要想了解抗病毒治疗是否有效的真实情况，必须动态观察肝组织和其他组织中的病毒变化情况，这只在理论上行得通，实际临床中尚难以做到，因为想要了解治疗效果好坏，需要反复给病人做肝穿刺、肾穿刺等，说着容易，实际操作起来非常困难。由于通过肝穿刺等检查获得所谓“金指标”无法实现，只能退而求其次，依靠抽血化验，间接了解肝脏实际情况，抽血化验的准确性远不及肝组织活检，通过血液中病毒变化来推算肝组织病毒实际情况，毕竟不是太准确，这就如同要想了解美国，最好亲自到美国看看，通过书籍、广播电视等途径了解的美国未必真实。目前通过抽血化验可以分析出乙肝病毒的各个片段和病毒复制情况的指标非常多，例如乙肝病毒表面抗原、乙肝病毒e抗原、核心抗体免疫球蛋白M、前S抗原、乙肝病毒DNA等等，这些标志物都可以说明和证实患者处于乙肝病毒现症感染阶段，有传染性，治疗的目标应该是将他们悉数清除，清除成功的标志就是抽血化验时发现这些指标统统都由阳性转为阴性。这样一来，抗病毒治疗自然与乙肝病毒指标转阴治疗等同起来，治疗乙肝的目标定格在上述指标的阴转之上。如果以上乙肝病毒指标全部阴转的确是件好事，但是目前治疗水平非常有限，达到全部病毒指标转阴几乎是不可能的。另外要求接受治疗的乙肝患者都要检查上述病毒指标，难度也极大，做全这些检查，要在相当一级大医院，尤其是涉及到肝组织中乙肝病毒定性定量的免疫组化检查，必须具备条件良好、设备齐全、人员高素质等条件。这也就是说，患者一旦实施抗病毒治疗，不仅要保证药物及疗程，还需要在正规大医院跟踪随访，抗病毒治疗是一项系统工程，只有各项配套措施齐备，才能开展，勉强上马，难免盲目。
（2）目前能够达到个别病毒指标暂时阴转，所有病毒指标阴转以及获得长久持续的阴转，尚无法办到。
迄今为止，无论花多少钱，使用多少种中西药物，使得所有乙肝病毒从肝组织或血液中彻底消失，是难以做到，也是极不现实的，最为公认的治疗药物，如干扰素和拉米夫定也只能在符合其适应证的情况下对乙肝病毒起到有效的抑制作用，尚谈不上彻底清除和消灭，如果不符合其适应证时，硬性使用，什么好的效果也没有。目前实际治疗水平是：药物使用得当，治疗对象选择合适，乙肝病毒可以出现e抗原和（或）乙肝病毒DNA阴转，乙肝病毒表面抗原阴转尚无法办到。乙肝病毒复制指标（e抗原、乙肝病毒DNA）阴转标志着乙肝病毒复制减弱或停止，传染性降低，这是目前治疗乙肝较为现实的目标，但是不少患者经过千辛万苦治疗后，终于看到e抗原转阴和乙肝病毒DNA转阴，但是一旦停药或是药物出现耐药现象，乙肝病毒指标又都转阳，病情回到治疗前水平，甚至病情突然加重。为什么会这样？①慢性乙肝病毒携带者抗病毒治疗往往无效，这部分患者大多在婴幼儿时期感染了病毒肝炎，机体对特异的病毒抗原呈免疫耐受状态。更何况抗病毒药物本身具有较强的毒副作用。②抗病毒治疗虽然在部分病人中有效，病毒在用药后被抑制，但在停药后不久可能病毒复制又重新活跃起来。③目前常用的抗病毒药物只能抑制HBV复制，从而缓解炎症活动性，对整合病毒无作用，对肝细胞核内乙肝病毒的原始模版cccDNA也无作用，故停药后cccDNA又重新成为病毒复制的模板。④病毒性肝炎的病程具有自限性经过，反映乙肝病毒复制的血清学标志物乙肝病毒表面抗原和e抗原，每年自然阴转率可达10%～20%。在乙肝病毒感染的慢性过程中可出现自发缓解，病人的自觉症状、肝功能损伤、各种血清标记物相继消失。经过几个月或数年后，以上症状又再出现，病情变化呈现出起伏不定的特点。
（3）目前虽然有几种较为公认的有一定转阴效果的药物，但是适应证狭窄，只有少数患者符合其适应证，只有严格对号入坐，选择好适应证，才有可能获得有效的治疗效果，不管三七二十一，人人都来使用抗病毒药物，既浪费钱财，也贻误病情。
