可能没有人会反对光和眼睛的直接关系，但人们也很难同意这两者是同样的。举一个比较容易了解的例子：在黑暗中，利用想象力，可以看到明亮影像的幻觉；在梦中，虽闭着眼睛，也可以看到明亮的光线，而当我们醒来之后，稍有光线传入眼睛内，马上就看见外物。因此我们可以说这个视觉组织一受到机械性的刺激就会出现光和色彩。
经常根据各种秩序处理事情的人们一定会注意到，我们还没清楚地说明色彩到底是什么。对于这个问题，我想暂时保留不予回答。我们先来详细说明色彩是如何出现的。色彩是和眼睛感觉有关的有规则的现象，这种感觉要受到自然的影响，譬如盲人绝不会讨论有关色彩的问题。
歌德对自然科学的研究投注了很大的心血，但却并不像认识席勒之前那么彻底专注地研究。他这一时期的文学作品也很多。1806年，《浮士德》的第一部宣告完成，他的“威廉·迈斯特系列”也开始了《漫游时代》的创作，这本书的最初几章，充满了神圣气氛。
虽然整个世界都面临着政治危机，但歌德仍完成了代表人类艺术与科学之美的《潘多拉》。1809年，歌德的长篇小说《亲和力》完稿，它和《少年维特之烦恼》一样，出版后引起了社会上的广泛争论。
歌德在完成《颜色学》的同时，他的一位朋友去世了，他的遗嘱中，将自己未完成的自传文稿都交给了歌德，希望歌德能帮他继续下去。
我在他家及附近的地方体验他曾过着的日子，努力地想象他的生活。我自问，我能够为他立传，为什么不替自己写传记呢？因此在他的传记尚未完成之前，我就已开始计划要写自传了。我曾为了自传长期地犹豫不决，在母亲尚未过世之前，我就该写了。当时不但儿时记忆犹新，也可以由母亲口中得到更多我幼年时代的资料。然而如今母亲已不在，我必须以自己的力量去回忆那些往事，把全部的精神集中在过去，才能使如烟尘远扬的旧事，一一再次展现。
我只不过是个平凡的人，因此由观察人性的角度看来，我将自己细心诚实的作品命名为《诗与真》。在书中，不仅是现在，连回忆中的世界也都是配合自己的个性而形成。
这项工作因为具有历史性，又牵涉到很多地方和人物的事实，因此必须花费很多时间。不管在家或出外，我随时都为这件事而忙碌，立传的重要性变得仅次于生活。
经过广泛而周详的准备，1809年，歌德开始动手写自传，为了押韵，他把题目改为《我的生平诗与真》。1812年10月，这本自传的前二卷完稿，两年后第三卷完稿。
其实早在席勒去世之后的几年里，歌德就已经感受到死亡的威胁，他觉得自己随时都站在“生命的末端”。1814年夏天，拿破仑被迫退位，“政治的天空日趋明亮”，歌德前往德国南部莱茵河和美因河一带旅行。这次的游历使他再一次体验“新的青春”。
重归故土
再见故乡的兴奋，以及诸多友人温暖的情谊，使歌德经历了自离开罗马后，从未感受过的“精神活泼、高贵的幸福状态”。
歌德在这期间认识了法兰克福市银行家威廉特的夫人玛丽安娜，她是一名演员，体态丰盈，性格爽朗，有一对黑亮而灵活的眼睛。这段感情激荡了歌德沉寂已久的心湖，也唤醒了他自《罗马悲歌》后就潜伏着的才华。他开始创作《西东诗集》。当然，这部诗集并不完全是玛丽安娜夫人的功劳，主要还是源自于歌德对东方文化的强烈关心。一个机缘巧合，歌德得到了一本14世纪波斯诗人的诗集，他读过之后大受感动。他发现东方的诗人活在动荡不安濒临崩溃的现实世界里，心灵竟然还能悠然自在地逍遥在理想世界，实在了不起。基于这样的刺激，歌德萌生了创作《西东诗集》的灵感。
1815年，歌德又前往德国南部，在美因河畔法兰克福市上游的威廉特家的别墅作客，数星期内又写成了一篇诗作。这是一篇男女二人对答的爱情相思歌，其中的男女主角即影射歌德和玛丽安娜。
这次旅行中，歌德曾数度前往海得堡，当他看到地方教会修道院中所收藏的德国古代版画时，深受启示。除此之外，旅行中的很多事情都令他记忆深刻，他对古典主义也有了新的认识。
