基因工程是人工创造新物种的有效途径，在这个工程中，微生物有着很大的用途。
那么，什么是基因工程呢？我们知道，生物的遗传性都是由遗传物质——基因支配的。基因位于细胞核的染色体中，每个基因都有固定的职能，在个体发育过程中，许许多多基因无比协调地通力合作，才逐渐建立起美丽而对称的生命大厦。但是，如果我们把一个基因摘下来，从甲生物转移到乙生物，只要处理得当，它将同样能够发挥原有的效应。所谓基因工程，就是根据人类的需要，将某种基因有计划地移植到另一种生物中去的新技术。
科学家发现，微生物可以作为基因的供体，把它的优良性状提供给其他生物；也可以作为基因的载体，把一个生物的优良性状携带给另一个生物，还可以作为基因的受体，接受别的生物的基因，并在细胞内复制和表达。我们已经知道，微生物具有繁殖快，容易实现工厂化生产等优点，如果把植物或动物的基因移植到微生物中去，就可以多快好省地生产生物制品。
1978年，科学家把人体的“胰岛素基因”移入大肠杆菌，于是这些碌碌无为的食客——大肠杆菌，一跃之下竟成了生产人类重要激素的能手。1979年，通过基因工程手段，已经组合成一种专门生产卵清蛋白的大肠杆菌。这种蛋白原先存在于鸡的输卵管中，是各种氨基酸含量比较均衡、十分适合人类需要的营养物质，现在居然可能由细菌直接生产，这是一起意义重大的事件！可以设想，有朝一日，它将可能取代养禽业。
微生物具有许多独特的性状。例如固氮微生物能固定大气中的分子氮，如果将固氮微生物的基因转移到能感染多种植物的根瘤土壤杆菌中或作物根际微生物中，使这些微生物也能固氮，这就扩大了肥源。如果将固氮基因直接移植到农作物中，培育出能自身固氮的作物新品种，那么，现在的许多氮肥工厂就可以转为其他工厂了。
微生物在基因工程中大有作为。它将为人类创造许多新的财富，它将为人类治愈一些不治之症，它也将为农业生产展示光辉的前景。