在立法权方面，草案规定特别行政区立法机关制定的法律经行政长官签署、公布即生效，这些法律虽然须报全国人大常委会备案，但备案并不影响生效。同时草案还规定，全国人大常委会只是在认为特别行政区立法机关制定的任何法律不符合基本法关于中央管理的事务及中央和香港特别行政区的关系的条款时，才将有关法律发回，但不作修改。法律一经全国人大常委会发回，立即失效。这样规定，符合“一国两制”的原则，既符合宪法的规定又充分考虑了香港实行高度自治的需要。
根据宪法规定，解释法律是全国人大常委会的职权。为了照顾香港的特殊情况，草案在规定基本法的解释权属于全国人大常委会的同时，授权香港特别行政区法院在审理案件时对本法关于特别行政区自治范围内的条款可自行解释。这样规定既保证了全国人大常委会的权力，又有利于香港特别行政区行使其自治权。草案还规定，香港特别行政区法院在审理案件时对本法的其他条款也可解释，只是在特别行政区法院对本法关于中央人民政府管理的事务或中央和特别行政区的关系的条款进行解释，而该条款的解释又影响到终局判决时，才应由香港特别行政区终审法院提请全国人大常委会作出解释。香港特别行政区法院在引用该条款时，应以全国人大常委会的解释为准。这样规定可使香港特别行政区法院在审理案件时对涉及中央管理的事务或中央和特别行政区关系的条款的理解有所依循，不致由于不准确的理解而作出错误的判决。
草案规定特别行政区法院享有独立的司法权和终审权，作为一个地方行政区域的法院而享有终审权，这无疑是一种很特殊的例外，考虑到香港实行与内地不同的社会制度和法律体系，这样规定是必需的。香港现行的司法制度和原则一向对有关国防、外交等国家行为无管辖权，草案保留了这一原则，而且规定特别行政区法院在审理案件中遇到涉及国防、外交等国家行为的事实问题，应取得行政长官就此发出的证明文件，上述文件对法院有约束力。行政长官在发出证明文件前，须取得中央人民政府的证明书。这就妥善解决了有关国家行为的司法管辖问题，也保证了特别行政区法院正常行使其职能。
此外，为使全国人大常委会在就特别行政区立法机关制定的任何法律是否符合基本法关于中央管理的事务及中央和香港特别行政区的关系的条款、对附件三所列适用于香港的全国性法律的增减以及基本法的解释或修改等问题作出决定时，能充分反映香港各界人士的意见，起草委员们建议，在基本法实施时，全国人大常委会应设立一个工作机构，这个机构由内地和香港人士共同组成，就上述问题向全国人大常委会提供意见。为此起草了《香港特别行政区基本法起草委员会关于设立全国人民代表大会常务委员会香港特别行政区基本法委员会的建议》。
三、关于居民的基本权利和义务
草案第三章规定香港特别行政区居民和在香港特别行政区境内的其他人享有的广泛权利和自由，包括政治、人身、经济、文化、社会和家庭等各个方面。草案关于香港居民的权利和自由的规定，有以下两个基本特点。
（一）草案对香港居民的权利和自由赋予了多层次的保障。针对香港居民组成的特点，不仅规定了香港居民所一般享有的权利和自由，也规定了其中的永久性居民和中国公民的权利，还专门规定了香港居民以外的其他人依法享有香港居民的权利和自由。
此外，在明文规定香港居民的各项基本权利和自由的同时，还规定香港居民享有特别行政区法律保障的其他权利和自由。根据《公民权利和政治权利国际公约》、《经济、社会与文化权利的国际公约》和国际劳工公约在香港适用的情况，草案规定这些公约适用于香港的有关规定继续有效，通过特别行政区的法律予以实施。草案除设专章规定香港居民的权利和自由外，还在其他有关章节中作了一些规定。通过这几个层次的规定，广泛和全面地保障了香港居民的权利和自由。
（二）草案所规定的香港居民的权利、自由和义务，是按照“一国两制”的原则，从香港的实际情况出发的，如保护私有财产权、迁徙和出入境的自由、自愿生育的权利和对保护私人和法人财产的具体规定等等。草案还明确规定，有关保障香港居民的基本权利和自由的制度，均以基本法为依据。
