1999年4月，全国交接工作办公室组织召开企业清理处理工作会议，对移交企业的清理处理工作进行了全面部署。各级交接工作办公室积极组织接收单位对移交企业的资产、债权债务、人员以及参加社会保险的情况进行认真清理。全国交接工作办公室在广泛听取意见、反复调研论证的基础上，提出了移交企业清理、处理工作的意见和实施方案。对交由中央管理和划归大型企业管理的企业，召集专门会议进行部署，使企业尽快转入正常管理渠道；对属地移交的企业，逐个省（区、市）做深入细致的工作，协调落实；对那些资不抵债、亏损严重、生产经营难以为继的企业，按照有关政策，分别予以撤销或实施兼并、破产。各地交接工作办公室参照全国交接工作办公室的做法，根据企业特点和本地区实际情况制定处理方案，尽快落实了企业接收单位和清理、处理工作。地方各级政府对这方面的工作给予了积极的支持和配合，使一些相关问题得到了妥善解决。
在党中央、国务院、中央军委的正确领导下，军地各有关方面讲政治、顾大局、守纪律，步调一致，齐心协力，形成了强大的工作合力。经过艰苦而富有成效的努力，军队、武警部队和政法机关共撤销企业19459户，移交企业6492户，解除挂靠关系企业5616户，实现了中央确定的与所办经营性企业彻底脱钩、不再从事经商活动目标，受到了国内外的一致好评。
（四）积极推进三项制度改革
随着反腐败斗争的深入发展，使反腐败逐步从侧重遏制，转到标本兼治、加大治本力度的轨道，努力从源头上预防和治理腐败显得越来越重要。中央从容易滋生腐败的重点领域入手，积极推进行政审批、财政管理和干部人事三个方面的制度改革，以求反腐败抓源头工作取得突破性成效。
在改革行政审批制度方面，重点是规范行政审批权力。可以取消的行政审批项目都取消；可以用市场机制替代行政审批的，通过市场机制来处理；实行经营性土地使用权出让招标拍卖、建设工程项目公开招标技标、政府采购、产权交易等制度。
在推进财政制度改革方面，重点是强化资金监管。先在中央和省一级部分单位试行部门预算，将部门所有收支均纳入财政预算管理。改革财政资金缴拨方式，加快实施国库集中收付制度。继续对各单位银行账户进行清理，严禁设立账外账，坚决取消“小金库”。
在积极推进干部人事制度改革方面，全面贯彻中央关于《深化干部人事制度改革纲要》，加强对执行《党政领导干部选拔任用工作暂行条例》情况的监督检查，逐步提高干部人事工作民主、公开、竞争的程度。
（五）扩大基层民主，实行村务公开、厂务公开和政务公开
在全国农村普遍推行村务公开、民主管理的制度，重点对财务管理、宅基地发放、乡村统筹提留、计划生育指标分配、集体经济项目承包经营等直接涉及村民切身利益的事项实行公开。国有企业、集体企业及公有产权占主导地位的企业和事业单位，要坚持和完善以职工代表大会为基本形式的民主管理、民主监督制度。直接涉及群众切身利益的政府部门实行公开办事制度，除属于国家保密的事项外，办事内容、办事依据、办事程序、办事结果和办事纪律等都要向社会公开，便于群众知情和监督。通过一系列民主与公开的举措，吸引广大干部群众积极参与到反腐倡廉建设中来。全国各级纪检监察机关都建立了举报中心，这10年平均每年收到人民群众来信160万件左右。纪检监察机关查办案件的多数线索来源于群众举报。监察部成立不久就建立了特邀监察员制度，各级监察机关聘请的特邀监察员大多数是民主党派人士。到2002年，全国有近3万名特邀监察员。他们结合自己的本职工作，认真发挥双重监督、参谋咨询和桥梁纽带作用，为反腐倡廉作出了积极的贡献。不少地方还建立了党风监督员、行风监督员制度，在新闻媒体设立专门廉政栏目，发挥社会监督和舆论监督的作用。
各级纪检监察机关按照合署办公要履行纪检监察两项职能的要求，适应改革发展新形势的需要，在发挥行政监察职能方面，坚持以廉政监察为重点，同时注意开展效能监察，并使二者紧密结合，相互促进。1997～2002年间，纪检监察机关会同有关部门，围绕建筑工程领域、整顿金融秩序、粮食流通体制改革以及国债资金、社会保障资金、重点工程建设专项资金、扶贫资金等专项资金和救灾款物的管理使用情况等，开展了9万多项执法监察，参加了1400多起重大事故的调查处理工作，共发现违纪违法线索9.6万多个，提出改进工作的意见和建议30多万项，为国家避免和挽回经济损失373亿元，促进了政府机关廉政勤政、依法行政。
