自此之后和卓的政治势力虽被清政府摧毁，但是流亡国外的和卓后裔仍不甘心失败，曾数次入侵南疆作乱，和阗亦经常笼罩在腥风血雨之中。
大小和卓叛乱失败后，大和卓波罗尼都之子萨木萨克逃往浩罕、布哈拉等地，多次企图复辟未遂。萨木萨克死后，其子之一张格尔自道光元年至道光八年（1820～1828年）共来作乱四次。其中第三次（1826年）攻陷喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗。这年七月二十日，张格尔叛军一支前来攻打和阗，和阗因内变失守，和阗领队大臣头等侍卫奕湄及帮办大臣副都统衔桂斌等被叛军和暴民杀死，城内衙署、民房被焚毁，损失惨重。叛军头目约霍甫遂占据和阗，称王委官。这年年底，扬威将军长龄委派由北京年班回到阿克苏的五品伯克伊敏前往和阗打听消息。伊敏到和阗后，向民众讲述了大兵压境的形势，发动当地各族人民抓获和阗王约霍甫（张格尔之表兄）及从党缚献清军大营，并击毙叛军一百余人。鉴于和阗群众对战乱的恐惧心理，清军暂时没有进驻和阗，只是奖赏了五品伯克伊敏、六品哈资伯克玉苏甫沙及民众马廷宣、高万友等数百人，令和阗人自行固守。不久，张格尔又派叛军一千六百多人占领和阗，杀害了曾迎接清军的阿浑穆图巴拉父子、伊斯玛依尔等，纠集当地三千余暴民盘踞坚守。第二年（1827年），清军连克喀什噶尔、英吉沙尔及叶尔羌。四月，提督杨芳前去收复和阗，杨芳率军进至毗拉满地方与叛众数千人相遇，清军势如破竹，叛军不堪一击，清军追杀二十余里，杀敌二千多名，生擒一千余人，缴获大炮、刀枪、火药无数，擒获叛军首领噶尔勒。清军乘胜直取和阗，和阗旧时伯克闻讯带领一千多民众迎接官兵入城。和阗再次克复后，由总兵史善载率兵驻扎镇守。
道光十年（1830年），浩罕国人挟持和卓后裔玉素甫入侵南疆。维吾尔官吏与民众配合清兵防守和阗，甚为出力。阿奇木伯克伊斯玛依尔捐粮三十万斤，以备军需，并派其子迈玛特阿皮斯带维吾尔士兵二千余人在和阗西境扎瓦军台防堵。由于军民合力防守，玉素甫叛众未敢骚扰和阗。
在这些不断的叛乱与平叛、不断的流血后面隐藏着一个特点，所谓叛军，其实没有严格的组织，没有统一的军服，甚至连制式兵器都没有，实际上只是一群乌合之众。而且叛乱头子自外地带来的叛军并不多，一般是一千来人，多不过三五千。但是到了和阗却为什么一下子就成了气候？这与和阗当地有相当多的暴徒乱民参加了进去。那么这里的民众为什么经常误入叛乱者的行列呢？这是与和卓们创立的宗教教派有关。
和卓们所带来的教派，是被伊斯兰教正统派视为异端的依禅派。依禅也译作“伊山”，波斯语音译，有“互助会”、“集团”之义，字面含义为“苦修教徒”或“持戒教徒”。依禅派是在伊斯兰教神秘主义派别苏菲派的影响下形成的，十六世纪中亚布哈拉的大依禅和卓玛哈图木·阿杂木将其传入新疆南部，其后分成白山派和黑山派，两派斗争在十七世纪末阿帕克和卓夺取南疆的统治权时达到高峰。两派各有许多分支和小教派，称“苏鲁克”，又各有自己的神职人员和组织系统。神职人员有一定的等级，首领或教长称依禅，自称为穆罕默德的后裔，职位世袭；信徒称“穆尔提”，办事机构称“罕尼卡”（后演变成为依禅派教徒举行集会祈祷仪式的场所）。信徒的修道处，称“都瓦房”。罕尼卡和都瓦房大都在有墓地的地方。
诵经时用念珠或小石子记数，信仰和仪式具有浓厚的神秘主义色彩。正统派只认为真主是惟一的，穆罕默德是他的最后一位圣人；而依禅派除了承认真主是惟一的、穆罕默德是他的最后一位圣人之外，还尊崇历代哈里法和为传教而牺牲的先烈。正统派只在礼拜寺里聚礼，而依禅派却崇拜坟地，经常聚众在墓地里举行大规模的教事活动。正统派在进行教事活动时严格按照《古兰经》和《圣训》所规定的程序，尊奉文明的原则；而依禅派在进行教事活动时，尤其是在墓地里举行祈祷活动时，气氛强烈，经常使用剧烈的动作和发出宣泄的声音。正统派经常向教徒们讲解经文、圣训和教规，主张教徒要努力弄明白宗教的真谛；而依禅派则宣扬经文既然是来自真主的声音，就是无比神圣的，是凡人所不能完全理解的，因此经文是不能翻译的，是不能试图弄懂的，只有转世的第十三个哈里发和作为圣人后裔的和卓才能正确传达宗教的含义，才能代表真主和圣人向芸芸众生指路。
