2011年12月，国务院食品安全委员会办公室下发《关于切实做好2012年元旦、春节期间食品安全工作的通知》，要求各级农业、工商、质检、食品药品监管、商务、公安等部门在检查中加强联合执法，强化监督抽查、市场巡查、突击暗访等措施，严密排查米、面、粮、油、肉、奶、酒类饮品、速冻食品、民俗食品等节日热销食品的质量安全隐患，加大对农产品批发市场、农贸市场监测抽查力度，严防食品假冒伪劣和农产品有害物质残留超标等问题损害群众利益。针对节日食品消费特点，有关部门加强了对年货展、美食节、农村大集等活动，以及承办节日聚餐、“年夜饭”等餐饮单位进行规范与监督。各级监管部门针对春运高峰，深入机场、车站、码头及其周边区域，全面检查食品供销、餐饮服务单位，切实加强旅客集中场所的食品安全保障。监管部门24小时应急值守，全面开放投诉举报渠道，及时受理群众反映的食品安全问题。
2012年6月13日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，研究部署加强食品安全工作。
会议分析了目前食品安全面临的困难和问题。一是我国食品产业基础薄弱、量大面广，存在整体素质不高、生产经营管理不规范、安全隐患多等问题，特别是一些生产经营者道德失范、诚信缺失，生产加工伪劣食品，给食品安全造成很大危害；二是现行的管理体制、法规标准、检验检测体系等仍然不够完善，食品安全风险监测、评估预警水平还不高，监管执法能力不足，基层食品安全工作体系有待建立健全。因此，保障食品安全的任务艰巨繁重。
会议要求各级政府切实把食品安全工作摆上重要日程，尽快解决当前存在的食品安全突出问题。主要任务包括：1.健全食品安全监管体系。2.严格食品安全监管。3.严格落实生产经营者主体责任。4.加强监管能力建设。5.完善食品安全政策法规，着力解决违法成本低的问题。6.动员全社会广泛参与，构筑群防群控工作格局。
会议强调，人民群众对食品安全高度关注，迫切要求解决食品安全领域存在的突出问题；党和国家一直十分重视食品安全工作，先后制定了《关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》、《食品安全法》及其实施条例，设立国务院食品安全委员会，开展了一系列食品安全专项整治活动，保持着对食品药品安全犯罪打击的高压态势，使食品药品安全事件高发势头得到初步遏制。
做好这项工作的关键是：既定措施要切实落实到位，逐步实现对食品药品监管由高压控制向常态化监管转变。行政、司法、媒体、消协等部门协调配合，密切关注与监督食品药品生产流通各个环节，保证食品药品生产加工及其监管执法活动都在关注与监督范围之内。
2013年3月，国务院新一届政府推行对食品药品质量安全监管的“大部制”改革，统一、协调、全程、全方位的监管格局正在构建中。国务院组建国家食品药品监督管理总局，对全国食品药品实行统一监管。根据国务院机构改革和职能转变方案，保留国务院食品安全委员会，具体工作由国家食品药品监督管理总局承担；国家食品药品监督管理总局加挂国务院食品安全委员会办公室牌子，同时撤销国家食品药品监督管理局和单设的国务院食品安全委员会办公室；食品安全标准制定和风险评估由国家卫生和计划生育委员会制订，国家食品药品监督管理总局负责执行。
国家食品药品监督管理总局为正部级建制，它整合原有的食品安全办的职责、食品药品监管局的职责、质检总局的生产环节食品安全监督管理职责、工商总局的流通环节食品安全监督管理职责，同时在生产、流通、消费三大领域内对食品质量和药品安全性、有效性实施统一监督管理，把工商行政管理、质量技术监督部门相应的食品安全监督管理队伍和检验检测机构划转食品药品监督管理部门。
