出洋考察宪政的五大臣陆续回国，力陈只有实行宪政才能巩固旧有统治。9月，慈禧太后宣布“预备仿行宪政”，并首先开始了官制改革。袁世凯想乘机成立责任内阁，由自己出掌实权，反被清廷所忌，责任内阁未能出台，仍由军机处掌权。国内民族资产阶级上层对清政府的“预备立宪”反响热烈，上海绅商首先成立“预备立宪公会”，推郑孝胥为会长，作为推进立宪运动的社会机构。
是年春，湖北革命党人刘静庵在武昌建立革命团体日知会，入会者百余人。6月，因“苏报案”被捕入狱的章太炎期满出狱，赴日本东京，受到热烈欢迎，旋加入同盟会，且与孙中山、黄兴等共同制定了《革命方略》。年底，孙中山在《民报》创刊周年纪念大会上发表重要演说，系统阐述了他的“三民主义”、“五权宪法”思想。从上年底开始，以孙中山为首的革命派和以梁启超为首的保皇派之间的政治分歧更加对立。双方分别以《民报》和《新民丛报》为主阵地，展开了长达一年多的激烈辩论，围绕着要不要推翻清政权，要不要建立资产阶级共和国，要不要实行土地国有等一系列问题往复辩驳。年底，同盟会员刘道一、蔡绍南等利用会党势力，联合洪江会首领龚春台在湖南举行了萍、浏、醴起义，不久失败。
4月，中英双方经过艰苦谈判，签订《续订藏印条约》，中国虽未能收回在《拉萨条约》中所丢失的权益，但迫使英国确认了中国对西藏的领土主权。本年，芦汉铁路全部通车；成立于1897年的商务印书馆于4月在农工商部注册；南昌教案激起社会巨大反响；原版《大英百科全书》在华发行；清政府发布严禁人民吸食鸦片的上谕，开始了一场真正意义上的大规模禁止吸食鸦片的社会运动，取得了可观的成效。
日知会
日知会是清末湖北革命团体，1905年2月由刘静庵、曹亚伯等组织发起，1906年2月正式成立。该会以利用美国圣公会在武昌所设的日知会阅报室而得名。1904年，当科学补习所遭到破坏时，刘静庵因与圣公会会长胡兰亭有交情，得以避住会内。随后，他受聘充日知会司理，于是着手利用这个机构，“联络军、学两界中人，以为革命之预备”。原科学补习所的成员相率入会。1905年冬，刘静庵遂“商准胡会长，另拟会章，由传教进而革命，名不变而实变矣”。1906年2月，作为革命团体的日知会正式成立。
日知会的革命者仍然坚持他们原来的信念，即着力在新军和学生中开展工作。每逢星期日举办讲演，宣传民族危机，抨击时政。他们暗中不断输进《民报》等革命书刊，并在黄州设置秘密印刷所，大量印刷《警世钟》、《猛回头》、《革命军》、《黑龙江》、《作新民》、《训兵说》、《孔孟心肝》等革命书刊，在武汉的士兵和学生当中散发，并到农村和外地散发，当时军界、学界倾向革命的人们，几乎人手一册，起到了宣传、鼓动作用。同时设立江汉公学、东游预务科、明新公学，以造就革命干部。半年时间日知会发展到近万人。它影响到江西，南昌、九江的开化阅书报室等，就是当地革命知识分子模仿日知会而创办的。
孙中山对日知会的活动很重视。1906年4月，孙中山派同盟会湖北分会会长回到湖北，在日知会中发展同盟会会员，扩大同盟会组织。刘静庵、冯特民等首先加入同盟会，不少日知会会员也相继参加同盟会。这样，日知会在组织上与同盟会发生了联系，在政治上接受孙中山的领导。从此，日知会的性质发生变化，“表面仍称日知会，内容实为同盟会”了。
随后，日知会转向革命行动。1906年4月间，刘静庵派吴昆到香港会见黄兴，共商起义大计。旋至日本，受孙中山派遣，跟随法国武官欧几罗到长江中游一带视察，准备起义的工作。萍浏醴起义爆发后，孙中山派胡瑛、朱子龙、梁钏汉到武昌，与张难先、季雨霖、刘静庵等在汉阳伯牙台举行会议。议定党人一面筹款，一面应招人营，准备响应起义。不料萍浏醴起义迅速失败，奸细郭尧阶向巡警道冯启钧报告了日知会的响应计划。1907年1月13日，湖北当局派兵弁围搜日知会，胡瑛、刘静庵、张难先、朱子龙、梁钏汉、季雨霖、殷子衡、吴贡三、李亚东等主要领导人被捕。不久，张难先、季雨霖得保释出狱，朱子龙不幸于次年春病死狱中，刘静庵于1911年病死狱中，吴贡三、殷子衡、胡瑛、李亚东、梁钏汉等5人到武昌首义后才出狱。
