1805年初，歌德与席勒相继病倒，他们彼此交换心得的习惯也被迫中止。两个人对恢复健康都没有十足的信心。尤其是席勒，他对自己身体的信心已完全动摇，歌德在后来的作品中写道：
在席勒生病的那段日子里，相继发生了几件惊人的事。傍晚和半夜的火灾，使他过度震惊，于是本来已即将痊愈的病再度复发。他觉得像被绳索捆绑一般，被迫断绝了和人们沟通的机会，唯一能够缓解这种束缚的就是和朋友们的通信。从2月到3月，他所写的几封信中都是苦恼、忍耐、以及逐渐消失的希望。5月初，他不顾一切地想到外面走走，很凑巧地，我们在路上相遇。这时候，他的神智已经不大清醒，于是我便陪他一起走。最后，到他家门前，我们分手了。这时候，我预感到，这一别很可能就是永诀了。9日，他终于去世了，带走了疾病，也带走了重重的折磨。
席勒的死，让歌德的精神陷入了一种“空虚”的状态，他不关心自己的工作，对一切事情都提不起兴致，整个人仿佛迷失了。他写给一个朋友的信上说：
我失去了一个朋友，我自己也等于死了一半。
这个重大的打击，让正在患病的歌德，更加难以痊愈。直到这一年秋天，他离开魏玛到各地旅行之后才逐渐康复。1822年，歌德才终于写出追悼的诗作，节选如下：
脱落的肩胛骨曾经装饰无数饰物，
而今谁能够想象——
活泼的四肢已失去了生命。
疲倦的人们，
竟不能安息于墓穴中，
而是被掘出置于明亮的阳光里。
曾有一颗高贵的心，
如今已成枯干的头颅却不为人所爱，
这不是真理也非启示，
每个人终将如此。
被遗留下来的是有形的诗文，
在这堆无法动弹的骨骸中，
再也认不出曾经优雅的风华。
在这狭窄阴冷充满霉味的屋子里，
自由地安息吧！
生命之泉由灵魂中奔流而出，
那形态神秘而令人陶醉，
似乎保存着神的行迹，
如同水以高贵之姿流向海洋……
晋见拿破仑
时代的潮流依然在向前发展，法国大革命如火如荼地进入到拿破仑的时代。1805年10月，反法联盟战败，神圣罗马帝国如歌德所料般瓦解。德国境内的各诸侯国组成“莱茵邦联”，成了拿破仑和法国的保护国。
歌德之前一直认为德国人民应该在科学与艺术方面谋求发展，而不是在政治上一争短长。多年后，他的学生和秘书就拿破仑时代对歌德提出了置疑：“在那伟大的时代，你没拿起武器，同时也没有因为国民的非难而受到影响……”
歌德回答：“不知道自己的目标是什么，或期望用什么去说服他人，这是很愚蠢的事。我心中不存憎恨，为什么要拿起武器？我也不再有青春的力量去拿起武器，如果我是20来岁的小伙子，我决不落人后，可是当时我已是近60岁的老人了……在战鼓震天时，坐在屋子里——这是我当时唯一能做的事。如果我身处露宿的营帐中，深夜聆听敌人前哨的马嘶声，那么也许我会热血沸腾，投笔从戎。但即使我写出战歌，歌声也会丝毫不带战斗的气息，我对战争的感觉是那么遥远，我无法装出关心战争的模样。在我的诗中，从未出现过煽动性的词句，我不曾一成不变地将实际的事实写成诗，或迫切地将埋头苦干的事写成诗，我只在恋爱的时候写诗。更何况我心中没有憎恶之意，怎么能写出憎恶的诗？坦白地说，我一点也不怀恨法国人，但我还是感谢神的安排，使他们最后归于失败。文化与野蛮才是我迫切关心的事，我为什么要憎恶地球上文化最高的民族之一，我本身的素养大部分也是得自于这个民族的文化，我怎么能去憎恨他们呢？本来国民性普遍的憎恶，在文化最低的阶层最容易发生，也最为强烈。教养达到某一程度的国民，他们的憎恶便会消失，并且对于邻国国民的幸福与悲哀感同身受。而我就是属于这一层次的，在60岁之前，我的这种观念就已经固定下来了。”
