在现有的土地产权制度下，明确农村土地所有权的主体及其权利，才能避免其他利益主体侵害农村土地集体产权的利益。农村土地集体所有权所享有的权能主要有归属权、占有权、支配权以及相应的收益。农民集体对本集体的土地拥有归属权和占有权，除国家为公共利益的需要征收农民集体的土地以外，任何单位和个人未经农民集体同意，不得随意占有和使用农民集体的土地。农民集体所有者有获取收益的权利，所有权可以由农民集体代表如各级集体经济组织的实际行使，通过土地的发包、出租、出让、作价入股等形式，获取一定的土地所有权收益。在集体土地所有权转让过程中，必须通过市场交易或按照市场交易价格进行的国家补偿，使所有权在经济上得以实现。农民集体有对集体所有的土地自主支配的权利，可以自主决定集体土地的出让、承包、出租、入股等，但其对集体土地的处置必须符合国家的法律法规，土地的用途必须符合土地利用总体规划确定的用途。
5.3农村集体土地所有权的主体化
在社会主义新农村建设中，最根本的是要加强对集体土地产权的界定和保护，重新构建农村地区的产权基础。顺应这一要求，我们需要的是国家权力、政府干预从农村产权制度中有序退出，但却既不是要转向国有化，也不是转向私有化，关键在于恢复集体产权应有的产权主体地位。通过集体所有权主体化，对集体产权进行市场经济的适应性改造，使之受到保护和拥有实在权利，构建各类基本产权主体共同发展的和谐产权关系。
我国现行法律规定农村土地属农民集体所有，农村土地所有权的主体是乡、村、村民小组的农民集体（相当于人民公社时的三级所有、队为基础的提法），但法律没有明确界定三级所有或分享的格局中，所有权主体到底属于哪一级以及每一级主体的权利边界。加之农村经济发展水平并不平衡，文化传统差异明显，土地占有关系表现出多种多样的主体形式，也使得法律规定较难统一。宪法笼统地界定为农民集体所有，民法通则界定为乡（镇）、村两级所有，土地管理法和农业法中则界定为乡（镇）、村、或村内农业集体经济组织所有，物权法界定为村农民集体所有、村内两个以上农民集体所有和乡镇农民集体所有。这种对所有者主体的不确定指称，折射出人民公社体制遗留下来“三级所有”关系的变动和混乱状况，也是农村现实土地关系的反映。不仅如此，不少人甚至有的学者认为，土地的所有者——“集体”既可以是村或乡（镇）农民集体，似乎又可以是农业集体经济组织，更使集体所有权主体不知为谁。总体上说，现行法律虽然确立了农村土地集体产权的原则，但未能确立起集体产权的主体及其整体构造，在实践中造成集体土地所有权归属不清，集体所有权虚置、权利弱化以及权力干预引起的主体错位，所有者和农民权益得不到落实和保证。
我国农村集体土地所有权主体分级所有的状况是历史形成的，虽然早在1986年土地管理法中即规定，应对农民集体土地所有权登记确认并颁发土地所有权证，但在我国大部分地区至今尚未开展或完成。从积极方面讲，这为当前依据现代产权理论，适应发展着的经济生活的实际需要，对所有权主体结构作出整体安排和适当调整，提供了一定空间。总的来说，理论界对于集体产权应当主体化已基本形成共识，但具体实施方案则颇多差异，主要有以下几种：（1）农地所有权主体应确定为村民小组；（2）农地所有权主体应确定为村一级；（3）农地所有权主体应以村一级为一般情形，乡和村民小组为特例；（4）农地所有权主体多元化，等等。具体地说，以村民小组作为集体所有权主体的理由主要有：（1）根据1962年的人民公社六十条，农村集体土地实行“三级所有，队为基础”，队也就是现在的村民小组；（2）村民小组范围内的现实土地状况，包括土地面积、分布及土地质量等比较完整和清楚；（3）有利于产权交易的灵活进行，便于农民直接行使土地所有权；（4）有利于防止行政干预和产权侵害行为。