但随着家庭联产承包责任制的实行，这一格局在新的制度和条件下发生了变化。从实践看，虽然不同农民集体之间转移集体土地所有权是法律所禁止的，但集体土地所有权合并一直在农村各地发生，土地以村农民集体所有的情形开始增多，并从有关法律的变迁中表现出来。1986年土地管理法规定为：集体所有的土地依照法律属于村农民集体所有，由村农业生产合作社等农业集体经济组织或者村民委员会经营、管理。已经属于乡（镇）农民集体经济组织所有的，可以属于乡（镇）农民集体所有。村农民集体所有的土地已经分别属于村内两个以上农业集体经济组织所有的，可以属于各该农业集体经济组织的农民集体所有。1986年民法通则规定为：集体所有的土地依照法律属于村农民集体所有，由村农业生产合作社等农业集体经济组织或者村民委员会经营、管理。已经属于乡（镇）农民集体经济组织所有的，可以属于乡（镇）农民集体所有。到1987年，据农业部对全国1200个行政村调查，村民小组即原生产队一级行使土地所有者身份的比例降到65%，村民委员会即原生产大队一级行使所有者身份的比例上升到34%（张全印、李代福，1999）。1998年土地管理法规定为：农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。1999年全国有农村社区性的合作经济组织233.4万个，其中乡（镇）一级3.7万个、村一级70.6万个、村民小组一级149.1万个；分别占乡（镇）总数的82.5%、村总数的96.2%、村民小组总数的27.9%。1812002年农村土地承包法规定：农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会发包；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组发包。村集体经济组织或者村民委员会发包的，不得改变村内各集体经济组织农民集体所有的土地的所有权。从这一变化过程来看，集体土地所有权主体主要为村农民集体实际上已成趋势。法律规定是与经济社会需要和国家意志是相辅相成的：（1）这一过程的重要拐点是农民自发的承包制改革，以村农民集体为所有权主体有利于建立和稳定土地承包关系，在一定程度上契合了实施承包制的需要，这种情形增多并非偶然。土地承包成为基本经营制度后，村集体作为所有权主体的主要形式已经成为内在的支撑因素。（2）这一过程也伴随着农村生产力的发展，以村农民集体为所有权主体，有利于促进土地规模经营和土地资源在更大范围的优化配置与利用；（3）随着社会主义市场经济的发展，市场风险的出现和农村公共产品缺乏，使农民出现了对重建集体经济的要求。（4）这一过程既反映了农民通过承包经营对土地利益的诉求，也反映了国家加强农村土地管理的需要。
根据产权经济学的基本原理，财产权具有占有的排他性、权利的不兼容性和主体的不重叠性等特征。按照“一物一权”原则，一物之上虽然可设立若干个可以相容的物权，但只能设立一个所有权。不同范围的农民集体是不同的民事主体，处于平等的民事主体地位，同一块土地只能属于一个特定的农民集体，不能有两个或两个以上农民集体交叉重叠。乡镇、村、村民小组的农民集体经济组织之间也不存在从属的关系，它们只是地位平等的不同经济组织，对外能够独立承担民事权利和义务。国家应以村农民集体所有为一般形式，对农村土地集体所有权主体及其权能作出简单而明确的法律设置，以求“定分止争”，同时尽量减少因追求整齐划一而给农村生产生活造成混乱。少数村民小组、乡镇农民集体所有土地的情形，应区分情况予以保留。对于一些地方村民小组确实存在具有实际意义的村内两个以上集体经济组织，且符合所有权主体代表资格的，应该赋予其农民集体土地所有权。这样既有利于稳定农村土地关系，也能使农民真实意愿得以表达。对于乡镇农民集体所有的土地，则重在加强其集体经济组织的内部治理，使农民代表能行使真正的支配权，农民能享有真正的权益。
从某种意义上讲，在集体所有制性质的前提下，集体土地确权主要是一个技术性问题，而且无论确权到哪一级都可以通过地籍调查和就地核实的办法予以解决。经过长期的制度变迁，普通农民实际上更为关注的是土地（承包地和宅基地）实际利益的有保障和相对公平，集体产权的界定和保护才是农民在市场经济条件下最根本的利益所在。依照物权法确定的基本框架，明确不同范围农民集体对农村土地的所有权边界，核发集体产权证，确认集体土地所有权的空间范围和权利内容，已不存在任何实质性问题。在统筹城乡建设的背景下，应当尽早予以实施，以形成统一的城乡大市场。
