徐树铮在南方停留了几天，便准备北上进京复命。冯玉祥也多次打电报给他，欢迎他北上共商大计，并表示保证他的安全。但这个时候的形势对徐来说相当严峻，北京城完全被国民军控制起来了，段祺瑞也对冯玉祥退避三分，他深知冯玉祥对徐树铮恨之入骨，于是发急电给徐树铮，告诉他暂缓进京，他以前的朋友也以曾毓隽和李思浩的遭遇告诉他，徐树铮不但不听，反而说： “我怎么能同这几个人比呢，段老总的事多半是坏在他们身上。”于是他执意乘船北上，于23日抵津赴京。到了北京，徐树铮就赶往政府去见段祺瑞。二人见面时相对跪拜，抱头痛哭，像极了一对落难夫妻的久别重逢。
第二天，根据徐树铮的要求，在执政府内举行了专使觐见执政复命的典礼，之后，徐树铮又向政府各部总长报告出访情况，出席各种欢迎会、报告．会。表面上风风光光的徐树铮做梦都没料到，这是他最后一次政治表演。
冯玉祥在徐树铮到京后就下达了格杀命令。为迷惑舆论，特地从自己的卫队中挑选了20名武艺高强的士兵，由被徐树铮枪杀的陆建章之子陆承武率领，化装入京，伺机行刺，但陆承武比起他老子差远了，不过是个混日子的大烟鬼，对于追踪暗杀这等复杂的事情，他实在不怎么在行，所以一直未找到下手的机会。
段祺瑞始终催促徐树铮赶快离开北京，免生意外，徐树铮无奈就答应了，并且请执政府打电话给车站准备专车，准备立即南下。
鹿钟麟获悉徐树铮乘车南下的消息后，打电话给驻张家口的冯玉祥，请示处置办法。冯玉祥的答复简单直接： “就地处决！”徐树铮的政治生命包括他的肉体终于走到了尽头。
廊坊的第五师师长张之江接到截杀命令，紧锣密鼓地筹划起来，徐树铮的专车到廊坊停靠的时候，张之江派参谋张铖登车，称师长请专使面谈，强行把徐树铮挟持下车。徐立即明白是怎么回事，便对抓他的士兵说：“我徐某做事，向来不畏生死，不劳诸位簇拥！”说罢大步前行。走出车站不远，一阵乱枪响起，徐树铮就此殒命。
随后，陆承武被冯玉祥派人当夜从北京接到廊坊，让他对徐树铮的随行人员宣称： “我要替父报仇，杀了徐树铮，这事和别人没有关系。”
段祺瑞得到消息，痛哭失声。他是深知徐树铮遇害真相的，但他现在白顾不暇，根本不能追究真相，为明哲保身，连惩办凶手这种官样文章都不能做，只有把恨意埋进心底。
一贯强横到底、处处与人争斗、不给人留下任何余地的徐树铮，最终落得了这样的结局，这真是应了一句话：出来混，总是要还的。
打倒列强
徐树铮被暗杀，自己还不能做主为他报仇，段祺瑞感到自己的日子越来越难过了。他还不知道，这仅是个开始，接下来发生的一连串事件，将他逼到了悬崖边上。
奉系与直系越来越频繁地接触，有了冯玉祥这个共同的敌人，张作霖和吴佩孚终于抛弃成见，化敌为友，正式联合。
直奉合作，既反对国民军又反对段祺瑞，段祺瑞敏感地意识到自己将要被奉系抛弃了，便紧抓住国民军这支力量作为最后的依靠。为了和国民军合作，他特别增设了国务院，改组内阁，任命与国民党和冯玉祥国民军接近的人士为总长，可这又引起张作霖的极大反感，他干脆在1926年1月11日发表宣言，宣布东三省与段政府断绝关系，独立自治。这样，段祺瑞与张作霖彻底翻脸！
直奉联合后，立即组织发动起对国民军的进攻。
北京周边：1926年1月1日，李景林把从直隶天津败退山东的四万兵力和山东张宗昌的两万兵力合并成直鲁联军，接受了日本接济的大量军械，于1月10日布置进攻国民一军。
北京北边：1月11日，张作霖以讨伐郭松龄残部魏益三为名，通电出兵关内，与国民军对峙。
