根据共同纲领和人民政协组织法的规定，代行人大职权的人民政协闭会以后，将行使国家权力的职权付与人民政府委员会。因此，人民政协代行人大职权的根本性在于赋予人民政府以合法性。中国共产党领导中国人民通过武装斗争而取得革命胜利，但它并没有独占政权，而是通过协商的办法，发动各个社会阶级和各阶层，普遍代表全国人民的利益，共同策划建立新中国。这就从实质上使中华人民共和国成为一个普遍代表中国人民的民主政权；从形式上通过人民政协代行人大职权，赋予人民政府以合法性，符合现代的民主规范。人民政协通过代行人大职权，代表全体人民行使对国家的统治权，体现了创建宪法和基本法律以及开会期间的重大事项的决策权。但是，人民政协并不具体执行国家权力，而中央人民政府为最高国家权力机关的执行机关，根据人民政协的决议，在人民政协的授权范围内行使职权[19]。
1952年12月24日，中国人民政治协商会议全国委员会常务委员会举行扩大的第四十三次会议，周恩来代表中央说明中国共产党的提议，他指出，建国之初根据共同纲领规定的以政协全国委员会执行全国人民代表大会的职权，以地方各界人民代表会议逐步代行人民代表大会的职权，这种过渡时期已经过去了。我国即将进入大规模的有计划的经济建设的新时期。为着适应这一新时期的国家任务，就必须根据共同纲领的规定，定期召开全国人民代表大会和地方各级人民代表大会。为此，中国共产党提议由中国人民政治协商会议向中央人民政府委员会建议，根据中央人民政府组织法第七条十款所规定的职权，于1953年召开全国人民代表大会和地方各级人民代表大会，并开始进行起草选举法和宪法草案等准备工作[20]。
1953年1月，中央人民政府委员会召开了第二十次会议，讨论关于筹备并召开全国人民代表大会和地方各级人民代表大会问题。会议决定：1953年召开由人民用普选方法产生的乡、县、省（市）各级人民代表大会，并在此基础上召开全国人民代表大会。同时决定成立以毛泽东为首的中华人民共和国宪法起草委员会和以周恩来为首的选举法起草委员会。为了保证民主选举工作的顺利进行，保证广大人民群众享有真正的民主权利，1953年3月1日，中央人民政府颁布了《中华人民共和国全国人民代表大会及地方各级人民代表大会选举法》。随后，全国各地陆续开展基层民主选举。
为了在实行人民代表大会制时，能继续充分发挥民主人士的作用，1953年6月，中央统战部制定了《关于人民代表大会制实行后统一战线组织问题的意见》和《关于实行人民代表大会制时安排民主人士的意见》两个文件，提交于6月召开的第四次全国统战工作会议讨论。对这次会议，中共中央和毛泽东非常重视，中共中央政治局专门开会讨论，毛泽东、刘少奇对统战工作都作了指示。这次全国统战工作会议，对实行人民代表大会制之后的有关统一战线问题，明确了以下几点：（1）人民代表大会制度的实行，决不意味着要削弱统一战线，而是应使其更为巩固和加强。在对民主人士的安排上，凡是已经同我们合作的，仍应根据具体情况，用各种方式从各个方面分别予以适当安排。凡有民主人士的地方，自县、市以上各级人民代表大会，都要做好民主人士的安排工作。（2）在人民代表大会制度实行后，中国人民政治协商会议不再代行全国人民代表大会的职权，它作为统一战线组织将继续存在。会后，这两个文件经中共中央批准转发各地执行。会议经过讨论，最后形成了《关于各省、市人民代表大会和省市人民政府委员会中民主人士安排方案的意见》，并于4月得到中共中央的批准。该文件提出：人物安排，应以全国省市的人民代表大会、人民政府、政协委员会等方面通盘考虑，适当安排，尽量减少兼职，以便提拔和吸收一批新代表人物，扩大阵容；民主人士在省、市人民代表中的比例，省可占到30%，市可占到35%；要注意吸收一批文教科技人员，适当吸收私营工商业中有代表性的人物和有代表性的妇女。
1953年9月公布的过渡时期的总路线，标志着中国共产党的社会改造指导方针发生了重大转变。消灭资本主义生产方式和资产阶级的任务被提上日程，人民政协代行人大职权的基础发生根本动摇。
