紧接着这场“壕沟之战”，发生了一件事，它给穆罕默德的名字抹上了最黑的污点。由于库热泽部落犹太人在最危急时刻脱离了穆空默德的同盟，因此，在胜利时刻，穆罕默德决心杀一儆百。他率领部队攻陷了犹太人的城堡，迫使他们无条件投降。出于某种考虑，他让另一个仍忠于他的同盟的犹太人部落首领来决定那些犹太人的命运。结果，这个犹太人部落首领作出判决：那些背叛者们必须全部处死，他们的妻儿应该卖掉当奴隶！先知同意了这不可挽回的判决。就这样，八百名不幸的犹太人五、六人一批，被带到市中心一壕沟旁，全被处以砍头的极刑，他们的尸体就抛在沟里。据记载，只有一名犹太人因发誓弃绝自己的宗教而免于一死。另据记载，在拍卖那些犹太妇女、儿童时，一名犹太商人做成了一笔交易，买走了一批死者家眷。至于死者的房屋和财产，穆罕默德把它们分配给了那些来自麦加的无地穆斯林。
这是一个耸人听闻的事件。但应当牢记的是，在当时的阿拉伯半岛上，当部落之间交战时，双方并不负有任何义务，他们为所欲为，甚至不受通常所认为的那些体面的规则的束缚。俘虏毫无权利可言，更无人身保障。唯一能制止人们肆意杀戮而不致更加残忍、野蛮的，是人们对死者的亲族、兄弟的报复的恐惧感。
穆罕默德美名上的污点是无法洗涮的，但同时也应当了解，他较快地建立了新型的和更高尚的道德，它把各个部落、各个民族、各个国家和各种肤色的穆斯林融合成为伟大的伊斯兰兄弟。我们将会看到，穆罕默德最后的布道活动正是致力于这崇高的目标。
回到麦加以后，人们并不因为穆罕默德的残忍而疏远他，相反，他们认为一个能做出像击败麦加人和镇压犹太人这样伟业的人是值得他们俯首听命的。这时，人们对穆罕默德的统治不再持有任何异议，他被公认为先知和“帝王”。最初，他只是作为一种新宗教的布道者来到麦地那人当中的，现在，这种宗教已创建了一个国家。从此，一个新的政治强国在世界上诞生了。这时，穆罕默德结束了对反对派，特别是对犹太人的劝诱活动。他废除了穆斯林做礼拜时面朝耶路撒冷的规定，而把朝向改为麦加。先知甚至冒险地对人们早已形成的习惯进行挑战。他坚持认为，过度酗酒的陋习应该禁止。正是在这个时期，这座自古以来就被称作雅兹里布的城市改名为麦地那，意为“城市之王”或“先知的城”。从这以后，这座城市就以麦地那闻名于世。
先知归真
公元628年，先知致书他所知道的一些大国的统治者，如阿比西尼亚国王尼加斯、波斯国王开斯拉二世和在君士坦丁堡统治的东罗马帝国（即拜占庭帝国）皇帝海勒科列斯，要求他们抛开那虚妄的崇拜而皈依伊斯兰教。传闻，当波斯国王收到信函时，大为恼火，把信撕得粉碎。但东罗马大帝则很有礼貌地收下了信函，也许他认为这信是发自一位并无恶意的狂妄之徒。而东罗马帝国的埃及总督考虑得更为周到，无疑他是希望跟毗邻的阿拉伯各部落和平共处。据说他对穆罕默德的使臣十分尊敬，并赠送给穆罕默德一匹白骡和两个年轻的哥普特女奴，其中之一就是埃及少女玛丽娅，她长得如花似玉，先知后宫中的其他女人为此而妒火中烧。
不管那些皇帝或国王是否真的收到过穆罕默德那庄重而又富有挑战性的信函，也无从知道穆罕默德是否真的送过这些信函，但有一点是肯定的，那就是穆罕默德曾经向阿拉伯半岛上的一些酋长国送过内容相同的信函。一些回信的内容说得比较含糊，因此，穆罕默德便搬出了他的穆斯林军队，希望能得到对他更为有利的答复。这样，一场反对偶像崇拜者、不信教者和其他异教徒，包括“有经人”（即犹太教徒和基督教徒）的伊斯兰圣战便爆发了。穆罕默德给予这些人三种选择：皈依伊斯兰教，死亡或交纳特别税收。结果，在穆斯林军队攻入的所有国家中，大部分居民选择了第三者，这对穆斯林的经济保障而言，也许是比较有利的。