从产权与经济绩效的关系来看，首先需要对产权主体及其权利进行明确界定，同时也需要降低产权运行的管理费用，并提高资产运用的效益。从总体上说，集体土地所有权主体定在哪一级主要反映了经营规模和治理费用之间的矛盾。一般来说，在生产技术允许的情况下，农业规模经营的效率要优于小规模经营。有学者的研究表明，家庭经营是适合农业生产特点的经营方式，在此基础上可以扩大经营规模，谋求规模效应。但这种规模经营意味着更少数目和更高农业技能的农户参与农业生产，其实现成本主要是部分农户向非农产业转移的成本，如进城农民的培训、就业、子女教育及生活保障等，这一成本应当主要由城市和社会承担。在以农业为主要产业，二、三产业比重较小的中西部地区，承担农户转移成本的条件和能力较弱，农村土地流转的内在动力较弱，农民集体和集体土地的范围就应当大一些，以使农民承包土地能够在更大范围内，通过合理流转扩大土地经营规模。在集体产权制度下，较大规模土地的经营意味着更加复杂的委托代理关系和利益关系，由于规模经营的治理成本不宜通过外部解决，就需要在治理费用与规模收益之间进行比较。在东部经济发达地区，承担农户转移成本的条件和能力较强，农村土地流转的内在动力较强，从事农业经营的土地规模可以更大一些，这部分治理费用并不因此而增加，相反还会有所节省。但东部地区乡村工业较为发达，集体经济实力比较雄厚，且农用地的非农化流转比较普遍，由此形成的集体资产数量较大，这部分资产管理的费用较高，因此集体所有权范围不宜大，以便集体资产的有效管理。在村内集体经济组织或村民小组较为同质化，经济实力和区位相差不大的情况下，集体所有权的范围可以大些。对于城市周边的地区，村内各组地理位置和土地数量不一样，升值快慢不一，对土地级差收益预期不同，就不宜将所有权设置在村一级。如在广东南海，以行政村为单位建立股份公司的占20%左右，而以经济社（村民小组一级）为单位建立股份公司的占79.1%，从一个侧面反映了对集体所有权设置的需要。对一些由村民小组农民集体作为所有权主体更为适合的情况，经过村农民集体意志表决同意，还应当允许新设定村民小组一级集体经济组织，进而由村民小组的农民集体享有土地所有权。此外，不同地区的农民素质、民主意识和治理传统不尽相同，应当按照农民意思自治的原则，作出实事求是的所有权界定，以利于产权的运作和管理。
在土地确权的同时，要注意防止对集体所有权的行政干预。行政权力对于各类产权主体都有干预的动因，防止行政干预的关键不在于确权给哪一级，而在于制度的有效约束。承包关系作为土地关系的重要内容，一方面需要行政权力发挥积极的作用，但另一方面行政权力又带来不适当的干预，常常出现乡镇政府、村民委员会代行集体经济组织职能的现象，导致农村集体财产难以规范管理。这一方面需要完善集体所有权主体及行使主体的治理结构，一方面需要基层政府和基层组织的转型，在市场经济中进行重新定位。从市场经济对乡村组织的需求看，农村缺乏把农民与市场紧密联结起来的中介组织，基层组织特别是村级组织更多应转换职能，成为农民组织起来参与市场竞争的服务性组织。
构建完善集体土地产权的治理结构，关键在于明确内部各产权主体及其权利，以及各产权主体之间的委托代理关系，以减少产权结构的内在摩擦，节约产权运行费用。现代市场经济的运作，需要在多样的所有主体与经营主体之间作好财产权的安排。所有者对其代理人要赋予一定范围的对财产的支配、使用以及处置权，构建起代理人的财产权（经营权），以形成委托代理经营的活动与职能，又要使经营权约束在所有权的基本框架内，必然出现在产权运行和实现中，所有者与代理人或经营者之间既统一又矛盾的关系。物权法对于所有权主体直接行使所有权未作规定，而将所有权的行使赋予所有权主体代表，即具体的经营、管理主体，包括：（1）村集体经济组织或者村民委员会；（2）村内各该集体经济组织或者村民小组；（3）乡镇集体经济组织。这实质上是法律代行了所有者选择代理人的权利，或者说限制了所有者对代理人的选择权利。