日知会虽仅存一年，但在湖北革命运动史上影响深远。它的主要工作和主要贡献是革命宣传方面。许多知识分子阅读了各种革命出版物后，萌生了推翻清朝的思想。在湖北，特别是武汉大地上撒下了革命火种，为革命运动的进一步发展，打下了思想基础。日知会有其局限性。它的社会基础不广，成员限于小资产阶级知识分子，在新军中专以发展军官为主，很少甚至没有与会党联系，战斗力不强。更重要的是，它没有严格的组织建制，没有形成一支战斗的队伍，一经敌人查封，领导人被捕，会员便散落四方。
以后，湖北革命党人的组织活动和革命活动，被迫停顿了一年半之久。但全国的反抗斗争迅猛高涨，同盟会在南方起义不断。湖北和武汉地区的革命党人总结了日知会的教训，决心在长江腹地组织力量，开展革命运动。日知会会员任重远、李长龄、黄申芗以及在狱中的李亚东等，决心重整旗鼓，立即得到了日知会会员及其它革命者400多人的赞同。1908年7月，在武昌洪山罗公祠召开了军队同盟会的成立大会。成员多为新军中的革命分子。虽然，到11月这个组织陷于瘫痪，但却使分散的革命者重新组织起来。
南昌教案
清朝末年，民族灾难日趋严重，国内阶级矛盾进一步激化，整个社会陷入动荡不安的局面，广大人民群众自发的反抗斗争达到了空前广泛的程度，在中国近代史上延续了几十年的反洋教斗争在这个时候也有了进一步的发展。
和义和团运动以前反洋教斗争不同，由于帝国主义和清政府越来越紧密地勾结在一起共同镇压人民的反抗斗争，所以反教会斗争常和反清起义交织在一起。1906年，江西发生了轰动一时的“南昌教案”。
这年春天，南昌县知县江召棠为办理民教冲突一案赴教堂交涉，法国传教士王安之蛮不讲理，强迫江召棠在事先拟定好的条款上签字，被江拒绝。王安之异常恼怒，持利刃刺死江召棠。江召棠惨案发生后，激起南昌各界人民的愤怒。南昌学界代表散发传单，揭露惨案真相，号召各界人民2月25日在百花洲沈公祠召开特别大会，抗议法国传教士的暴行，革命团体易知社的成员也积极宣传鼓动，号召人民投身于反洋教斗争之中。愤怒的人民捣毁了沈公祠，并放火焚烧了英、法4所教堂，杀人凶手王安之被击毙，英法传教士及其家属8人也被杀死。此案发生后，英、法军舰相继驶入郡阳湖，以武力相威胁。清政府迫于英、法的压力，急忙宣布将江西巡抚胡廷斡撤职，另派梁敦彦前往江西查办，经过3个月的磋商，签订了《南昌教案合同》。清政府为讨好帝国主义国家，竟杀害6名中国人抵命，并将地方官吏多人撤职，赔偿教堂白银25万两。反洋教斗争是中国人民反抗帝国主义侵略的重要内容之一，它沉重打击了帝国主义侵略势力。在清政府的镇压下，这些反洋教斗争相继失败。人民群众从清政府镇压人民反帝斗争的事实中，进一步认识了清政府的卖国嘴脸。所有这些，都促进了资产阶级民主革命运动的更深入的发展。
萍浏醴起义
又称丙午萍浏之役，为1906年同盟会影响下的江西萍乡、湖南浏阳、醴陵地区会党和矿工发动的反清武装起义，也是同盟会成立后第一次大规模的武装起义。1904年华兴会在长沙起义失败，次年会党首领马福益又被捕死难，会党群众亦遭到反动势力的迫害。然会党的组织基础并没有被打乱。马福益旧部肖克昌、李金奇在安源矿工中具有很大的号召力。龚春台、姜守旦、冯乃古在浏阳，李香阁在醴陵等县农民群众中尤有威信：他们同愤激于清政府的残暴镇压，积极扩大力量，准备重新起义。
1906年春，同盟会总部派刘道一、蔡绍南回湖南发动会党和新军起义。蔡绍南通过同乡魏宗铨同龚春台等会党头目取得联系。随后，刘道一等即约集蒋翊武、龚春台等数十人在长沙水陆洲船上举行秘密会议，基本确定了在萍、浏、醴三地同时发动起义，然后分兵进取长沙、南昌的计划。
会后，刘道一留长沙筹划全局，并负责与同盟会总部的联系。蔡绍南赴萍乡帮助龚春台联络哥老会各部，举行开山大典，公议将哥老会改称“六龙山号洪江会”，推龚春台为大哥，以忠孝仁义堂为最高机关，誓词是：“誓遵中华民国宗旨，服从大哥命令，同心同德，灭满兴汉，如渝此盟，神人共殛。”洪江会成立后，发展迅速，会员很快增到10多万人。正因人员庞杂，引起清廷注意，洪江会头目遭到逮捕杀害的事件屡有发生。
