基因包含这些蛋白质形成的指令，并指导蛋白质的形成过程（见下图）。
但是，基因并不是影响蛋白质构成的唯一因素。我们已知，基因指令自身也要受到其他因素的影响。基因不断地被来自环境的刺激、营养、荷尔蒙、神经冲动和其他基因激活或抑制（见下图）。
这就很好地解释了为什么身体中的每一个大脑细胞、头发细胞或心脏细胞都包含着所有的DNA，却有着各自不同的功能。这也很好地解释了为什么基因上的一些微小差异就能引起如此巨大的不同：人与人之间的不同不仅仅在于基因上的微小区别，还在于每时每刻的生命活动对基因的表达造成了积极的影响。
剑桥大学生物学家帕特里克·贝特森建议我们不妨将G×E看成是制作蛋糕。让100个厨师从几乎相同的原料开始制造，他们最后总是会制作出品味各不相同的蛋糕。原料上的微小区别保证了差异的存在，但并不意味着就一定能形成差异。最后的差异与此过程无关。贝特森说道：“成长是一个化学过程，最终结果并不仅仅是原料的相加。”
与此相似，仅仅是某种具有基因并不会自动产生某种类型和数量的蛋白质。首先，为了促发蛋白质的合成，必须激活每个基因，也就是打开基因，让它作出自己的“表达”。
基因学家最近进一步发现，一些数目不明的基因具有多种功能。有时候，完全相同的基因若在不同时间，以不同方式被激活，便能够形成不同的蛋白质。
所有这一切都意味着绝大多数基因，并不能单独决定某种性状的形成。它们只是成长过程中的积极参与者，并且具有很大的弹性。任何一个试图将它们描述为“指令手册”的人，实际是极大地低估了基因在设计上的力与美。
那么，为什么我有母亲那样的棕色眼睛和父亲那样的红色头发呢？
以实际来看，我们有着许多形成过程接近于门德尔式的基本身体性状，如：眼睛、头发以及肤色等，在这种情况下，一些基因绝大多数时候会产生可以预知的结果。但是，表面现象也有欺骗性：一个貌似门德尔式的简单结果并不意味着就不是基因–环境交互作用的结果。帕特里克·贝特森说道：“考虑到其他基因和环境因素的介入，基因是唯一决定因素的说法其实是一种误解，即便对眼睛颜色而言。”事实上，来自于约翰·霍普金斯大学，被普遍视为临床医用基因学之父的基因学家维克多·马克库斯克用一些案例提醒我们：“两个蓝色眼睛的父母可能生出棕色眼睛的孩子。”用隐性基因无法解释这样的事实，基因–环境交互作用却能做到这一点。
当面对更为复杂的性状，如身体协调性、个性，以及语言能力等时，基因–环境交互作用所呈现的形成过程将不可避免地远离门德尔模式。