无可奈何花落去
新苏合营独山子炼油厂的开办，引起了国民政府的高度重视。尤其引起如翁文灏、黄汲清、杜重远、程裕淇、龚学遂、周宗浚、孙越崎、卞美年、翁文波等一批专家学者重视。后来，他们都对独山子石油矿藏的开采倾注了心血。
1942年，盛世才投靠国民党，提出把独山子油矿移交国民政府接办。6月28日，盛致电蒋介石，称苏联政府将派外交部副部长狄卡诺索夫来新疆解决独山子油矿及其他重要问题，催请蒋“速派翁（文灏）部长来新同苏联政府及地方政府共同研商独山子炼油厂问题”。
7月，奉蒋介石之命，国民政府派经济部部长兼资源委员会主任翁文灏和交通部公路局局长龚学遂、甘肃油矿局总经理孙越崎等一行来新疆。7月10日，翁便率龚、孙等人到独山子进行视察，了解情况，返回后写出了《新疆省独山子油矿视察报告》，受到国民政府的肯定。翁文灏后又从其所属的中央调查所和甘肃油矿局抽调人员组成地质和工程两个调查队，到新疆进行有关石油开发方面的调查。
1942年7月17日，盛世才致电苏联外长莫洛托夫，说不同意苏方继续和新疆省政府合办独山子油矿，声明“此项企业，当以中国中央政府与苏联政府双方合办为宜”。8月20日，莫洛托夫复函盛世才，表示同意盛的意见，可以由中苏两国政府商议合办，盛立即将复函电呈蒋介石。
蒋于9月1日将复函转给外交部副部长傅秉常、钱长泰及经济部部长翁文灏，并嘱会商具体办法。
从1942年10月15日至翌年3月8日，国民政府和苏联政府的代表在重庆召开4次会议，进行合办独山子油矿的谈判。中方代表为经济部部长翁文灏和外交部副部长傅秉常、胡世泽等。在10月15日的第一次会议上，中方提出《中苏合办新疆独山子油矿协定草案》和《独山子油矿特种股份有限公司章程草案》。1943年1月18日，苏方代表向国民政府外交部提交了《苏维埃社会主义共和国联邦政府与中华民国国民政府对于开发新疆省独山子油矿协定》的建议。在1月26日、2月18日两次会谈中，双方争辩激烈，互不相让。主要分歧有四个方面：1.关于投资问题。苏方主张平均分摊，即各出50％；中方依照中国法律，外资最多占49％。2.关于领导权问题。苏方主张由苏联人任经理，中方任副经理，董事会由双方轮流任主席；中方主张由中国人任经理，苏方任副经理，董事会由中方任董事长，苏方任副董事长。3.关于公司所用土地是否计价问题。苏方提出土地应由中方免费提供，不能计入中方投资；中方主张所用土地系中国所有，与苏方提供设备的性质一样，应算入中方投资。4.关于法律问题。苏方认为任何法律与协定之原则或规定与苏不符者，一律不得适用；中方坚持必须遵守中国现行的一切法律、法令及条例，并向中国政府注册。
在1943年3月8日的第四次会谈中，苏联驻华大使潘友新重申了苏联政府以上四个方面意见后说：“苏方认为（苏方）上述四点，可以保障公司双方之利益，并认为此条件最为适当……倘华方对于上述四点不能接受，则苏联政府认为即无其他解决方案之途径矣。”翁文灏表示“为法律所限，苏方所提四点，碍难接受”，但又说：“今日贵方所提四点，关系重要，候华方予以考虑后，再行约期商讨。”
1943年5月17日，苏方通知国民政府外交部：苏联政府已决定将独山子油矿设备拆卸运苏，双方谈判中止。
