隋朝的建立，结束了西晋以来三百余年的分裂局面，完成了统一中国的大业。隋文帝收复河西时，相继平息了突厥、吐谷浑的侵扰，保证了丝绸之路的畅通与繁荣。同时改北周以来的鸣沙县为敦煌县。隋文帝平定了南方割据政权后，将大批南朝贵族连同其部族远徙敦煌充边，给敦煌带来了南方的文化和习俗。这样，南北汉文化在敦煌融为一体，使敦煌的地方文化更加富有明显的特色。隋文帝崇信佛教，曾几次下诏各州建造舍利塔。诏命远至敦煌。
在最高统治者的提倡下，隋代虽存在了短短的37年，但在莫高窟开窟竟有77个，且规模宏大，壁画和彩塑技艺精湛，同时并存着南北两种截然不同的艺术风格。大业初年，隋炀帝派遣吏部侍郎裴矩到张掖、敦煌一带了解丝绸之路以及中西通商贸易情况。大业五年（公元609年），炀帝西巡，在张掖举办了西域27国贸易交易大会，盛况空前。