然而，这只“瓷器店中的猛牛”还真是犯了犟牛脾气，认为值此关键时刻，有压力、有不同意见实属正常，越是这样，越应当迎难而上，勇于任事。于是他对所有反对者说：“我要把建议呈给行政院长，时机成熟，他会征询大家意见的，届时大家可以提出反对意见。”大小官员们眼瞅做蒋的思想工作并无结果，于是纷纷去院长办公室“告御状”，把事情一直闹到蒋介石那里。
而蒋廷黻于二月底将建议稿完成后呈递上去，满怀希望的期待蒋委员长能够明察秋毫，虚心纳谏，推行自己的主张。不料，三月底，蒋介石命他和翁文灏对调工作，由翁来负责改革中央政府，蒋廷黻转而主持地方行政改革。蒋廷黻不干，认为蒋介石有欠公道。他给胡适写信表示：“我个人的去留是无关宏旨的，我们不干政治则已，干则此其时矣！”在蒋廷黻看来，这无疑是一种借打压一人以平息众怒的传统行为，实际结果必会导致政府内部惰性愈发严重，他心里自然十分不快，“我认为院长对我欠公道，不采纳我的建议，甚至连告诉我一声都没有”。蒋介石的此种做法何止是有失公道，这明显还是中世纪的那一套家长制作风，生杀予夺、是非对错都是由他一人说的算，别人永远无从插嘴。不知经历西方系统近代□□自由观念熏陶的蒋廷黻，是否已经发觉这个自称是要带领人民实现现代化的国民政府实际上仍旧是一座披着现代政府外壳的前现代城堡，里面的中世纪气味几乎让人窒息。他输给的不是那些反对者，而是这套形新实旧的制度。不过，虽然倍感失落，但蒋廷黻并没有退回讲坛，而是待在政府，等待下一次机会。他的人生悲剧从此也就缓缓拉开了大幕。
更令蒋廷黻啼笑皆非的是，一年之后，他的建议居然大部分都实现了。铁道和交通两部真的合并了，经济委员会和建设委员会也一并裁撤了，农林部也成立了。然而，这些变动仅是徒有其表而已，例如，新成立的农林部实际上只是纸上谈兵。前后的几任部长都是军人，为了酬庸他们的功劳给他们一份闲差事。他们毫无农业经验，国家的农业情况不仅没有起色，反而每况愈下。国民政府的机要部门职务，竟成为犒劳功臣的赏赐，这令蒋廷黻寒心不已，后悔当初提出改革建议，不禁慨叹当初一些反对自己的人实在比他有远见。
最让蒋廷黻想不通的是，仅入阁三个月，未等自己的拳脚施展开来，蒋介石就把他外放到莫斯科去做大使。当时的情形大体如下：1936年6月的一次非正式会议上，大家讨论派遣驻苏大使的问题。外交部长张群提名吴鼎昌、顾维钧及外交部次长徐谟等人出任驻苏大使，孔祥熙又增提了王正廷。会中讨论上述提名人选究竟何人适当。在各方争论不休、难有结果之际，蒋介石突然转身对蒋廷黻说：“廷黻，你愿意去莫斯科吗？”他不等蒋廷黻回答，继续说：“你考虑一下，三天内答复我。”出席者无不拍手赞成，最热烈的是吴鼎昌。这一次，蒋介石将重任抛给蒋廷黻的目的肯定不仅限于蒋具有丰富的外交知识，了解苏联形势，更主要的意图大概有二：一是二战前夕，中苏关系十分微妙，其中的许多未知因素和意外情况实在无法预料，故出使苏联不啻是一件苦差事，众人皆不愿自找麻烦；二是入阁三个月以来，蒋廷黻横冲直撞，“惹是生非”，蒋介石或许有意借助这个时机安排蒋廷黻接手这一棘手摊子，以期冲散一下他身上的那股子学者气息和打磨掉他锋芒毕露的猛牛棱角。