年轻时代，为了生存，我不得不劳苦。为了保持心灵的平衡，将自己关闭在古典的世界里，为了保护自己，只好将一切扰乱身心的事情都加以排斥。现在，在我面前突然出现一种全新的、把观察和感觉完全分离的、有着前所未见的色彩的世界——这是永远如新的青春。
如此坦率的告白表现出歌德对古典主义的界限有了妥协。当时，正沉潜于“东方诗歌世界”，着手写《意大利之旅》，并不断研究自然科学的歌德，无法对有关古代德国绘画的“普遍性艺术世界”，给予固定地位的关爱。但他之前对于古典主义事物的态度，因与一些艺术家的交往而逐渐有所改变。
1815年7月，歌德应施泰因男爵的邀请，前往刚成为普鲁士领土的莱茵州旅行。他向施泰因男爵表示，希望为那些在战争中幸存下来的艺术品尽一份心力。他在旅行中为莱茵州的备忘录作了周详的记载，这份数据详尽清晰，为后世的艺术研究提供了宝贵的参考资料。
歌德觉得莱茵河、美因河之旅的意义，就如同意大利之游，给他一种“再生”的感觉，然而当时，他并没有预料到，痛苦与失望也随之降临了。
1816年6月，克丽斯汀去世。歌德在日记上描述了他内心的悲痛，他写道：
克丽斯订过世了，这是她与自然最后的争斗。中午时分，她咽下了最后一口气，突然间，一股死寂袭上了我空虚的心。
1805年，席勒去世；1807年，奥古斯都公爵的母亲去世；1808年，歌德失去了母亲；1813年，奥古斯都公爵的老师去世；如今，克丽斯汀也离开了他。这些亲友的过世使歌德开始思考灵魂和生命的关系。他和一位教育学者曾有过如下一段对话：
你也知道……感觉的世界，若缺乏真正的理念为基础，我是不认为它有任何价值的。我想了解自然，但并不愿单纯地加以臆测。关于人死后灵魂是否存在的问题，依我的想法是这样的：我对人类或一切自然的存在经过长期的观察后，发觉灵魂与生命并存的事并不矛盾。假使所有自然界的现象都按一定的部类排列，我们将最小的一个组成部分称之为单子。而所谓力量的大小都是相对的，在其势力范围之外，力量可说是微乎其微，但只要是其能力所及，力量可说是非常地强。因此我们在接近力量之源时，就会被吸引到它的领域中。凡是动植物，甚至是在天空中的星星，都存在这种情形。
内在精神的小世界，透过外部的大世界而呈现出肉体的形象，而我把这肉体最初的根据称为灵。因此，蚂蚁单子有蚂蚁灵存在，世界单子也有世界灵存在。这两个根本物质虽非一致，但它们的基本存在却是由于血缘关系。例如太阳和行星虽有各自不同的使命，但却属于同一个系统。再看玫瑰的发展由叶、茎到花朵，都是具有一定的规则，而整个宇宙也都依同样的法则而循环。促使自然发展的力量是不可见的，然而却早已存在，在这规则的前进过程中，所呈现出的中间形态，经常会使我们困惑不已，如叶变成花，卵孵化成幼虫，幼虫蜕成蛾蝶……
尽管单子会产生无穷的变化，可是一旦单子形成，就很难加以破坏，因此在表面形象解体的瞬间，单子既不失散，也不停止活动，它们只是由原来的环境立即进入到另一个新的环境，这是因为单子的意志力相当强烈。有教养的人的单子和海狸、鸟类、鱼类都是有差异的。每个单子从所属的系统，如水中、空气中、地上、火中、星星中，被带到各个地方，同时负起未来秘密的使命。但如果碰到某种强烈的破坏，它们就有可能在中途被拦截而成为其他系统的从属，对这种危险的可能性，我们想从对整个自然界的观察中得出结论，是相当困难的。
同年夏天，歌德第三度前往德国南部，当他离开魏玛时，所乘的马车车轴断裂，这件事使歌德预感到，这辈子可能再也无法作长途旅行了。
1817年4月，一位甚得奥古斯都公爵宠爱的女演员因为嫉妒歌德在魏玛艺术界的地位，使了点阴谋手段，歌德被迫辞去宫廷剧院监督的职位，离开了和他有40年密切关系的魏玛戏剧界。这使歌德有种被放逐的感觉，在往后的岁月里，他一直对奥古斯都公爵听信谗言无法释怀。