岳飞抵达杭州后，被一路带到了大理寺中，他一开始只感到奇怪，很快就意识到事情不妙了。秦桧把他骗到这里，没有任何合法的程序，就命人把他抓起来，投入监牢。岳飞在里面看到了张宪和岳云两人，当时他们身披枷锁，浑身上下血迹斑斑，显然经过了一番严刑拷打。岳飞感到震怒不已，满心痛苦，他咬着牙齿，噙着泪水，但却根本无法发泄出来。
狱卒带着岳飞前去受审，主审官是何铸，当初紧跟着万俟卨弹劾岳飞的那人。岳飞到他面前的时候，他就气势汹汹地问岳飞为什么要造反。岳飞脱下衣服，裸露其背，让何铸看他昔日刺下的“精忠报国”四字。这四个字据说是岳飞的母亲刺上去的，“岳母刺字”的故事可谓家喻户晓，但是近来有人考证出，岳母不可能给岳飞刺字，因为岳母根本不识字，那些字肯定是别人刺的。
何铸看到这四个字的时候，被岳飞的忠义之心所感动，他再也不愿意参与进诬陷岳飞的阴谋中了，反过来为他申冤。何铸重新审视了王俊的那封所谓“告首状”，其中不实之词几乎比比皆是。他马上跑去告诉秦桧，不能因为王俊的那封胡言乱语的“告首状”而定岳飞的罪。秦桧很不高兴，说这是赵构的意思。但就算是天皇老子的意思，何铸也不管了，反正他不愿意再参与进去。
秦桧于是把何铸换下来，由万俟卨代替他。万俟卨深深地领悟了秦桧和赵构的意图，愿意绝对遵从他们，他是没有原则的，也不管什么对错，只听主人的话，按他们的意图行事。他主审的时候，对岳飞的态度极为恶劣，一口咬定他要造反。岳飞怒发冲冠，睚眦欲裂，愤怒地驳斥他道：“对天盟誓，吾无负于国家！汝等既掌正法，且不可损陷功臣，吾到冥府，与汝等面对不休！”
当时岳飞简直是咬牙切齿，悲愤之情无以复加。万俟卨看着他这么激动，害怕他会伤到自己，便向他叱喝道：“岳飞叉手立正！”岳飞作为堂堂一军主帅，指挥数万部队驰骋疆场，来回冲杀，意气风发，打得金人望风披靡，不想如今却深陷牢狱，被一个小小的狱卒呼来喝去，所有的理想、抱负，在这一刻全部破碎了，岳飞除了痛悔和难过之外，真的再也没有别的感情了。
到了这时，万俟卨还在诬陷他，举出各种例子，强词夺理，要把造反的罪名强扣在他头上。岳飞已经不想再辩驳了，他知道现在他面对的是一干小人，任何辩驳他们都是不会听从的。岳飞长叹一声：“吾方知，既落入秦桧国贼之手，使吾为国忠心，一旦都休！”说完这话，岳飞便闭上眼睛，任由狱卒拷打，再也不置一词。狱卒见此就继续拷打，直把岳飞打得皮开肉绽才算罢休。
岳飞入狱之后，朝中的很多大臣纷纷上书搭救他，如大理寺丞李若朴、大理卿薛仁辅等等，他们的仗义执言都没得到好下场，有的被罢官了，有的被弄死了，但这依旧挡不住朝中大臣为正义呼喊的声音。韩世忠在这时也挺身而出，出面为岳飞伸张正义。当时韩世忠的情况同样不妙，秦桧的党羽纷纷瞄准了他，火力攻击就没有停止过，但他依旧不避嫌，出面去找秦桧，为岳飞说话。
在岳飞入狱半个月之后，韩世忠因为屡遭弹劾，虽然赵构并没有拿他怎么样，他也觉得自己无法在朝廷中再待下去了，因此主动请辞。这之后韩世忠为了避免被奸臣迫害，闭门谢客，平日里绝口不谈兵事，甚至不和亲友通信，以免被抓住把柄，栽赃陷害。但对于岳飞的冤狱，他却不能让自己置身事外，尽管官职已经丢了，部下也四散了，影响力几乎没有了，他也仍然去找了秦桧。
