在实现由原子弹到氢弹研制的飞跃中，周恩来亲自抓住了几个带关键性的问题，给予正确而具体的指导：第一，由原子弹到氢弹的飞跃，关键在理论上的突破。周恩来一贯强调处理好理论和技术的关系，主张给理论研究以重要位置，反对忽视理论研究的近视倾向。他早在1956年1月就指出：“没有一定的理论科学的研究作基础，技术上就不可能有根本性质的进步和革新。”周恩来在审议二机部的《关于加速发展核武器问题的报告》中把原理探索作为突破氢弹技术的首要措施，得到了充分的肯定。后来，正是由于理论上有了重大突破，才有氢弹新设计方案的形成和付诸试验，并得到完全的成功。第二，为我国氢弹研制制定了一系列正确的指导方针。其中最重要的有：1965年3月20日专委会上，周恩来提出：“我们反对核讹诈和核威胁，不主张搞几百次核试验，因此我们的核试验都要从军事、科学、技术的需要出发，都要做到一次试验全面收效。”这个方针，适合我国的国情，体现了我国研制核武器的根本目的。这个方针要求用较短时间，花钱较少的代价，自力更生地研制原子弹和氢弹，完成了武器化，装备了部队，并在新的核武器的研究上取得重大的突破。在研制氢弹过程中，周恩来还给研制部门和人员制定了“严肃认真，周到细微，稳妥可靠，万无一失”的工作指导方针。这16个字，充分体现了周恩来一再强调的要“保证产品的高质量”和“绝对保证安全”的思想，这深刻揭示了核工业建设和核武器研制试验的特点和规律。由于整个氢弹研制过程切实贯彻了上述方针，从而避免了可能出现的奇灾大祸和巨大的浪费，这些方针对发展我国尖端科技具有长远的指导意义。第三，精心切实解决在研制过程中每个重要的试验关键性问题。包括安全要绝对保证，装置技术的质量，气候选择，爆炸点等等，都经周恩来同负责同志、科技人员认真商议解决。经过一年多的理论、技术诸方面的准备，周恩来批准了新设计方案研制的氢弹于1966年12月28日12时试验。试验结果表明，氢弹研制的关键理论和技术问题都获得了解决。这个时候，已经是“大乱天下”的“文化大革命”开始了，周恩来总理的正常国务活动已受到严重干扰，当他得知氢弹原理性试验成功的消息后，高兴的心情驱使他把钱三强等科学家和领导同志找在一起，为参与试验成功的全体人员祝酒，喜悦和欣慰之心难以言表。在这次试验成功的基础上，经过半年的努力，即在1967年6月17日，我国便成功地进行一次300万吨级的空投氢弹试验，这提前实现了毛泽东在1958年作出的“搞一点原子弹、氢弹，我看有10年功夫完全可能”的预言，提前实现了周恩来提出的1968年进行氢弹爆炸试验的目标，实现了我国核武器研制工作的第二次突破。
我国氢弹爆炸试验成功，再一次震动了世界。我国从1964年10月16日第一颗原子弹爆炸试验成功到1967年6月17日氢弹爆炸试验成功，相距不过两年零八个月，与美、苏、英、法相比，速度是最快的，从达到的威力等指标看，其技术也比美、苏首次试验的氢弹水平高。
在取得“两弹”试验成功之后，“文化大革命”的内乱对各项事业同样包括国防尖端科技工作都发生极其严重的干扰和破坏，周恩来的处境也越来越困难。一方面是“四人帮”对他的迫害越来越疯狂，另一方面他受病痛的折磨也越来越痛苦。然而，为了民族的繁荣昌盛，国家的安全富强，周恩来以压倒一切的英雄气概和坚韧不拔的毅力，顶着“四人帮”的压力，强忍着病痛，在全国动乱之中，主持着内政外交的要务，在这种危难的情况下，他仍然挤出宝贵时间，继续为我国尖端事业呕心沥血。自1970年到1974年间，他克服了重重困难，亲自主持了20多次专委会议，1974年3月31日、4月12日，是周恩来生前亲自主持召开的最后一次专委会议，他以惊人的毅力忍受了巨大的病痛主持会议，并发表了长篇讲话，对我国尖端事业各个领域的发展，做了一系列重大的决策性的指示。这些指示，直到今天仍然具有现实的指导意义。
七、做好财政工作，重视发展商业
