公元前30年，罗马帝国的版图沿地中海横跨欧亚非大陆，亚历山大里亚也落入罗马贵族之手。盖厄斯·屋大维为了加强在这里的统治，便利用古罗马帝国的国教——基督教作为维持其统治的工具。在统治者的扶持和推崇下，基督教在这里已由穷人的宗教变成有财有势、在各阶层中都有代表的宗教。罗马教皇君士坦丁（306~337）授予基督教会一系列特权。例如教士可以免服城市徭役，免交赋税，那些信奉希腊宗教、或其他宗教的人都被斥为“异教徒”而受到歧视和迫害。希帕蒂娅是一位坚定的新柏拉图（公元前427~前347）主义者，是亚历山大里亚城这一学派的领袖，她信奉希腊宗教，又能言善辩，积极参加社会活动，在民众中有很高的威望，这自然就成了基督教会的眼中钉、肉中刺。412年，野心家西瑞尔（376~444）当上了亚历山大里亚基督教的主教，于是他开始在埃及系统地推进反对“异教”和“邪说”的计划，企图用他的宗教特权确立在该城至高无上的地位，这就引起他和该城行政长官奥瑞茨之间的矛盾。而奥瑞茨和希帕蒂娅交情甚厚，两人经常讨论各种事务，这就使西瑞尔对希帕蒂娅更加嫉恨。于是迫害希帕蒂娅的阴谋开始了。
约415年，该城基督教徒中传开了一则谣言，说希帕蒂娅是调解奥瑞茨和西瑞尔之间矛盾的惟一绊脚石，应尽快搬开。显然这是在作除掉希帕蒂娅的舆论准备了。希帕蒂娅虽然已经预感到这是她的不祥之兆，但她仍然没有退缩，她坚信正义会战胜邪恶，便继续她的各种活动，包括去研究院授课和进行数学研究。这一年3月的四旬斋节到了，虔诚的基督教徒正向上帝祈祷，要求宽恕罪人。而一群暴徒却奉西瑞尔之命拦截了希帕蒂娅乘坐的马车，把她拖下车来，拉进教堂，拔去她的头发，撕去她的衣裳，砍去她的手脚，将她投入火中。年仅约45岁的希帕蒂娅就这样惨死在“虔诚的”、“要求宽恕罪人”的基督教徒手中。
希帕蒂娅的惨死没有、也不可能解决西瑞尔和奥瑞茨之间的矛盾。虽然奥瑞茨惩罚了拦车杀人的凶手，向罗马教廷申报了希帕蒂娅的死讯，并要求进一步调查，但教廷更关心的是维护基督教徒至高无上的威严。于是调查一拖再施，这使得西瑞尔的气焰更加嚣张。看到这种形势，奥瑞茨也敏感地预料到一切努力都将无济于事，自己也会厄运当头。于是他只好被迫自动离开亚历山大里亚。最后的结果是：主教宣布，希帕蒂娅离开亚历山大里亚，到了雅典，没有发生任何悲剧。
希帕蒂娅生活的时代是奴隶制开始没落崩溃的时代。奴隶主根本不会关心科学和数学的发展。其标志之一是缪塞昂的图书馆在重建后于398年第二次被破坏，许多书用来烧公共浴池。因此酿成这一悲剧的根本原因不仅是西瑞尔或他指使的暴徒，还是统治者及其扶持的基督教为了维护和加强他们的统治，从而实行仇视科学、迫害进步科学家的政策。
宗教迫害希帕蒂娅这一血淋淋的罪证表明，统治阶级为了维护其统治，是什么事都可以干得出来的。这一悲剧还表明，没有良好的科学环境，没有优越的社会制度，科学和科学家的命运就必然悲惨。可不是吧，希帕蒂娅的死就标志着古希腊数学发展的彻底终结，西方数学的发展开始进入中世纪的黑暗之中。
培根遭祸两次入狱
在英国牛津大学圣芳济会院舍的旧址内有一块石碑，石碑上刻着：“诺格尔·培根，伟大的哲学家……通过实验方法扩大了科学王国的领域……在漫长的一生的孜孜不倦的活动后，于1294年安息了。”
英国人的确值得骄傲，他们有两个名垂千古的培根：除诺格尔·培根外，后来又出了一位弗朗西斯·培根（1561~1626）。两位培根有许多共同点：他们都是当时出类拔萃的哲学家，都反对经院哲学，都重视实验科学。诺格尔被称为“实验大师”，而弗朗西斯则被称为“实验科学的始祖”。但两人也有诸多不同。例如，弗朗西斯一生基本上高爵显位，只是因受贿后被革过职，但没有受过牢狱之苦；而诺格尔则基本上一生坎坷，两受牢狱之灾达25年之久。
