南方的浸礼会在重建时期也加强了教育黑人的工作，他们对北方的支持表示由衷的欢迎。在东德克萨斯，彻罗克依浸礼协会在一系列年会上提出黑人教育的问题。在第28次年会上协会提出：“我们要建议我们的牧师和成员要通过建学校和教堂，以值得称赞的努力去帮助他们（黑人）提高智力和道德水平。”在第29次年会上，协会的有色人种委员会的报告中提到协会的教友们用一万美圆在马歇尔城购买了一所房子作为黑人学校的校舍。在协会的另外一次会议上，有色人种委员会的成员们表示，“我们惊讶于这个种族在……财政、教育和宗教方面正在取得的进步。看到他们在马歇尔城的主教学院，坐落于合尔纳的浸礼神学师范学院，他们其他的很多学校……以及他们正努力为孩子们能走进课堂而实施的许多计划，我们确信他们会因为教育而成功。”
在这期间还有很多宗教团体热心于黑人教育事业。罗马天主教在佐治亚的萨凡纳、华盛顿以及奥格斯特等地开办学校。卫理公会也是通过开办小学，培养教师和教士的方式尽可能地去满足南方黑人教育所需。到1869年，卫理公会的自由民援助协会在南方很多地方建立了小学，其中田纳西7所；佐治亚20所；阿拉巴马4所；肯塔基2所；路易斯安那4所；佛吉尼亚3所；南卡罗来纳9所；北卡罗来纳l所；密西西比8所；这些学校总共有教师105名，学生2，000名。此外，协会还建立了6所学院和师范学校，2所圣经学校，1所孤儿院。这些学校包括位于田纳西那什威尔的中田纳西学院，后来的华顿大学；位于佐治亚亚特兰大的克拉克大学；位于南卡罗来纳奥瑞支伯格的克莱芬大学；位于密西西比郝利斯伯灵斯的肖大学，后来的儒斯特学院。
尽管各民间机构和宗教组织在重建时期继续为救助自由民不遗余力地工作，但在这些团体中最为突出的还是没有教派之别的美国传教士协会。
美国传教士协会自诞生之日起，就一直致力于改善美国黑人的生存状况。它先是一个反奴隶制的斗士，战争期间和战后投身于救助自由民的工作。在极其艰苦的条件下，在南方为黑人建立了大量的学校。联邦政府的自由民局成立后，由于从自由民局得到了一定的财政资助，协会的工作开展得更为深入。1867年，仅在成人教育领域，协会就有日校学生29000人，夜校学生9800人。
在救助自由民的过程中，协会的领导们逐渐认识到“任何一个种族都不能永久地依靠别的种族而达到最终的发展。必须教育黑人去拯救自己并学会如何去做；教育黑人用自己的教师和教育家去筹划种族的未来。”尽管黑人对现代工农业了解甚少，对现代的生活方式也知之不多，但“已被证明对白人的基督化和文明开化起作用的经验也应该对黑人同样适用”。因此，应当在为黑人普建小学的同时建立高等教育机构，以培养黑人教师及各领域的领袖人物，使黑人真正成为一支独立的力量参与美国的社会生活。基于这样的认识，协会开始致力于黑人中等教育和高等教育。1867年，协会在佐治亚的亚特兰大建立了亚特兰大大学。在经费极端困难的情况下，协会劝导黑人们为校舍开挖地基。从1869年～1871年两年间，协会为学校投入了19，000美圆。但是财力的投入只是开始，学校面临着到哪里去招收合格新生的问题。在1870年代，学生入学要经过考试，其中有英语、拉丁文和希腊文、历史、地理、几何和代数。由于南方黑人教育刚刚起步，没有真正意义的中等教育，因此学校只好开设预备课程以帮助黑人通过考试。这样，直到1872年学校有预备班毕业生时大学部才真正开始，当时有学生12名，到1876年，有6名学生最终毕业。与此同时协会还协助开办了伯瑞学院、费克斯大学、特拉迪戈学院以及汉普顿学院等。尽管这些学校在当时并没有达到大学的层次，但对黑人来说它们的重要意义在于，黑人第一次在自己曾经是奴隶的地方获得了进入大学的机会，它们培养了众多的黑人领袖。这些学校在协会的控制和管理下，逐渐从中等教育，有的甚至是初等教育的水平发展到高等教育的层次。特拉迪戈学院后来被南方各州的学院及中等学校协会评为最好的学院，而汉普顿学院对美国黑人高等教育产生了极为深刻的影响。
在战争结束后的岁月里，黑人教育领域中一支重要的力量开始崛起，那就是慈善基金会。从北方的工业革命中大获其财的一批新富翁，出于公民与道义的责任，开始以建立慈善基金会的方式回报社会。尽管这些基金会并不完全为黑人教育服务，但这些基金在一定程度上影响了南方黑人教育的发展方向。