国家食品药品监督管理总局的设立，标志着我国对食品药品质量安全的监管由原来的多部门分段监管转变为“总局统管+三部门分工协调”的统一协调、衔接互补的监管格局。有评论认为，这种监管格局有利于保证健康配料、乳品、调味品、啤酒等行业内的安全性，改善肉制品及其他禽类产品、速冻食品等安全性偏弱的现状；有利于同包括农产品从农田到餐桌追溯在内的食品溯源系统相关的行业发展；有利于包括检测仪器研发与生产在内的第三方相关行业的技术进步及其成果应用；有利于弥补原先监管体系中存在的监管盲区，根除某些监管环节中职责不清、部门间相互推诿扯皮的管理弊端。
国家相关职能部门相继出台食品药品监管措施。2011年3月29日，最高人民检察院下发《关于依法严惩危害食品安全犯罪和相关职务犯罪活动的通知》。《通知》指出，当前食品安全面临的形势十分严峻，各级检察机关要与公安机关、法院和行政执法部门密切配合，把打击危害食品安全犯罪摆在突出位置；要建立快速反应机制，突出对人民群众反映强烈以及媒体曝光的重点案件的打击；对公安机关正在侦查的重点案件，要在第一时间组织强有力的办案力量依法介入，积极引导公安机关收集、固定证据；对公安机关提请批捕、移送起诉的案件，要组织精干力量，优先予以办理，及时批捕、起诉。
《通知》强调，各级检察机关要把依法查办国家工作人员在食品安全监督管理和查处危害食品安全犯罪案件中的贪污贿赂、失职渎职犯罪作为当前办理职务犯罪的一个重点。要拓宽渠道，从群众举报、媒体报道、街谈巷议等方面发现有关的职务犯罪线索；检察机关内部侦查监督、公诉部门在办理危害食品安全案件时，注意发现违法犯罪事件背后的行政管理部门和执法、司法机关工作人员收受贿赂、滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等职务犯罪线索，并及时移送反贪污贿赂或者反渎职侵权部门立案查处。
《通知》要求，各级检察院检察长要高度重视打击危害食品安全犯罪和相关的职务犯罪，各级检察机关在依法履行法律监督职责的同时，加强对保障食品安全法律法规的研究，提出打击危害食品安全犯罪与完善食品监管法律制度的意见建议。
2011年5月10日，公安部下发“通知”，要求各地公安机关把查清“瘦肉精”生产源头、销售网络、将犯罪分子全部缉拿归案，作为侦办“瘦肉精”案件的硬性标准。
2011年4月29日，国家食品药品监督管理局下发紧急“通知”，表示严厉打击食品非法添加与滥用食品添加剂，要求自制火锅底料、自制饮料和自制调味料的餐饮单位备案，于2011年5月1日起公示所使用的食品添加剂。鉴于目前食品药品安全检验部门难以确定某些食品添加剂对人体健康有益或者有害的状况，主张“原汁原味”，尽量不使用食品添加剂，以利于规范行业经营行为。同时决定，将对餐饮服务行业进行抽查，把餐饮服务环节严厉打击食品非法添加与滥用食品添加剂专项工作抽查，同国家食品药品监管局部署开展的2010年度餐饮服务食品安全监管绩效考核的抽查一并进行，确定天津、山西、吉林、安徽、海南、重庆、贵州、云南、青海、宁夏10个省份为抽查区。
8月，国家食品药品监督管理局发布实施了《餐饮服务食品安全操作规范》。《规范》决定，加强对餐馆、快餐店、小吃部、食堂、集体用餐配送单位和中央厨房的食品安全管理，并对餐厨废弃物、食品添加剂管理等提出了具体要求。
在餐厨废弃物管理方面，《规定》要求，“餐饮服务提供者应建立餐厨废弃物处置管理制度，把餐厨废弃物进行分类放置，做到日产日清”；“餐厨废弃物应经由相关部门许可和备案的餐厨废弃物收运、处置单位或者个人处理。餐饮服务提供者应与处置单位或者个人签订合同，并索取其经营资质证明文件复印件”；“餐饮服务提供者应建立餐厨废弃物处置台账，详细记录餐厨废弃物的种类、数量、去向、用途等情况，定期向监管部门报告。”还提高了专间的硬件设施要求，增加了餐厨废弃物处理设施的要求，强化了检验设施的要求。
在食品饮品中使用添加剂管理方面，《规定》要求，达到专人采购、专人保管、专人领用、专人登记和专柜保存的要求；学校食堂、建筑工地食堂、集体用餐配送单位、中央厨房，以及重大活动餐饮服务和超过100人的一次性聚餐，餐饮服务提供者提供的食品应留样；自制火锅底料、饮料、调味料的餐饮服务提供者应向监督部门备案所使用的食品添加剂名称，并在店堂醒目位置或者菜单上予以公布。