1214年，诺格尔出生在英国多塞特郡的伊尔切斯特一个十分富有的贵族之家。约于1230年进入牛津大学，学神学。他19岁即1233年时，已显露出卓越的才华，并于同年成为一名牧师。在牛津大学毕业后，1234年又到巴黎大学留过学，并在那里获得神学博士学位。后来他成为法国的一名修道士，但对科学仍一往情深。
1240年，诺格尔重返牛津，只不过这次他是在这里教数学、物理学和外语等，并在后来成为教授。
博览群书、勤于研究的诺格尔是一位才华横溢、知识渊博的哲学家、思想家、博学家和数学家。他丰厚的著述涉及神学、哲学、语法、修辞、地理、天文、化学、物理……举例来说，他认为地球是圆的，而且估计了它的大小，提出了环球航行的设想。其后哥伦布受到他的这种思想的影响，最终导致那次改变世界的航行。他对科学作出的重大的贡献，不是奠定了某一个科学体系，而是提出了不同凡响的思想——实验法是自然科学研究的两大重要基本方法和出发点。
第一方面，他坚决主张通过经验、观察、实验来获得“整个自然王国”的第一手资料，从而揭示真理。他认为只有实验科学才能“造福人类”。他实际研究金属和矿物，数学和物理，农业和测量，甚至对巫婆的药方和符咒也作过笔记，目的是“揭露坏蛋们的骗局”。他说：“任何人都不可自夸聪明，或看不起卑贱的人，因为后者知道上帝并不曾向那些以聪明闻名的人们显示过的许多秘密。”永不满足的好奇心使诺格尔发现了许多事实。例如，他经过计算订正了当时历法上的谬误——当时的儒略历一年比实际的一年长，约130年会多出1天来，而这在300多年后的1582年，才由罗马教皇格雷戈里十三世（1502~1585）予以订正。其他有价值的科学观察和实验不计其数。这些，都是他一贯的探本求源精神和主张实验法的体现。
可是，他对实际法的上述主张和做法，以及他批判经院哲学——他是经院哲学的第一个勇敢的批判者，提倡改革大学课程的态度，使他在1257年被牛津大学校方剥夺教席，逐出校门。
诺格尔批判经院哲学之举为教会所办的牛津大学所不容，这容易理解。而主张经验、观察、实验的方法，怎么也会被校方所不容呢？这得从头说起。
理性主义是一种先于自然科学的思潮，最早源于古希腊。理性主义者几乎绝对地相信人类的思维，相信逻辑推理清晰可靠、无懈可击。当然，理性主义对自然科学的发展起了极大的推动作用，然而过分相信逻辑推理，有时就会忽略客观事实而导致谬误和“危机”。古希腊亚里士多德研究问题时，主要用的就是理性主义的方法。他通过理性的思辨取得了不少重大成果，然而也引出不少的谬误——“重物比轻物下落很快”、“运动要力来维持”，便是广为人知的谬误实例。由于亚里士多德的权威，使他的思想在西方广为传播。但直到十一二世纪，他的思想在西方并未受到普遍欢迎。这是因为他百科全书式的广博的世俗知识使人眼花缭乱、耳目一新，教会害怕它们会冲击神圣的宗教信仰，因此在1210、1219、1230年三次发布禁令，禁止亚里士多德的学说。然而，这些禁令都无济于事，因为人们渴望了解这位百科全书式的学者的知识。于是亚里士多德的著作到处传播。此时教会中的杰出人士开始认识到“封堵”不如“疏导”，于是转而将亚里士多德的学说与基督教义相结合而为教会所用。他们中的“楚翘”是大阿尔伯特（1193~1280），不过这位德国学者在巴黎大学的意大利学生、神学家托马斯·阿奎那（约1225~1270）却青出于蓝。后者的巨著《神学大全》，就成功地建立了一种将亚里士多德思想和天主教神学相协调的思想体系，这一体系后来成为天主教教义的哲学基础。从此，教会的权威就同亚里士多德的权威熔为一炉了。这样，任何对亚里士多德或其学说的异议，都将视为对教会权威的挑战，将被冠以“异端邪说”而受到制裁。因此，主张拿上帝的创造物做实验的诺格尔，当然就会被视为向亚里士多德的理性主义挑战的大逆不道者；视为是想入非非、亵渎神灵的异端邪说者了。不但校方容不得他，就连他所在的圣芳济会也容不得他。他是该会修道院的修道士。校方将他开除后，就被修道院严格监视约10年之久，等于坐了10年牢。
