六、1999.9—2000.3第二次“车臣战争”
1996—1999年间，车臣的独立活动继续在两条战线上进行。车臣总统马斯哈多夫进行着合法的独立活动，一方面大搞“外交”攻势，争取外国的支持，一方面继续扩军备战。1997年下半年，他居然拒绝了叶利钦视察车臣的要求，正是所谓“建立在平等国家和国际法基础上”的双方关系给了他口实。他认为叶利钦到车臣应该“严格按照国家间相互关系惯例”和公认的国际关系准则进行，而不是“视察”。另一条战线上，受境外伊斯兰原教旨主义势力的支持，极端分子在车臣的势力也越来越大。他们对于马斯哈多夫的“温和”政策十分不满，妄图用恐怖主义手段迫使联邦政府就范。尤其是巴萨耶夫辞去总理职务后，恐怖事件愈演愈烈，武装分子先后绑架俄罗斯总统驻车臣全权代表和俄罗斯内务部驻车臣全权代表，炸弹袭击马斯哈多夫的汽车。
马斯哈多夫与反对派进行了一番较量后，决定讲和。1999年7月3日，双方签订协议，停止内讧，共同建立国家安全委员会。从此，巴萨耶夫更加有恃无恐。8月初，巴萨耶夫渗入车臣以东的达吉斯坦共和国，与当地伊斯兰极端分子勾结，宣布成立“独立的伊斯兰国家”，并扬言要实现整个北高加索地区的独立。这一次，联邦政府在新任总理普京的主持下，采取了坚决的行动，充分利用武器优势，大规模轰炸非法武装分子的据点，仅用20多天时间，基本平息了达吉斯坦的叛乱。然而，更加恐怖的事情还在后面。恐怖分子采取了更加大胆和残忍的行动，把战争直接引向莫斯科和圣彼得堡，8月底至9月中旬，连续制造了5起恐怖事件，造成300多人伤亡。
恐怖分子的凶残使俄罗斯社会在车臣问题上空前团结起来，从议会到民间都支持普京在达吉斯坦的军事行动。1999年9月17日，普京在联邦委员会会议上明确表示，联邦政府与车臣当局三年前签订的和平协议是错误的。当天，俄军开始轰炸车臣境内的军事目标和基础设施，封锁车臣边境，第二次“车臣战争”爆发。在轰炸大大削弱了车臣的战争潜力后，10月1日，俄军10万地面部队从东、西、北3个方向进入车臣。马斯哈多夫终于彻底站到极端分子一边，10月5日，他发布车臣战时动员令，号召车臣人民对俄罗斯进行“圣战”。到15日为止，俄军控制了车臣约1/3的区域，建立起安全区。16日，俄军开始实施以“消灭车臣境内全部武装匪徒、在车臣全境恢复宪法秩序”为主要目标的第二阶段军事行动。用一个半月时间，俄军控制了车臣一半以上地区，包括车臣第二、第三大城市古捷尔梅斯和阿尔贡，只剩下格罗兹尼及其周边地区和南部山区还在非法武装手里。12月3日，俄军行动转入第三阶段，一面在解放区建立政权机关，恢复秩序，一面展开格罗兹尼战役。俄军首先采取铁桶战术，清理周边地区，切断了格罗兹尼与外面的联系；然后采取攻心战术，用飞机撒下传单，通知居民于15日前从预定地区撤离。从17日起，总攻开始，经过充分的炮火准备，地面部队杀入市区。残酷的巷战开始了，非法武装凭借多年经营的地下工事负隅顽抗，给俄军造成很大伤亡，北高加索军区第58集团军副司令马洛费耶夫少将阵亡。2000年2月4日，俄罗斯国旗插上车臣政府大楼，格罗兹尼战役宣告结束。此役歼敌3 000余人，车臣副总统阿尔萨诺夫被击毙，但巴萨耶夫受重伤后突围，继续在南部山区与俄军周旋。
从2000年3月起，车臣不再发生重大战事。6月15日，俄军第一副总参谋长马尼洛夫上将公布了此次战争俄军的伤亡情况：2 091人阵亡、5 962人负伤，伤亡大大少于第一次车臣战争。这次战争达到了预期目的，恢复了车臣的宪法秩序，维护了国家的统一。2001年1月22日，联邦军队大部撤出车臣，留下1.5万国防军和6 000多内务部队。车臣战争似乎可以算是结束了，尽管俄军仍在继续与残余的武装分子斗争，时不时地还会遭受重大伤亡。例如，2002年1月27日，—架米-8被击落，南部联邦区内务部队司令鲁德申科将军和副总参谋长达维多夫将军遇难；8月19日，一架载有147名士兵的米-26运输直升机被击落，114人遇难。在这一年里，俄罗斯军方承认被击落的就至少有5架直升机，受伤或其他原因坠落的数目不详。
针对政府官员和平民的恐怖行动也远未平息。2000年6月，普京任命艾哈迈德·卡德罗夫为车臣行政长官。卡德罗夫在第一次车臣战争中曾担当杜达耶夫的游击队司令，但后来他改变了立场，认为车臣不应该脱离俄罗斯联邦，更不应该继续与俄罗斯打仗。在第二次“车臣战争”中，他站到了联邦一边。2003年3月，卡德罗夫当选车臣总统，成为非法武装刺杀的首要目标。他先后逃过了至少10次袭击，10多名警卫为此殉职。2004年5月9日，卡德罗夫在格罗兹尼一体育场参加反法西斯战争胜利庆典时，被预先埋下的地雷炸死。同时遇难的还有俄罗斯驻北高加索部队司令巴拉诺夫将军等高官。2002年10月23日，50名恐怖分子在莫斯科轴承厂文化宫劫持800多名人质，要挟政府在一周内从车臣撤军并释放被俘人员。26日凌晨，“阿尔法”部队发动强攻，击毙全部恐怖分子。128名人质被打死或因吸入特种部队施放的神经麻醉剂死亡。2004年8月24日，两架俄罗斯客机遭“黑寡妇”劫持，发生爆炸后坠毁，机上89人全部遇难。2004年9月1日，30多名匪徒在北奥塞梯共和国别斯兰市第一中学劫持1 000多名正在参加开学典礼的师生和家长，绑匪的条件与以往一样，要求俄军立即撤出车臣；3日，“阿尔法”和“信号旗”特种部队与绑匪展开枪战，俘虏两人，其余全部击毙。335名人质遇难，其中有157名儿童。这只是不胜枚举的恐怖事件中的几起。
联邦政府对恐怖分子头目进行了追踪，并取得了一系列战果。2004年2月13日，流亡卡塔尔首都多哈的扬达尔比耶夫被俄罗斯特工炸死。2005年3月8日，联邦安全委员会下属的特种部队在一次行动中击毙了马斯哈多夫。2006年7月10日，俄罗斯联邦安全局局长尼古拉·帕特鲁舍夫宣布，当局悬赏1 000万美元捉拿的车臣头号恐怖分子沙米利·巴萨耶夫被俄罗斯安全部队击毙。多名匪首的死亡，尤其是巴萨耶夫被击毙，使车臣反政府武装遭受重创，实力大大削弱。但“斩首”却不能“除根”，恐怖主义的根源没有消除，俄罗斯仍在进行着一场无限期的反恐战争。