1954年3月20日至4月11日，召开第五次全国统战工作会议，专门研究人民代表大会制实行后人物安排工作。为了做好人民代表大会制实行时对民主人士的安排工作，真正做到各民族、各民主党派、各阶级的代表人物都有份，中央统战部在1953年7月，制定了《关于实行人民代表大会制时安排民主人士的意见》和《关于人民代表大会制实行后统一战线组织问题的意见》。
1954年9月15至28日，第一届全国人民代表大会第一次会议在北京隆重举行。在1226名全国人民代表中，共产党员668人，占54.48%，非中共人士共558人，占45.52%。常务委员会的79名委员中，中共党员40人，占50.6%；党外人士39人，占49.4%。人大常务委员会的14名委员长、副委员长中，中共党员6人，占44.4%；党外人士8人，占55.6%。李维汉同志指出：“中央对这次全国人民代表大会的名额、对民主人士的安排原则、比例，以及对国家领导人员的安排，总的说来是成功的，体现了党与非党人士的团结合作，加强了党对国家机关的领导，使我国人民民主的政治制度更加健全和完备。”
大会通过的《中华人民共和国宪法》采纳了《共同纲领》的基本内容，并且有了新的发展。《中华人民共和国宪法》用法律形式把国家的性质、人民民主的政治制度、向社会主义过渡的方针步骤、民族区域自治等重大问题明确地规定下来，成为各民族、各民主党派和各界人士团结的政治基础。我国第一部宪法的制定，为依法治国打下良好的基础，也为人民民主统一战线的发展提供了最根本的法律保证。
在人民政协一届全会胜利结束之后不久，个别民主党派及少数党外人士认为中国人民政治协商会议的任务已经完成，遂考虑起解散的问题。有的党派人数较少，恰好又都在北京，他们就商量了一下，说救国的任务完成了，于是宣布解散。有的党派重要负责成员较多，且不都在北京，分散在偏远地区，一时没法集中研究，不好骤然宣布解散，想等集中研究后再说。有的党派由于组建时的规定“本会至国民代表最高权力机构成立后，由大会决议宣告结束”，因此也在考虑是否还要存在的问题。当时，恰好毛主席、周总理不在北京。待他们返回北京，听到这个信息，毛主席深表憾意地说，×××是进步团体，不应当解散。他断然表示，其他要解散的党派，也不能解散，不但要继续存在，而且还要继续发展。毛主席还亲自找有关党派负责人谈话，表示不能解散的诚意。周恩来总理在一次讲话中也反复表达心愿：民主党派在中国革命中有贡献，都应该继续存在下去。
实行人民代表大会制度以后，党外有些人士对人民政协的性质、地位、作用产生了某些疑虑。说什么：“真正的权力在人大常委，最高权力在中共中央，政协没什么权了。”有的则认为政协应是“权力机关”或“半权力机关”。针对这些言论和情绪，毛泽东亲自与党外人士座谈讨论，指出今后要加强统一战线工作，人大是权力机关，并不妨碍我们成立政协进行政治协商。毛泽东针对有人提出是否可以把政协搞成国家机关时，坚决地回答：不能把它搞成国家机关。因为人大和国务院是国家权力机关和国家管理机关，如果把政协也搞成国家机关，岂不成了二元论了吗？这样就重复了，分散了，民主集中制就讲不通了。要实事求是，政协不仅是人民团体，而且是各党派的协商机关，是党派性的机关。这不等于不重视它，而恰恰是重视它。共产党就是党派，也不是国家权力机关，但它的价值并不因此而有所降低。
也有人提出政协是否还需要的问题。毛泽东毫不犹豫地肯定，人民还需要政协，认为政协的任务是协商国际问题，商量候选人名单、提意见，协调各民族、各党派、各人民团体和社会民主人士领导人员之间的关系，学习马列主义。他说：“政协是全国各民族、各民主阶级、各民主党派、各人民团体、国外华侨和其他爱国民主人士的统一战线组织，是党派性的，它的成员主要是党派、团体推出的代表。”毛泽东的这篇讲话，不仅教育了当时持有不同意见的党外人士，消除了他们的不安情绪，而且对当时和会后的政协工作都有着极其重要的指导意义。
