“十二经皆有动脉，独取寸口，以决五脏六腑死生吉凶之法，何谓也？然，寸口者，脉之大会，手太阴之脉动也。人一呼脉行三寸，一吸脉行三寸，呼吸定息脉行六寸。
人一日一夜，凡一万三千五百息，脉行五十度，周于身……故五十度复会于手太阴寸口者，五脏六腑之所终始，故法取于寸口也。”并且《难经》首先解决了寸口脉的长度问题，并提出了寸关尺的概念。《伤寒杂病论》继承了《难经》的理论，在《伤寒论·平脉篇》中，也明确提出“脉有三部，尺寸及关”，并对寸关尺的运用作了较为详细的记载。
由此可知，“独取寸口”之理论，来源于《黄帝内经》和《难经》，主要是《难经》。
4.治疗原则在《金匮要略》中，治疗原则如：虚者补之，实者泻之；虚则补其母，实则泻其子；治未病；急则治其标，缓则治其本。这些原则在《黄帝内经》、《难经》中都有表述。
（1）虚者补之，实者泻之。《金匮要略》首篇首条在举肝实肝虚不同治法之后即言：“经曰，‘虚虚实实，补不足，损有余’是其义也，余脏准此。”说明杂病的治疗原则当是“虚者补之，实者泻之”。这在《难经》中也有论述，《难经·八十一难》曰：“假令肝实而肺虚，肝者木也，肺者金也，金木当更相平，当知金平木。假令肺实而肝虚，微少气，用针不补其肝，而反重实其肺，故曰实实虚虚，损不足而益有余。”此文举肺和肝的治法为例说明虚实当用正确的方法区别施治。肝实肺虚病治当补虚泻实，补肺金泻肝木，使金能平木。如属肺实肝虚，治疗时不补肝，反而重补肺，就是补实泻虚，使虚者更受损，而使实者反受补益的错误治法。
（2）虚者补其母，实者泻其子。《难经·六十九难》曰：“虚者补其母，实者泻其子。”此即根据五行相生规律确立的治则。所谓补母，是针对五脏母子关系的虚证，母能生子，“母能令子实”，故子脏虚时当补其母脏；所谓泻子，是针对五脏母子关系的实证，“子能令母虚”，故母脏实时当泻其子脏。这一治则在《金匮要略》之中得到运用。如“肺痿肺痈咳嗽上气病”篇第10条：“火逆上气，咽喉不利，止逆下气者，麦门冬汤主之。”此言胃津受伤，致肺津不足，肺胃阴虚，虚火上炎，肺气上逆而发生咳喘，用麦门冬汤治疗。方中重用麦冬养胃润肺，清降虚火；人参、甘草、粳米、大枣养胃益脾，以生肺津，使肺津充沛，虚火自降，则咳逆可止。病在肺，而治重在脾（胃），正是“培土（脾）生金（肺）”、“虚则补其母”治则的具体运用。第十六篇第17条：“心气不定、吐血、衄血，泻心汤主之。”此论心火亢盛，迫血妄行而致吐、衄血，用泻心汤治疗。方中大黄、黄连、黄芩主要归胃经，长于泻胃火。病在心（火），而治在胃（土），正是“实者泻其子”治则的具体运用。
（3）治未病之脏。关于治未病思想，在《素问·八正神明论》就有“上工救其萌芽”之说，《难经·七十七难》曰：“所谓治未病者，见肝之病，则知肝当传之与脾，故先实其脾气，无令得受肝之邪，故曰治未病焉。”该文举肝脾为例，根据五行相克的规律阐明治未病之脏的治则。肝属木，脾属土，木克土。根据五行相克的规律，肝有病必传之于其所胜之脾脏，故在肝病尚未传脾之前，先调补脾脏，使脾气旺盛，以御肝病之邪，则肝病就不会传脾，达到防止疾病发展传变的目的。此治则适宜于五脏邪实之病。
《金匮要略》第一篇第1条“夫治未病者，见肝之病，知肝传脾，当先实脾”的论述显然来源于《难经》，但文字更简练，而且增加了“四季脾旺不受邪，即勿补之”，使治未病的方法更灵活。肝病易传脾，但不是绝对的，如四季之末各十八日脾土当旺之时，或脾气素来就旺盛，因脾旺则不易受肝邪之侵，故治肝时可不须补脾。此外，《金匮要略》在本条第2、3段中还论述了治病当分虚实及肝虚证的具体治则，均是对《难经》治未病理论的进一步发展。