北京南边：1月20日，吴佩孚在河南通电讨伐冯玉祥；26日，吴佩孚指挥靳云鄂、寇英杰、刘镇华、张治公等分两路进攻国民二军，河南战争爆发。
段祺瑞还是倾向国民军的，为了首先解决迫在眉睫的北京身边的威胁，他必须先解决张宗昌的直鲁联军。为此他积极策反张宗昌的部下方振武。方振武早就看不惯张宗昌的横征暴敛，战事爆发后他突然在山东的肥城倒戈起义，并设法与国民军联成一气。段祺瑞立即任命方振武为直鲁豫边防剿匪司令，希望他能承担起北京周边安全的角色。但是方振武实力有限，很快被吴佩孚击败。段祺瑞的希望落空了！
对抗直系没有成功，段祺瑞又想缓和同吴佩孚的关系。他改组了临时政府，任命与吴佩孚有密切关系的颜惠庆、卢信分别为外交、司法总长，任命孙传芳的亲信杨文恺为农商总长、杜锡硅为海军总长。但是吴佩孚根本不吃这一套，照样与齐燮元、张宗昌、李景林等联名通电讨伐段祺瑞和冯玉祥。
段祺瑞任命的几个人也在吴佩孚的授意下辞职不就。拉拢直系、讨好吴佩孚的计划也落空了。
四处碰壁之后，再也没有选择的段祺瑞被迫又回头靠拢国民军。他任命冯玉祥为直豫陕宣抚使，主持讨伐吴佩孚的军事。冯玉祥一边同直、奉开战，一边通过部将努力谋求与直奉任何一方达成和解，以保存实力。为此他只好婉拒了段祺瑞的任命。
张宗昌指挥直鲁联军一面从陆路进攻国民军，一面还从海路进行攻击。
3月8日，毕庶澄部海陆军在炮火掩护下由北塘登陆，准备袭击军粮城。
国民军奋力还击，击退毕庶澄的舰队。第二天，国民军便用10枚水雷封锁了大沽口，以防海路进来的敌军。然而这一举动却遭到以日、英、美、法、意等国为首的天津领事团的干涉反对，接着，驻京首席公使荷兰公使欧登科代表“辛丑条约”关系国驻京外交代表，向北京临时执政府外交部提出抗议，威胁国民军如不开放大沽口，就要采取“必要行动”。国民军被迫妥协，答应撤去水雷，开放大沽口，但提出两项条件：一、外国轮船不再为敌军运兵运枪械；二、外国轮船进来不得让敌舰尾随混入。
帝国主义是不讲信用的，麻烦很快就来了。3月11日，日本两艘驱逐舰掩护4艘奉军军舰冲入大沽港口，大沽炮台国民军予以警告，日本驱逐舰竟以机关枪实弹射击，打死打伤国民军12人。国民军被迫奋起还击，再次击退日本人。这就是“大沽口事件”。
3月15日，日本借口国民军违反《辛丑条约》，纠集英、法、美、意、比、荷、西七国公使，向北京政府发出最后通牒。同日，日本公使又单独向北京政府提出最后通牒，要求“谢罪”、“赔偿”、“处罚加害者”等，如要求得不到满足，就要采取武力手段。随后，各国军舰纷纷驶入大沽口，前后有20多艘，列强还指示各国在天津的驻屯军必要时可与海军策应，准备实行武力解决。
帝国主义的凶恶嘴脸暴露无遗！
压垮马各驼的最后一根稻草
在日舰炮击大沽口的消息传出的当天，北京学生联合会已决定在3月16日示威游行。等到八国联合武装干涉中国内政的通牒提出后，更加激起全国人民的愤怒。
1 6号凌晨，各校学生按预定计划，手持“反对帝国主义干涉中国内政”、“支援大沽守军”、“打倒日本帝国主义”、“废除辛丑条约”等标语的小纸旗，列队向天安门出发。游行队伍在各校门前即遭到武装警察截击，师范大学、女师大、清华等校的同学不少受到严重伤害。
17日，段祺瑞一方面指示外交部作出答复，表示通牒内容超出《辛丑条约》的范围，认为并不适当。但中国政府会设法消弭战事，恢复海上交通畅通，要求列强们不要在这个时候再来激化矛盾，同时政府派人到处散布消息，说如果学生们再闹事，政府可能进行武力干预。然而，他还是低估了群众的决心。