虽然规定所有权主体有权依照法定程序决定土地承包、承包地的调整、土地补偿费、集体企业的所有权变动等重要事项，并可请求人民法院撤销集体土地所有权主体代表作出的侵害集体成员合法权益的决定，但这并不是所有权的全部内涵。从某种意义上讲，物权法承认了农民集体的权力地位，却没有直接承认其所有权主体权能或者民事主体资格。农民集体和农业集体经济组织是两个不同属性和层次的概念，虽然农业集体经济组织也是由一定范围内的全体农民组成，但并不等于农民集体本身。若农民集体不享有法律人格，势必不利于其对外以自己名义进行民事活动，维护农民集体的权益。这样，由于法律规定与产权结构的内在要求之间不匹配，决定了所有权主体与代理主体之间必然产生矛盾，这种矛盾一旦难以化解，就会为政府干预留下空间。物权法的立法意图实质上是通过法人化的所有权主体代表来实现农民集体所有权，但需要进一步理顺有关委托代理机制。其中两个问题应予以重点关注：第一，由谁委托的问题。应明确集体有直接行使所有权的权利，并让集体所有权主体真正拥有选择自己财产代理人的完整权利。第二，委托给谁的问题。法律和相关政策规定只需要确立公平、公开、竞争性的程序及相关的监督检查机制，就可以确保农村基本经营制度的进一步完善（陈剑波，2006）。如何重建农村基层组织，不仅仅涉及农村财产体系的重构，也涉及行政体制改革和法律体系的调整。
从现在情况看，完善农民集体的法律地位，关键在于依法定形式（物权）明确客体物（土地）的权利归属，赋予权利主体以民事主体地位。作者认为，为便利集体组织对外开展活动和维护集体权益，法律应把农民集体确立为一种特殊的民事主体，以便通过法律手段调整农民集体与集体经济组织之间，也就是所有权主体与其代表或行使主体之间的关系，而不必再留有政府干预的空间。当前的立法任务是，尽快制定一部单行法规来建立健全农民集体法人的组织机构和治理结构， 规范农民集体的成立运行，按照法人的治理结构规则行使集体土地所有权。首先要通过一定的组织（权力机构）和程序使集体意志得以形成，对集体土地的支配做出决策，然后由一定的组织（执行机构）来贯彻集体决策，同时要有一种常设组织（监督机构）来监督集体意志的贯彻情况，保护集体利益和成员利益不受侵犯（张安毅，2006）。在立法上，应当规定村民大会或村民代表大会为农民集体的最高权力机构，集体经济组织作为所有权主体代表对集体土地的一切重大处置，均需经集体经济组织的农民集体表决同意，以充分行使所有者的权利。要进一步完善农民集体内部的民主管理机制，扩大农民集体表决的适用范围，明确规定相关程序，使得集体土地所有权主体与主体代表相制衡。农民集体可以召开成员大会直接行使权利，使得集体有实现自己意志、行使自己权利的途径，明晰成员和集体的关系，真正实现集体成员即劳动者与生产资料的结合，实现集体所有制的目的。否则，以集体经济组织或其他自治组织代替农民集体，失掉了集体产权及集体所有制的真实含义。
从集体经济组织的经营现状看，他们以自己独立的名义对外进行活动，有自己独立的财产，能够独立承担民事责任，具备法人的实质要件，可以构造为法人。集体经济组织要按照法人的治理结构规则，确立集体土地所有权的行使机制，建立法人的治理机构包括法人的权力机构、执行机构和监督机构等，使其发挥重要的主体代表作用，真正发挥集体土地所有权实现过程中应有的经济功能和经济效益。应当明确集体经济组织是集体土地所有权主体代表的一般形式，逐步取消村民委员会、村民小组作为所有权主体代行代表的情况，避免出现多头代表、多种组织职责不清的现象。村民委员会和村民小组可以代表农民集体行使监督权，一定程度上制衡集体经济组织行使集体土地所有权，真正维护农民集体的合法财产权利。
集体土地产权的主体化是稳定当前一个时期农村土地和农民关系，构建社会主义初级阶多元产权结构的必由之路。进一步的变革要依据新的历史条件进行，正如杜润生所指出的，人民公社组织已经取消相当长时间，三级所有、队为基础的制度安排已经不能作为法律依据，应当本着耕者有其田的精神明晰集体产权的涵义。182作者认为，这是值得探索的集体产权目标模式和变革路径，其要旨在于形成劳动者与生产资料相结合的新的生产方式。社会主义新农村建设将为这样的变革创造有利的条件，包括农村产业化、工业化和生产力的发展，农村剩余劳动力的转移和农民素质的普遍提高，以及城乡统筹的社会保障体制和市场体制的完善，等等。