商界生活只是为未来的哲学家增添一些色彩。如果斯宾诺莎坚持从商，肯定能挣大钱，成为富有成就的商人，因为他在理财方面有一种天赋的能力。使他对真理的追求使他走上了远远脱离金钱的道路。然而，斯宾诺莎喜欢的并不是生意，而是哲学。
1652年，20岁的斯宾诺莎进入阿姆斯特丹的一个拉丁语学校开始学习拉丁语。这是一位叫做恩德的医生开办的学校。正是恩德对斯宾诺莎最初的思想形成给与了极大的影响。
而在这里，斯宾诺莎还遇到了恩德美貌的女儿克莱拉·玛丽，斯宾诺莎就借住在恩德家，很自然地和她产生了耳鬓厮磨的感情。可是学校里一个叫做狄克·凡克林克的同学年轻潇洒，能说会道，一下就把克莱拉的心给勾走了。而斯宾诺莎当然是算不得美男子的，而且由于一心向学而颇显憔悴，根本不是人家的对手。这位青年具备了双倍于斯宾诺莎的优越条件：不是犹太人，而且是富豪子弟。不多时，狄克·凡克林克就成功地娶到了克莱拉。
这次失败的恋爱大概对斯宾诺莎造成了巨大的打击，结果成了他第一次也是最后一次的恋爱，也许因为此，斯宾诺莎终生未婚。
然而，灾难还在继续，早在6岁时，斯宾诺莎就失去了母亲，1654年其父也去世了，这令斯宾诺莎整日愁眉紧锁，郁郁寡欢。而就在这时，他同父异母的姐姐此时极力阻止他得到遗产，把他告上了法庭，结果斯宾诺莎赢了。
对于一个要把一生奉献给哲学的人来说，一笔丰厚的遗产简直是不可多得的上天的礼物，他完全可以利用来避免生活的压力，使自己能全身心地投入到哲学的研究之中去。亚里士多德早就说过，哲学是有钱人闲暇的学问，斯宾诺莎不可能不知道这句话。
可是，此时的斯宾诺莎已经无心于常人的生活了，他把大部分遗产都增与了姐姐，自己开始以磨制镜片为生。而我们注意到，这件事就发生在他恋爱失败的两年后。我们有理由推断，斯宾诺莎对遗产的处理方式、对此后自己的人生道路的择定，可能与那次恋爱密切相关。
从此，在连续人生磨难的打击下，对哲学感兴趣的斯宾诺莎坚定地走上了哲学苦修的不归路。
革除教籍
斯宾诺莎少年时代的平静生活结束于1654年他父亲的去世。从这时起，他不得不自行谋生。2年后，斯宾诺莎再一次遭遇到对其一生都产生重要影响的事件，那就是斯宾诺莎被犹太教公会永远革出教门，并把他从阿姆斯特丹驱逐出去。
事件的起因源于斯宾诺莎思想的转变。原来，犹太人在反对天主教会的迫害中形成了性格上的无比刚强和坚毅，斯宾诺莎本人在这种斗争中也培养了自己对真理执著追求的性格。
青少年时期的斯宾诺莎，开始对犹太的圣经感到不满，甚至怀疑，开始对犹太人的金钱观念形成了冲击，逐渐走上“异端”道路。他曾到过因怀疑犹太教义而受迫害致死的犹太哲学家尤利尔·阿克斯坦的墓地凭吊。尽管他还不知道事实的真相，但他却想知道为什么持有不同意见的人会遭受迫害，幼小的心灵在迷茫中徘徊，显示了自由追求的理想。
长大之后，斯宾诺莎运用分析型头脑的过滤器，对《圣经》和犹太经典进行了研究，他不仅从犹太哲学家斐洛、迈蒙尼德和伊本·伽比罗尔的道德形而上学，而且从非犹太哲学家柏拉图、卡尔丹诺、布鲁诺和笛卡儿的形而上学与道德学中吸取精华。
这些知识拓展了他的视野。为了扩大自己的领域，他孜孜不倦地学习各种世俗学问和科学知识。
正在这时，斯宾诺莎结识了对他一生发生最大影响的老师凡·丹·恩德。这位法国自由思想家和人文主义者是1619年被火刑处死的意大利无神论者梵尼的崇拜者。
恩德在阿姆斯特丹开了一所拉丁文学校，而斯宾诺莎正好在这所学校里学习拉丁文，但他更多地是与恩德先生探讨非宗教的世俗科学的问题。在这所学校里的学习是他摆脱犹太神学进入新哲学的转折点。
1654年，父亲去世后。斯宾诺莎则干脆搬进学校，专门从事哲学研究。然而，斯宾诺莎敬仰的这位老师，却遭到了厄运。当时，恩登本人的新思想及无神论倾向招致市民的不满，终于，阿姆斯特丹当局查封了这所学校并驱逐了法兰西斯·凡·登·恩登。
不久，恩德因其倔强的怀疑论，遭人讥刺，从而引起法国国王路易十四的不悦，不久被处以绞刑。
