但后来又使子文后悔一场。因中华书局旧的股东深恐孔、宋喧宾夺主，就设计一边利用，一边限制，限制借大宗款项，严格限制孔、宋的股金投资，让他们的资金投了进去却没有回报。
1941年中华书局总经理伯鸿在香港逝世，孔即让其亲信李升明上台，接手担任中华书局的董事长，中华书局形式上就完全落到了孔家手中。这使宋子文十分气愤。抗战胜利后，孔、李谋将上海中华书局全部迁往海外，变中华书局为私有，遭到全体职工坚决抵制。正在斗争期间，孔祥熙见大势已去，一溜烟逃往海外，李也随之而逃，这一斗争方告结束。但是香港、新加坡和台湾等地的中华书局，却落到了他们的手中。
孔、宋双方插手工商企业虽然赚了不少钱，但也结下了不少恩怨。但只靠这些还成不了亿万富翁。他们的私财还有一个重要的来源，就是靠营私舞弊和贪赃枉法。这样得来全不费工夫，胜过经营更多的工商企业了。可是这时，宋的权力却被孔氏暗中夺去，使宋好不伤心。
不久，蒋介石以特使名义命孔氏往英国参加英皇加冕典礼，国内财政和金融的重要工作，由宋子文主持办理。宋鉴于当时全国人民的斗志激昂，认为民气可用，决定发行救国公债5亿元，以供应战时财政。名义上说“有钱出钱，有力出力”，却用层层摊派平民，大户尚无甚负担，有的地方缴了款领不到债票，纠纷迭起，民怨沸腾。孔祥熙从海外回国，看到此情，立即宣布债券业已满额，停止劝购。实则债券并未销完，对于已缴款认购的债券，也长期没有清理。以后逐年发行的公债，都作为四行借垫款的担保品，四行以此项债券作为发行钞票的准备，不再公开对外发行，税收和公债均不起作用，只好专靠发行钞票作为支应。二人矛盾达到高潮，水火不容。
这阶段虽然宋子文不在台上，宋家产业的发展由于宋子良、宋子安的绝顶聪明，并不亚于孔家。孔家有霭龄、孔令侃、孔令俊，而宋家则有宋子良、宋子安两位洋博士。宋子文、孔祥熙并不经营，主要靠背后的妻儿兄弟。他们在商业、工业、文化等方面都有激烈的争夺战。在台前，孔祥熙与宋子文争权；在台下，宋霭龄带领儿女们与娘舅宋子良、宋子安争财。为了鼻尖子上的丁点儿事，他们间有时也寸步不让。
蒋介石翻手为云，覆手为雨
1943年重庆政府召开献金大会。
孔祥熙要求大家为抗战献金。人们见孔只会唱高调，便故意高呼：“请孔院长先拿出来点，给我们做做样子！”“少说也得一百万吧！”“请孔院长表表态吧！”……
结果孔祥熙笑嘻嘻地说：“我哪里有钱，我是一个穷公务员，财政部长的薪水才800块，我捐一点，也超不过800块。”
孔分管金融业，做生意当然是他的副业了。在这次捐款中，霭龄倒是十分大方，捐出了100万。据说在霭龄捐款的当夜，夫妻二人还着实吵了一架。主要是孔认为霭龄捐多了，违背了他在会上的讲话精神。霭龄可不这样认为，说你是行政院长，我们家不带头像话吗？你讲话还有威力吗？孔认为捐也不能捐那么多，表表态走走形式就行了。霭龄说，100万是我紧紧手的事。
献金大会的第三天晚上，宋美龄听到了社会流传的风言风语，便对老蒋说，哈哈孔也真是的，大姐捐了100万，他说多了少了的，给大姐吵了整整一夜。何必呢，一个大财政部长，不是没钱而是有钱，这叫越有钱越抠。
老蒋问美龄最近还听到什么啦？没什么？宋美龄摇摇头。不对吧，老蒋又道。宋美龄问，你倒是听到了什么？蒋答，我倒听到蒋家王朝孔家财。说我蒋某某是傻瓜，孔家个个是疯子。宋美龄又问，这话怎讲？蒋答孔家敛财个个都疯狂，包括祥熙他本人呀，我看他是干到头啦。宋美龄听到这里扑哧一声笑了，我以为你听到什么新闻了！原来都是老掉牙的旧闻。祥熙名声不好，这是人人皆知的事。他远比不上子文哥好。都是你大搞一言堂，按下葫芦起了瓢。这个好那个坏的，最后证明坏的要比好的强。
蒋介石想了想说，按人才讲还是洋博士肚里有水。祥熙虽讨人喜欢，肚子里尽是花花肠子。论人品，子文也比他强百倍。一个人不能贪，贪能误国误党。
这一夜，蒋介石睡不着觉了，宋子文和孔祥熙的形象翻来覆去地老在他脑袋里过电影。没有比较，分不出高低，经过反复比较，他才真正地认为怠慢了国舅，有对不住国舅的地方。同时对孔祥熙的贪婪大为不满，如不移位将是误党误国。蒋介石想到这里，并没有真正去做，到他想真正执行时，又接二连三发生几件事，使蒋介石下了决心。