正统派认为人活在现世虽然是赎罪来的，但是人一旦按真主的意志来到了这个世界上，就应该按真主的意志认认真真地走完自己的人生道路，直到真主将你召回去为止；而依禅派则认为人到这个世界上来只是为了赎罪，赎罪就不能追求浮华，生活得越贫穷、遇到的苦难越多，所赎回的罪也就越多。依禅派还号召信徒参加圣战，宣扬为圣战而死是赎罪的最好方式。从喀什噶尔到和阗，绿洲里的农民和普通市民，生活贫困乏味，眼界狭窄，精神生活枯燥单调；他们十分乐意接受依禅派，尤其是热爱依禅派给他们提供的宣泄机会，在撕心裂肺般的、但又说不清缘由的剧烈宣泄以后，他们会觉得精神上好受多了。他们不识字，不懂得阿拉伯语文的经文和圣训是什么意思，他们需要有人指引他们。和卓进入南疆没有多长时间，依禅派就在底层群众中传播开来，南疆农民和普通市民几乎清一色地都是依禅派的信徒。长期被压抑着的宣泄的欲望、赎罪的热情，一旦被他们的指引者煽动起来，他们就会像点燃的火药一样猛然爆发。这就是历次叛乱都会有大批的当地响应者参与的原因。但是如果事情一旦失败，那股热力消失，他们又会立即回到卑恭温驯、浑浑噩噩的状态中去。一段史实堪为例证：1826年（道光六年）7月18日夜晚，张格尔率五百从众由玉齐山潜入境内，五更时到达喀什噶尔城以北九十里的阿图什庄，在新疆第一位伊斯兰教国王苏里唐·沙土克·波格拉汗的陵旁向聚集而来的民众宣布，他将前往喀什噶尔阿帕克和卓麻扎去祭拜先祖在天之灵，恢复白山派的和卓政权。消息传出，信徒纷纷向阿图什汇集，两三天内就聚集了万余人。
喀什噶尔参赞大臣庆祥闻讯立即派兵前去征剿，无奈区区几百兵士根本驱散不了满山遍野黑鸦鸦的人群。而这时张格尔已潜行到喀什噶尔城东面的阿帕克和卓麻扎，与喀什噶尔城里的内应相配合，打败了前来包围的清军。短短几天之内，喀什噶尔城外所有的清军防线全被当地叛众摧毁。清军残部在庆祥的率领下退守喀什噶尔徕宁城，但这座土城墙高耸的兵防之城却像一座孤岛，被突然间变得暴烈的叛民团团围住。叛民们以可怕的狂热不分昼夜地攻城，在坚守一个多月后，徕宁城于九月二十八日被攻破，参赞大臣庆祥自刎殉国。第二天，张格尔举行了盛大的入城仪式，宣布自己是“赛义德·张格尔苏丹（即圣人后裔张格尔国王）”。不久之后，塔里木盆地南缘的所有地方全部被张格尔占领。然而时隔不久，各地民众又纷纷脱离张格尔，在清军组织反攻的时候，各地民众争先配合清军的行动，杀灭和绑献当地的张格尔属下的官员军人，风扫残云般地消灭了张格尔叛乱政权。两年以后，张格尔被当地民众抓获，缚献清军，张格尔被押解北京极刑处死。
虽然随着平定大小和卓的叛乱、和卓势力被清除出新疆的政治生活之外；虽然随着和卓们远遁中亚、他们人不在了，但是他们所传播和建立的教派却留了下来，并且在南疆的下层群众中深深地扎下了根。这个教派使这个地区就像一个巨大的魔湖，水平如镜与狂涛巨浪相融合得那么自然和谐、天衣无缝。
奕山懒得去了解和阗的风俗民情。他一直认为，草民是皇帝的牛羊，为皇上放牧这些牛羊的是那些县官和州官，他们不是有个别号叫作“县牧”和“州牧”吗？那是他们的差事，而他奕山是在那些官员之上的，是属于主子那一层的，天生的就是要被别人侍候，天生的享尽人间荣华富贵而无须承担责任的；他奕山是使唤那些下等官员的人，而不是直接管理草民的。他在和阗当办事大臣，不过是走个过场、堵堵一些人的嘴巴而已，他怎么能去做那些下等官员干的事呢？
但是他不知道，他屁股底下的太师椅并不好坐，那把从京城带来的红木太师椅随时都可能变成一只大号火药桶。