独孤氏常常派人伺察太子杨勇的举动，很多事情使她不满，因此少不了在杨坚面前说这个儿子不堪重任。而品性宽厚的杨勇又不够警觉，他并不因此而约束自己。一次大阅，杨勇在他的铠甲上加上了金珠等装饰，杨坚很重视节俭，为此，杨勇受到了斥责。又一次冬至节令，杨勇在太子宫接受百官贺节，场面极铺张。杨坚得知后，大为气愤，责问众臣。怀疑太子暗中弄权收揽人心，对太子很不放心。杨坚又见东宫太子宿卫有几千人，于是下令将其中精壮者选入皇帝的禁卫军。晋王杨广觉得有机可乘，遂设计图谋夺取太子宝座。
杨坚崇尚节俭，就把家布置得十分寒素。杨广表面上谦逊有礼，因此获得许多朝臣的称赞。杨广和夫人萧氏，还在母亲独孤氏面前大献殷勤，显得十分恭敬孝顺。杨广和萧氏同寝共食。独孤氏面前夸赞晋王夫妇的美德。
日久天长，杨坚也对他刮目相看。杨广被任命为扬州总管，镇守南方。杨广得知母后对太子杨勇极为不满，觉得取代太子大有可为，遂和心腹定下计谋，深交杨素，以便让杨素帮助他谋求皇太子之位。
杨勇渐渐觉察到自己的太子地位发生动摇，因而大为惶恐，杨坚深感忧虑，认为自己处境危险。杨广见时机成熟，派人胁迫姬威诬告太子杨勇谋反。杨素一手遮天，搜罗太子过失，把太子杨勇饲马千匹和将庭前枯树根制成火燧千枚等事说成是蓄谋政变。杨坚听信谗言，遂于开皇二十年（600）将太子杨勇废为庶人。
两朝后杨广被立为太子。仁寿三年（602）年，五十岁的独孤氏因病而离开了人间。
萧氏——炀帝杨广皇后
萧氏生于太建元年（570）二月二日，江陵（今湖北沙市）城内后梁宫中（按江南风俗生在此月命不好，此日更不吉利。曾占卦都不好。），身为一国之君的萧岿为了自己的社稷是不能允许这样的“灾星”留在家里的。想把他的骨肉弄死，张姬苦苦哀求，萧岿决定把这个小生命送给别人。第二天被送到萧岿的远房亲族托萧岌夫妇收养。
萧氏8岁时，萧岌夫妇便相继谢世了。孤苦无依的萧氏只好辗转投奔舅舅张轲。张轲老两口辛勤耕作，过着清苦的日子，再添上萧氏，更是难上加难，甚至有时等米下锅，小小的萧氏也得干些力所能及的活以维持生计。张轲夫妇对萧氏如亲生女儿一般，力所能及地养育萧氏，他们教萧氏为人处事的道理。他们还教萧氏读书认字。萧氏天性聪颖，在贫困的环境中，但仍然成为一个知书达理、颇有教养的女子。
萧岿开皇三年（583）的一天，派人匆匆赶到张轲家里，说萧岿有急事，暂让萧氏回家一趟。立即动身。萧氏坐在疾驰的车里。思想万千，是凶是吉忧虑起来。
隋文帝杨坚次子晋王杨广已年满16岁，到了选王妃的年龄，文帝和独孤后为此大动了一番脑筋。独孤后提出最好从南方的名门望族中为杨广挑选王妃，文帝十分赞同，二人一拍即合。他们左思右想。最后一致以为当时南方的名门望族中最为门当户对、江陵后梁王萧岿了。于是，杨坚派使者陈中带厚礼去萧家提亲。萧岿喜出望外，倘能与皇帝结为儿女亲家，是他们福分。于是把家中3个女儿都叫出来，可陈中看来看去都不行，眼看这门婚事已没希望。这时，有人小心翼翼地向萧岿提起了寄养在张轲家的萧氏，萧岿欣然同意，派人立即去接。没想到萧氏美丽端庄。与前几个大不相同。萧岿没想到14年前被他遗弃的女儿，长得如此动人。陈中也顿时惊呆了。向萧岿道贺，回去禀报文帝杨坚。
萧氏被迎到长安，文帝和独孤后亲自召见。见文帝问了些南方习俗和萧家的情况，萧氏对答得体，独孤后甚为满意。萧氏正式进了皇宫。为晋王妃。
杨广仪容俊美，萧妃十分欣慰。杨广对这样一个温柔贤惠、美丽端庄的妻子更是百般恩爱，夫妻十分和睦。杨广在衣食住行等方面装出克勤克俭的样子，收买大臣与宫廷内侍，中伤太子畅勇。懦弱无能；杨广杨坚与独孤后渐渐相信杨广，杨坚于开皇二十年（600）将杨勇废为庶人。杨广封为太子。杨广于大业元年（605）登上皇帝宝座，封萧氏为皇后。
