发病症状本病主要发生在幼苗期、开花坐果期和成株期。发病初期，根部或根颈处常常产生水渍状褐色斑点，脚叶黄化，嫩芽和嫩叶生长缓慢，色泽暗，叶片半边枯黄半边绿色，中午萎蔫，晚上恢复，可持续数天。随着病情加重，根颈处及主根、侧根基部皮层干腐纵裂，易剥落，植株下部叶片大量脱落，与地面接触的茎基部皮层发生水渍状腐烂，茎秆、叶片迅速凋萎。病害扩展后，病根出现腐烂，髓部变为暗褐色或略带紫红，茎基部近地面处整段干腐或半边出现纵向枯死的长条斑。天气潮湿时，病部长出丰茂的白色菌丝或蓝绿色霉状物。发病后期，植株很容易被拔起。病株侧根很少，折断茎秆可见根颈部维管束变褐。病株地下部根系也呈水浸状软腐，皮层极易剥落，木质部变成暗褐色至煤烟色。
病原尖孢镰刀菌辣椒专化型，属半知菌亚门真菌。
发病规律病菌以菌丝体和厚垣孢子随病残体在土中越冬，可营多年腐生生活。病菌从须根、根毛或伤口侵入，在寄主根颈维管束繁殖、蔓延，并产生有毒物质随输导组织扩散，毒化寄主细胞或堵塞导管，致叶片发黄。病菌发育适温为27～28℃，土温28℃时最适于发病，地温21℃以下或33℃以上病情扩展缓慢。土壤偏酸（pH值5～5.6）、连作、移栽或中耕伤根多、植株生长不良等，利于发病。
防治方法
（1）农业防治：合理轮作倒茬，避免与瓜类、茄科蔬菜连作，可与十字花科、百合科蔬菜实行3年以上的轮作，减少土壤中病菌的积累，降低发病率。
加强田间管理。防止田间潮湿或雨后积水，低洼地采用高畦栽培，深翻土地，以降低土壤湿度，增加土壤通透性。辣（甜）椒收获后彻底清除病残体，并将其烧毁。使用经高温堆沤充分腐熟的农家肥，防止肥料带菌。多施磷、钾肥，少施氮肥。
（2）药剂防治：
①用0.1%高锰酸钾或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液，浸种30分钟，杀死种子表面的病原菌，洗净后催芽播种。
②用无病土育苗，选用3年以上没有种过茄科蔬菜的地作苗床或选用水田育苗。若用旧床，应换土或进行土壤消毒。可在7月高温季节，将床土深翻后灌水，覆盖塑料薄膜暴晒45～60天。用菌药合剂做营养土（1千克木霉培养菌、5克五氯硝基苯、1000千克土），直接育苗或沟施、穴施。翻松土壤，每平方米用30毫升甲醛配成100倍液洒在土上，扣膜7天后，放风14天，耧一耧土，使土中气体充分散尽后育苗或定植。
③发病初期喷洒40%多硫悬浮剂600倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂500～1000倍液，或绿叶丹可湿性粉剂800倍液，或72%霜霉威水剂600倍液，也可用14%络酸铜水剂300倍液，或3.2%霉灵·甲霜灵水剂（克枯星）600倍液，或12%松脂酸铜乳油500倍液灌辣（甜）椒枯萎病病株（王久兴）辣（甜）椒枯萎病根茎剖面（王久兴）根，每株0.5升，每隔7～10天1次，可灌2～3次。
辣（甜）椒菌核病
发病症状本病可为害辣（甜）椒整个生长期。苗期染病，茎基部初呈水渍状浅褐色斑，后变棕褐色。潮湿时皮层腐烂，上生白色菌丝体，干后呈灰白色，茎部变细，最后全株死亡。
成株期主要发生在距地面5～20厘米处茎部和枝杈处，病部初呈水渍状淡褐色斑，后变为灰白色，向茎部上下扩展，湿度大时，病部内、外着生白色菌丝体，茎部皮层霉烂，并形成许多黑色鼠粪状菌核，最后引起落叶、枯萎死亡。果实染病时，果面先变褐色，呈水渍状腐烂，逐渐向全果扩展，有的先从脐部开始向果蒂扩展至整果腐烂，表面长出白色菌丝体，后形成黑色不规则菌核，引起落果。病原核盘菌，属子囊菌亚门真菌。
发病规律病菌以菌核随病残体在土壤或混杂在种子里越冬。条件适宜，菌核开始萌发产生子囊盘和子囊孢子。子囊孢子经气流、水流传播侵染植株根茎部或基部叶片及其他组织，发病后产生菌丝，受害病叶与邻近健株接触、农事携带可传播病害。菌核也可产生菌丝直接侵入植株茎基部或近地面的叶片。菌丝生长适宜温度范围较广，20℃最适宜，喜潮湿，不耐干燥。相对湿度85%以上有利于发病，低于75%明显受抑制，干湿交替则有利于菌核形成。发病中期，病部长出白色絮状菌丝形成新的菌核，萌发后可进行辣（甜）椒菌核病（王久兴）再侵染，发病后期产生的菌核则随病残体落入土中越冬。菌核在0～35℃均可萌发，适宜温度5～15℃，高于50℃5分钟即死亡；在干燥土壤中菌核可存活3年以上，潮湿土壤中只能存活1年。子囊孢子萌发温度为5～35℃，发育适宜温度为5～10℃、相对湿度为85%以上。土壤中有效菌核数量对病害发生程度影响很大，新建保护地或轮作大棚、温室土中残存菌核少，发病轻；反之，发病重。空气相对湿度达85%以上病害发生严重，65%以下则病害轻或不发病。