另外，《规范》要求餐饮服务单位必须建立从业人员健康晨检制度、备案公示制度、餐厨废弃物处置制度和食品安全应急防范制度，积极对有关环节可能存在的风险进行规避，主动防范食品安全事故的发生。
2011年5月，农业部启动了针对蔬菜农残超标、“瘦肉精”、生鲜乳违禁物质、兽药、水产品禁用药物、假劣农资6项集中整治行动。
2012年12月，农业部和卫生部联合发布了食品安全国家标准《食品中农药最大残留限量》。“新标准”将成为国内监管食品中农药残留的唯一强制性国家标准，从2013年3月1日起实施，此前涉及食品中农药最大残留限量的6项国家标准和10项农业行业标准同时废止。
“新标准”制定了322种农药在十大农产品和食物中的2293个残留限量，基本涵盖了国内居民日常消费的主要农产品；这2293个标准全是根据我国农药残留田间试验数据、农产品中农药残留例行监测数据和居民膳食消费结构情况，充分对接国际食品法典标准，在开展风险评估基础上制定的，同时广泛征求了社会公众和相关行业部门的意见，确保了标准的科学、公开、透明；从安全性上看，新标准的风险评估结果全部在安全范围内，可以保障居民的消费安全。
据说，“新标准”的实施有利于规范农民科学合理使用农药，从源头控制住农药残留；农产品质量安全监管有了法定的技术依据，有利于各级政府履行监管职责；在制定过程中接受了世界贸易组织（WTO）成员的科学性评议，得到大多数成员的认可，有利于促进农产品国际贸易。
2011年5月25日，国家质检总局根据《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例等法律法规，修订了2007年公布的《食品召回管理规定》。
新《规定》指出，食品生产企业对所生产的食品安全负责，切实履行召回义务。“召回”，是指食品生产企业按照规定程序，对由于生产原因造成的某一批次或者类别的不安全食品，通过退货或者修正标识等方式，及时消除或者减少食品安全危害的活动。食品生产企业发现所生产食品属于不安全食品的，应当立即停止生产，并在3日内向地方质量监督部门提交食品召回计划，把需要召回食品的信息通知有关生产经营者和消费者，采取退货等有效措施，召回已经销售的食品。
新《规定》要求，对被召回的食品要进行无害化处理，不得把做无害化处理后的产品重新用于食品生产和销售；质量监管部门应当把食品生产企业召回食品、食品污染事故等情况记录在案，建立“经营者信用档案”。
2011年5月，商务部发布我国首个药品流通行业专项规划《全国药品流通行业发展规划纲要（2011—2015年）》，力争实现在2015年形成1—3家年销售额过千亿元的全国大型医药商业集团，20家销售额过百亿元的区域药品流通企业，药品流通行业的集中度有所提高。
2011年4月，卫生部表示，自2011年5月1日起禁止使用面粉增白剂。5月24日要求把食品安全信息报告纳入中国公共卫生服务项目中，辖区内居民，一旦发现或者怀疑有食物中毒、食源性疾病、食品污染等对人体健康造成危害或者可能造成危害的线索和事件，可以及时报告卫生监督机构并协助调查。
2012年1月，卫生部决定紧缺药物试行定价定点生产。我国将继续完善国家基本药物制度，扩大制度实施范围，试行国家统一定价定点生产紧缺药物，制定基本药物使用管理办法，鼓励基本药物优先使用，不断完善基本药物监测评价体系。到2015年，国家统一定价、定点生产药物范围将扩展至基本药物中独家品种、紧缺品种，以及儿童适宜剂型。
3 月，卫生部公布修订的《食品营养强化剂使用标准》（GB 14880—2012）。新《标准》规范了营养强化剂的使用品种、使用范围和使用数量，列出了允许使用的营养强化剂化合物来源名单，增加了食品类别（名称）说明；删除了食盐；对婴幼儿食品的营养强化剂提出严格要求，并注重与我国新的乳品标准特别是婴幼儿食品标准的有效衔接。所谓食品营养强化，就是通过把一种或者多种微量营养素添加到特定食物中，增加人群对这些营养素的摄入量，是预防微量元素缺乏的一种重要方法。新《标准》于2013年1月1日起正式施行。