（4）分清标本缓急。《黄帝内经》认为，在确定治疗方法和措施之前必须对疾病进行标和本的分析。《素问·标本病传论》所言“病有标本……知标本者，万举万当，不知标本，是谓妄行”，并提出“先热而后生中满者治其标”，“大小不利治其标”“兼者并行，甚者独行”等治疗原则。主张“治病必求于本”。《金匮要略》将这一原则具体应用于复杂疾病中，如表里同病，新旧同病的治则，一般情况下先解表后治里，若里证急，则急当救里。对于新旧同病，先治新病，后治旧病。
5.治疗方法《金匮要略》中一些治疗方法在《黄帝内经》中也可以见到，如同病异治法，《素问·异法方宜论》有“医之治病也，一病而治各不同，皆愈何也，岐伯对曰：地势使然也”，正是体现了同病异治。又如正治法和反治法，《素问·至真要大论》有“逆者正治，从者反治”，“寒者热之，热者寒之”等，正是体现了正治法，而“热因热用，寒因寒用，塞因塞用，通因通用”等，正是体现了反治法。
6.判断预后在《金匮要略》中判断预后内容也很丰富，在《难经》中也有不少类似表述。
（1）脉证结合判断预后：《金匮要略》中以脉证结合判断预后的方法在《难经》中已有论述。如《难经·十七难》曰：“……诊病若闭目不欲见人者，脉当得肝脉强急而长，而反得肺脉而涩者，死也……病若谵言妄语，身当有热，脉当洪大，而反手足厥逆，脉沉细而微者，死也；病若大腹而泄者，脉当微细而涩，反紧大而滑者，死也。”
本文所言，肝病应得肝脉，为脉证相符，主生。若不得肝脉，反得克肝之肺脉，为脉证不符，主死。病人谵言妄语，身当有热，脉当洪大，而脉反沉细而微者，是阳病见阴脉；大腹而泄者，脉当微细而涩，反见紧大而滑者，是阴病见阳脉，均为脉证不符，故主死。
（2）脏病难治，腑病易治：《金匮要略》中根据病在脏在腑判断预后，如“脏腑经络先后病”篇第11、12条：“寸脉沉大而滑……血气入脏即死，入腑即愈”。“脉脱，入脏即死，入腑即愈，何谓也？师曰：非为一病，百病皆然……”本条之“入脏即死，入腑即愈，”与《难经》“脏病难治，腑病易治”意义相同。
但《金匮要略》密切联系临床实际，以举例的形式加以论述，且以脉之“沉大而滑”和“脉脱”，提示无论虚证或实证，均是“脏病难治”，预后差；“腑病易治”，预后良。这样，更有利于指导临床实践。
7.方药在方药方面，《金匮要略》与《神农本草经》和《汤液经法》有着较为密切的联系。
（1）《神农本草经》：《伤寒杂病论》中的用药大部分依据《神农本草经》，其方剂中的药物功效与《神农本草经》有着惊人的相似之处，故历代医家皆以《神农本草经》作为研究仲景用药的依据。
《神农本草经》除对药物的功效进行分类记录外，还提出了如君臣佐使，阴阳配合，单行、相须、相使、相畏、相恶、相反、相杀之七情，四气五味等药性理论，初步形成了本草之学。尤在泾云：“惟《神农本草经》为得药之正性，古方用药悉本于是”。
徐大椿也说：“其用药悉本于《神农本草经》而融会贯通之”（《医学源流论》）。
仲景方中之药无不本于《神农本草经》，然决不是机械的搬用，是经过选择和发挥的。如甘草在《神农本草经》论述为“味甘平，主五脏六腑寒热邪气，坚筋骨，长肌肉，倍力，金疮，解毒，久服轻身延年”。仲景依据《神农本草经》中甘草“主五脏六腑寒热邪气”、“解毒”的作用，并引伸其能缓和药性，常与一些峻猛药配伍，如承气汤类方中就用甘草缓和峻下之力。仲景还发现药的使用方法不同，药效亦有相应的变化。如同为大黄，有用麻沸汤浸渍后绞汁去渣，分温再服，取大黄轻扬之气；有后下水煎，乃取大黄苦寒气厚味重之意。另外，通过改变药物的剂量和配伍，以改变方剂功用的例证，也不胜枚举。为后世遣方用药提供了依据和经验。
（2）《汤液经法》：又称《伊尹汤液》，最早收录于《汉书·艺文志》。《汉书·艺文志》原本早已不存在。马继兴著的《敦煌古医籍考释》内录有梁代陶弘景撰著的《辅行诀脏腑用药法要》（下简称《辅行诀》）一卷。陶弘景从《汤液经法》中检录60首方剂，记录于《辅行诀》中，所载许多方剂和其适应证都可以在《伤寒杂病论》中找到。
又《汉书·艺文志》所载经方十一卷的标题，与现行《金匮要略》的篇名相对照，其顺序皆为内科杂病方→金创外伤病方→妇人婴儿病方→食禁方，反映出仲景方与《汤液经法》之间的密切关系。
