厄尔尼诺的气候影响主要表现在：全球的气候变得奇特而不可思议，该凉爽的地方变得炎热非常；温暖如春的季节会突然下起来大雪；雨季到来却迟迟滴雨不下；正值旱季却洪水泛滥，例如我国在1998年遭遇的特大洪水，厄尔尼诺便是最重要的影响因素之一。
厄尔尼诺对我国的影响明显而复杂，一般表现在五个方面：一是厄尔尼诺年夏季主雨带偏南，北方大部少雨干旱；二是长江中下游雨季大多推迟；三是秋季，我国东部降水南多北少，易使北方夏秋连旱；四是全国大部冬暖夏凉；五是登陆我国的台风偏少。也有会一些例外情况发生。
科学家们认为，厄尔尼诺现象的发生与人类自然环境的日益恶化有关，是地球温室效应增加的直接结果，与人类向大自然过多地索取而不注意环境保护有关。