乔治·皮博迪是第一个捐助教育的北方慈善家。1867年，他拿出首批100万圆建立了以他的名字命名的基金会，以此“在南部和西南部各州比较贫苦的地区为促进和鼓励青年人的智力、道德或工业教育的发展”。他特别指出基金要使所有人受益，以需要为标准，不应以种族和宗教为标准。皮博迪亲自挑选了15名成员组成董事会管理这份基金，其中6名为南方人。董事会选举曾任马萨诸塞州教育厅长，当时任布朗大学校长的巴纳斯·西尔斯博士为基金会主席。
基金会成立后，在一年内为北卡罗来纳州和佐治亚州雇请黑人教师捐助了4000圆。捐助的数额虽少，但捐助的方式却意义重大，它在很大程度上对南方形成种族隔离的学校制度起到了推波助澜的作用。
基金会的总的政策是只捐助已有的且得到地方支持的学校，即公立学校，使部分好学校成为其他学校的样板。西尔斯反对“混合学校”，确信白人不会进也不会支持“混合学校”，因此基金会只对实行种族隔离学校教育的社区给予捐助。而且在捐助过程中不应被考虑的种族因素也成了影响基金会决策的重要因素。1869年，西尔斯提出给黑人学校的份额要比白人学校的少1／3，原因是黑人学校的维持费用要少于白人学校。尽管在实际的捐助中黑人学校和白人学校经常相同，但基金会捐助政策中所隐含的种族歧视是显而易见的。
重建时期，南卡罗来纳和路易斯安那两州实施种族混合学校制度的争论导致了基金会捐助政策的改变，基金会为路易斯安那州反对混合学校的私立白人学校捐助了17000圆。虽然西尔斯一再表白他是一个政治中立者（“我从不投票，甚至在私下里也从不谈论政治问题”），但在1874年当他得知查里斯·萨木那向国会提交了人权议案后（人权议案中有混合学校的条款），他进行了大量的院外游说，声称如果学校的限制条款不加改动，将会导致南方整个公立学校的崩溃，黑人和贫苦白人都得不到接受教育的机会。他还在报纸上匿名撰文维护种族隔离的学校，说如若实行混合学校制度，南方的白人们将会抓住机会废除公立学校，重新回到原来的状态。
尽管由于各种原因，反对混合学校制度的并非只有西尔斯一人，很多白人甚至黑人也热衷于隔离学校，但以西尔斯为代表的皮博迪教育基金会以它特有的影响力为南方建立种族隔离的学校教育制度奠定了基础。在以后的岁月中，南方建立了种族隔离的教育制度，1896年，在普莱西诉弗格森一案中，最高法院更是把“隔离但平等”这一教育政策确定下来，使黑人不但饱受隔离之苦，而且不平等的教育阻碍了黑人历史前进的步伐。
三、黑人的教育自救
南北战争的胜利及宪法第14条第15条修正案使黑人在法律上获得了公民权和选举权，获得人身解放的黑人深知只有掌握知识这个武器，才能为自身争得更多的平等权利，因而，在重建这个给黑人带来巨大希望的年代里，黑人们对教育寄托了更多的希望，开展了各种形式的教育自救。
北方的黑人一直没有放弃对南方黑人兄弟的救助，1866年巴尔的摩有色人种道德和教育促进会从黑人市民中获得23000圆的捐款以用来支持南方的教育。纽约布鲁克林的一个黑人组织在战争期间就在华盛顿特区为黑孩子建立了学校，到1866年，这个协会在密西西比、路易斯安那、马里兰、佛吉尼亚、南北卡罗来纳等地为黑人开办学校。到1869年，协会雇佣的教师达129人，受教育的学生达8000人。
南方的黑人们也自己行动起来，他们创办“当地人学校”，由黑人教黑人。1866年自由民局的总督学阿尔福德在他的第一份报告中对这种现象给予了极大的关注。阿尔福德写道：“没有其他的教学，他们便决心自己教自己。在任何地方都可以看到黑人手中捧着初级课本或课本的散页。”他这样描写北卡罗来纳古兹堡的一个“当地人学校”，“两个有色年轻人，……召集了150个小学生，全都极有秩序，学习努力”。阿尔福德估计这样的学校至少有500所，而且遍布南方各地。更能说明黑人求知欲和乐于让子女接受教育的是有些地区的黑人向军管当局请求对他们课税，以便有足够的资金建立学校。阿尔福德写道：“我见过一份（请愿书）……至少有30英尺长，代表10000名黑人。看到长长的家长名单上的名字和打×的符号很令人感动。他们无知，但却恳请让自己的孩子能受教育，尽管极度贫寒，他们还是保证会支付费用。”