宋代，渝州港又被称为“控两江之会，漕三川之粟，城为便利”。这“三川之粟”的粮食，主要供应军需。南宋每年450万石（每石为75公斤左右）的军粮总额中，川粮占1/3左右。渝州港除运军粮外，还运用巴蜀茶叶与少数民族换回的战马。南宋在四川设茶马司，每年交换战马二三万匹。战马的纲运，取长江一线，经渝州运荆州，再转运各驻军使用。马纲船每艘船工8—15人，分艄公和“伙儿”两种：艄公即所谓“长年三老”，负责掌舵及航行指挥；“伙儿”系一般船夫，担任划桨拉纤。到南宋后期，重庆因其在军事上和交通上的重要地位，成为南宋王朝在长江上游抵御蒙古贵族军队进攻的山城防御体系的核心。宋军建立了以重庆为总枢纽的战时水运交通网，一方面与设置在长江、沱江、嘉陵江、涪江、渠江等江河两岸险要山隘、交通要道上的数十处城堡紧密联系，及时船运兵员、粮秣，传达命令、情报；另一方面又通过长江水运与长江中下游地区及南宋京城临安随时联系，运送援兵、粮食，传送圣旨、报告。这种有效的防御体系，抵御蒙古贵族军队的进攻达40年之久，而维系这个体系的决定性条件之一就是水运。
元代，重视驿站建设，在重庆建有以朝天门为枢纽的水陆驿站网。
元末农民起义军领袖明玉珍在重庆建立大夏国政权后，又利用以重庆为中心的水陆交通网控制四川和鄂西、黔北，并开通朝天门，以此门作为沟通两江及所属各府、州、县水陆交通的总枢纽。
明初，朝廷对四川的航道、栈道进行了整治，水、陆驿站大增，重庆港成为连接川西、川南、川北、川东等州府70个水驿组成的四川水运网的中心，并且西达云南、贵州，东至湖南、湖北、安徽、江苏。在重庆府域内的19个水驿中，朝天门水驿仍居重要地位。
清代，沿袭并进一步发展了以重庆为中心的四川水运网。随着四川经济的发展，粮食大批外运，特别是清乾隆八年（1743年）后，清王朝议准四川所储米谷，在邻省需粮接济时调运出川，大批粮食经重庆港集中后，源源不断地运往长江中下游各省。清嘉庆《四川通志》记载，雍正至嘉庆年间（1723~1820年）从四川11次官运粮食787万石出川，全部都是集中重庆通过长江，水运江苏、浙江、福建等地。由重庆港转运的川盐供应川东、川北及黔北、鄂西地区。清代重庆港转运的滇铜、黔铅是清王朝铸造货币，制造枪弹及宫廷建筑装饰工艺品的重要原料。清代乾隆年间修纂的《巴县志》卷十《物产》在述及重庆水运时称：“三江总会，水陆冲衢，商贾云屯，百物萃聚……运至秦楚吴越闽豫两粤等地。水牵云转，万里贸迁。”川江航运发展到又一个高峰。
（二）放筏业的兴盛
三峡水域的先民们，在开始发明独木舟之前，就曾以木筏或竹筏作为渡航工具，以后，逐步得到发展，历代都将其作为运输竹木的重要手段，特别是在明清两代，更以此用来大规模地运送皇木。
明朝年间，朝廷多次派人到四川采伐楠木。永乐四年（公元1406年），为修建北京行宫，明成祖先后五次敕命工部尚书宋礼到四川采伐和督运大木，由长江转运北上。嘉靖三十六年（1557年），为了营建三殿，又派官员到四川，采运木枋15712根。万历三十五年（公元1560年），复向四川额定采伐楠木24610根，限三年内分运北京，以供营建。并在涪州设有督木同知，专管采伐督运和支付钱粮。这些木料，均扎筏运输，三峡水域，船筏争流，号子船歌，震荡峡谷，一派繁忙热闹景象。
清政府在乾隆七年至嘉庆十三年（1742—1807年），为了建造万年吉地“天坛”和“圆明园”，先后14次从四川、川黔、川湘交界的地区采办皇木。这些长度16.5—26.5米、直径3.3米的巨大皇木，由林区转运在綦江、岷江、金沙江等河边，扎筏运至长江，在重庆汇集。由各水次、州县护送至厅（今江北区木关沱），再通知前程水次、州县接运护送到京城，约需一年时间才能运到。清代重庆江北一带，春季木排皆泊域下，入夜灯光与岸上相应，真若一片星空。
除了运送皇木外，民间也常以筏运输木竹，放筏运输业很是兴盛。
在长时期的筏运中，为了运输便利，工人们创造了适宜各种河道航运的筏型。其中长江常用的筏型，可概括为三句话：即市内扯拖拖，乐山放木筏，宜宾送大排。