8.对一些疾病的具体认识对一些疾病的具体认识，如内伤黄疸，《黄帝内经》有脾疸、胃疸、肾疸之分，《金匮要略》则以谷疸、酒疸、女劳疸分类；《黄帝内经》论疟，以寒热多少分寒疟、温疟、瘅疟等，《金匮要略》亦据此划分。对于一些疾病，《黄帝内经》提出了一些重要治则。如水肿病，《素问·汤液醪醴论》提出“去苑陈莝……开鬼门、洁净府”等治疗之法。《金匮要略》则具体提出“腰以下肿，当利小便，腰以上肿，当发汗乃愈。”及“病水腹大，小便不利，其脉沉绝者，有水可下之”，此即后世的发汗、利尿、逐水的治水三法，是对《黄帝内经》的继承和发展。
又例如“水气病”篇第31、32条：“气分，心下坚，大如盘，边如旋杯，水饮所作，桂枝去芍药加麻辛附子汤主之。”“心下坚，大如盘，边如旋盘，水饮所作，枳术汤主之。”《难经·五十六难》有：“脾之积，名曰痞气，在胃脘，边大如盘……”此之“气分”与《难经》之“痞气”症状相似，但病因不同。“气分”为水饮内停阻遏气机而成，“痞气”则为外邪入里，搏结气血而生。仲景对症状与“痞气”相似，但病因不同者，另起“气分”之名以别之，且将其列于“水气病篇”，则是为了便于二者的鉴别。然《金匮要略》对气分病主证之描述，未尝不是取之于《难经》。
由以上可知，《金匮要略》继承了《黄帝内经》、《难经》、《神农本草经》、《汤液经法》等古代医籍的优秀成果。值得指出的是仲景对古代典籍的继承并非完全照搬，而是从临床实际出发，有选择地消化吸收，将其精华融入到自己的著作中，融会贯通，为己所用。所以在学习时，结合《黄帝内经》、《难经》等医籍有助于加深对《金匮要略》的理解。
二、学术沿革
宋代《金匮要略方论》刊行后，金元四大家以及其他医家的学术著作中均载有《金匮要略》的内容，但多作为方论散在医著中。明代赵以德是注释《金匮要略》的第一人，他以《内经》理论注释原著而成《金匮方论衍义》，但其流传不广，如谢观在《中国医学源流论》中云：“治者远较《伤寒》少，宋元人皆无注释，明初赵以德乃有《衍义》之作，其书传本甚少，故《四库》著录，惟得徐忠可所注。”
明末清初，学者反思明亡教训，恢复儒家经典的权威地位，以“经世致用”匡正世事，发展为以考据为治学主要内容的学派。《金匮要略》的研究受该学派的影响，也出现了大量注本。如徐彬的《金医要略论注》（1671），程林的《金医要略直解》（1671），李彣的《金医要略广注》（1687），以及周扬俊对《金匮方论衍义》进行补注而成的《金匮玉函经二注》等几个较早注本，均成书于清代康熙年间。
清代注释原著的有二十余家，其中尤以“两大”、“两小”最有代表性。“两大”即徐彬《金匮要略论注》、沈明宗《金匮要略编注》各二十四卷，为大部注本。“两小”即尤怡的《金匮要略心典》、魏荔彤的《金匮要略本义》各三卷，为小部注本。这四位注家，各有特色，各有造诣。除上述注家外，还有部分散注，如喻嘉言的《医门法律》、徐大椿的《兰台轨范》、王晋三的《古方选注》、邹润庵的《本经疏注》等，分别是论医、议方、说药时连及原著的，虽为碎金片玉，但都是作者全神贯注之所在，为研治原著不可缺少的重要参考。
清代对《金匮要略》的研究可大致分为两个时期：第一期博采众家，第二期专以《内经》等汉唐医著为注而否定宋明医家。如早期的《金匮要略广注》，其名广注，引述前贤见解颇多，注释原本于《内经》和《难经》，又博采金元及明代诸家之说，阐发原文重在理、法。如书中除征引徐之才、朱肱、许叔微、张子和、朱丹溪、王履、张兼善、赵养葵、楼全善、王三阳、喻嘉言以及妇科之郭稽中、武之望，本草之陈藏器、李时珍等著述外，旁及《周易》、《尚书》、《虎铃经》等非医学著作。而第二期的《金匮要略》注家，有了新的学术倾向，开始注重以汉唐医学医著为注，而否定金元以后出现的命门水火、五行生克制化及气味厚薄、引经报使等学说的注家和注本。