中国农村土地制度存在的问题和分歧，集中表现为产权、法与政策的一致性问题。有学者（邓大才，2002）指出农村集体所有权存在“九个悖论”，这些悖论是农村地权制度、行政管理制度等多种制度综合作用的结果，必须综合改革农村政治、经济体制才能彻底根治这些悖论。赫尔南多·德·索托（2005）也曾告诫，缺乏这样的制度改革，就无法避免因法定产权制度与事实的产权结构不一致、甚至与实际的产权制度安排相冲突，造成穷人有财产而无资本或财产无法资本化的矛盾。具体的表现有还远不限于：（1）农村土地的所有权归谁所有的问题。陈小君等（2004）的调查指出，一个从法学视角令人感兴趣的问题是，为何大多数受访者认为土地是国家的，而且这个结论较均衡地分布于各调查地点，即此种结果并非存在地区差异而中和达致。虽然同为公有制的具体形式，国有与集体所有的制度旨趣仍是大有不同，而这种不同却被受访者所普遍忽视。这不能简单地归结于农民法律意识的淡薄，因为作为农村社区精英的村支书、村主任、村会计也持相类似观点。这表明对集体产权的认知与法律的规定存在明显的不一致，进一步分析可知，作为正式制度安排的集体所有权之所以在其成员中获得如此低的认同度，与所有权本身的缺陷有密切关联，而其缺陷仍然在于所有权与法律相关规定及有关政策的不一致。（2）法律规定农村土地归农民集体所有，却不明确所有权人——农民集体的民事主体地位，只得由农村集体经济组织或其他似是而非的自治组织予以代替，这在市场经济条件下也很难解释。（3）物权法确定了国有产权、集体产权和私人产权平等保护的精神，但由于惯性思维的影响在贯彻上还不够自觉。在《形成各种所有制经济平等竞争、相互促进新格局》的新华社电（2007年12月8日）中，不少提法可略见一斑。比如，“坚持平等保护物权，特别是像保护国家、集体的物权那样平等保护私人物权”，似乎集体的物权保护得很好；“混合所有制经济的发展，也表明我国公有制特别是国有制找到了一个与市场经济相结合的形式和途径”，没有提到集体所有制与市场经济的结合；“改革开放29年来的经验表明”个体私营经济和国有经济具有各自优势，没有从正面肯定集体经济的优势；绝大部分篇幅着重论述国有经济和私有经济，而单独提到集体经济仅有“推进集体企业改革，发展多种形式的集体经济、合作经济”，等等。（4）与前一点相联，土地管理法依然维护国家对建设用地市场的垄断，并对集体土地权利作了诸多限制，一些以耕地保护和节约用地名义出台的文件，又在不经意中固化这些限制。阿尔钦在《产权：一个经典注释》中曾经指出，对我在我的土地上种植谷物的限制就是一种强制的或人为的限制，限制否定了我的一些权利，但并没有将这些权利转让给其他人。否定我在我的土地上种植谷物的权利，将会限制我的可能使用，但它又没有增大其他任何人的可能物质使用。由于这些限制往往只是对一些人的限制，那些没有受到如此限制的人就从其他一些受到了不必要限制的人的行动中获得一种“法律上的垄断权”。210农村土地用途的管制及因此形成的国家对建设用地市场的垄断，可谓是这段话的一个生动例证，只不过是限制的使用和权利不同罢了。虽然在土地管理上有不得不如此的缘由，但法与法之间、法与土地管理政策之间的不一致显而易见。（5）农村土地承包法中规定“国家实行农村土地承包经营制度”，这与一直以来中央强调的统分结合的双层经营体制并不一致，与现代农业所需要的适度规模经营的要求也不一致，以至于陈小君等（2004）建议将其修改为“以家庭承包经营为主体，多种经营方式相结合的农地使用体制”。在本书中，作者一定程度上分析了现行法律中存在的矛盾和冲突，这既包括土地管理法、农村土地承包法、农村土地征用征收的一系列政策规定与宪法、物权法等法律的相关规定的不一致，也包括土地登记办法、民法、行政法等相关法律规定的欠缺而造成的不一致。这种混沌运行的非一致性，使得在物权法、国有资产法之外制定一部集体产权法非常必要，而且理顺不同法律之间的逻辑联系和具体规定亦非常必要。当然，这是法学的领地，但如前面所言，法学与经济学正对应着一致性的两个极，本身就需要一致起来。
产权、法与政策体制上的非一致性，不但导致了理论上的诸多分歧，也难以避免实践中的各取所需和自行其是。张曙光（2008）指出，由于农村集体和农民的弱势以及利益受侵害的地位和处境，中央政府无法依靠集体和农民去约束地方政府，集体和农民也无力对抗政府的侵害行为，因而在中央和地方的土地博弈中，保护耕地的目标落空，城市化也被扭曲，中央政府有得有失，也有可能得不偿失。因此，中央政府应当更多倚重法律的手段实现自己的目标，以破解土地博奕困局，特别是在统筹城乡综合改革试验区的实践中，法必须先行。根据初步调查了解的情况，目前地方政府想要的突破还在于土地，以及更大的用地权限，但在农村土地的一系列法律规定没有理清之前，匆忙推出所谓改革举措，无异于缘木求鱼，一些学者还建议申请特别立法权甚至试错权。倘若对经济领域的纷繁问题缺乏系统论证，倘若没有法律、产权与政策的一致性，制造出来的特别立法和试验会不会七拱八翘，交易的合理预期会不会形成，城市和乡村会不会两败俱伤？比如农民的宅基地置换和集中居住区的问题，虽然有利于地方政府拓展城市用地指标，但在规模经营尚未大范围适用的情况下，劳动者和耕种的土地往往被人为地分隔开了，并不适合于家庭承包经营的基本制度。小产权房也不能一概而论，如其使用的集体土地处于国家规划的城市建设用地范围内，也本应是所有者的合理权利。套用一句古话，还是应当法定而后动。其他延伸方案是，中央政府针对各类改革试验区，制定具体明确的指导意见，影响地方政府的行为集；或者改革财政体制，影响地方政府的利益取向，促进政府转型，以期达到林毅夫所说的“一心一意”的支持。
与变革中的非一致性相对照，学者以及各阶层人士由此获得了很大的发挥空间，不同学术背景、不同生活环境以及不同立场的学者的见解各不相同，尤其在农村土地产权问题上空前多样化复杂化。其实，在我们赖以探讨农地问题的各种基本制度框架建立之前，费孝通（1939）已经指出，任何变迁过程必定是一种综合体，那就是：他过去的经验、他对目前形势的了解以及他对未来结果的期望，更具体的解释是：（1）过去的经验并不总是过去实事的真实写照，因为过去的实事，经过记忆的选择已经起了变化；（2）目前的形势也并不总是能得到准确的理解，因为它吸引注意力的程度常受到利害关系的影响；（3）未来的结果不会总是像人们所期望的那样，因为它是希望和努力以外的其它许多力量的产物，真正需要的是一种以可靠的情况为依据的常识性判断。因此，理论研究应当基于可以公认的事实，而摒弃一已的管见。农村土地问题由来已久，众多学者进行了大量实地调查和理论分析，作者所知的基本事实是产权、法与政策的非一致性。本书只是在此基础上，依据产权、法与政策一致性的要求，择其可以相互印证的数据和情况进行梳理，形成一个中国农地集体产权制度的理论分析框架，权作一个向着常识性判断的尝试，当然最终的判断仍然是由民众作出，他们才是历史的创造者。