防治方法
（1）农业防治：控制棚内的湿度；一旦发现病株，及时清除出棚并烧毁。
（2）药剂防治：发病初期，选择晴天上午9～10时喷洒50%腐霉利可湿性粉剂1000～2000倍液，或40%嘧霉胺悬浮剂800倍液，或65%甲霉灵可湿性粉剂500倍液，或40%菌核利可湿性粉剂400倍液，或10%多氧霉素可湿性粉剂800倍液，或45%噻菌灵悬浮剂800～1200倍液，或50%乙烯菌核利可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵磺酸盐可湿性粉剂800倍液喷雾，结合通风，降低棚内湿度。如遇阴雨天气，棚室也可用45%腐霉利烟雾剂200～300克/亩，分6～10处，于下午4～5时点燃后闭棚16～20小时。每隔5～7天防治1次，连续防治2～3次。
辣（甜）椒褐斑病
发病症状辣（甜）椒褐斑病主要为害叶片，偶尔也可为害茎部。病菌主要侵染成熟叶片。
叶片发病时，先从下部叶片开始，病斑多为圆形，也有近圆形或不规则形，发病初期，叶片正面出现水渍状、淡褐色、针尖大小的斑点，渐扩展成近圆形病斑，随着病斑扩大，逐渐变为黄褐色至灰褐色，边缘颜色较深，病健交界明晰可辨，病斑表面稍隆起，具明显的同心轮纹，中部直径约2毫米范围明显枯白色，界限分明。病斑直径一般为6～12毫米。发病严重时，病斑相互愈合成不规则的大斑，后期病组织常干枯坏死，呈穿孔，致叶片支离破碎，严重时病叶变黄脱落。湿度大时病斑正反两面均可产生灰色霉状物。
茎部染病，病斑常呈现椭圆形，其他特点和叶片上相似。
病原辣椒尾孢菌，属半知菌亚门真菌。
发病规律病菌可在种子上越冬，也可以菌丝块在病残体上或以菌丝在病叶上越冬，成为翌年初侵染源。病害常始于苗床。病菌通过风雨或农事操作传播。气温在20～25℃时适于发病，相对湿度80%开始发病，湿度越大发病越重。高温、高湿持续时间长，有利于该病扩展。
防治方法
（1）物理防治：用55℃温水浸种10～15分钟，再放入冷水中冷却，然后播种。
（2）药剂防治：
①苗床土壤处理。50%多菌灵、50%福美双按1∶1混合，每平方米用药8～10克与15千克细土混合撒入播种沟内。
②用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500倍液，或50%乙霉威·多菌灵可湿性粉剂1000倍液，或10%苯醚甲环唑悬浮剂2000倍液，或40%氟硅唑乳油8000倍液喷雾，隔10～15天喷1次，连喷2～3次。
辣（甜）椒黑斑病
发病症状本病主要侵染果实，发病初期，果实表面的病斑呈淡褐色，椭圆形或不规则形，稍凹陷，直径10～20毫米，甚至更大；后期病部密生黑色霉层。发病重时，一辣（甜）椒褐斑病为害叶片个果实上生有几个病斑，或病斑连片愈合成更大的病斑，其上密生黑色霉层。
病原细交链孢，属半知菌亚门真菌。
发病规律病菌以菌丝体随病残体在土壤中越冬，条件适宜时为害果实引起发病。病部产生分生孢子借风雨传播，进行再侵染。病菌多由伤口侵入，果实被阳光灼伤所形成的伤口最易被病菌利用，成为主要侵入场所。病菌喜高温、高湿条件，温度在23～26℃，相对湿度80％以上条件有利于发病。
防治方法
（1）农业防治：进行地膜覆盖栽培，栽培密度要适宜。加强肥水管理，促进植株健壮生长。发病果要及时摘除。收获后彻底清除田间病残体并深翻土壤。
（2）药剂防治：
①防治其他病虫害，减少日灼果产生，防止黑斑病病菌借机侵染。
②发病初期及时进行药剂防治，喷洒58％甲霜灵·代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或70％代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或64％霜灵·代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或60％百菌通可湿性粉剂500倍液，或40％克菌丹可湿性粉剂400倍液，每7天喷1次，连喷2～3次。