穆罕默德布道的全部目的是想要鼓动他的信徒们去行动、去冒险。他给他们描绘了虔诚以及劫掠的眩惑画面。阿拉伯多神教徒对“来世”的观念十分虚幻，但穆罕默德用最生动的词汇和表达方式描绘了天堂的欢乐和地狱的恐怖。他宣布：“剑是天堂之钥匙。为安拉而流一滴血，胜过斋戒和祈祷二个月。无论谁战死沙场，他的罪恶都会被赦免。在最后审判之日，天使的翅膀将代替他失去的四肢。”另外，穆罕默德还宣扬纯粹的宿命论观点。他宣称，万事万物都按照安拉的意志而发生。假使一个人注定要战死，那他就会死在那里；如果是相反，那他就会躲过弓箭、长矛的猛烈袭击而安然无恙。
除了这些强烈的劝诱之外，还有更吸引这些阿拉伯人的东西，那就是众多战利品的诱惑。把失败者的所有财产洗劫一空，这成了穆斯林胜利之日的固定程序。他们把这些战利品的五分之一专门留给先知，以用于宗教和慈善目的。其余的五分之四就由士兵和牺牲者的家属瓜分。由于有如此强烈的诱惑，因此不难想像，穆罕默德的士兵们总是高举着他的白色战旗，在无数艰苦困难的战斗中冲锋陷阵，夺取胜利。
在麦地那度过七八个年头后，先知感到自己的力量无比强大，足以对麦加发起直接进攻。麦加对他来说，是他的诞生之地，也是他祖先的家园。尽管受过麦加统治者极不友善的对待，但他仍对它怀有深切的感情。不知是何原因，麦加已成了阿拉伯半岛的心脏和灵魂。先知决心在他有生之年使麦加复转他和安拉所有。公元628年，穆罕默德率领一支一千五百人的商队，借朝觐之名，开始向麦加进军。经过两天的跋涉，他们到达了麦加城外。但穆罕默德看到麦加人正严阵以待，因而也不敢贸然行动，只得求助于外交途径。最后，在麦加周围“神圣领土”边缘的侯代比亚，穆罕默德与古莱什部落首领订立了一项协约，规定立即放弃所有敌对行为，双方休战十年；从第二年开始，穆斯林可以每年访问圣地一次，并进行惯常性的祭奉。这并非先知所希望得到的结果，但回到麦地那后，他充分利用这无可避免的冲突的推迟，广为招募兵马，把几千名贝都因人招集到了他的旗帜之下，准备与麦加人进行第二次较量。
一年很快过去了。先知又一次向麦加进发。这次异常顺利，麦加的城门向他敞开。那些先知被放逐时曾追随他的信徒们神气活现，簇拥着先知走近了克尔白圣殿。他用手杖触摸圣石，并按惯例，巡游圣殿七圈。此外，还举行了祭献牺牲以及其他一些古老的朝觐仪式。
按“侯代比亚协议”的规定，这些穆斯林只能在圣城驻留三天。刚刚迎娶完新妻的先知打算在此多住几天，以度过幸福的婚期。但圣城的统治者断然予以回绝，先知只得如期返回麦地那。但他充分利用了在麦加的这段时间。他那虔诚的举止已打动了麦加人。他曾向克尔白的管理者承诺，当他实现了他的理想，成为麦加的统治者后，他将如以往一样，继续允许进行朝觐活动。对此，麦加人感到欣慰。先知还向麦加的军事首领们显示了他的力量，给了他们很深的触动。此外，穆罕默德还约见了麦加的一些显赫人物，取得了令人满意的结果。曾在伍侯德战役中向穆罕默德发起反攻的勇士哈立德就在这其中。他对麦加的现政权深感不满。他向先知保证，一旦条件成熟，他将归顺先知。