1806年，歌德虽然尽量与战争保持一段距离，但他还是被卷入战争的旋涡中。10月，耶拿战役爆发，拿破仑集中九万兵力对普鲁士军队发动进攻。歌德以中立者的眼光，来看待整个经过。
下午五时左右，炮弹从屋顶交织呼啸。五点半，法军骑兵攻入城中开始烧杀掠夺，这真是个可怕的晚上。幸好建筑物牢固，并且有法国一位军官庇护，我们才幸免于难。
两天之后，歌德又写道：
……从不曾反对过我的所作所为，现在又和我共同接受危险试炼的克丽斯汀，我决定不仅把她当做女朋友，我要正式承认她是我的妻子。
10月19日，歌德和克丽斯汀在魏玛城内的教堂公开举行了婚礼，正式结束同居生涯。
耶拿战役以普鲁士军队几乎全军覆灭宣告终结，此后，歌德对拿破仑有了更强烈的信心。在这之前，歌德认为这个科西嘉人，只不过是一位法国革命的统一者；可是现在，他确信拿破仑能够整理政治支离破碎的欧洲大陆。
1808年10月，拿破仑召见歌德。歌德觉得这件事是自己一生中最重要的一件事。在晋见拿破仑时，拿破仑给予歌德的赞赏，使他深铭肺腑，基于双方的政治立场，歌德对拿破仑的钦服却只能用间接暗示的方法来表达。经过很长时间的踟蹰，第二年，歌德才详细描述了他与拿破仑见面时的场景。
那是一个早晨，歌德晋见的时候，拿破仑正准备用早餐，他的餐桌两侧站着两位拿破仑帝国的大臣。左侧的一位正在与拿破仑谈论军税问题。看到歌德进来，拿破仑以眼光暗示他停止再谈。他深深地注视了歌德好一会儿，才开始他们的交谈。
歌德还提到拿破仑自称他曾读过七次《少年维特之烦恼》，还说他远征埃及时，带了一本在身边，并告诉歌德他对这本书的意见。他问歌德，维特的自杀原因，除了失恋以外，为什么又混夹了一些别的因素。歌德微笑以应。他们谈的是文学，没有一丝一毫涉及政治。两人相互地表示敬仰，“狂飙运动”以后的歌德信仰人类创造性的作为和实际上的努力，不崇尚空言；而拿破仑正是一个卓越的实践者，一个军事天才的最好榜样。所以他成了歌德十分崇拜的人物。
拿破仑对待歌德也很谦恭，不带一点傲慢，他发表什么意见时，总是说：“歌德先生，你以为怎样呢？”他赞美他的《少年维特之烦恼》，谈他所翻译的伏尔泰的《穆罕默德》。拿破仑还邀请歌德到巴黎去：“到巴黎去，我招待你。在那里你可以为你的灵魂发现一个更广大的世界，你能找到很多可以作诗的材料。”
歌德欣然辞别后，拿破仑对他的左右说：“这是一个君子！”
歌德有意识地将精神集中在自己的工作上，好在不安定的时代中保持心理的平衡。他和拿破仑之间没有继续来往，对那些反对他的议论，他采取了消极反抗的态度。魏玛人士不仅在政治立场上孤立歌德，还不承认他和克丽斯汀的婚姻。舆论界冷淡的态度深深地伤害了歌德，因此他又缩回自己的世界中，固守自己的灵魂。
自然科学的研究
这时候，耶拿大学的自然科学研究所开展了多方面的活动，歌德便继续在矿物学和植物学方面的研究。在他广泛的研究中，最有成就的是1790年发表的内容在数千页以上的《植物的蜕变》及1810年发表的《颜色学》。
歌德的《颜色学》并非是以数据为基础的理论研究，而是以非现实性的、抽象的理论加以推论。他激烈地反对牛顿利用棱镜把光分为各种颜色，他认为光是一种整体的物质，不含其他色彩。当然随着时代的进步，科学证明歌德是错误的。《颜色学》出版后，业内反应冷淡，这使歌德非常失望。不过，虽然这部《颜色学》学术上的价值不多，但我们却可以从此书中对歌德的观察方法窥视一二。
眼睛是依靠光而存在的。光线是由动物的相关机能或视觉辅助组织所产生，所以视觉的发生是由眼睛内面的光和外来的光相映而成。