韩世忠问秦桧说，王俊的那封“告首状”，到底哪里是属实的？秦桧只回答他说：“飞子云与张宪书虽不明，其事体，莫须有？”莫须有即有可能有的意思，秦桧单单凭这几个字，就想定岳飞的罪，想杀掉他，实在是太蛮不讲理了。韩世忠对秦桧的态度感到非常气愤，但他却根本没办法改变眼前的现实，因此，最终他只恨恨地对秦桧说：“相公，‘莫须有’三字，何以服天下？”
其实秦桧也在为此苦恼，岳飞、张宪和岳云等人已经被抓好几个月了，其间对他们用尽了各种酷刑，但是所得到的证据却依旧寥寥，他们还是不认罪。现在能够勉强确定的罪责，也就是岳飞当初不肯支援淮西，说楚州不可守，以及从他的话中断章取义，诬蔑他有谋反之意，等等。这些证据都是非常牵强的，要以此判岳飞死刑，显然不够，但是要找别的证据，他们却又找不到。
正当秦桧为此感到难办的时候，有一天，他在书房中想着岳飞的案子，呆呆出神，他的夫人王氏在这时候走进来，见他一副若有所思的样子，就知道他在想岳飞的案子，对他说道，让他果断解决岳飞，否则后患无穷。秦桧恍然大悟，既然原本就是要栽赃岳飞的，又何必找什么充足的证据呢，因此他再也不管，命大理寺解决岳飞。万俟卨接到命令，就强逼着岳飞在供状上画押。
在这一刻，岳飞知道自己要死了，冤情终究没有得到昭雪，所付出的一切，都被否定，他的理想，他的抱负，也全部破碎了。岳飞简直不能相信这件事，他接受不了，看着眼前的供状，他画不了押，握着笔，只在上面写下了八个字：“天日昭昭！天日昭昭！”不久后，岳飞就被毒酒赐死了，终年三十九岁。他的儿子岳云和他的部下张宪则被处斩，而这一年，岳云年仅二十三岁。
岳飞的死讯传出之后，百姓们无不为之痛哭流涕。当时有一个叫隗顺的义士，冒着杀头的风险潜入大理寺中，将岳飞的遗体偷了出来加以安葬。秦桧及其党羽在岳飞死后仍然对他严厉打压，但百姓们依旧通过各种各样的方式纪念岳飞，特别是鄂州人民，几乎家家户户都悬挂着岳飞的遗像，早晚祭拜他。韩世忠还兴建了一座翠微亭，纪念岳飞，这翠微亭经历代修缮，如今还能看到。
对于害死岳飞的秦桧，人人恨之入骨。殿前司军校施全甚至计划着要把他杀掉，守在他上朝的路上，看他的轿子经过，就提着刀朝他砍去。只可惜这一刀没能砍中，施全却因此壮烈牺牲了。到了后世的时候，对秦桧的这种仇恨依旧没有泯灭，反而愈演愈烈，大家把面团做成秦桧的样子，然后放到油里面炸，炸完再吃，称为“油炸桧”，据说现在我们吃的油条就是由此演变而来的。
在明朝万德年间，还有人制作了秦桧、王氏以及万俟卨等人的铜像，反剪而跪在岳飞墓前，但是大家对这几个人实在痛恨，铜像刚刚制作出来不久，就被人给击碎了。后来，在明朝万历年间的时候，又有人重铸这些铜像，并加上了张俊的跪像，四人一起跪在岳飞墓前，旁边还有一副对联写道：“青山有幸埋忠骨，白铁无辜铸佞臣。”表达了对岳飞的敬慕和对奸佞的无限痛恨之情。
岳飞死后，一直有大臣上书给赵构，希望能给他平反，但赵构并未采纳这些意见，直到宋孝宗赵昚即位之后，岳飞的冤案才得以昭雪。赵昚见到岳飞的儿子岳霖时，曾深感痛心地对他说：“卿家冤枉，朕悉知之，天下共知其冤！”
宋孝宗赵昚是在绍兴三十二年的六月份登基的，到了七月份，他就给岳飞的案子平反了，恢复了他的官职，发还了他们家的财物。后又给岳飞定谥，有人建议谥为忠愍，但赵昚不同意，最后谥为武穆，并追封为鄂王。到此，正义终于得到了伸张。在我们这个残酷的世间，正义常常会被埋没，邪恶张牙舞爪，但是公道自在人心，不管正义来得多么迟，总有一天，它还是会来的。