辣（甜）椒根腐病
发病症状该病多发生于定植后，起初病株白天枝叶萎蔫，傍晚至次日清晨恢复，反复多日后整株青枯死亡。病株的根颈部及根皮层呈淡褐色至褐色腐烂，极易剥离，露甜椒黑斑病症状出暗色的木质部，萎蔫阶段根颈木质部多不变色，病部一般局限于根和根颈部。
病原腐皮镰孢霉，属半知菌亚门真菌。
发病规律病原菌以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中及病残体上越冬，厚垣孢子可在土壤中存活5～6年甚至10年，成为主要侵染源。病菌从根部伤口侵入，然后在病部产生分生孢子，借雨水或灌溉水传播蔓延，进行再侵染。高温、高湿条件利于发病，连作地、低洼地、黏土地或下水头发病重。
防治方法
（1）农业防治：因地制宜，适期早播。加强田间管理，防止菜地积水。
（2）药剂防治：
①先用0.2%～0.5%的碱液清洗种子，再用清水浸种8～12小时，捞出后置入配好的1%次氯酸钠溶液中浸5～10分钟，冲洗干净后催芽播种。也可用咯菌腈进行种子包衣。
②发病初期喷淋或灌50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂辣（甜）椒根腐病症状1辣（甜）椒根腐病症状2500倍液或40%多·硫悬浮剂600倍液，或20%二氯异氰尿酸钠可溶性粉剂300～400倍液，或4%农抗120水剂200～300倍液，隔10天左右1次，连续灌2～3次。
辣（甜）椒白星病
白星病又称斑点病、白斑病。
发病症状本病主要为害叶片，病斑初为圆形或近圆形，边缘呈深褐色小斑点，稍隆起，中央白色或灰白色，其上散生黑色小粒点。叶片染病从下部老熟叶片发生，并向上部叶片发展，发病严重的造成大量落叶，仅剩上部叶片。田间湿度低时，病斑易破裂穿孔。
病原辣椒叶点霉，属半知菌亚门真菌。
发病规律病菌以分生孢子器随病残体在田间或种子上越冬。在环境条件适宜时，分生孢子器吸水后逸出分生孢子，通过雨水反溅或气流传播至寄主植物上，从寄主叶片表皮直接侵入，引起初次侵染。病菌先侵染下部叶片，逐渐向上部叶片发展，经潜育出现病斑后，在受害部位产生新生代分生孢子，借风雨传播进行多次再侵染，加重为害。病菌喜高温、高湿环境，发病适宜温度范围8～32℃，最适发病环境温度为22～28℃，相对湿度为95％。
最适感病生育期为苗期到结果中后期。发病潜育期7～10天。
防治方法
（1）农业防治：与非茄科蔬菜隔年轮作，以减少田间病菌来源。及时摘除病、老叶，收获后清除病残体，带出田外深埋或烧毁，深翻土壤，加速病残体的腐烂分解。合理密植，深沟高畦栽培，雨后及时排水，降低地下水位，适当增施磷、钾肥，促进植株健壮，提高植株抗病能力。
（2）药剂防治：在发病初期，可选用50％甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或77％氢氧化铜可湿性粉剂1000倍液，或75％百菌清可湿性粉剂600倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液喷雾，隔10天左右喷1次，连续喷2～3次。
发病症状发病时叶片上出现圆形或长圆形黑褐色病斑，具同心轮纹。潮湿条件下病斑上生出黑色霉层。
幼苗期受害，茎基部呈水浸状暗绿色病斑，后形成梭形大斑，病部软腐，呈蜂腰状，致使幼苗倒伏。
成株受害，在茎基部和枝杈处产生水浸状暗绿色病斑，逐渐扩大成长条形黑色病斑，病斑部位皮层腐烂，可绕茎一周。发病部位以上的叶片由下而上枯萎死亡。叶片上的病斑呈暗绿色不规则形水浸状，扩展后叶片枯缩脱落，出现秃枝。果实多从蒂部发病，最初出现暗绿色水浸状病斑，稍凹陷，病斑扩大后，全果腐烂脱落。
病原链格孢属茄链格孢菌，属半知菌亚门真菌。
发病规律病菌在病残体或种子上越冬，翌年产生新的分生孢子，借助风、雨水、昆虫等传播。病菌从气孔或伤口侵入，也可从表皮直接侵入，潜育期3～4天，病部产生大量分生孢子进行再侵染。秧苗老化衰弱、过密、湿度过大、通风透光不良等易发病。
定植过迟、土壤潮湿、透气不良等会加速病害蔓延。