四、关于政治体制
第四章政治体制主要规定了香港特别行政区的行政、立法以及司法机关的组成、职权和相互关系，规定了香港特别行政区行政长官、主要官员、行政会议和立法会成员、各级法院法官和其他司法人员以及公务人员的资格、职权及有关政策，还规定了香港特别行政区可设立非政权性的区域组织等等。
香港特别行政区的政治体制，要符合“一国两制”的原则，要从香港的法律地位和实际情况出发，以保障香港的稳定繁荣为目的。为此，必须兼顾社会各阶层的利益，有利于资本主义经济的发展；既保持原政治体制中行之有效的部分，又要循序渐进地逐步发展适合香港情况的民主制度。根据这一原则，本章以及附件一、附件二对香港特别行政区政治体制有以下一些主要规定：
（一）关于行政机关和立法机关的关系。行政机关和立法机关之间的关系应该是既互相制衡又互相配合；为了保持香港的稳定和行政效率，行政长官应有实权，但同时也要受到制约。草案规定，行政长官是香港特别行政区的首长，对中央人民政府和香港特别行政区负责。行政长官领导香港特别行政区政府；签署法案并公布法律，签署财政预算案；行政长官如认为立法会通过的法案不符合香港特别行政区的整体利益，可将法案发回立法会重议，如行政长官拒绝签署立法会再次通过的法案，或立法会拒绝通过政府提出的预算案或其他重要法案，经协调仍不能取得一致意见，行政长官可解散立法会。草案又规定，政府必须遵守法律，向立法会负责：执行立法会制定并已生效的法律，定期向立法会作施政报告，答复有关质询，征税和公共开支需经立法会批准；行政长官在作出重要决策、向立法会提交法案、制定附属法规和解散立法会前，必须征询行政会议的意见。同时又规定，如立法会以不少于全体议员三分之二多数再次通过被行政长官发回的法案，行政长官必须在一个月内签署公布，除非行政长官解散立法会；如被解散后重选的立法会仍以三分之二多数通过有争议的原法案或继续拒绝通过政府提出的财政预算案或其他重要法案，行政长官必须辞职；如行政长官有严重违法或渎职行为而不辞职，立法会通过一定程序可提出弹劾案，报请中央人民政府决定。上述这些规定体现了行政和立法之间相互制衡、相互配合的关系。
（二）关于行政长官的产生办法。草案规定，行政长官在当地通过选举或协商产生，报中央人民政府任命。行政长官的产生办法要根据香港的实际情况和循序渐进的原则而规定，最终达到由一个有广泛代表性的提名委员会按民主程序提名后普选的目标。据此，附件一对行政长官的产生办法作了具体规定，在1997年至2007年的十年内由有广泛代表性的选举委员会选举产生，此后如要改变选举办法，由立法会全体议员三分之二多数通过，行政长官同意并报全国人大常委会批准。行政长官的具体产生办法由附件规定比较灵活，方便在必要时作出修改。
（三）关于立法会的产生办法和立法会对法案和议案的表决程序。草案规定，立法会由选举产生，其产生办法要根据香港的实际情况和循序渐进的原则而规定，最终达到全体议员由普选产生的目标。据此，附件二对立法会的产生办法作了具体规定，第一、二届立法会由功能团体选举、选举委员会选举和分区直接选举第三种方式产生的议员组成。在特别行政区成立的头十年内，逐届增加分区直选的议员席位，减少选举委员会选举的议员席位，到第三届立法会，功能团体选举和分区直选的议员各占一半。这样规定符合循序渐进地发展选举制度的原则。附件二还规定，立法会对政府提出的法案和议员个人提出的法案、议案采取不同的表决程序。政府提出的法案获出席会议的议员过半数票即为通过；议员个人提出的法案、议案和对政府法案的修正案须分别获功能团体选举的议员和分区直接选举、选举委员会选举的议员两部分出席会议的议员的各过半数票，方为通过。这样规定，有利于兼顾各阶层的利益，同时又不至于使政府的法案陷入无休止的争论，有利于政府施政的高效率。在特别行政区成立十年以后，立法会的产生办法和对法案、议案的表决程序如需改进，由立法会全体议员三分之二多数通过，行政长官同意并报全国人大常委会备案。立法会的具体产生办法和对法案、议案的表决程序由附件规定，也是考虑到这样比较灵活，方便必要时作出修改。