1954年9月1日到28日，中华人民共和国第一届全国人民代表大会第一次会议召开，会议通过的《中华人民共和国宪法》没有明确取消人民政协代行人大职权，但实际上标志着人民政协代行人大职权的结束。
1954年12月21日至25日，人民政协第二届全国委员会第一次会议在北京举行。参加这届全国委员会的名额较上届增加了近两倍，达559人（上届只有198人）。委员名额中，中共党员150人，占26.8%，党外人士达407人，占73.16%。而且代表面极为广泛，许多旧军人、旧政协代表人物都参加了这届政协。
毛泽东主持了大会开幕式，周恩来作《政治报告》，陈叔通作《中国人民政治协商会议第一届全国委员会工作报告》，章伯钧作《关于中国人民政治协商会议章程（草案）的说明》。会议通过了《中国人民政治协商会议章程》、《关于第一届全国委员会工作报告的决议》以及《中国人民政治协商会议第二届全国委员会第一次全体会议宣言》。
周恩来在《政治报告》中指出，今后中国人民政治协商会议的任务，可归纳为下列五点：第一，协商国际问题。第二，对全国人民代表大会和地方同级人民代表大会的候选人名单，以及中国人民政治协商会议各级组成人员的人选进行协商。第三，协助国家机关，推动社会力量，解决社会生活中各阶级间相互关系问题；并联系人民群众，向国家有关机关反映群众的意见和提出建议。第四，协商和处理政协内部和党派、团体之间的合作问题。第五，在自愿的基础上，学习马克思列宁主义和努力进行思想改造。
会议通过的政协章程提出：“中国人民政治协商会议全体会议代行全国人民代表大会职权的任务已经结束。”[21]
会议推选毛泽东为政协名誉主席，选举周恩来为政协主席，宋庆龄、董必武、李济深、张澜、郭沫若、彭真、沈钧儒、黄炎培、何香凝、李维汉、李四光、陈叔通、章伯钧、陈嘉庚、班禅额尔德尼·却吉坚赞、包尔汉等16人为副主席，同时选出常务委员65人。
第二届全国政协会议的召开，标志着人民政协性质和职能的变化，中国人民政治协商会议作为人民民主统一战线的组织，在我国政治生活中仍要继续发挥重要作用。中国人民政治协商会议和全国人民代表大会同时存在，虽职能各异但又相辅相成，形成了我国人民民主制度的一大特色。
民主党派成为参政党
1949年2月17日，中共中央发出关于对待各民主党派的指示。指示规定：“对国民党革命委员会、民主同盟、中国民主促进会、人民救国会、农工民主党、三民主义同志联合会、国民党民主促进联合会、民主建国会、致公党等，应一律承认他们的合法地位，加以保护。”[22]
1.新中国建立初期的民主党派工作
新中国成立后的头几年，各民主党派主要开展了以下几项工作：
（1）分别召开全国代表大会和中央会议，确定政治纲领和方针任务。1949年底至1950年11月，除台盟外，各民主党派相继召开了全国代表会议和中央会议，确定新中国成立后的政治纲领和组织方针。会前，各党派内部都曾发生过争论，争论的焦点是组织的存废问题和要不要以《共同纲领》为政治纲领。中共中央支持各党派内部的进步分子对企图脱离共产党领导的言行作了坚决斗争，对一些右翼分子采取了“政治严肃、组织宽大”的原则，做到既坚持原则，又坚持团结。同时，中央又明确表示：凡与中共有合作奋斗历史的各民主党派，今后在《共同纲领》的基础上更有合作奋斗的必要，在政治上不存在存废问题。之后各民主党派的中央会议明确宣布接受中共的领导，以人民政协《共同纲领》作为各自的政治纲领，并确定了今后的方针和任务。
（2）清理整顿组织。解放初期，各民主党派程度不同地存在着组织不纯和领导机构不够健全的问题。有的地方组织严重不纯，甚至组织系统也不统一，竟然有一个党派在同一个市里有九个市级组织，且各不相属的情况。为了进一步纯洁队伍，健全各级组织，各民主党派都作出清理整顿组织的决定。各党派分别成立整顿委员会，重新登记党员，清洗了那些混进民主党派组织的反革命分子，终止了政治面目不清的人的党派关系，健全了领导机构。经过整顿，达到了纯洁组织、健全各级领导班子的目的。