在此之前，国民政府派出的两个调查队，一个是地质调查队，由中央地质调查所地质室主任黄汲清任队长，队员由中央地质古生物研究室主任程裕淇、脊椎古生物室主任杨钟键、中央地质测绘室副主任周宗浚、甘肃油矿局技师卞美年和工程师翁文波等组成。地质队的任务是对天山北麓山带及独山子作一些较详细的调查研究，寻找一个或数个有工业开采价值的油田，并对天山南麓山带进行初步勘察。另一个是工程调查队，由甘肃油矿局业务处长郭可诠任队长，队员由该局靳锡庚、许鸿宾、龙显烈、那仞千等工程技术人员及会计等组成。工程队的任务是了解独山子油矿的生产现状、设备资产及投资情况，以便对独山子油矿财产进行估价和接收。两个队的组成人员，都是当时屈指可数的石油工业的技术精英，实力相当雄厚。从1942年11月底到1943年1月中旬，他们都分别在独山子工作了近两个月。尽管当时正值寒冬且设备简陋，但两个调查队人员克服种种困难，以极大的热情完成了调查任务。调查结束后，地质队由队长黄汲清写出了《新疆乌苏独山子石油及煤气矿床说明书》，论述了独山子地区的地理、地质、储油构造、油层情况和开发前景，并绘制有地图，结合独山子油田的钻探资料，对油田展望提出建议。这是由我国地质学家写出的第一份关于独山子油田的地质调查报告，为以后独山子石油矿藏的开采奠定了基础。
工程队队长郭可诠写出了《新疆独山子油矿调查报告》。报告对独山子油田正在进行的钻探、采油、炼油、机修、运输和器材供应等生产和辅助生产情况以及组织机构、职工状况、生活后勤等都作了详细的记述，对油矿财产也作了估价。
两个队返回重庆后，向国民政府报告了调查情况。之后，国民政府同意接办独山子油矿。同时认为如果中方自办，在资金、器材与技术等方面都有困难，有意与苏联进行商谈。但后来由于谈判中双方意见分歧较大，未能达成协议而中止。
1943年6月16日，苏联驻华大使潘友新致函蒋介石，说苏联政府决定“停止独山子油矿及炼油工作，召回各专家，并将自有设备运回苏联”。自此开始，苏方拆运工作一直持续到10月底。除将油矿钻井、采油及各项辅助生产的所有设备、器材拆走外，并将刚建成投产不久的年加工能力5万吨成套炼油装置，以及地面地下管线也全部拆走。留下的除无法搬走的房屋建筑和2套蒸馏釜外，还有1台35千瓦的发电机、1台抽油机、l台车床、1台钻床、1台电焊机、3台拖拉机和2部汽车，均破烂不堪处于报废状态。对11口出油井，苏方人员也将油管起出，套管未拔，灌入重泥浆后将井口焊死封闭。
1944年2月，经翁文灏请示蒋介石同意，特派国民政府驻新疆外交特派员与苏联驻乌鲁木齐总领事商务委员多次协商后，双方正式签订合同，苏方将独山子油矿不能拆卸运走的油井建筑及房屋和设备折价170万美元售给中方。
双方在独山子的交接工作于2月21日完毕。2月28日，苏方人员全数出矿，新苏合营至此结束。
几度磨难气犹存
新苏合营结束以后，1944年4月，国民政府决定由重庆资源委员会甘肃油矿局正式接办独山子油矿及其附近一带油田的采炼任务。8月8日，甘肃油矿局总经理孙越崎率领玉门油矿矿长严爽、炼油厂厂长金开英、乌苏油矿筹备处主任李同照等到达独山子。8月15日，乌苏油矿筹备处正式成立，李同照任主任，原独山子炼油厂代厂长文自璇任副主任。由玉门矿抽调工程技术人员蒋邻湘、康天经二人负责钻井；詹绍启、张芬骞二人负责炼油。工人方面原有独山子油矿职工600多人，其中职员60余人，工人540人，均被接收。