另一种不尽相同的说法是，诺格尔攻击经院学派奉为最大学者的亚历山大。说亚历山大的教育是荒谬的，甚至说亚历山大本人都难以说是受过教育的，不过是个虚伪的空壳罢了。他的言论很快就传到当时神学领袖法国的波温纳图那里。波温那图当然不能容忍他这种“异端邪说”任意诋毁神学和宗教，于是召他回巴黎。诺格尔的朋友们都劝他别回去，因为回去无疑是送羊入虎口。但讲信义的诺格尔却认为有誓言在先，于是他还是服从命令回了巴黎。这一去便被软禁了10年。这10年，不准他看书、用实验器具，也不许写作，同他打交道的全是僧侣，他与外界完全隔绝了。
那么，诺格尔的怀疑和批判精神是从哪里来的？原来，他在牛津大学时，曾有一位名叫格罗塞特（1168~1253）的伟大的老师。他也是一位英国教士，1235年还当上了林肯城的主教，也是将亚里士多德的著作最早介绍到欧洲其余各地的学者之一。但可贵的是，格罗塞特却不迷信亚里士多德，相反，他十分推崇实验在认识自然界中的作用，而且身体力行地做过不少实验和研究。正是他给了诺格尔一生很重要的影响，才使他的实验研究的思想和不迷信权威、敢于批判怀疑的精神，由诺格尔得到冰寒于水的继承和发展。对此，诺格尔怀着对老师的十分推崇的真情，在他的著作中写道：“只有林肯城的主教一个人才真正懂得科学。”
第二方面，诺格尔对数学高度重视，竭力主张数学方法是进行自然科学研究的基本方法。他认为一切科学实质上都依赖数学，任何一门科学只有当它们的基本理论以数学的形式表达出来时，才能有所进展。他曾以雄辩的口才和渊博的知识到处宣传数学的重要性。他指出：数学是科学认识中所必要的，数学是实际应用的科学，数学还是一门美学。由此可见，他对数学的重视已前无古人，以致美国数学史家塞路蒙·波克纳（Salomon Bocher）在20世纪所著的《数学在科学起源中的作用》里，还称赞他“通过提倡接近科学的‘实体论’，向他所在的世纪提出挑战时，他正将科学放进了一个数学的大框架，尽管他在数学上的造诣是有限的”。很可惜的是，在当时，诺格尔的这一思想不为人们理解和接受，因而他的这一思想和一些著作也就很快被遗忘了。
应当指出的是，强调和宣传数学的重要性，提倡数学方法在当时也是需要勇气的。因为当时认为数学与占星术密切相关，而占星术又被视为巫术。
除了上述强调实验法和数学方法在自然科学中的重要性以外，诺格尔还发出了当今人们习以为常，但中世纪从来没有的独特的声音。他认为人们之所以犯错误，原因有四个，一是对权威过于崇拜而不怀疑；二是囿于习惯而不思革新；三是误信偏见而不问事实真相；四是对有限知识的自负而不知“山外有山”。因此，他极力反对按照书本和权威来裁定真理，而这与他前述主张靠“实验来弄懂自然科学、医药、炼金术和天上地下的一切事物”的思想如出一辙。
然而，这种科学思想、方法、精神在当时是完全不被理解的。幸好1265年诺格尔的朋友克莱门四世升为教皇，对他的工作很感兴趣，于是鼓励诺格尔将自己的思想写出来。经过18个月的努力，诺格尔终于1267年写出了他的三部著作：《大著作》、《小著作》和《第三著作》。而这些著作正是记述了他的思想的一个大纲，可以称为包含当时各学科知识的百科全书。可惜的是，没有多少人理解他，因为书中他的思想太超前了。例如300多年后的望远镜，六七百年后的机动车、船，他都有描述。教皇克莱门四世死后，尼古拉三世成为新教皇。他看到诺格尔的著作，觉得书里面净是可怕的异端，于是诺格尔遭到迫害。尼古拉三世命令将他投入监狱，即由圣芳济会以制造“异端邪说”罪判刑15年。于是他从1277（一说1278）年起第二次入狱。只是因为其朋友出力斡旋，才没被处死。1292（一说1293）年诺格尔身体和精神在监狱的摧残下已全面崩溃，此时朋友们才把他营救出来。出狱后不久，贫病交加的诺格尔于1294年6月11日辞世。