拖拖筏：拖拖指材积少的木材运输，也叫放水。木材量从二三米至三四十米。将直径大而长的木材作底部，小而短的木材堆在上面，下面用纤藤编扎，四周用羊耳箍头捆紧成长条形的拖拖，扯水篼为划水工具，放至用户指定码头，方便、及时、费低，很受用户欢迎。
木筏：扎制木筏材积，一般是120—150立方米，少数是80—100立方米，大的为220—250立方米。木筏的各个部位，都按严格的标准选料、编扎。
筏型：两头窄，中部稍宽，形似腰鼓。艄叶：两头直径大小相等，少节疤，叶片符合要求。艄条：通常用五根小而长的木料，接逗捆扎而成。神桩：短而小，质坚。筏头：筏头头径相当，长短有别，便于衔接拼逗，筏尾料亦然。担子：直径中等，越长越好，通常两根，接扎而成。脚盘：扳艄之处，直径相等，长短有别。铺盘：睡觉搭棚处，短而匀称。铺盘侧设水井，供饮用。榨仓：任何料都行。保筒：大渡河才用保筒，直径大、含水量多、浮力好。按照上述标准要求，先用纤藤编扎筏头，依次嵌接至中部和收尾，使整个木筏成为两头窄，中间宽的腰鼓形，在底盘上捆六根担子后，先拉上脚盘、铺盘，后拉堆仓料，带好连筋、边筋，立好神桩，挂好艄条，便捆扎好木筏了。
大排：大排材积一般在1800—2200立方米，它的长、宽分别为50米、20米。其捆扎要求与木筏基本相同，只是更为复杂，需要精心扎制。
三、航运业在困境中前进
（一）木船航运独霸川江的地位受到冲击
光绪十六年（1890年），《烟台条约》续增了《重庆通商条约》专条，重庆正式开启为对外商埠。第二年3月，重庆正式开关。重庆开关后，“洋货”陆续涌进重庆。英商虽然取得了川江自备木船之权利，但因宜（昌）渝之间，滩多险恶，驾驶须具特殊专才，稍为不慎，即有倾覆之患。因此，外商便雇用三峡水域木船运输，三峡水域里也就出现了“挂旗船”与“厘金船”。
挂旗船，简称旗船，系由外国洋行租用，悬挂外国国旗的中国长途货运木船；厘金船，系本国商人运货按旧规缴纳厘金的木船。自开埠以后，重庆逐渐成为外国资本主义向中国西南地区倾销洋货和掠夺中国西南地区土特产品、战略物资的基地。“洋货”源源抵港，“土货”大量外运，挂旗船不断增加。在重庆被迫对外开辟为通商口岸的1890年，由英商太古洋行租用的第一艘运白蜡、生丝出口的挂旗船由重庆驶往宜昌。当年，进出重庆港的挂旗船达607艘次，到清光绪二十五年（1899年），挂旗船达到2908艘次，货运量达10万吨，成为入川洋货的主要承运者。同期，进出重庆港从事货运的厘金船数目更多，清光绪二十年（1894年），经过重庆唐家沱厘卡的上水厘金船达10000艘次、下水厘金船达8000艘次。1907年，由重庆以下三峡水域进出重庆的厘金船有11727只，由重庆以上三峡水域进出重庆的约750只，由嘉陵江进出重庆的约5000只。木船航运业进入又一个繁盛时期。
但是，好景不长。当机械为动力的轮船在三峡水域试航成功以后，以人力为动力的木帆船则受到了很大的冲击。
1898年，英国立德乐“利川”小轮入侵重庆。1909年，国轮“蜀通”驾驶抵渝。这以后，中外轮船公司纷纷组建并制造轮船航行三峡水域。进出重庆港的轮船，1921年为500艘次14.6万吨，1922年达913艘次，货物装载量达31.8万吨，而到1936年，则增至2146艘次。
轮船装载量大，航速快，安全系数大，促进了川江航运事业的发展。但它对木船业来说，却是很大的威胁，木船业从此开始走上衰败的道路。行驶重庆至宜昌的长途木船——“广船”，最多时曾达1000余艘，但到1928年，减少到只有3艘！重庆上游渝叙之间，自通轮后，有半数物资被轮船承运。其他通轮码头，木船货物亦渐减少。幸滩险未平河道浅，每年有1/3停轮时间，货运尚未全部丧失，木船得以生存其间。
面对川江干道轮船的竞争，部分木船只得转入小河支流。1926年前后，嘉陵江有木船3000余只，约10万吨，年运量50万—70万吨。此时的合川，因位于嘉、涪、渠江交汇的中转港处，下运重庆的货物，在此换深水大船，上运川北的货物，在此换浅水小船，港内停泊木船常在千艘以上，来往船工日达数千人。川江航运业在轮船冲击下艰难地前进着。