（四）关于香港特别行政区行政长官、行政会议成员、立法会主席、政府主要官员、终审法院和高等法院首席法官以及基本法委员会香港委员的资格。草案的有关条文规定，担任上述职务的人必须是在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民。这是体现国家主权的需要，也是体现由香港当地人管理香港的原则的需要，只有这样才能使担任上述职务的人切实对国家、对香港特别行政区以及香港居民负起责任。也正是基于这一考虑，有关条文还规定，特别行政区立法会必须由在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民组成。但照顾到香港的具体情况，允许非中国籍的香港特别行政区永久性居民和在外国有居留权的香港特别行政区永久性居民可以当选为立法会议员，但其所占比例不得超过立法会全体议员的20%。
（五）关于香港特别行政区第一届政府和立法会的产生办法。根据体现国家主权、有利平稳过渡的原则，香港特别行政区的成立须由全国人大设立的香港特别行政区筹备委员会负责主持。考虑到筹备工作须在香港特别行政区第一届政府和立法会成立之前进行，而基本法要到1997年7月1日才开始实施，起草委员会建议，全国人大对第一届政府和立法会的产生办法作出专门决定，此项决定与基本法同时公布。起草委员会为此起草了有关决定的代拟稿。规定香港特别行政区第一任行政长官，由香港人组成的推选委员会负责产生，报请中央人民政府任命；原香港最后一届立法局的组成如符合全国人大关于特别行政区第一届政府和立法会产生办法的决定中的规定，其议员拥护基本法，愿意效忠香港特别行政区并符合基本法规定条件者，经筹委会确认后可成为香港特别行政区第一届立法会议员。这样安排，是为了保证香港在整个过渡时期的稳定以及政权的平稳衔接。
此外，还规定行政长官、主要官员、行政会议和立法会成员、各级法院法官和其他司法人员在就职时必须宣誓拥护基本法，效忠中华人民共和国香港特别行政区。
五、关于经济和教育、科学、文化、体育、宗教、劳工和社会服务
第五章主要从财政、金融、贸易、工商业、土地契约、航运、民用航空等八个方面，就香港特别行政区的经济制度和政策作了规定，这些规定对于保障香港的资本主义经济机制的正常运行，保持香港的国际金融中心地位和自由港地位很有必要。如在金融货币方面规定，香港特别行政区不实行外汇管制政策，继续开放外汇、黄金、证券、期货等市场；保障一切资金的流动和进出自由；保障金融企业和金融市场的经营自由；确定港币为特别行政区法定货币，可自由兑换，其发行权在特别行政区政府等等，又如在对外贸易方面规定，一切外来投资受法律保护；保障货物、无形财产和资本的流动自由；除法律另有规定外，不征收关税：香港特别行政区为单独的关税地区，可以“中国香港”的名义参加关税和贸易总协定、关于国际纺织品贸易安排等有关国际组织和国际贸易协定，包括优惠贸易安排；香港特别行政区所取得的各类出口配额、关税优惠和达成的其他类似安排全由香港特别行政区享用。同时还规定香港特别行政区的财政预算要力求收支平衡，避免赤字；参照现行的低税政策，自行立法规定税制。此外对主要行业、土地契约、航运、民用航空等方面作了比较详尽的规定。
第六章就保持或发展香港现行的教育、科学、文化、体育、宗教、劳工和社会服务等方面的制度和政策作出了规定。这些规定涉及香港居民在社会生活多方面的利益，对于社会的稳定和发展是重要的。
第五、六两章的政策性条款较多，考虑到我国政府在中英联合声明中已承诺把我国对香港的基本方针政策和中英联合声明附件一对上述基本方针政策的具体说明写入基本法，加之香港各界人士要求在基本法里反映和保护其各自利益的愿望比较迫切，因此尽管在起草过程中曾对条文的繁简有不同意见，但最终还是把政策性条款保留下来。