以村为集体所有权主体的理由主要是：（1）民法通则、土地管理法等法律均予以认可，特别是从土地管理法第十条的语言逻辑分析，村一级集体所有是我国集体土地所有权的最基本形态；（2）村一级组织比较完整，能够较好地承载作为土地公有主体代表的职责；（3）有利于减少村民小组之间的土地争议和落实国家土地政策。关于土地所有权归属问题，杜润生指出，一种意见认为归村民小组，其好处是给农民的自主权大，缺点是要增加编制，增加财政人员，而农村是不宜增加管理人员编制的；一种意见认为是归村自治组织，其好处是自治组织是农民选举的，代表性、民主性大一些180，比较简要集中地概括了这些争论的分歧。
作者认为，确立农村土地集体所有权的主体，应当考虑的因素很多，主要有：（1）所有权的性质，应当有利于保持集体土地所有制的性质，以符合社会主义初级阶段的生产力状况；（2）农地所有权的初始状况和实际状况，在没有土地权属争议的情况下，尽可能保持现有土地权利状况；（3）有效地行使所有权，降低产权运行的成本。“集体所有”为一定范围内的农民集体所有，无论乡、村、组哪一级范围的农民集体作为所有权主体均有理论上的依据。从理论上讲，对于农民集体所有的土地边界比较清晰，存在具有实际意义的集体经济组织且符合所有权主体代表资格的，均可依法予以确权。但从农村集体组织的实际状况和历史变革来看，村民小组和乡镇农民集体都不宜作为农村土地集体所有权主体的一般形式，应当建立以村农民集体所有为一般形式的多样化集体所有权主体结构。
据有关调查，在我国大部分农村地区，村民小组既没有组织机构和场所，又无独立的账号，也不是法人组织，已不具备作为土地公有所有权主体的资格条件。对此，蒋亚平（1991）就已经指出，组这层组织不但清楚土地关系在历史上的演变情况，而且管理费用也相对便宜，似乎更有理由成为农地的所有权主体，但在“大包干”的强力冲击下，生产队这层组织在近十年已逐渐萎缩。因此，在种种完善家庭联产承包责任制的努力和规定中，大部分地区都已经或者趋向把村级经济组织作为土地所有权的代表。从目前的情况看，村民小组财务一般由村直接管理，许多不具备发包条件，而变成为村集体土地使用者的角色。农村土地承包法认可在不改变村内集体土地所有权的条件下由村发包，在新一轮的土地承包中，也是由村直接与村民签订土地承包合同的。一个时期以来，原村民小组之间村民相互交换土地耕作的现象相当突出，不少村民小组之间已变得土地边界不清。如果在这样的情况下赋予村民小组集体土地所有权，或者农民根本无法得到实际的所有权，或者农民得到的已不是“公有”的土地所有权，而是在本质上接近“私有”的土地所有权。因此，有的学者不顾实际坚持将集体土地所有权确定为组一级所有，实质上是为其坚持的私有化观点作注解。乡镇农民集体所有土地所占比例不大，但范围大，农民人数多，监督管理成本高，最易产生公有产权外部性问题。对于乡镇农民集体所有的土地，农民集体已无法直接参与行使土地所有权，所有权全部为所有权主体代表代为行使。同时，乡镇政府是我国基层的政权组织，其经济职能、行政职能、公共职能经常纠缠不清，农民往往将乡镇农民集体土地看作是国有土地。因此，多数学者认为对乡镇农民集体所有的情况仅能作为特例，有的认为对这部分土地，维持现状或演变成国有土地方为明智之举。
从土地制度变迁的角度看，我国集体土地制度是经过土地改革和合作运动在人民公社时期形成的，在历史条件发生较大变化的情况下，需要在尊重农地所有权的初始状况和实际状况之间作出平衡选择。1962年人民公社六十条规定农村集体土地是“三级所有、队为基础”，在较长时期内集体土地由人民公社、生产大队、生产队三级所有，以生产队所有为基础，并一直延续到1978年都基本上没有变动。