这10年，虽然在反腐倡廉建设方面做了许多工作，但是一些地方和领域的腐败现象仍比较严重，有的还在滋生蔓延。党员领导干部廉洁从政的一些规定没有得到很好落实；有的地方乱收费、乱罚款、乱摊派等问题没有得到有效治理；有的奢侈浪费现象比较突出。一些地方和部门的领导干部存在“一手硬、一手软”的现象；有些领导干部不同程度地存在着官僚主义、形式主义，致使有些反腐败任务没有得到落实；有的领导干部不认真执行党风廉政建设责任制，存在好人主义等庸俗作风，执纪执法偏宽偏软，瞒案不报、压案不查的问题时有发生；廉政法制建设相对滞后，有的法规制度不适应形势发展的需要；预防职务犯罪的机制还不够健全，等等。
六、反腐倡廉理论的发展
反腐倡廉理论是在实践中丰富和发展的，也必然要随着新的实践而不断得到新的发展。在江泽民主政的13年间，党中央深刻分析国际国内政治经济形势和反腐败斗争的形势，总结经验教训，围绕提高党的领导水平和执政水平、提高拒腐防变和抵御风险能力这两大历史性课题，全面推进党的建设新的伟大工程，领导全党和全国人民坚定不移地进行党风廉政建设和反腐败斗争，坚持以发展着的马克思主义解决反腐倡廉进程中新的理论和实践问题，围绕在建立和完善社会主义市场经济体制进程中，党为什么必须坚决反腐倡廉以及怎样反腐倡廉这个主题，从理论上进行深刻阐述，形成了一系列新时期反腐倡廉重要思想，把反腐倡廉理论提高到一个新的水平。
（一）坚决反对和防止腐败，是全党一项重大的政治任务
江泽民指出，1989年春夏之交政治风波发生的“一个重要原因，是一些党员、干部特别是极少数领导干部中存在严重腐败现象。”1989年6月24日，他在党的十三届四中全会上指出：“全国各族人民的眼睛盯着我们，看我们能不能拿出惩治腐败的实际行动来。必须在近期办几件使党心民心为之振奋的事情。再经过一定时间的努力，制定防止和惩治腐败的制度，使党风有根本好转，恢复和加强党和群众的密切联系。”
1993年8月21日，江泽民在中央纪委第二次全体会议上指出：“要实事求是地估计反腐败斗争的现状”。“在这个问题上，要讲两句话。一句是，我们的路线是正确的，党的主流是好的，大多数党员、干部是廉洁奉公的。十多年来，我国经济的巨大发展和社会的全面进步是广大党员、干部同群众团结奋斗的结果，反腐败斗争也是有成效的，这些都是基本事实。另一句话是，在党内，在国家机关中确实存在着腐败现象，有些方面还在滋长蔓延，广大党员、干部和群众深感忧虑，迫切希望采取坚决措施加以解决。我们不能否定党的主流是好的，也不能低估腐败现象的严重性和危害性。腐败现象是侵入党和国家机关健康肌体的病毒。如果我们掉以轻心，任其泛滥，就会葬送我们的党，葬送我们的人民政权，葬送我们的社会主义现代化大业。我们的党、我们的干部、我们的人民，是绝不允许出现这种后果的。我们既要坚持不懈地开展反腐败斗争，又要警惕和防止敌对势力利用这个问题来诋毁党和社会主义。”他指出：“腐败是一种历史现象，它的主要表现是贪赃枉法、行贿受贿、敲诈勒索、权钱交易、挥霍人民财富、腐化堕落等。这种现象，从本质上说是剥削制度、剥削阶级的产物，在中国历史上虽然也有励精图治的皇帝、清正廉洁的官吏，但历代统治阶级根本不可能解决腐败问题。剥削阶级从本质上是同人民根本对立的，历代王朝的覆灭都是同政权腐败分不开的。”
（二）治国必先治党，治党务必从严
1989年12月29日，江泽民在中央宣传部、中央政策研究室、中央组织部和中央党校举办党建理论研究班上讲话中指出：“每一名共产党员都必须遵守民主集中制，这是党的一项最重要的纪律。一个时期以来，党在这方面的纪律松弛了，一些党员尤其是一些领导干部，不遵守按照民主集中制原则形成的决议，在党内生活中独断专行、各行其是，有的人妄图在党内搞反对派，公开反对党的纲领和路线。这些都是绝对不能允许的。从严治党，也要在这方面严起来。”
1996年6月21日，江泽民指出：“党要管党，首先要管住领导班子和领导干部。从严治党，首先要治理好领导班子和领导干部。一个执政党，如果管不住、治理不好领导班子和领导干部，后果不堪设想。历史上的腐败现象，为害最烈的是吏治的腐败。由于卖官鬻爵及其带来和助长的其他腐败现象，造成‘人亡政息’、王朝覆灭的例子，在中国封建社会是屡见不鲜的。这种历史的教训很值得我们注意。”1998年12月18日，他在谈到改革开放20年来的主要历史经验时指出：“要坚持党要管党和从严治党，用改革的精神从思想上、组织上、作风上全面推进党的建设，始终坚持党的工人阶级先锋队性质、马克思主义的指导地位和全心全意为人民服务的宗旨，坚持发扬党的优良传统和作风，并体现时代要求，这样才能不断提高党的执政水平和领导水平，不断增强党的战斗力和拒腐防变的能力。”