清康熙后期，清王朝渐次收复了嘉峪关外的广大地区。
雍正三年（公元1725年），在敦煌建立沙州卫，并开始从甘肃各地移民2400户到敦煌垦荒定居，同时又迁吐鲁番、罗布泊大批兵民于沙州一带。雍正末，沙州已有耕地10万余亩，引党河水分10渠灌溉，农业得到很快的恢复和发展，形成河西走廊西部的戈壁绿洲。到乾隆二十五年（1760年），改沙州卫升敦煌县，隶属安西直属州，直至辛亥革命。
1949年中华人民共和国成立后，敦煌一直是县府所在地。1987年经国务院批准撤县设立敦煌市。1986年被国务院命名为“中国历史文化名城”。