周恩来作为我国政府的总理和全国人民的总管家，如何理财治家是非常复杂又繁重的任务。他一方面全力支持陈云主持全国的财政经济工作，凡是中央政治局召开讨论财经工作的会议，在财政部汇报工作之后，周恩来一般都让陈云发表意见，自己表示赞同或稍加补充。由于周恩来很信任和支持陈云的工作，因此陈云领导中央财经委员会在解放初期发挥了很大的作用，到60年代初期调整国民经济工作中，他们从大政方针到具体部署都是相互支持，步调一致。周恩来对财政工作中一些带全局性的问题，抓得很紧，抓得很细，尽心指导。主要业绩有两个方面：
第一，精心抓好国家预算，决不搞赤字预算。
周恩来理财是从精心编制每年的国家预算入手。他清楚地知道，国家预算是国家为实现自己的政治经济任务，保障和促进国民经济发展，逐步提高人民物质文化生活水平，有计划地集中和分配国民收入的重要手段。可见，抓好了国家预算就等于管住了财政收支的全局。
周恩来理财的指导思想是很明确的。理财问题就是合理地积累和分配资金。对这个问题，周恩来作过精辟的论述：“国家建设规模的大小，主要决定于我们可能积累多少资金和如何分配资金。我们的资金积累较多，分配得当，社会扩大再生产的速度就会较快，国民经济各部门就能够按比例地发展。因此，合理地解决资金积累和资金分配的问题是很重要的。”他认为：“国民收入是全国劳动人民在生产过程中新创造的物质财富。在社会主义国家里，全部国民收入都归劳动人民自己所有。劳动人民把国民收入的一部分用来维持和改善自己的生活，另一部分用于社会扩大再生产，也就是说用作积累。在分配和再分配国民收入的时候，必须使消费部分和积累部分保持适当的比例。”消费部分所占比重小了，就会妨碍人民生活的改善；积累部分所占比重小了，就会降低社会扩大再生产的速度。这两种情况都是对人民不利的。
根据上述观点，周恩来每年都亲自抓好国家预算的编制工作。每年国家财政预算的编制和预算报告的起草工作，先由财政部编出草案，写出报告，并经中央财政经济委员会主任陈云、副主任薄一波召集会议讨论通过后，再提到政府全体会议上讨论。在提交政府全体会议讨论前，周恩来总要找财政部负责同志详谈一两次，详细了解预算编制情况，并一道认真审查预算报告等文件。因为周恩来具有惊人的记忆力和懂得财政预算的专门业务，所以，他对财政部提交的预算报表、报告一类的材料翻一翻，就知道讲的是什么意思，加上他对财政工作十分熟悉，心中有本账，财政部的同志在周恩来面前任何大小问题都不能说模棱两可的话，你想在某个问题上蒙他是蒙不住的。这一点给在周恩来领导下从事财政工作的同志留下极其深刻的印象。周恩来每次审查预算报告草案都非常仔细，不厌其烦，往往从下午两点半开始，一直搞到深夜一两点钟，甚至更晚一些。他看文件报告都是逐字逐句逐段推敲。凡是提法不妥、逻辑不通、文字或标点符号错漏了的，都要修改订正过来。国家预算报告经政府全体会议讨论通过后，须提交中央人民政府委员会或政协全国委员会通过（后来是全国人大）才能生效。在此之前，周恩来还要和财政部的同志一起，对文件再复审一遍，生怕还有被疏忽过去的差错，工作做到万无一失。
周恩来主张量入为出是制定财政收支总概算的主要原则，一贯认定“收支平衡、略有结余”是财政工作的方针，绝不赞成搞赤字预算。这一个问题，无论是在对财政部同志多次谈话中，还是在全国人大会议、全国政协会议的报告里，是经常强调的基本思想。他明确提出，财政收入的分配要从第一次分配中把财政收入款分配好，不要过多地打算二三次分配财政收入的主意。
第二，重视国家税收工作。
