1606年，伪季米特里一世被推翻后，大贵族们拥立瓦西里·舒伊斯基为沙皇。然而反对舒伊斯基的人则又起来反对，反抗运动到1606年夏天已经演变成一场大规模的农民起义。起义的领袖是伊万·博洛特尼科夫。他出身农奴，年轻时因反抗地主压迫逃亡到顿河流域哥萨克居住区。蒙古人入侵时，他被抓住卖给了土耳其人，在土耳其舰船上当桨手，被铁链锁在长凳上不停地划船。一次海战，德意志舰队击败了土耳其舰队，他乘机逃亡到威尼斯，后来流落到德意志、波兰。当他准备动身回俄国时听说“季米特里沙皇”并没死。博洛特尼科夫于是来到波兰大地主姆尼什克家中拜见“伪季米特里一世”。这位冒充“季米特里”的人以“沙皇”的名义任命博洛特尼科夫为“统帅”。博洛特尼科夫带着“沙皇”的任命书来到普梯弗里。他身材魁梧，性格坚强，深受压迫欺凌之苦，有强烈的反抗情绪，因而受到农民和哥萨克的爱戴和拥护。
1606年7月，博洛特尼科夫率领起义队伍从普梯弗里出发，进军莫斯科。沙皇舒伊斯基调兵遣将试图拦截博洛特尼科夫的起义军，结果在克罗梅和卡卢加城外遭到了惨败。起义军的胜利使沙皇军队陷入一片混乱。贵族们担心大祸临头，纷纷离去避难。图拉和梁赞等城市的一些贵族带上人马混进起义队伍，有的甚至当上了起义军的将领。
9月23日，起义军与政府军在距卡卢加7公里的乌格拉河和奥卡河交汇处展开激战。在卡卢加人民的支持下，起义军击退了沙皇军队的进攻。一周以后，博洛特尼科夫占领了阿列克辛。沙皇紧急派遣另一支政府军去抵抗农民起义军。但是，博洛特尼科夫在洛帕斯尼亚河彻底击溃了沙皇的军队。这条河是从谢尔普霍夫通往莫斯科路上的天然界线。起义军到达帕赫拉河时遇到斯科平-舒伊斯基队伍的截击。博洛特尼科夫便同伊·帕什科夫队伍汇合。联合部队在距莫斯科50公里的特罗伊茨克村与沙皇军队发生激战后，逼近了莫斯科。博洛特尼科夫为统一进攻进行部署，让主力部队在科洛缅斯克和扎波里耶村驻扎下来，一边休整，一边等待决战的时刻。沙皇舒伊斯基困守在莫斯科城内如瓮中之鳖。可是就在这个时候，混入农民起义军中的贵族苏姆布洛夫和普利亚普诺夫却率500梁赞人投降沙皇军队。起义部队面临严重威胁。博洛特尼科夫为了防备莫斯科城内突然出击，急忙在驻地周围修筑坚固的车垒工事。所谓“车垒”，就是把车子与雪橇同麦秆和稻草堆起来，浇上水，使它们冻在一起如同石头一样坚硬，一辆接着一辆排列在营地周围，堵住进入营地的道路。然而博洛特尼科夫并没有把莫斯科城完全封锁住。沙皇的军队仍能获得给养和装备。11月27日，双方主力在莫斯科河南岸展开激战。博洛特尼科夫的起义军不敌沙皇军队，只好退守科洛缅斯克村。不久，同他联合的伊·帕什科夫也倒向了沙皇军队。博洛特尼科夫的部队进一步被削弱，起义军军心开始动摇。
沙皇舒伊斯基的军队在科洛缅斯克村外向“车垒”射击了三天，未能攻破。后来，当他们了解到车垒的结构后，开始用燃烧弹轰击，用火焰将车垒烤化、燃烧。博洛特尼科夫不得不放弃科洛缅斯克，向谢尔普霍夫退却。这时，扎波罗什哥萨克队伍也向沙皇军队投降了。战争的主动权转到沙皇舒伊斯基方面。成百上千的被俘起义军士兵被投入河里淹死，沙皇的恐怖手段吓坏了起义军中不坚定的分子。
从莫斯科撤退后，博洛特尼科夫带着主力部队来到卡卢加，与驻守在这里的伊里亚·戈尔恰科夫率领的哥萨克队伍相会。卡卢加是俄国重要的要塞，但它的围墙是木制的，不利于防守。沙皇军队包围卡卢加后，利用攻城炮和“投火器”等进行攻城。所谓“投火器”，是指攻城者将大量柴草等易燃物堆积在木围墙边，点燃后，让火势顺着风向烧向城内，将木围墙烧毁后，进而引起城内大火，烧死城内被围者。投火器在当时对于被围者是最危险的攻城武器。沙皇军队强迫卡卢加城郊的农民砍伐树木，劈木柴。政府军用这些木柴、树木等堆成柴山，并且将柴山逐渐向木围墙边推进。形势非常危急。博洛特尼科夫命令部队利用黑夜的掩护在城墙外面挖掘坑道埋上炸药，当柴山推进到预定地点时进行引爆。爆炸把劈柴树木以及沙皇的士兵和牛马炸飞到天上，搞得沙皇军队晕头转向，乱作一团。博洛特尼科夫的队伍乘势冲出城外，喊杀声漫山遍野，政府军全军溃败，狼狈逃窜。
博洛特尼科夫同戈尔恰科夫一起来到图拉，这里的条件比卡卢加好多了。不久，沙皇的部队开始包围图拉。围攻的部队在数量上超过了城内起义军的人数。沙皇舒伊斯基采取强攻的办法没能成功。于是沙皇命令在城外的乌帕河上截流筑坝提高河的水位，让河水涌入城内，泛滥成灾。城内的情况越来越恶化，人们开始发牢骚，很多人打算投降。博洛特尼科夫号召大家坚持下去，并告诉他们，他已派人与新“沙皇季米特里”联系，很快就会来援救他们的。原来，这时（1607—1608年）在斯塔罗杜勃城又出现一个自称季米特里的人，俄历史上称伪季米特里二世。他在波兰立陶宛的支持下组织了一支人数众多的军队，正向莫斯科开进。
沙皇舒伊斯基非常清楚，如果这两支队伍会合起来，政府军是怎么也抵挡不住的。他要不惜代价先把图拉的问题解决了，然后再集中兵力对付伪季米特里二世的军队。于是，沙皇提出与博洛特尼科夫谈判。这时图拉城内也弹尽粮绝，人心惶惶，而派去同季米特里二世联系的人还未回来，无法指望得到外来援助。博洛特尼科夫于是同意谈判，以保存实力。双方签订了协定。当图拉城门打开后，沙皇舒伊斯基就背信弃义，逮捕了博洛特尼科夫，遣散了农民起义军。起义军领袖被秘密押送到卡尔哥波尔，并于1608年被杀害。
这是俄国历史上第一次较大规模的农民起义。它的矛头不仅指向封建主，还指向沙皇政权，有力地打击了封建主的统治，点燃了17——18世纪农民起义的烈火。