万岛之国
日本列岛由大小不同的诸岛构成。如前所述，首先是本州、北海道、九州、四国四大岛，另有分布在其周围的将近4000个小岛（也有说7000多个小岛），统称为日本列岛。如果加上海岸线在100米以下的岛礁，日本大概真可以号称“万岛之国”了。
地震频繁
日本处于太平洋、菲律宾、欧亚及北美等四大板块上方，是全球最容易发生地震的国家之一。全境有火山200多座，其中活火山占1/3，是太平洋西岸火山地震带的一部分。地震十分频繁，全国平均每天发生有感觉的地震约四次，有“地震国”之称。1923年9月1日的关东大地震，震毁东京房屋的73%和横滨房屋的96%，死亡达15万人；1995年1月的大阪、神户大地震为7.2级，计6000多人死亡；2004年上半年在北海道发生的地震，也是2002年以来全球首次规模达到8.0的强震；2004年10月，日本新潟县又发生里氏6.8级地震，死34人，伤2000多人。
温泉密布
与火山活动有关的是全国分布着的许多温泉，全日本共有温泉约1200多处。以北海道的登别温泉、神奈川的箱根温泉以及热海市的伊豆温泉圣地最负盛名。日本的温泉有酸性泉、硫磺泉、食盐泉、苦味泉等，对医治风湿病、皮肤病、高血压、糖尿病以及解除疲劳甚至美容等都有很好的效果。
山多坡陡
日本列岛可谓群山叠嶂，国土当中约有76%是海拔300米以上的山地和海拔300米以下的丘陵。海拔3000米以上的山峰有21座。这些分别称为北阿尔卑斯山、中阿尔卑斯山、南阿尔卑斯山，总称日本阿尔卑斯山脉。富士山是全国的最高峰，海拔3776米。
平原狭小
日本的平原仅占全国面积的20%左右，最大的平原是关东平原，依次是石狩平原、新潟平原、浓尾平原和大阪平原。关东平原是日本社会、经济、文化最发达的地区，首都东京、全国第二大城市横滨和川崎等大城市都位于这个平原。全国第三大城市大阪和著名的阪神工业区自然是位于大阪平原上，从而使这个平原成为全国最富庶的地区之一。全国第四大城市名古屋和四大工业区之一的中京工业区则位于浓尾平原。此外，本州的新潟平原、富士平原，北海道的石狩平原、十胜平原，北九州的筑紫平原也因其经济发达而比较著名。