斯宾诺莎了解到这位老师的悲惨结局，深深感到人类无知的可悲。自相残杀只能带来肉体的毁灭，思想却是永存的。他曾自己给自己画了一张肖像画，身穿托马斯·安尼鲁斯式服装，表现了其内心的反叛精神。安尼鲁斯是意大利1647年因反抗西班牙统治而牺牲的起义领袖。斯宾诺莎要用精神的利箭洞穿封建专制的愚昧和野蛮，开启人类求知的欲望之门。
这个时期，斯宾诺莎的思想深受布鲁诺的自然哲学和笛卡儿的新哲学的影响。当时，哲学上的“三百年战争”已经开始，笛卡尔、莱布尼茨、休谟、康德先后加入，这场战争既促进又践踏了近代哲学。
笛卡尔认为，在上帝给了最初的推动后，天文地理以及所有的非精神进程，都可以用一种最初以分散形式存在的均质实体来解释；并且，各种生物的运动，都是一种机械运动。整个世界，以及每个躯体都是一部机器。但是，在世界之外还有上帝，躯体里还有灵魂。
笛卡尔停在了这里。斯宾诺莎满怀渴望的向前走去。他开始用神、自然、实体三个概念来表现同一个最高存在，并以此来建立自己的哲学体系。
斯宾诺莎的天才在于能兼容并蓄地接受各种哲学思想，并站在更高的水平上对之加以综合，从而完成自己哲学体系的创造。他继承了他能够继承的一切，然而他坚持自己原有的观点。
显然，斯宾诺莎的异端思想愈来愈和犹太教的教义格格不入。他漠视犹太教的教规仪式，拒不执行犹太教的繁琐无比的种种规则。他不相信灵魂不灭，认为灵魂的本义即生命，生命断绝，灵魂消灭。他否认天使存在，认为天使不过是我们想象中的幻影。他否认上帝是超越于世界之外的精神主宰，认为它应是表现在自然中的有广延的存在。
在斯宾诺莎的异端思想被犹太教会堂的长老们知道后，他们把他叫来“盘问”，对其“危险思想”的怀疑被证实了。长老们无法容忍他的那些简直是叛经背道的渎神言论。
开始，长老们企图用金钱来收买他，答应每年给他500佛罗林年金，条件是要他保证起码在外表上忠诚于他的教会和宗教。斯宾诺莎愤怒地拒绝了。
1656年7月27日，斯宾诺莎被按照希伯来仪式中的一整套阴森的程序开除了教籍。长老们决定对他采取“小开除”的惩罚手段，即暂时开除他的教籍，禁止他在一个月内与任何人发生来往。
但这种“治病救人，以观后效”的办法对哲学家没有发生任何作用。他并没有被迫就范，他坚信自己的观点。教会恼羞成怒，竟指使狂徒暗杀斯宾诺莎。有一次，当他从剧场出来时，一把短刀向他飞去，幸而他命大，躲得快，未被刺中。
1656年7月27日，也就是在斯宾诺莎24岁时，犹太教的长老们采取了最极端的“大开除”惩处手段，斯宾诺莎被永远开除出教籍，并加以诅咒。诅咒里这样说：
让他白天遭到诅咒，晚上也遭到诅咒；让他躺下遭到诅咒，站起来也遭到诅咒；出门遭到诅咒，进门也遭到诅咒。愿主永远不再宽恕或承认他；愿主的不悦和愤怒把他烧毁，在他身上压下《律法书》上所有的诅咒，从天底下抹去他的名字；愿主切断他的邪恶同以色列所有家族的关系，把《律法书》中所有的天谴加在他身上。愿所有服从我主上帝的人今天都得到拯救。
这一年斯宾诺莎才24岁，从这天起，这个“道德上的麻疯病人”就“按照天使的审判和圣徒的裁决，受到谴责、诅咒、谩骂，被清除出犹太种族。”处分决定明文规定：“谁都不得以口头或书面方式同他交谈，不得对他进行任何帮助，不得与他同住一屋，不得同他并肩站着，不得阅读他编写的任何东西。”
总之，在长老的心目中，这个人是魔鬼，谁与他交往，就意味着灵魂的堕落。
开除教籍是苛刻的，但犹太长老们坚信是正确的，因为处处遭受迫害的犹太人只能在宗教信仰中才能找到宁静的堡垒。谁敢于攻击这个堡垒，谁就是犹太民族的叛徒。历史是这样嘲弄人，主持这次审讯大会的首席长老正是昔日称赞斯宾诺莎品学兼优的老师莫泰勒拉比。
但是，斯宾诺莎认为真理是高于一切，甚至高于自己的生命的，如果放弃对正统教会教义的批判，就是对真理的背叛。因此，他被同胞从日常生活世界赶进孤寂的哲学王国，是不可避免的事了。对于对自己的处罚，斯宾诺莎的回答是：“很好，这样我就不必强迫我去做我本意所不愿意做的任何事情了”。