在此紧急情况下，1906年12月3日，蔡绍南、龚春台在萍乡高家台召开各路首领会议，商议起义日期和办法。会上，会党首领一致主张乘官兵未到，立刻发难；蔡绍南等认为同盟会总部无信息，军械又不足，仍拟等待接济。大会经终宵争论，未能作出任何具体决定。4日凌晨，洪江会首领之一廖叔保急不可待，首先在浏阳麻石聚众两三千人举旗发难。蔡、龚只得宣布动员：以同盟会名义通知洪福会首领姜守旦和普迹市哥老会大头目冯乃古，并饬知各县各处会党同时发动。
6日，起义军占上栗市，并立即整编部队，定名为“中华国民军南军革命先锋队”，龚春台为大部督，蔡绍南为左卫都统领兼文案司，魏宗铨为右卫都统领兼钱库督粮司，廖叔保为前营统带兼急先锋，沈益古为后营统带兼殿后指挥。起义军又发布檄文，历数清政府十大罪恶，宣布起义宗旨为“破千年之专制政体，不使君主一人独享特权于上。必建共和民国，与四万万同胞享平等之利益，获自由之幸福。而社会问题，尤当研究新法，使地权与民平均，不致富者愈富，成不平等之社会”。在这里，资产阶级革命派的纲领第一次以起义檄文的形式公诸于广大群众之中，并且得到拥护；贫苦农民、矿工和部分防营兵勇纷纷加入起义队伍。旬日间，起义军迅速增至数万人，浏阳与醴陵以及江西萍乡、宜春、万载边境广阔农村地区也燃起了反抗烽火，其声势震动了长江中游各省。蔡绍南等原拟分三路进兵：一路据浏阳、醴陵，进窥长沙；一路据萍乡、安源矿区为根据地；一路由宜春、万载东出瑞州、南昌诸府，攻略沿江各省。但起事后，形势发展迅速，革命力量每到一处，清军望风披靡，人民热烈拥护，而领导者们却不知道如何巩固革命秩序，如何统一军事调度，致使前方各自为战，后方也步调混乱。
8日，当龚春台部整军准备出击时，洪福会首领姜守旦在浏阳大旗山、大光洞、九鸡洞一带也立刻集合了1万多人，起而响应，自号“新中华大帝国南部起义恢复军”，发布檄文称：“勿狃于立宪、专制、共和之成说，但得我汉族为天子，即稍形专制，亦如我家中祖父，虽略示尊严，其荣幸犹为我所得与。”反映了单纯反满的意向。
这次大起义的消息传到日本东京，同盟会员纷纷到总部机关请命回国，投身反清武装起义。孙中山和黄兴派多人到鄂、皖、苏、浙、赣、湘等省策应。
面对蓬勃发展的起义，清政府十分惊恐，急令湖广总督张之洞、两江总督端方，湖南巡抚岑春萁调集湘、鄂、赣、苏四省军队及地方驻军、“义勇”共5万人前往围剿；美、英、德、日各国亦派军舰闯入长江，对起义军进行恐吓。起义军凭着手中极其简陋的武器。顽强抵抗，多次打败清军。但由于起义军互不统属，领导不力，奋战月余后终被清军各个击破，惨遭失败。刘道一、蔡绍南、肖克昌、廖叔保等首领数十人牺牲；龚春台辗转逃往长沙。然而这次起义却打击了清朝的反动统治，扩大了同盟会的政治影响，增强了革命党人武装反清的信心。
预备立宪公会
1906年4月1日，清王朝发布“预备仿行宪政”的“上谕”，立宪派人士虽对“上谕”的拖沓空泛、官样文章的做法不满，但也很欢迎清政府的这项决定，它毕竟给立宪运动提供了充分的合法依据，为他们更大规模地开展活动提供了便利。于是，资产阶级立宪团体纷纷出现。其中影响较大的有预备立宪公会、政闻社、宪政讲习会。
预备立宪公会是江浙一带民族资产阶级上层的政治团体，是国内成立最早、规模最大的一个立宪团体。它于1906年12月16日（光绪三十二年十一月一日）在上海正式成立。它是在郑孝胥、张謇等人于9月组织的宪政研究公会的基础上扩大而成。由于岑春煊是第一个出大钱的后台老板，所以，他的老幕僚郑孝胥被选为会长，张謇、汤寿潜被举为副会长。张元济、夏曾佑、王清穆、雷奋、许鼎霖等江浙新派名流，都成了会中的重要人物。该会宣称“敬遵谕旨，以发愤为学，合群进化为宗旨”，力谋“使绅民明悉国政，以预备立宪基础”。