乌苏油矿筹备处成立后立即着手恢复生产，但面临种种困难，由于苏方从独山子拆除了所有生产设备，油矿生产陷于瘫痪。技术人员由甘肃油矿局配备，油矿还有部分熟练工人可以充任生产操作，而器材设备则需从重庆、玉门等地调运，路途遥远，甚为困难。油矿首先解决了供水问题，几经努力，先后启封修复11口出油井，其中7口井能正常生产，单井日产量最高为4吨，油矿日产量10吨左右。同时，在不能自喷的油井上，利用天然气进行“气举”采油获得成功。
乌苏油矿筹备处前后共经营了一年多，从1944年9月至1945年9月，共生产原油3092.7吨，汽油980.9吨，煤油727.2吨。乌苏油矿筹备处曾拟扩大生产计划，尚未来得及实施，政治局势便发生变化。
1945年，三区革命爆发，9月6日乌苏油矿筹备处撤离，主要人员和部分技术工人携眷属经迪化回玉门油矿，乌苏油矿筹备处结束。9月9日，三区革命军接管独山子油矿。
10月，三区革命政府成立独山子油矿管理处，先由工商发展公司主管，后改为实行军事管制，由三区革命政府军事厅后勤处及三区民族军总指挥直接领导。后因三区革命政府内部机构变化，对独山子油矿的归属管理也几经变更，到1949年2月，独山子油矿归属保卫新疆和平民主同盟中央委员会（简称新盟）领导，直至新疆解放。
这一时期，三区革命领导人、新盟中央主席阿合买提江·哈斯木，数次来独山子油矿视察并看望石油工人，向工人们介绍国内外形势，对石油工人的工作成绩给予了很高评价，表彰了油田车间工人瓦力斯·斯迪克在恢复20号井生产中的功绩，向他颁发了一级革命金星勋章，授予“战斗英雄”称号。这期间，三区革命政府和驻矿民族军对独山子油矿的生产设备进行了较完整的保护，使之未受到破坏。
三区革命政府管理期间，由于设备缺乏，技术人员不足，独山子油矿的生产未能有大的改观，基本上依靠原有老井，日产油4～5吨。1947年打了一口深80米的新井，日产原油0.3吨，但不到一年便因井壁坍塌而报废。
据资料统计，从1936年10月独山子炼油厂成立，到1950年9月中苏石油股份公司成立之前的14年间，独山子油矿经过独山子炼油厂（新疆与苏联合营）、乌苏油矿筹备处（国民政府负责）、独山子油矿管理处（三区革命政府主管）三个阶段的经营，共钻井33口，总进尺16128米。其中进行过采油作业的有11口井，出油情况较好的有7口井，产量波动较大，时而日产达110吨，时而降到日产20余吨。单产最高日产达到40吨，有的井能较长时间保持低产量出油，有的则只产气不出油或者间歇性出油。1942年下半年，独山子油矿采取在不能自喷的油井上安装抽油机，用30匹或50匹马力电动机带动抽油机抽油，当年原油产量达到7321吨，为新中国成立前独山子油矿最高年产量。14年间，独山子油矿共生产原油21186吨，加工原油20339吨。其中，生产汽油5555吨，煤油4343吨，柴油约2000吨。这也使得独山子油矿成为了同玉门、延长油矿齐名的解放前中国“三大油矿”之一。
民国时期，尽管独山子石油矿藏的开采取得了一定的进展，但是由于国内政局的动荡，最终决定了刚刚品尝到工业化开采滋味的独山子油矿历经坎坷，惨淡收场。1949年新疆和平解放时，名列全国三大油矿之一的独山子油矿仅有职工150人，日产原油3～5吨。
此时的独山子，已走出漫漫长夜，迎接着黎明的曙光。
注释：
①、②王连芳《新疆石油史丛稿》，新疆人民出版社，1999年4月。
③《独山子石油厂工作计划之实施办法》，1939年5月。
④《旧中国的独山子油矿》，邵家曙著，独山子炼油厂1986年《五十年的历程》登载。《多民族的职工队伍》，王连芳著，《新疆石油史话》登载，1992年版。