就这样，24岁的斯宾诺莎没有一个人和他交往，他也就成为了世界上最孤独的人。同时，他也被驱逐出了阿姆斯特丹，来到了一个叫做奥特德克的小镇，开始了自己孤独的生活。
隐居生涯
由于与犹太教会断绝关系，斯宾诺莎把希伯来文的名字巴鲁赫改为拉丁文的名字别涅狄克特，拉丁文的意思即为“祝福”。
斯宾诺莎本性淡泊，不求于人，在奥特得克的小镇，靠打磨镜片为生。因此，斯宾诺莎不是靠学问吃饭，而是靠手艺，因为那样会辱没了学问。斯宾诺莎视金钱如粪土，钱仅够吃饭、房租就成。
以磨制光学镜片为谋生手段，而以哲学为毕生和事业。在这一点上，他是完全继承了祖先的传统，“用你的双手谋取世俗的物品，用你的头脑获得神圣的思想”。
此时的斯宾诺莎精神苦闷，在追求真理的信念下，他积极思考着上帝的神秘和人生的意义问题。尘世的欲念和理性的召唤的剧烈冲突，使斯宾诺莎深深认识到唯有坚决放弃财富、荣誉和感官快乐这些虚幻的东西，而全力追求人人都可分享的真善美，才是他的新生活目标。
幸喜在暴风恶浪的时期中，斯宾诺莎并没有缺少真诚的朋友，这给他带来了勇气、信心和力量。他的第一部哲学著作《略论神、人和人的幸福》就是在这时期为朋友们撰写的，目的是供朋友讨论，而非公开出版。故直到1860年此书才正式出版。
1661年，在《知性改进论》中斯宾诺莎写下这一段文字：
当我受到经验的教训之后，才深悟得日常生活中习见的一切东西，都是虚幻的、无谓的。因为那些在生活中最常见，并且由人们的行为所表明，被当作是最高幸福的东西，归纳起来，大约不外三项：财富、荣誉和感官快乐。萦扰着人们的心灵，使人们不能想到别的幸福，就是这三件东西。
……现在我既然见到，所有这些东西实在是寻求别的新生活目标的障碍，而且不仅是障碍，实在是和它正相反对，势不两立，二者必去其一，我彻底下决心，放弃迷乱人心的财富、荣誉、肉体快乐这三种东西，则我所放弃的必定是真正的恶，而我所得到的必定是真正的善。
斯宾诺莎的内心已经宁静，终于，在这一年，28岁德斯宾诺莎跟随磨镜片的老板迁到莱茵斯堡。因为那里是一个美丽、安静而又古雅的村庄。他在那里住到了1663年。
莱因斯堡距离著名的莱顿大学只有六七公里，在这里住着这样一位哲学家不会不引起莱顿大学那些教授与学生们的注意，因此斯宾诺莎所住的那所小房子（现在已经是斯宾诺莎博物馆）成了许多教授们经常光顾的地方。
同时，又有一些社会名流开始与斯宾诺莎接触并且保持了良好的关系，其中特别值得一提的是不来梅人享利·奥尔登堡，他是一位经常往返于欧洲大陆与英国之间的外交官。
而且经常与当时一些知名学者保持着联系，也为斯宾诺莎带来当时欧洲最新的科学信息，也为世界带来斯宾诺莎的哲学思想。奥尔登堡与斯宾诺莎之间的通信是现在研究斯宾诺莎思想的重要文献。
虽然此时的斯宾诺莎有一些交往，但大部分时间里，他更像“茧里的蚕”一样禁闭自己，把大部分时间花在研究和著作上。除了散步，购买牛奶、面包，间或有些葡萄干等简单食品，常常是好几天闭门苦研。
此时，他追求真理的热情是如此强烈，以至于他用于娱乐的时间很少很少。当他偶尔由于太专心于哲学沉思而劳累时，他就下楼清新一下。他与同房的人谈论一些琐事，也以抽烟斗来取乐，但主要的消遣是观看蜘蛛结网的滑稽动作，就像天使观看人类的滑稽动作一样。他向蜘蛛网上投几个蝇子，看它们之间搏斗，这种事情使他非常高兴，以至笑得眼泪都流了出来。所以老板娘从屋里扫除了蜘蛛网后，他发了一顿脾气。
当斯宾诺莎在那里观看蜘蛛网的同时。也编结着自己的哲学之网。在这个时期，他完成了两部重要的哲学著作，即《笛卡儿哲学原理（附形而上学思想）》和《知性改进论》。
前者是斯宾诺莎生前用自己的真名发表的唯一著作，这是用欧几里德的几何方法论述哲学问题的最初尝试。他认为，数学不研究目的，只研究形相的本质和特征，可提供给我们一种真理的典型。后者是关于认识论和方法论的著作，是其代表作《伦理学》的导言性著作。
斯宾诺莎的人品和学问令人仰慕。他结交了许多朋友，吸引了众多的追随者，甚至受到了世界上某些大人物的信赖。此时，他结交了英国皇家学会的首任秘书奥尔登堡，并建立了友谊。