杨广继位后，大修洛阳宫室，搜罗天下奇珍异宝，凿通运河，巡幸江南，使萧氏感到不安。
杨广在大业三年（607），下令开运河、造龙舟，准备一次盛大的水上游历。一时江南震动，朝廷上下议论纷纷。萧氏觉得自己身为皇后，必须阻止炀帝此次活动。她特地有一天在院中设酒筵请炀帝来赏花。萧后见炀帝兴致正浓，便诉说了独孤太后：“母后驾崩前曾说了一段话，我告诉你，”杨广急问：“母后说啥？”“她老人家认为你简朴恭孝、自守甚严，将父皇基业托付给你最放心。可你现在……。开运河、造龙舟耗费钱财不说，使多少百姓无家可归啊。”杨广仍不甘心地说：“皇后，你太过虑了。父皇留给我一个统一富足的大帝国，国库里的钱堆得像山一样。钱是供人享用的，像父皇那样空做守财奴，岂不自寻烦恼。我现在富有天下，是老天对我的恩赐，若不享用，岂不辜负了上天的美意。”萧氏听了此话顿时失望了。
在无可奈何的情况下，作了一篇《述志赋》：“古圣贤遗训和做人道理我不能忘怀，我的愿望是做一个周文王夫人周姒那样的贤良圣母，为国家培养出周武王那样的英才；做一个像齐威王虞妃那样的贤妻内助，规劝君王勤政爱民，致君尧舜之上……”仅借此文章表达对炀帝的希望劝规。
炀帝临幸萧后住处，无意看到了这篇文章。他一面读，一面赞道：“写得好，没想到皇后居然有此文才，真是可佩可敬呀。”萧氏心中暗喜。炀帝越看越觉得不对劲儿说：“皇后。所谓人生如寄，多忧何为。我取大业作年号，就是要追求秦始皇汉武帝的伟大事业，生有荣名，死有遗业。”“皇后，我讨厌别人劝我。希望你不要再说这些不中听的话了，这样徒惹你我不高兴。”萧氏听到这话。如冷水浇头。清醒地认识到炀帝到了已彻底不可挽救。
炀帝在八月仲秋，亲率龙舟数千艘、随从两万多人巡游江南。第二年四月才返回洛阳。此时，太子杨昭已19岁，冒着七月天气酷热，从长安赶朝一路中暑，不久就病亡。萧氏听后伤心落泪，再劝炀帝。杨广失去爱子，深感悲伤，杨广答应萧氏的劝戒不再远游。
杨广要去塞外炫耀武力。下令修筑直通太原的大道，亲率三宫六院、百官甲兵50多万人浩浩荡荡直趋胜州（今内蒙古托克托附近）。在胜州行宫里，杨广接见面礼了原父皇杨坚曾用亲政策将宗室汝号为义成公主下嫁突厥。屈驾给她一王室之女、番邦之妻无上的殊荣，义成公主十分感动，更有一种如见亲人的感觉。
杨广从大业四年至十二年（608—616），两次巡游江都，一次巡长城，三次攻打高丽，损兵折将，到处都有逃亡的将士聚众为盗州。杨广大业十二年（616），仍下令游江都（今江苏扬州）。萧氏及忠正大臣极力劝阻。杨广不但不听，反而一怒之下杀了不少忠臣，到了江都后，置朝政社稷于不顾，沉湎酒色。萧氏觉得再继续下去有亡国的可能。她规劝炀帝：“皇上，现在群盗四起，你怎能放弃朝务，安心享乐？这样下去，大隋江山不稳。”杨广说：“说得严重，你这是杞人忧天了。”萧氏又劝说：“但愿我这是杞人忧天，皇上再执迷不悟，恐怕将来不能再安心享乐了。”并未能使炀帝振作起来，他对日益严重的局势丝毫没有办法。远在突厥的义成公主闻知隋朝被灭，萧后被执，便促使启明可汗之子处罗可汗发兵围困窦建德，逼迫窦建德生擒宇文化及。义成公主派专使迎接萧后，萧后从此就过上了背井离乡、流落异域的生活。
唐朝次将李靖贞观四年（630），率军大败突厥。唐太宗李世民得知萧氏尚在塞外，迎接返回长安，颐养天年。
萧氏过了十四年的流亡生活后，被唐太宗李世民接到长安后，得到十分关照，却弥补不了她心中的悔恨，慢慢积劳成疾而身亡。