目前各种新药、新疗法，无论是进口，或是国产的，无论是卫生部批准的或是没有批准的，都是具有尝试性的，并非成熟的、决定性的。近十年来，我国先后从国外引进和仿造化学药物和生物制剂十余种，其中不少已被证实疗效不佳或毒副作用较大，现已很少使用，欧美国家已经停止用于治疗乙肝，如肝灵素、无环鸟苷、阿糖腺苷、磷甲酸等等。相当多的患者，曾经接受过这些药物的治疗，现在回过头来反省一下，这些治疗实际就是试验性的，各种各样治疗经历实际是花钱交学费，换回的是经验和教训。经验和教训总结出抗病毒治疗的时机和条件是：患者乙肝病毒复制指标阳性，转氨酶超过正常值上限2～5倍，病毒携带者和晚期肝硬化都不适合抗病毒治疗，这样的初步限定，就已将绝大多数乙肝患者排除于抗病毒治疗之外，如果具体到某一种抗病毒药物之上，又有更进一步的限定，如干扰素适应证是这样严格规定的：慢性乙肝“大三阳”，乙肝病毒DNA阳性，转氨酶升高2～5倍者适合用干扰素。失代偿期肝硬化患者、黄疸高者、肝功正常者、母婴垂直传播者不适合使用干扰素，这样一来，符合其适应证者只有极少数。从目前干扰素使用的实际情况看，相当一部分病例根本就不符合上述使用条件，属于硬性蛮干，疗效自然不佳。即便是选用最好的公认的药物，严格掌握适应证，获得的疗效也是有限的，短期效果明显，长期疗效并不理想。经过长期临床实践，现保留下来的、国内外较为公认的两种药物是干扰素和拉米夫定，我国使用这两种药物的乙肝患者已经累积超过60万，分析干扰素和拉米夫定在我国的使用情况，从各种资料及临床试验总结的结论看，几乎一致认为效果不理想。拿干扰素来说，亚裔人种疗效远不如欧美人种，根据我国香港和台湾多名肝病专家进行的大样本（1200多例）和长期随访（9～14年），得出如下结论：
①亚裔乙肝患者使用干扰素疗效较差，血清表面抗原阴转率＜5%，e抗原转阴率5%～20%，与自然转阴率没有显着差异。
②干扰素治疗亚裔病例虽然有一定近期疗效，但远期效果不理想。
③亚裔患者e抗原血清转换主要系自发性发生，是免疫功能活化的结果，而不一定是干扰素治疗的效果。
④干扰素对亚裔病例肝硬化的进展和肝癌发生无阻止作用。
拉米夫定的实际疗效呈现出明显的“先喜后忧”特点：该药使用半年以内，可以使绝大多数患者乙肝病毒DNA转阴，1年后可以使30%左右患者的e抗原阴转，但是随着使用时间的延长，病毒的变异和耐药情况逐渐增多，5年内100%的患者会出现变异和耐药，表现为使用过程中，肝功开始波动，病毒指标再次转阳；患者一旦使用上拉米夫定，停药便是难题，治疗效果如果明显，即便是符合停药指征，停药后，50%以上的患者会出现“反弹”现象，肝功异常，病毒指标转阳，更不用说那些不按使用疗程规定，擅自用药的患者，“反弹”情况更为严重。总之，使用拉米夫定是骑虎难下的事情，使用一段时间后停也不是，继续使用也不是，停药吧，害怕“反弹”，一直用下去吧，用到何时是了，长期使用肯定会出现耐药，一旦耐药发生，又该如何？至于其他不少的中药制剂，虽然个别报道疗效显着，但是尚缺乏大样本系统研究，国内使用比较散乱，缺乏严格完整的统计资料，可供循证医学总结的资料不多，多数是靠广告宣传，火上一阵，之后逐渐冷清，有的已经销声匿迹，中药制剂尚无一种得到国际认可，虽然种类不少，在恢复肝功方面有效果，但是抗病毒效果没有得到广泛认可。
（4）抗病毒治疗理想的目标是病毒指标悉数转阴，但是目前只能作到几项指标阴转，并且这几项病毒指标阴转实际含义非常复杂，并非病毒指标转阴都是好事。
血液中的病毒指标并非一成不变，其含量每天都在变化，其表现形式有时也在变化之中；病毒变异可以引起的阴转，机体免疫变化也可造成病毒自然阴转，病毒指标变化并不一定都是好事，即便是变化，也不一定都是用药的作用。病毒指标的稳定是暂时的，变化才是永恒的。病毒指标自然变化是经常的，无论其数值定量检测，还是定性检测，都可能发生自然变化，要区分是药物治疗还是病毒指标自然变化引起的定量或定性改变，并非一件易事，如果定期观察乙肝病毒指标数量变化，肯定每次都有所不同。这个变化是由于治疗还是自然变化引起的，难以确认；如果指标果然阴转，这个阴转是药物的作用，还是机体自身免疫的结果，也难以判定。