由于川江木船航运的萎缩，众多的船工被迫失业。据《贸易统计及报告》第11—12页所载的《华洋贸易情形论略》里记述，1922年前后的木船航运业，“其（重庆）衰败之甚，亦不卜可知。举凡船户水手纤夫之失业者，实繁有徒。不宁惟是，所有倚民船航行而谋生计者，无不受其影响。如造船家、修船厂、木匠、铁匠、纤索铺、饭店等，皆不聊生矣。”
即使有幸尚在川江木船航运船只上谋生的船工，其生存境况亦每况愈下。
他们的人生安全得不到保障，随时都有葬身鱼腹之虞。在险滩急流中航行，危险性本来就很大。当外国轮船在川江航行时，遇木船不让道，不减速，浪翻撞沉木船的海损事故时有发生，而外轮又拒不赔偿。《华洋贸易情形论略》在记述1921年川江下行木船的遭遇时写道：“若遇轮船逆流上驶，即受鼓浪之危，损失颇巨。盖多数轮船……遇此众多民船于危险之途，亦未尝收敛速度，其结果不免使民船触其怒涛，即行覆没。所损货物，既系宝贵之品，而所损生命，亦属巨大之数。多数案件请求赔偿，亦无切实受理。”《长江航运史》所载，更是触目惊心，外轮“在内河航道上恣意横冲直撞，他船稍失回避，一与相碰，立成齑粉，船民告诉无门，而诉讼一涉外国领事，则白送性命，耽搁功夫。外国船只愈益恣意横行，在遇有舢板或小船碍路时，总是直冲过去将它们撞沉，以致在中国的水道上，难得有一天没有船只不被这样撞沉的。”
即使在行船中有幸不葬鱼腹，但因船主经营维艰，船工的收入也十分微薄。
中国木船业在关税上享受不到外轮的待遇。侵略者靠不平等条约获得了轻税的特权。“外国商船进口，载货一百五十吨以上者，纳钞银五钱，不及一百五十吨者，每吨纳钞银一钱，已经在一口缴纳船钞的，进别口时，止纳货税，不输船钞，以免重征。外商进出口货物大部分税率按‘值百抽五’收征，进出口内地一次加征关税的一半（货值的二点五）的子口税，即可‘准由中国商人遍运天下’。而中国木船不但得不到政府关税的保护，1854年以后还受到各地的厘局的重重盘剥，‘逢关纳税，遇卡完厘’。”据民国23年（1934年）出版的《四川工商》记载，重庆木船的杂税有23种。其中唐家沱敛税7种、朝天门敛税6种、黄沙溪敛税10种。过往船只除按章纳税外，海关、税务局、盐务局、禁烟检察站、军宪检查站，水上警察局等机关还遍设关卡，向船户索要竿子钱、划子钱、验票费、码头费、巡夜费、冬防费等，水上保甲还要摊派壮丁费、慰劳捐、寒衣捐等。所有这些“钱”、“费”、“捐”，最后都转嫁到船工身上。
（二）川轮航业与外轮侵略的斗争
自1898年英国“利川”轮入侵三峡水域得逞后，列强对四川的侵略活动更加猖獗。为镇慑当时的义和团起义和四川人民的反帝怒潮，他们以保护侨商为名，英，法、日、德等国纷纷把兵舰开入四川，用武力为商船的入侵铺平道路。
最先闯入川江的是英国的炮舰“鸟德科”（又名“山鸡”）和“鸟德拉”（又名“山莺”）。接着，法国的炮艇“阿纳利”和“大江”，德国的“华特兰”和“娥特”，日本的“伏见”，美国的“盖巴乐斯”号等亦先后闯入三峡水域。仅宣统元年（1909年），在重庆江面停泊的外国军舰就有5艘，其中英国3艘（威进，鸟德拉，鸟德科），法国1艘（阿纳号），德国1艘（协脱号）。这些军舰在川江耀武扬威，横冲直闯，浪沉民船，滋事生非，起到了威胁人民，保护外商在川利益的作用。
在侵略者兵舰开路的基础上，带有营业性质的商轮即接踵而来。最早驶入川江的商轮为英国的“肇通”号。以后，帝国主义商轮涌入三峡水域，并以美商美孚石油公司和英商亚细亚头油公司之油轮为首，其他如英商白理洋行的“隆茂”、“大来裕”等共十余家公司的商轮也相继涌入。据《四川经济参考资料》记载，1930年，三峡水域共有华轮54艘，24455吨，外轮47艘，27068吨。从数字看，外轮艘数虽比华轮少，但吨位却比华轮大，华轮多系短航，而外轮则多由长江下游直航四川。因此，四川的进出口货物，几乎全为外轮所垄断。