建国以后，凡属全国性财政工作的会议，如财政部召开的全国财政会议、全国税务会议、全国盐务会议、全国粮食会议等，周恩来如不能亲自参加，必定派主管经济工作的秘书来参加会议。而且要求派去的秘书向他作详细汇报，要求财政部将会议情况扼要作书面报告。周恩来对税收工作的重视是从财政税收立法工作入手，无论农业税、工商税，凡是财政部有关税法问题的法令、指示等文件，周恩来都亲自审阅，问明有关税制规定的理由，算一次收税的办法合理与否，不仅考虑各界人士的负担，特别注意在提交政府会议中讨论的税法文件绝不能出差错。当时参加政府全体会议的成员有相当部分是民主人士，其中不少人熟悉财政工作。1950年财政部搞农业税条例时，把税率算错了。当条例拿到政府全体会议讨论时，民主人士的政府成员提出问题，这件事给周恩来极大震动。他及时向财政部要求好好总结经验教训，以后不要重复这类错误。从此以后，周恩来凡是将有关税法问题的文件提交讨论以前，都要亲自彻底弄清楚整个方案的准确性、可行性，尽量减少差错。这样把关，对做好国家各种税制创立是十分重要的。
周恩来高度重视商业工作。他对商业工作在国家经济生活中的地位和作用发表了精辟的见解：“商业作为联系生产和消费、工业生产和农业生产的纽带，不仅担负着满足居民生活需要和一部分生产需要的任务，担负着为国家积累资金的任务，而且也担负着促进工农业生产发展的任务。”周恩来还充分肯定价值规律在我国经济生活中的不可忽视的作用，他指出：“由于价值规律在我国经济生活中还起着一定的作用，在某些方面更起着重要的作用，因此，正确地运用价值规律，正确地掌握物价政策，就可以促进工农业生产的发展。”也必然有利于人民生活的改善。由此可见，周恩来对商业在国家经济生活中的作用概括为四个方面：一是作为联系生产和消费、工业生产和农业生产的纽带；二是担负满足居民生活需要和一部分生产需要的任务；三是为国家积累资金的任务；四是促进工农业生产的发展。要做到上述要求，必须正确运用价值规律，正确掌握物价政策。这样的论断，清晰地表明了商业在我国经济生活中的重要地位。
为了促进商业发展，从而促进生产，增加资金积累，改善人民生活，周恩来特别强调正确地掌握物价政策。他指出：“正确地掌握物价政策是一件极其复杂的事情，在我们这样一个人口众多和经济情况比较复杂的国家里，对物价的调整必须采取十分慎重的态度，而不能轻率从事。”他认为，不适当地提高农产品的收购价格，对于工业生产和工人生活，对于保持各种农产品之间正确的发展比例，都会有不利的影响；不适应地降低工业品的销售价格，有可能引起商品的脱销。因此，这种不适当的提价或者降价，都将不利于工农业生产和人民生活的改善。在当时的历史条件下，他认为物价方面继续采取稳定的政策，同时，对某些不合理的物价进行必要的适当调整。这一基本方针在我国执行了长达30年之久，对于这一在计划经济体制下所必然采取的方针，要作历史的全面的分析，不能简单地一概否定或者全盘肯定。然而，周恩来对待物价政策同发展商业的关系的思想，对物价政策所持的谨懂从事的态度仍然是具有指导意义的。
为了促进商业的发展，周恩来提出了更好地运用价值规律和有计划地组织一部分自由市场的重要主张，这是符合我国国情的正确举措。1956年9月在八大作的《关于发展国民经济的第二个五年计划的建议的报告》中，周恩来指出：“由于社会主义改造事业的胜利，社会主义经济已经在我国占据了绝对的统治地位，这就使我们有可能在适当的范围内，更好地运用价值规律，来影响那些不必要由国家统购包销的、产值不大的、品种繁多的工农业产品的生产，以满足人民多样的生活需要。”这是一个积极可行的重要思路，同陈云提出的“在生产计划性方面，计划生产是工农业生产的主体，按照市场变化而在国家计划许可范围内的自由生产作为补充”的主张是一致的。这是体现更好地运用价值规律的重要途径。与此同时，周恩来还提出：在国家统一市场的领导下将有计划地组织一部分自由市场；在一定范围内，将实行产品的自产自销；对某些日用工业品，将推行选购办法，对所有商品，将实行按质分等论价办法，等等。采取这些措施，不仅不会破坏国家的统一市场，相反，将会对国家的统一市场起有益的补充作用。这些意见受到八大的重视，在八大通过周恩来所作的关于发展国民经济的第二个五年计划的建议的报告的决议均采纳了上述意见。可惜，由于后来党内“左”的思想的膨胀，这些意见无法见诸于行动。只有在党的十一届三中全会以后，这些意见不仅得以实施并极大地丰富和发展，使我国商业出现前所未有的兴旺繁荣的景象。