关键的问题是，某些情况下，病毒指标的阴转，并非一件好事，乙肝病毒长期在药物压力之下，可以发生多种多样形式的变异，变异可以发生在病毒不同的基因编码片段，一旦病毒发生变异，可以出现相应部位的病毒指标阴转，最常见就是乙肝病毒前C区和C区的变异，这种变异可以出现“大三阳”转为“小三阳”的情况，但是这种转阴并非好事，病毒变异往往是病毒逃避打击，适应药物作用，乔装打扮，改变形态，更是隐蔽性的生物效应，变异后病毒可能更具有破坏和攻击性，机体免疫功能无法识别和消灭病毒变异株，病毒干起坏事更是肆无忌惮。目前发现多数乙肝肝硬化患者的血清病毒情况就是“小三阳”而非“大三阳”。也就是说患者苦苦等待盼来的病毒指标转阴并非都是好事。
（5）目前药物众多，治疗费用递增，为了追求虚无缥缈或是似是而非的治疗目标，投入大量的医疗经费，的确是种浪费。
所有医务人员都清楚地知道和承认，目前尚无理想的、特效的乙肝药物问世，越是这样，各种带有尝试性的药物和疗法越是不断推陈出新，这个专家推荐使用这套方案，那个专家建议使用那种药物，上海有上海的一套，北京有北京的一套，各自为政，目前有主张联合治疗者，也有主张序贯治疗者；有主张干扰素联合拉米夫定者，也有主张干扰素联合日达仙者，还有主张西药干扰素、拉米夫定、日达仙联合中药制剂苦参素等等；对于乙肝病毒携带者，最近也有一些新的抗病毒治疗措施，如乙肝疫苗联合潘生丁（双嘧达莫）左旋咪唑等；中药制剂不断推出，各种治疗方案层出不穷，并没有获得一致公认者，可以说都是尝试性的治疗，但是这些尝试需要付出的代价是巨大的，治疗费用高得惊人，寻常百姓根本支付不起，进口干扰素一个疗程下来，需要3万元左右，日达仙每支价格900元左右，苦参素每日花费40元左右，如果采取所谓最佳联合治疗方案，几种药物同时并用，一个疗程下来得上8万～9万元，这样的支出对于绝大多数国人来说，根本无法承受，即便是扒房子卖地、倾家荡产，勉强凑足了治疗费用，究竟能够获得怎样的治疗效果，仍然是个未知数，绝大多数患者也只能换回暂时性的乙肝病毒抑制，肝功复常，停药后不久，病毒指标又会死灰复燃，再次转阳，病情又波动起来。为了各种尚未明确长期疗效、处于试验阶段的治疗方案，付出如此高昂的代价是否物有所值，实际上追逐或是推广高消费实施乙肝的各种新药和疗法都不应该是医师或患者的目标，对于医学界来说，制定或推广一项治疗药物或方案，应该是慎重而又权威的，未经大样本临床验证，似是而非的东西，最好不要贸然推举，个别权威专家的言行，可能导致一系列连锁反应。患者也不该片面追求“高精尖”，对于新药物、新疗法要冷静对待，应该耐心观察和了解药物的长期疗效和不良反应，只有证实其确有稳定的疗效，对于阻断病情发展确有益处时，方可一试。反思这十几年的治疗历程，患者前仆后继的一次次治疗，药物一茬一茬兴衰，治疗费用越来越高，到头来，仍是一个“疗效不理想”来总结概括，这种状况必须得到纠正。
（6）是不是不进行抗病毒绝对不行呢？决非如此，在尚无消灭病毒的方法问世前，应该学会与病毒“和平共处”。
在没有公认的、成熟的治疗方案或药物出现之前，不一定非要勉强尝试抗病毒治疗，乙肝病毒的数量和复制程度并非导致病情加重的直接因素，也就是说：乙肝病毒多少与病情严重性并不是正比关系，不少患者长期乙肝“大三阳”，但是身体一直很好，长寿者不在少数，病毒指标自然转阴者和自愈者都大有人在。病毒指标阳性，需要人体免疫功能异常紊乱与之配合，方能发病，如果免疫功能处于麻痹或耐受状态，机体免疫功能缺乏对于病毒的识别，病毒即便是存在，也未必就发病，此时机体与乙肝病毒“和平共处”，相安无事，带毒生存未必不可行，在没有彻底攻克乙肝病毒这一难题之前，先采取稳定、安全的措施，要比积极冒进，搅乱免疫功能，胡乱尝试各种药物要好得多。目前有不少国内外学者提出的免疫耐受治疗方法，就是本着这种思路进行的，口服病毒结构蛋白可以诱导免疫耐受，方法简单，用于治疗乙肝，诱导对病毒的耐受状态，有助于减轻病变、延缓并发症发生。具体措施在我国是否可行，尚待决策，但是此举不失为一条出路。